genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304594--2304633	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2304617--2304656	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
2307194--2307218	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2307308--2307370	32	2.0	32	93	0	108	52	0	3	44	1.17
2309409--2309671	103	2.5	104	90	3	413	19	20	29	30	1.97
2313973--2314166	96	2.0	96	95	2	354	37	16	8	37	1.80
2319419--2319475	14	4.1	14	79	2	53	50	26	0	22	1.49
2319563--2319601	19	2.1	19	85	0	51	33	5	15	46	1.68
2330777--2330807	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
2344869--2344976	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
2345316--2345373	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
2345858--2345885	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
2345945--2345977	16	2.1	16	94	0	57	3	18	0	78	0.87
2345986--2346057	5	14.4	5	75	20	62	55	4	1	38	1.28
2345987--2346029	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
2345993--2346058	24	2.7	24	81	9	71	57	4	1	36	1.28
2346821--2346868	22	2.2	22	92	7	80	41	4	12	41	1.62
2347330--2347457	31	4.2	31	64	14	77	41	2	2	53	1.26
2349431--2349493	31	2.0	31	84	12	83	60	0	1	38	1.07
2349776--2349808	15	2.1	16	88	5	50	36	0	3	60	1.12
2352563--2352612	24	2.1	24	96	0	91	46	2	12	40	1.52
2354615--2354667	26	2.0	26	85	0	70	66	1	1	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2355302--2355336	17	2.0	18	88	5	54	54	0	5	40	1.24
2355530--2355581	9	5.9	9	79	4	61	59	0	0	40	0.97
2355520--2355580	18	3.4	18	81	2	70	55	0	0	44	0.99
2355529--2355682	69	2.2	70	88	1	220	52	3	3	40	1.36
2355558--2355689	70	1.9	70	95	1	239	49	3	4	42	1.41
2355597--2355649	17	3.1	17	76	7	54	50	1	1	45	1.23
2356263--2356306	20	2.2	20	92	4	72	31	0	2	65	1.05
2356263--2356314	20	2.6	18	77	19	50	30	0	3	65	1.10
2356361--2356402	20	2.1	20	82	8	50	23	4	4	66	1.30
2356361--2356403	21	2.1	20	86	4	59	23	4	4	67	1.28
2356391--2356468	19	3.9	20	74	14	63	32	1	3	62	1.21
2356399--2356444	20	2.2	21	85	14	60	32	0	6	60	1.22
2356450--2356520	29	2.4	29	79	6	72	32	0	2	64	1.08
2356481--2356522	19	2.2	19	86	0	57	38	0	2	59	1.10
2357611--2357725	9	11.9	10	70	10	62	62	2	2	32	1.22
2357748--2357802	21	2.5	22	88	8	76	56	9	3	30	1.48
2357792--2357835	20	2.1	21	87	4	63	63	9	0	27	1.24
2357819--2357847	8	3.6	8	100	0	58	65	10	0	24	1.23
2357851--2357880	8	3.8	8	95	0	51	56	6	0	36	1.26
2357999--2358035	18	2.1	18	94	0	65	24	5	2	67	1.25
2358668--2358878	10	21.9	9	65	19	79	34	3	5	57	1.37
2358901--2358954	17	2.9	17	81	10	54	27	3	5	62	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359011--2359053	22	2.0	22	86	8	63	30	0	2	67	1.03
2359035--2359105	26	2.7	25	82	12	72	30	0	5	63	1.17
2359001--2359092	31	2.9	31	80	13	107	30	0	4	65	1.12
2359766--2359875	57	1.9	56	81	15	129	60	4	0	33	1.23
2359837--2359877	19	2.3	17	87	8	55	68	7	0	24	1.15
2359836--2359918	39	2.1	41	82	8	100	65	7	0	27	1.19
2361570--2361602	7	4.9	7	85	7	50	72	0	0	27	0.85
2361567--2361627	28	2.2	26	80	11	68	73	0	0	26	0.83
2380640--2380672	6	5.5	6	92	0	57	0	63	0	36	0.95
2384489--2384525	3	12.7	3	94	5	67	70	0	0	29	0.88
2388637--2388665	5	5.8	5	100	0	58	0	17	0	82	0.66
2392393--2392430	6	6.3	6	96	0	67	13	68	0	18	1.21
2402694--2402724	16	1.9	16	93	0	53	29	3	3	64	1.25
2408960--2409003	4	11.0	4	100	0	88	50	25	0	25	1.50
2418457--2418536	33	2.4	32	81	8	90	43	5	0	51	1.23
2419444--2419943	248	2.0	248	94	0	876	37	15	12	34	1.85
2421100--2421155	20	2.8	19	76	12	51	32	3	19	44	1.68
