genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  76  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22175584--22175695	53	2.1	54	88	5	165	20	16	20	41	1.90
22175584--22175719	27	5.1	27	83	2	150	19	16	22	41	1.89
22175584--22175718	53	2.5	53	83	5	157	19	16	22	41	1.90
22181367--22181457	44	2.1	44	97	0	173	19	13	8	58	1.61
22183974--22184198	40	5.7	40	86	5	287	25	22	26	25	2.00
22183974--22184201	119	1.9	119	82	6	282	25	22	26	25	2.00
22186004--22186312	40	7.7	40	98	0	546	22	28	20	29	1.98
22194681--22194989	40	7.7	40	98	0	546	22	28	20	29	1.98
22204839--22204876	17	2.4	17	91	8	62	55	0	13	31	1.38
22210667--22210732	20	3.2	20	67	12	62	16	25	37	19	1.93
22214998--22215170	29	6.0	28	88	3	220	38	13	28	19	1.90
22214990--22215155	58	2.8	58	88	2	244	38	12	28	20	1.89
22214992--22215169	88	2.0	87	86	1	248	37	14	28	20	1.91
22225489--22225528	16	2.4	16	83	4	53	60	15	0	25	1.35
22229019--22229155	51	2.7	51	79	0	175	39	6	13	40	1.71
22231820--22231956	51	2.7	51	79	0	175	39	6	13	40	1.71
22237578--22237628	26	2.0	24	85	7	66	60	13	1	23	1.43
22237589--22237628	16	2.4	16	79	4	53	60	15	2	22	1.47
22240969--22241015	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
22242884--22242954	29	2.4	29	90	0	106	42	11	21	25	1.86
22242884--22242975	29	3.2	28	84	6	103	39	11	20	28	1.88
22245208--22245239	13	2.4	14	85	15	50	62	12	0	25	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22245218--22245332	39	3.0	38	87	3	149	46	13	10	28	1.77
22245327--22245352	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
22245443--22245515	36	2.0	36	81	0	83	24	27	19	28	1.98
22257605--22257841	50	4.7	50	80	5	219	23	29	20	27	1.99
22266620--22266699	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
22266818--22267222	47	8.6	47	90	1	562	25	30	10	33	1.89
22271409--22271569	78	2.1	78	95	2	288	39	14	11	34	1.82
22272400--22272613	29	7.3	29	76	7	128	22	26	12	38	1.89
22272400--22272613	58	3.7	58	80	10	229	22	26	12	38	1.89
22275479--22275560	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
22278099--22278142	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
22278189--22278275	45	1.9	45	90	0	138	33	25	16	25	1.96
22278282--22278422	51	2.8	51	80	4	167	33	26	15	24	1.95
22294350--22294410	32	1.9	32	100	0	122	45	26	11	16	1.81
22295813--22295869	29	2.0	29	89	0	87	14	17	38	29	1.89
22316336--22316386	6	8.5	6	86	0	57	13	23	3	58	1.52
22320513--22320632	59	2.0	60	95	1	215	40	23	18	17	1.91
22323407--22323489	41	2.0	41	95	0	148	33	7	19	39	1.79
22326566--22326699	43	3.0	44	82	6	162	32	8	12	47	1.71
22327031--22327056	9	2.9	9	100	0	52	23	0	0	76	0.78
22346820--22346898	26	3.0	26	100	0	158	54	11	3	30	1.54
22353238--22353638	47	8.4	47	89	3	541	32	9	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22353757--22353835	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
22359335--22359380	18	2.6	18	77	19	51	10	6	10	71	1.30
22365709--22365759	26	2.0	26	84	0	66	17	21	33	27	1.96
22365737--22365971	42	5.6	41	73	13	160	22	17	23	35	1.95
22365735--22365971	84	2.8	84	86	1	314	23	17	23	35	1.95
22368891--22368969	27	2.9	28	78	3	97	27	24	8	39	1.85
22376875--22376998	47	2.6	47	87	3	187	33	26	14	25	1.94
22378258--22378326	22	3.1	22	81	8	77	42	13	23	21	1.88
22378320--22378381	19	3.0	19	68	20	52	37	16	25	20	1.93
22378306--22378455	25	6.3	25	80	9	170	38	16	25	19	1.92
22383296--22383349	6	8.8	6	89	2	63	59	0	24	16	1.37
22387553--22387587	18	1.9	18	100	0	70	8	22	0	68	1.16
22387532--22387635	30	3.6	29	71	18	74	7	21	0	70	1.18
22387555--22387623	15	4.4	15	92	5	93	2	21	0	75	0.93
