genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9758--9838	9	8.9	9	94	1	126	22	9	24	43	1.83
30247--30298	1	52.0	1	100	0	104	0	0	0	100	0.00
30369--30401	17	1.9	17	93	0	57	0	3	21	75	0.93
43270--43340	31	2.3	31	85	9	92	32	32	16	18	1.94
43381--43421	21	1.9	22	85	5	57	46	26	14	12	1.80
43851--43883	16	2.1	16	100	0	66	6	39	6	48	1.53
44346--44511	47	3.6	47	91	4	248	35	27	6	30	1.82
47900--47946	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
52449--52622	94	1.9	94	96	0	321	32	18	27	21	1.97
66397--66453	16	3.7	15	76	19	55	29	26	26	17	1.97
66389--66453	31	2.1	31	91	5	105	29	30	24	15	1.96
66389--66437	15	3.2	15	78	16	64	28	32	24	14	1.94
66496--66550	21	2.7	21	82	2	67	43	29	14	12	1.82
66912--66961	24	2.0	24	85	11	66	52	8	10	30	1.64
69969--70119	78	1.9	78	91	0	248	27	22	21	27	1.99
71705--71736	13	2.3	15	89	10	50	46	6	21	25	1.74
76176--76240	31	2.1	31	97	0	121	52	13	7	26	1.67
76913--77260	158	2.2	159	96	0	644	49	5	7	37	1.54
77121--77171	26	2.0	26	84	7	68	60	7	5	25	1.47
77122--77178	26	2.2	26	81	6	62	63	5	5	26	1.37
77114--77365	135	1.9	135	98	0	486	47	5	10	37	1.60
77256--77306	26	2.0	26	84	7	68	60	7	5	25	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77257--77313	26	2.2	26	81	6	62	63	5	5	26	1.37
82674--82724	6	8.3	6	77	12	50	54	0	0	45	0.99
82665--82730	31	2.2	30	86	7	91	60	0	0	39	0.97
82667--82718	25	2.0	26	89	10	81	59	0	0	40	0.97
92876--92910	15	2.3	15	90	0	52	57	0	11	31	1.34
98127--98207	9	8.9	9	94	1	126	22	9	24	43	1.83
126256--126398	73	1.9	74	84	1	189	25	16	11	47	1.79
138308--138419	57	2.0	57	90	0	179	22	12	27	37	1.90
143680--143712	16	2.1	16	100	0	66	60	6	18	15	1.54
144421--144460	17	2.4	17	86	0	53	0	20	0	80	0.72
150681--150757	40	1.9	41	86	7	113	45	1	7	45	1.40
155616--155668	19	3.1	17	82	15	65	37	0	0	62	0.96
155619--155662	22	1.9	24	90	9	74	38	0	0	61	0.96
155616--155682	5	14.2	5	77	17	72	35	1	1	61	1.15
157705--157771	30	2.2	31	91	5	118	29	7	22	40	1.81
158256--158304	25	2.0	25	84	8	64	24	20	4	51	1.65
158983--159064	18	4.8	17	73	10	69	32	3	4	58	1.37
160178--160225	25	1.9	25	82	0	60	33	37	4	25	1.75
162519--162577	31	1.9	31	86	3	84	30	15	11	42	1.83
166239--166339	51	2.0	51	98	0	193	42	20	11	24	1.86
167481--167512	4	8.0	4	92	0	55	28	0	25	46	1.53
170566--170590	4	6.2	4	100	0	50	52	0	24	24	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171673--171708	17	2.1	17	100	0	72	55	5	0	38	1.23
181898--181976	30	2.7	28	79	11	79	32	5	11	50	1.60
182020--182089	31	2.2	32	80	16	85	34	1	5	58	1.31
183628--183682	5	10.8	5	94	2	83	38	5	0	56	1.23
183777--183885	52	2.1	52	100	0	218	64	10	9	16	1.49
189639--189669	16	1.9	16	100	0	62	25	16	12	45	1.83
196946--196998	22	2.4	22	74	0	52	50	9	15	24	1.73
203758--203790	17	2.0	17	88	5	50	54	0	3	42	1.15
210361--210404	6	6.8	6	87	10	61	79	2	0	18	0.83
220465--220780	157	2.0	157	100	0	632	36	16	31	15	1.89
223331--223369	7	5.6	7	93	0	60	53	5	0	41	1.23
226380--226422	17	2.5	17	82	14	52	51	0	0	48	1.00
229714--229765	24	2.2	24	85	0	68	36	3	7	51	1.49
239383--239422	21	1.9	21	85	10	55	55	5	2	37	1.35
245434--245483	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
250073--250122	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
264237--264271	3	11.7	3	88	11	54	0	28	2	68	1.04
264231--264274	9	5.0	8	86	13	52	0	29	2	68	1.02
