genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19684113--19684297	51	3.7	49	79	3	199	23	17	28	30	1.97
19684307--19684520	84	2.5	84	94	1	367	21	16	25	36	1.94
19684305--19684518	42	5.1	41	76	10	236	21	17	24	35	1.95
19693603--19693974	46	8.6	45	83	12	469	34	14	22	29	1.93
19693687--19693842	36	4.1	36	78	15	177	37	12	19	30	1.90
19693641--19693974	82	4.0	81	86	7	456	34	14	21	29	1.93
19693603--19693974	128	2.9	126	78	16	440	34	14	22	29	1.93
19696802--19696934	62	2.2	58	84	5	158	52	4	2	40	1.34
19697249--19697275	9	3.0	9	100	0	54	33	0	0	66	0.92
19698040--19698118	39	2.0	40	90	2	124	39	16	20	24	1.92
19697965--19698118	40	3.8	39	75	7	139	36	18	22	23	1.95
19698154--19698269	41	2.8	41	90	2	180	19	20	31	27	1.97
19698487--19698561	21	3.5	22	75	8	75	28	0	30	41	1.56
19698503--19698543	14	2.9	15	82	10	59	29	0	31	39	1.57
19698556--19698618	22	2.9	22	85	4	74	19	0	42	38	1.51
19698649--19698691	11	3.8	12	78	9	54	30	0	0	69	0.88
19698648--19698701	23	2.3	24	84	6	76	37	0	0	62	0.95
19698899--19698939	21	2.0	21	95	0	73	26	0	43	29	1.55
19698896--19698949	21	2.5	20	82	11	72	24	0	42	33	1.55
19703493--19703738	43	5.7	43	89	0	305	26	17	29	26	1.98
19703493--19703738	85	2.9	86	85	2	325	26	17	29	26	1.98
19703810--19703852	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19709596--19709650	22	2.4	24	84	6	69	32	20	10	36	1.87
19710876--19710925	20	2.7	19	80	20	61	52	2	2	44	1.24
19710882--19710929	25	1.9	25	83	8	62	52	2	2	43	1.24
19714950--19714999	25	2.0	26	92	4	84	52	26	0	22	1.48
19727701--19727767	29	2.3	30	81	2	82	41	19	10	28	1.84
19727717--19727774	29	2.0	29	83	6	73	43	17	6	32	1.75
19727773--19727827	15	3.7	15	78	4	67	41	1	7	49	1.41
19727776--19727839	29	2.2	29	100	0	128	45	3	7	43	1.48
19727793--19727839	14	3.3	14	76	5	58	46	4	6	42	1.48
19727896--19727970	20	4.0	18	72	13	53	65	2	6	25	1.30
19728205--19728296	34	2.7	33	80	5	103	36	3	1	58	1.21
19728284--19728338	26	2.1	27	83	6	69	30	1	3	63	1.22
19728748--19728788	13	3.3	13	73	13	50	48	2	0	48	1.14
19735061--19735157	42	2.3	42	85	0	122	22	27	11	38	1.89
19741117--19741184	30	2.2	31	84	2	84	47	8	19	25	1.78
19764077--19764771	47	14.6	47	92	2	1004	28	29	8	33	1.87
19766229--19766348	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
19773805--19773858	22	2.5	21	79	8	63	24	1	14	59	1.46
19776008--19776045	19	2.0	19	90	10	60	21	39	0	39	1.53
19784530--19784642	56	2.0	56	88	6	167	17	18	9	53	1.70
19788085--19788307	39	5.7	40	83	8	248	25	21	27	25	1.99
19788085--19788307	79	2.8	81	82	9	273	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19788137--19788340	79	2.6	79	83	8	204	26	21	27	25	1.99
19811492--19811527	17	2.1	17	89	0	54	19	11	8	61	1.54
19817782--19818084	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
19825775--19826077	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
19828531--19828610	40	2.0	40	97	0	151	38	17	16	27	1.91
19829317--19829536	110	2.0	110	96	1	406	34	12	16	36	1.86
19834426--19834478	22	2.4	22	93	0	88	24	32	15	28	1.95
19834355--19834456	47	2.2	47	82	3	125	26	33	9	30	1.89
19834448--19834925	47	9.8	47	90	8	724	29	28	9	33	1.88
19834448--19834938	96	5.0	96	90	7	740	29	27	8	33	1.87
19834353--19834574	118	1.9	116	89	1	345	27	31	9	31	1.89
19834795--19834906	60	1.9	59	92	3	190	28	27	9	33	1.89
19838347--19838667	40	8.1	40	88	1	439	24	26	22	26	2.00
19840894--19841190	47	6.3	47	91	1	468	28	29	8	32	1.87
19840894--19841190	96	3.1	96	91	2	476	28	29	8	32	1.87
