genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56209860--56209911	22	2.4	22	86	0	68	50	0	1	48	1.12
56209831--56209945	35	3.1	39	80	12	109	51	1	0	46	1.17
56217339--56217377	13	3.1	13	85	14	55	43	2	0	53	1.14
56220836--56220913	19	4.0	19	77	11	77	37	8	1	52	1.41
56221003--56221043	15	2.6	16	84	7	57	43	0	0	56	0.99
56221196--56221222	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
56221358--56221382	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
56225423--56225499	35	2.2	35	95	0	136	32	24	16	25	1.96
56226323--56226378	24	2.4	24	82	8	71	3	26	7	62	1.38
56226457--56226497	21	2.0	21	90	0	64	48	4	36	9	1.58
56226454--56226521	24	2.8	24	81	0	82	45	8	36	8	1.67
56226460--56226521	27	2.3	27	88	0	88	46	6	37	9	1.62
56226609--56226682	27	2.7	27	75	8	78	1	28	1	68	1.05
56226664--56226772	48	2.3	48	85	0	146	6	38	1	53	1.37
56236670--56236977	108	2.8	112	89	3	459	32	20	17	29	1.96
56238722--56238801	41	2.0	41	97	0	151	16	7	35	41	1.76
56243180--56243240	22	2.7	22	76	2	68	68	8	11	11	1.38
56244163--56244221	10	6.1	10	80	4	68	69	1	1	27	1.07
56244163--56244221	28	2.1	28	84	6	75	69	1	1	27	1.07
56252729--56252785	19	2.9	19	75	10	62	64	1	1	31	1.13
56252726--56252785	17	3.2	18	74	21	61	65	1	1	31	1.13
56252737--56252785	10	5.0	10	77	2	55	63	2	2	32	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56252726--56252785	20	3.2	19	77	9	70	65	1	1	31	1.13
56256317--56256342	13	2.0	13	100	0	52	23	15	38	23	1.92
56257060--56257209	41	3.7	41	90	0	219	24	28	20	26	1.99
56264328--56264392	15	4.1	15	76	7	67	64	7	3	24	1.34
56269093--56269242	41	3.7	41	92	0	228	23	29	20	26	1.99
56269856--56269903	20	2.3	21	82	10	55	39	12	8	39	1.73
56279735--56279784	24	2.2	22	82	13	57	18	4	6	72	1.22
56279747--56279790	20	2.3	19	84	4	52	18	4	2	75	1.09
56296526--56296891	50	7.3	50	78	9	415	32	21	20	25	1.97
56296512--56297210	100	7.0	100	88	3	806	32	22	20	25	1.98
56296526--56297015	50	9.8	50	74	8	381	31	22	20	25	1.98
56296903--56297051	49	3.0	49	67	19	137	30	24	22	23	1.99
56298888--56298916	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
56304584--56304658	27	2.8	26	77	2	78	42	8	17	32	1.78
56307611--56307730	53	2.3	53	77	9	122	21	10	2	65	1.34
56307798--56307827	14	2.1	15	93	6	53	26	6	0	66	1.16
56307751--56307818	28	2.5	27	80	15	70	25	10	1	63	1.35
56323870--56324397	50	10.6	50	78	8	522	32	21	20	25	1.97
56323858--56324397	100	5.4	101	91	1	883	32	20	20	25	1.97
56330807--56330840	14	2.4	14	85	5	50	38	0	23	38	1.55
56333379--56333502	42	2.9	42	81	4	151	25	21	19	33	1.97
56333568--56333601	14	2.4	14	95	0	59	58	20	8	11	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56333824--56333894	21	3.4	21	90	0	106	2	46	18	32	1.63
56339348--56339782	51	8.6	50	90	6	623	33	0	20	46	1.53
56339348--56339782	76	5.8	76	89	6	645	33	0	20	46	1.53
56339348--56339782	127	3.5	127	92	4	681	33	0	20	46	1.53
56339776--56339806	9	3.4	9	95	0	53	22	6	22	48	1.73
56340236--56340277	13	3.2	13	86	0	57	47	2	9	40	1.49
56340282--56340439	17	8.6	17	75	20	140	40	1	12	46	1.49
56340227--56340448	57	4.0	57	92	2	353	43	1	10	44	1.50
56342581--56343017	84	5.1	84	93	3	730	28	19	20	31	1.97
56342581--56343017	172	2.6	172	95	1	774	28	19	20	31	1.97
56345538--56345791	114	2.3	110	89	3	384	26	27	17	28	1.98
56345738--56345871	40	3.3	40	89	3	189	20	29	16	32	1.95
56367232--56367273	22	1.9	22	85	9	59	21	33	2	42	1.66
56367295--56367344	19	2.7	19	75	3	57	40	0	0	60	0.97
56369115--56369154	18	2.2	18	86	0	53	15	30	10	45	1.78
56372719--56372996	125	2.2	126	90	0	441	26	24	19	30	1.98