264133--266196	96	20.7	104	85	9	1965	23	31	5	39	1.78
265349--265378	3	10.3	3	92	7	53	0	30	0	70	0.88
265152--265520	104	3.6	106	89	7	550	21	32	4	40	1.75
265367--266135	93	8.1	93	90	6	709	24	31	5	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266323--266369	3	16.0	3	82	4	60	0	25	0	74	0.82
266326--266369	17	2.5	17	85	3	61	0	25	0	75	0.81
267270--267298	14	2.0	15	93	6	51	34	0	3	62	1.12
269006--269035	14	2.1	14	93	0	51	53	0	0	46	1.00
270621--271284	235	2.9	233	84	4	839	40	19	10	29	1.85
273622--273654	17	1.9	17	93	0	57	42	12	0	45	1.41
274269--274300	13	2.5	13	94	0	55	0	15	3	81	0.82
276761--276852	48	1.9	48	90	0	148	46	6	30	16	1.72
278499--278554	22	2.8	20	75	21	62	33	0	10	55	1.35
282258--282296	18	2.2	18	90	0	60	69	0	0	30	0.89
282341--282381	21	1.9	21	90	5	64	34	2	4	58	1.32
284361--284386	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
290090--290123	14	2.4	14	100	0	68	14	44	41	0	1.45
296447--296493	22	2.1	22	88	0	67	21	14	12	51	1.76
296999--297100	8	12.1	8	71	24	52	62	1	1	33	1.17
297003--297101	18	5.8	17	73	18	57	63	2	2	32	1.17
297030--297130	37	2.7	37	70	21	86	60	2	2	33	1.27
297051--297172	29	4.3	28	76	13	83	59	2	3	35	1.27
306035--306088	28	1.9	28	85	7	74	61	5	7	25	1.45
307577--307603	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
308138--308190	3	17.7	3	84	0	70	32	0	37	30	1.58
308144--308196	9	5.9	9	90	0	61	32	0	37	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311914--311950	19	1.9	19	94	0	65	27	5	10	56	1.55
313831--313858	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
318054--318081	3	9.3	3	100	0	56	32	32	35	0	1.58
332430--332579	41	3.7	40	80	12	182	61	0	2	36	1.08
332486--332547	28	2.1	30	85	5	83	61	0	3	35	1.12
332430--332589	77	2.1	78	82	5	191	61	0	1	36	1.07
336446--336507	31	2.1	29	82	11	72	33	11	12	41	1.79
338504--338576	30	2.5	30	80	10	87	56	5	9	28	1.54
342323--342380	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
343751--343863	56	2.0	57	86	6	160	32	23	2	40	1.69
356142--356234	18	5.2	18	90	0	141	33	17	22	26	1.96
356142--356234	36	2.6	36	92	0	159	33	17	22	26	1.96
360393--360451	27	2.2	27	84	0	73	23	10	35	30	1.88
364363--364403	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
370517--370546	15	1.9	16	93	6	53	46	6	20	26	1.75
377583--377626	21	2.2	20	83	4	52	65	4	9	20	1.38
377583--377625	20	2.2	20	83	8	52	65	4	9	20	1.40
382083--382111	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
390164--390198	12	2.8	12	91	4	52	68	0	5	25	1.11
393053--393101	13	3.4	14	83	11	55	16	22	2	59	1.47
393369--393407	18	2.2	17	86	4	51	51	0	15	33	1.44
401210--401247	20	1.9	20	89	10	60	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
401524--401579	22	2.5	21	83	11	67	57	3	0	39	1.16
401561--401648	11	8.4	11	67	17	53	60	0	2	37	1.10
401545--401658	33	3.6	32	86	11	164	60	0	1	37	1.07
401545--401667	61	2.0	60	90	7	196	60	0	1	37	1.06
401636--401677	16	2.7	16	77	3	50	61	0	0	38	0.96
404502--404551	24	2.1	24	82	14	59	48	14	10	28	1.75
411855--411966	56	2.0	56	100	0	224	44	8	17	28	1.79
425436--425460	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
429798--429850	23	2.2	24	90	9	83	18	20	11	49	1.78
431867--431919	22	2.4	22	81	9	54	56	3	5	33	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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