2429673--2429699	13	2.1	13	100	0	54	22	14	0	62	1.31
2429669--2429733	33	2.0	33	93	0	112	20	12	0	67	1.22
2436616--2436687	33	2.2	32	85	11	94	40	1	6	51	1.37
2436993--2437037	16	2.9	16	83	12	58	68	8	17	4	1.32
2437207--2437264	29	2.0	29	80	12	66	31	1	25	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437785--2437838	18	3.1	17	81	7	72	44	0	20	35	1.52
2437931--2438039	38	2.8	39	77	6	114	22	20	25	31	1.98
2439195--2439420	26	8.8	26	84	4	264	20	15	27	36	1.93
2439350--2439393	22	2.0	22	95	0	79	25	13	20	40	1.89
2440482--2440601	54	2.2	54	79	5	127	24	20	31	23	1.98
2464526--2464563	16	2.4	16	82	8	51	42	0	0	57	0.98
2464759--2464832	29	2.5	30	82	4	78	32	12	9	45	1.73
2464781--2464863	31	2.7	31	90	1	123	31	13	12	43	1.80
2466136--2466168	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
2474441--2474500	31	1.9	31	83	6	77	36	13	10	40	1.78
2479655--2479991	103	3.3	102	89	3	489	19	20	29	30	1.97
2483350--2483403	18	2.9	18	81	8	56	33	0	11	55	1.35
2483337--2483422	31	2.8	31	77	8	77	34	1	12	51	1.48
2510175--2510761	44	13.5	43	70	13	201	31	19	21	27	1.97
2510394--2510555	87	1.9	87	84	5	220	30	20	23	25	1.99
2510218--2510812	218	2.7	218	92	2	952	31	19	21	27	1.98
2510612--2510773	87	1.9	87	84	5	220	30	19	23	25	1.98
2511328--2511357	15	1.9	16	93	6	53	46	46	0	6	1.29
2512599--2512659	20	3.1	20	79	6	54	42	8	0	49	1.32
2514151--2514699	278	2.0	277	82	3	676	31	13	20	34	1.91
2515959--2516026	32	2.1	32	100	0	136	20	4	26	48	1.68
2535892--2535929	16	2.3	17	86	4	51	31	10	13	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2542003--2542034	14	2.4	14	90	10	50	71	0	0	28	0.86
2552478--2552518	21	2.0	21	85	0	55	63	0	17	19	1.31
2555654--2555711	27	2.1	27	87	6	82	56	1	0	41	1.09
2558987--2559037	23	2.3	23	96	3	95	68	15	7	7	1.37
2561298--2561380	29	2.9	30	78	7	73	65	1	3	30	1.17
2561293--2561389	20	5.1	19	68	19	58	63	1	3	31	1.16
2561329--2561389	10	6.3	10	78	12	65	67	1	1	29	1.10
2561473--2561505	11	3.1	11	91	4	50	30	0	3	66	1.06
2566107--2566205	51	1.9	51	83	4	128	45	8	2	44	1.44
2566236--2566272	19	1.9	19	88	0	56	70	0	0	29	0.88
2573948--2573995	19	2.5	20	76	10	55	47	2	0	50	1.12
2575778--2575825	22	2.1	24	84	7	64	43	2	4	50	1.33
2577010--2577059	23	2.1	24	81	3	57	44	16	6	34	1.72
2580970--2581004	18	1.9	18	88	0	52	45	25	2	25	1.67
2581714--2581869	76	2.1	76	91	0	249	32	16	16	35	1.90
2584208--2584235	8	3.5	8	100	0	56	89	0	10	0	0.49
2592526--2592570	21	2.1	21	83	4	54	57	6	0	35	1.25
2606443--2606486	22	2.2	19	84	12	52	52	6	4	36	1.49
2610844--2610869	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2627867--2628069	112	1.8	113	83	1	273	22	11	30	36	1.89
2633585--2633625	17	2.3	18	84	12	50	70	12	0	17	1.16
2634835--2634901	3	22.7	3	73	14	59	31	2	4	61	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2634835--2634923	26	3.4	26	76	13	76	30	3	4	61	1.32
2634834--2634939	23	4.3	23	72	17	72	32	3	5	58	1.39
2636982--2637012	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
2639215--2639273	23	2.7	21	77	12	64	49	15	20	15	1.80
2644067--2644122	21	2.6	22	91	5	96	46	39	3	10	1.56
2647462--2647514	27	2.0	27	88	0	79	64	3	0	32	1.12
2663075--2663099	13	1.9	13	100	0	50	36	8	24	32	1.84
2671033--2671097	27	2.4	27	97	0	121	27	23	33	15	1.95
2671204--2671262	17	3.5	17	75	11	59	72	0	27	0	0.84
2671405--2671763	19	20.2	19	66	24	171	30	0	13	54	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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