genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22516724--22517165	110	4.1	105	78	9	274	25	21	15	37	1.93
22516912--22517253	148	2.3	148	81	6	381	24	22	15	37	1.93
22516912--22517258	110	3.1	111	80	8	368	24	22	15	37	1.93
22519105--22519134	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
22519536--22519574	21	1.9	20	84	5	51	43	25	15	15	1.86
22536964--22537187	120	1.9	120	94	1	396	15	20	25	38	1.92
22545489--22545536	23	2.1	23	96	0	87	18	22	18	39	1.92
22551772--22551959	51	3.7	50	85	3	243	29	27	17	25	1.97
22559407--22559555	50	2.9	51	76	7	169	30	25	15	28	1.96
22571696--22571873	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
22571696--22571873	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
22579703--22579880	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
22579703--22579880	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
22581615--22581682	21	3.4	20	86	9	95	35	0	7	57	1.27
22589736--22589775	14	2.9	14	85	3	55	22	25	0	52	1.47
22592653--22592699	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
22594985--22595065	42	1.9	43	87	2	119	24	18	27	29	1.98
22595889--22595945	30	1.9	30	88	0	87	42	8	22	26	1.83
22596684--22596867	67	2.8	64	80	8	212	28	16	31	23	1.96
22607290--22607404	44	2.6	43	74	14	101	20	18	27	33	1.96
22608498--22608587	29	3.1	28	88	4	126	27	11	28	32	1.91
22612150--22612517	27	13.7	27	78	2	357	39	19	9	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22612150--22612513	80	4.5	79	78	8	349	39	19	9	31	1.83
22612472--22612641	27	6.3	27	82	1	180	37	19	18	25	1.94
22612307--22612540	107	2.2	108	92	2	382	39	20	10	29	1.86
22612150--22612514	53	6.8	54	84	4	377	39	20	9	30	1.84
22612307--22612611	81	3.8	81	80	7	237	38	20	13	27	1.90
22612468--22612641	81	2.1	81	81	4	199	37	18	18	25	1.94
22612845--22612914	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
22612844--22612927	25	3.4	24	85	8	107	28	22	22	26	1.99
22612845--22612939	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
22615396--22615439	21	2.1	21	83	8	54	18	29	4	47	1.68
22616831--22617000	46	3.7	46	76	10	166	31	27	18	22	1.97
22616881--22617022	46	3.1	45	72	14	121	30	28	19	22	1.98
22620043--22620099	29	2.0	29	100	0	114	31	10	22	35	1.88
22620342--22620531	95	2.0	95	98	0	371	37	22	14	26	1.92
22622601--22622649	24	2.0	24	100	0	98	42	12	4	40	1.61
22637481--22637564	43	2.0	43	85	0	114	35	26	14	23	1.93
22640858--22640927	35	2.0	35	88	2	106	37	24	5	32	1.79
22640866--22640932	35	1.9	35	100	0	134	32	25	5	35	1.80
22652622--22652820	86	2.3	85	85	4	229	40	17	29	13	1.87
22653141--22653374	43	5.4	43	84	2	263	27	15	28	27	1.96
22663246--22663296	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
22664780--22665110	50	6.6	51	85	3	417	22	29	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22667332--22667509	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
22667332--22667509	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
22675335--22675512	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
22675335--22675512	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
22681633--22681664	11	2.8	11	95	4	55	9	9	0	81	0.88
22685950--22685980	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22686033--22686069	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
22686439--22686478	20	1.9	21	85	10	55	22	22	0	55	1.44
22690707--22690757	24	2.2	24	77	22	56	33	0	5	60	1.21
22690927--22690966	20	2.0	20	85	0	53	50	7	10	32	1.64
22696905--22696945	20	2.0	20	100	0	82	36	24	19	19	1.95
22697150--22697174	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
22699363--22699442	27	3.0	27	84	0	115	23	27	16	32	1.96
22709155--22709192	17	2.2	17	100	0	76	10	10	31	47	1.72
22710855--22710883	4	7.2	4	100	0	58	0	0	24	75	0.80
22710881--22710909	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