56374880--56374949	26	2.8	25	77	12	63	30	1	1	67	1.08
56392159--56392187	14	2.0	15	93	6	51	27	0	3	68	1.05
56393903--56393977	31	2.4	30	80	12	80	52	8	0	40	1.31
56405919--56405994	18	4.3	18	69	14	59	60	5	0	34	1.19
56405970--56406029	10	5.9	10	72	16	52	65	3	3	28	1.25
56407183--56407254	30	2.4	30	97	0	135	25	23	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56407572--56407622	9	5.7	9	88	4	68	27	11	19	41	1.86
56407571--56407630	18	3.3	18	83	4	77	28	10	21	40	1.85
56407599--56407630	9	3.6	9	95	0	55	31	9	21	37	1.85
56407545--56407630	27	3.1	27	73	17	79	29	10	19	40	1.85
56407820--56407852	7	4.7	7	100	0	66	15	0	69	15	1.19
56408046--56408090	21	2.1	21	84	8	56	42	0	35	22	1.54
56408206--56408236	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
56408499--56408573	22	3.4	22	100	0	150	44	20	4	32	1.70
56408708--56408792	13	6.6	13	77	6	84	28	4	4	62	1.36
56408706--56408780	37	2.0	37	100	0	150	29	2	5	62	1.31
56412212--56412306	49	1.9	49	93	0	163	38	8	13	38	1.75
56412212--56412319	49	2.2	49	88	3	146	39	8	13	37	1.75
56412492--56412533	22	2.0	22	85	4	59	64	2	0	33	1.07
56418326--56418449	3	42.3	3	71	20	77	62	4	3	29	1.31
56418324--56418367	20	2.1	21	87	4	63	72	2	2	22	1.07
56419276--56419304	8	3.8	8	90	9	51	0	10	0	89	0.48
56420769--56420848	39	2.1	39	100	0	160	17	23	22	36	1.95
56422264--56422394	50	2.6	50	81	1	156	27	22	27	22	1.99
56430320--56430503	32	5.8	32	86	0	233	41	17	20	20	1.91
56430312--56430509	64	3.1	64	87	0	279	39	19	19	20	1.92
56430319--56430503	96	1.9	96	89	0	289	41	17	20	21	1.91
56436698--56436738	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56447506--56447531	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
56448859--56448892	18	1.9	18	94	5	61	52	0	0	47	1.00
56454961--56454990	14	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
56456133--56456235	41	2.5	41	85	0	125	26	26	19	28	1.99
56456173--56456250	41	1.9	41	86	0	111	28	25	20	25	1.99
56457973--56458266	39	7.5	39	83	2	313	17	16	28	37	1.91
56469769--56469804	13	2.8	13	95	4	65	19	0	0	80	0.71
56474477--56474727	44	5.5	44	70	18	179	33	19	17	28	1.95
56474482--56474790	94	3.3	94	85	1	397	34	19	17	28	1.95
56474538--56475036	261	1.9	261	81	1	597	34	16	17	31	1.93
56475267--56475413	50	3.1	48	66	15	115	30	17	20	31	1.96
56474808--56475530	375	1.9	375	82	3	893	33	17	18	30	1.94
56474799--56475549	94	8.0	94	78	4	660	33	17	18	30	1.94
56477547--56477644	42	2.3	42	92	0	160	36	10	26	26	1.88
56481040--56481085	13	3.8	13	83	13	62	39	47	0	13	1.42
56481181--56481247	9	7.4	9	82	0	80	26	8	22	41	1.83
56481181--56481247	18	3.7	18	87	0	89	26	8	22	41	1.83
56482734--56482783	20	2.5	20	83	9	57	56	6	2	36	1.36
56482889--56482929	20	2.1	19	86	13	57	21	0	4	73	1.02
56484787--56484842	20	2.8	21	89	5	80	66	0	5	28	1.14
56484797--56484861	23	3.0	22	82	14	73	63	1	4	30	1.24
56484775--56484841	10	6.8	9	77	13	53	65	1	4	28	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56484785--56484842	10	5.8	10	78	8	64	65	0	5	29	1.14
56484918--56484972	20	2.8	20	81	10	69	67	1	7	23	1.26
56485144--56485188	21	2.2	20	84	4	54	26	6	4	62	1.39
56485155--56485256	30	3.4	30	75	12	77	33	3	0	61	1.21
56486384--56486522	73	1.9	73	89	2	217	32	11	19	36	1.88
56489597--56489643	8	5.9	8	75	9	51	55	0	0	44	0.99
56489594--56489654	31	1.9	32	93	3	106	52	0	0	47	1.00
56489649--56489685	19	1.9	19	88	0	56	59	2	8	29	1.40
56489599--56489681	9	9.7	9	72	17	52	57	1	2	38	1.19
56490124--56490155	16	2.0	16	100	0	64	56	6	6	31	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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