19841162--19841217	27	2.0	28	96	3	105	30	26	14	28	1.95
19841115--19841263	73	2.0	75	96	2	275	30	27	10	31	1.90
19841019--19841506	169	2.7	171	88	9	669	30	27	9	33	1.88
19841190--19841517	49	6.9	49	93	3	532	30	27	8	33	1.87
19841066--19841455	143	3.0	123	82	15	491	30	27	9	32	1.88
19840972--19841406	216	2.0	217	95	2	777	30	28	9	32	1.88
19841190--19841517	96	3.4	96	91	4	529	30	27	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19848958--19849025	30	2.2	31	84	2	84	47	8	19	25	1.78
19867690--19867867	27	6.6	27	82	5	180	29	28	15	26	1.96
19867711--19867866	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19868419--19868443	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
19875600--19875777	27	6.6	27	82	5	180	29	28	15	26	1.96
19875621--19875776	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19876325--19876349	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
19886742--19886795	23	2.4	21	82	11	63	24	1	12	61	1.42
19888435--19888462	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
19888930--19888967	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
19900378--19900540	38	4.2	39	82	9	185	26	19	28	25	1.99
19931131--19931459	44	7.6	44	70	10	212	32	19	18	29	1.96
19931131--19931540	129	3.2	129	95	0	721	32	19	18	29	1.96
19935331--19935380	20	2.4	21	78	21	61	50	4	12	34	1.58
19950372--19950407	17	2.1	17	94	0	63	22	11	5	61	1.50
19958058--19958359	40	7.7	39	84	9	348	24	23	28	24	2.00
19958111--19958359	79	3.2	79	91	4	380	24	23	28	24	2.00
19958058--19958321	119	2.2	120	86	7	362	24	22	28	24	1.99
19966266--19966507	40	6.1	40	84	7	266	24	22	28	23	1.99
19966267--19966488	79	2.8	80	82	9	251	24	22	28	23	1.99
19974570--19974755	96	1.9	96	79	8	209	29	29	20	20	1.98
19996198--19996227	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19999659--19999698	17	2.3	18	87	12	57	60	0	5	35	1.19
20007328--20007357	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
20013758--20013800	14	3.1	14	87	12	54	9	4	9	76	1.14
20013762--20013810	17	2.8	17	87	3	62	12	2	8	77	1.07
20013763--20013804	14	3.1	14	90	10	61	11	2	7	78	1.04
20017897--20017937	4	9.8	4	84	10	55	51	2	0	46	1.14
20017897--20017937	9	4.9	8	90	3	55	51	2	0	46	1.14
20019288--20019331	22	2.0	22	100	0	88	31	27	9	31	1.88
20020674--20020714	16	2.5	17	81	18	52	60	0	7	31	1.24
20035126--20035165	21	1.9	21	84	0	53	15	12	2	70	1.28
20038151--20038322	40	4.3	40	87	2	213	25	27	21	25	1.99
20038151--20038375	80	2.8	78	78	8	220	25	27	21	25	1.99
20038307--20038384	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
20052014--20052223	40	5.3	40	87	4	246	24	20	28	25	1.99
20052014--20052258	80	3.1	80	81	4	239	25	20	28	24	1.99
20051961--20052223	120	2.2	120	80	4	291	25	20	28	25	1.99
20059513--20059847	39	8.5	39	81	8	288	25	20	28	25	1.99
20059513--20059812	79	3.8	78	81	6	295	25	20	28	26	1.99
20064788--20064945	79	2.0	79	93	0	271	40	12	20	25	1.88
20065848--20065976	42	3.1	41	88	4	188	37	2	0	60	1.10
20065874--20065943	11	5.2	14	72	23	53	37	4	0	58	1.18
20065885--20065949	30	2.1	30	86	13	89	35	3	0	61	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20065864--20065976	40	2.8	41	94	2	192	38	2	0	59	1.12
20065865--20065992	42	3.1	41	89	4	186	36	2	0	60	1.09
20065965--20066005	22	1.9	22	95	5	75	43	0	0	56	0.99
20067195--20067381	87	2.2	86	88	2	268	27	34	15	22	1.94
20067195--20067381	43	4.3	43	89	2	259	27	34	15	22	1.94
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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