22744465--22744528	27	2.3	28	81	7	69	28	10	10	50	1.71
22745847--22745913	33	2.0	33	94	0	116	22	17	17	41	1.90
22747578--22747765	90	2.1	90	84	3	236	39	18	8	33	1.81
22747560--22747765	89	2.3	89	82	2	234	39	18	8	33	1.81
22747814--22747861	20	2.4	20	79	6	53	60	0	2	37	1.09
22748148--22748219	28	2.5	30	86	4	94	25	5	2	66	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22748215--22748250	13	2.9	12	88	8	54	38	0	0	61	0.96
22748223--22748254	13	2.5	13	100	0	64	40	0	0	59	0.97
22754177--22754224	15	3.2	15	93	0	87	52	20	0	27	1.47
22759409--22759491	21	4.0	21	77	12	62	57	28	0	13	1.36
22759410--22759485	19	3.7	20	81	12	73	56	30	0	13	1.37
22761982--22762027	21	2.2	22	85	14	62	58	4	2	34	1.30
22766659--22766713	19	2.9	19	67	20	51	45	9	1	43	1.46
22773546--22773577	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
22776693--22776893	81	2.5	82	92	2	325	24	19	23	32	1.98
22776693--22776913	41	5.4	41	91	1	329	24	19	23	31	1.98
22776694--22776913	122	1.8	122	88	0	341	25	19	24	31	1.98
22778413--22778445	16	2.0	17	88	5	50	45	3	12	39	1.57
22783480--22783971	51	9.7	51	77	4	465	29	14	26	29	1.95
22783480--22783923	102	4.4	102	94	0	780	29	14	27	29	1.95
22787577--22787613	19	1.9	19	88	0	56	72	5	5	16	1.21
22790999--22791047	22	2.2	22	92	0	80	40	2	10	46	1.49
22803966--22804153	45	4.2	45	82	4	193	21	18	26	34	1.96
22811759--22811790	16	2.0	16	100	0	64	31	6	12	50	1.65
22819899--22819938	19	2.1	19	85	0	53	17	2	57	22	1.52
22845058--22845219	38	4.3	39	81	10	167	25	28	19	25	1.99
22845092--22845219	37	3.4	37	75	19	122	26	29	18	25	1.98
22845056--22845219	76	2.2	76	81	10	194	26	28	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22845056--22845233	75	2.4	76	80	11	197	25	28	19	26	1.99
22845204--22845281	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
22848978--22849155	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
22848978--22849155	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
22856980--22857157	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
22856980--22857157	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
22861828--22861888	26	2.3	27	78	21	67	4	21	0	73	1.01
22866120--22866157	18	2.2	18	85	4	51	50	15	5	28	1.66
22869160--22869198	21	1.9	21	89	5	62	17	23	41	17	1.91
22874194--22874290	33	2.9	33	84	1	104	42	14	9	34	1.78
22874208--22874290	34	2.5	33	86	2	103	42	14	7	36	1.73
22874837--22874909	37	2.0	37	91	0	119	27	30	15	27	1.96
22879165--22879189	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
22891175--22891442	40	6.7	40	96	0	482	30	20	26	22	1.98
22891626--22891846	115	1.9	115	100	0	442	32	4	24	38	1.77
22900058--22900284	40	5.7	40	94	1	402	29	20	27	22	1.98
22900058--22900284	119	1.9	120	94	0	402	29	20	27	22	1.98
22907243--22907505	40	6.6	40	88	3	334	27	27	20	24	1.99
22930749--22930797	24	2.0	26	88	8	75	61	0	4	34	1.15
22930762--22930811	26	1.9	26	84	8	66	68	0	2	30	1.01
22931829--22931870	19	2.2	20	86	4	59	54	0	0	45	0.99
22932071--22932130	26	2.4	26	86	5	79	55	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22938472--22938528	30	1.9	30	96	0	105	26	3	7	63	1.36
22944958--22945230	137	2.0	138	85	2	370	19	20	27	32	1.97
22947689--22947720	15	2.1	15	94	0	55	31	40	9	18	1.83
22949325--22949383	31	1.9	31	100	0	118	52	18	5	23	1.65
22950643--22950667	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
22953711--22953736	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
22955964--22956141	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22955985--22956140	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22975026--22975071	24	1.9	24	86	8	67	73	2	17	6	1.14
22976924--22977688	47	16.3	47	93	3	1267	32	8	29	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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