22387576--22387659	9	9.4	9	72	24	56	3	22	2	71	1.13
22387562--22387619	21	2.8	21	82	10	73	3	20	0	75	0.94
22387573--22387626	15	3.6	15	97	0	99	0	22	0	77	0.76
22388112--22388145	17	2.0	18	88	11	54	73	0	8	17	1.08
22392958--22393023	26	2.5	26	82	0	78	21	22	24	31	1.98
22395436--22395476	22	1.9	21	95	5	73	31	34	14	19	1.92
22396986--22397059	10	7.2	11	73	19	54	62	0	2	35	1.10
22397005--22397098	22	5.6	16	67	21	50	60	0	2	37	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22396968--22397088	39	3.0	40	85	10	149	59	0	2	37	1.17
22399846--22399936	9	9.9	9	72	23	57	57	2	1	39	1.18
22399883--22400073	19	9.9	19	69	16	92	58	3	3	34	1.31
22399854--22400071	10	22.9	10	68	15	83	58	2	2	35	1.27
22400010--22400071	28	2.2	28	86	11	83	59	1	1	37	1.17
22400331--22400373	7	5.6	7	84	13	50	76	2	2	18	1.00
22400550--22400731	10	18.7	10	69	18	68	37	2	2	57	1.26
22406232--22406294	33	1.9	33	93	0	108	36	26	17	19	1.94
22411092--22411277	37	5.1	37	84	5	227	40	27	13	18	1.88
22411092--22411277	74	2.5	73	83	4	257	40	27	13	18	1.88
22411755--22411916	37	4.4	38	85	3	215	41	26	12	19	1.87
22410719--22411937	639	1.9	636	90	2	1942	40	20	13	26	1.89
22425468--22425630	30	5.5	30	76	10	147	37	12	24	25	1.91
22425471--22425657	60	3.2	59	79	8	218	37	13	24	24	1.92
22425609--22425684	29	2.6	30	87	2	109	46	11	21	21	1.83
22425494--22425687	30	6.5	29	78	7	133	38	12	24	24	1.90
22425478--22425736	119	2.2	120	81	5	294	37	13	23	25	1.91
22425667--22425747	30	2.7	30	81	7	110	41	9	20	27	1.84
22430398--22430486	44	2.0	44	100	0	178	34	15	11	38	1.83
22437206--22437485	101	2.8	102	90	1	429	29	26	15	28	1.96
22437206--22437485	51	5.5	51	78	7	268	29	26	15	28	1.96
22437205--22437484	152	1.8	150	82	5	357	29	26	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22439026--22439109	27	3.1	26	79	8	71	29	28	7	34	1.84
22445312--22445757	31	14.5	31	79	8	410	45	17	5	32	1.71
22445281--22445758	92	5.2	92	89	0	677	44	17	5	32	1.72
22446505--22446542	17	2.2	17	100	0	76	28	10	0	60	1.30
22447883--22447929	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
22453796--22453821	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
22454145--22454187	12	3.5	11	84	15	50	69	4	0	25	1.07
22454141--22454187	13	3.8	12	81	16	51	65	4	0	29	1.11
22454582--22454611	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
22454757--22454786	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
22454936--22454999	21	3.0	21	81	9	76	37	1	3	57	1.24
22456846--22456896	23	2.2	23	82	6	59	66	5	0	27	1.14
22464156--22464219	19	3.4	19	80	0	74	42	32	3	21	1.69
22465926--22466006	43	2.0	40	85	7	108	25	24	2	46	1.65
22467229--22467268	20	2.0	20	95	0	71	32	10	12	45	1.75
22469476--22469707	33	6.6	33	71	23	152	20	19	26	33	1.97
22469466--22469674	70	2.8	73	86	9	291	22	18	26	32	1.97
22469552--22469779	109	2.2	103	87	6	314	21	19	26	32	1.97
22487122--22487208	25	3.5	25	77	0	102	21	19	26	32	1.97
22489854--22490293	39	11.3	39	78	4	386	17	32	17	32	1.93
22489884--22489946	20	3.2	20	78	13	76	17	31	17	33	1.93
22489960--22490097	20	7.1	20	66	14	81	16	32	18	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22489993--22490058	19	3.4	19	72	12	62	13	30	21	34	1.92
22489882--22490293	117	3.5	115	80	5	425	16	32	17	33	1.93
22499245--22499308	27	2.3	28	94	5	121	26	15	21	35	1.94
22504835--22505059	80	2.8	79	81	3	227	24	22	28	25	1.99
22504888--22505057	40	4.3	40	90	0	225	24	21	27	26	1.99
22504910--22505092	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
22508087--22508131	20	2.2	20	100	0	90	40	8	20	31	1.83
22516315--22516456	75	1.9	75	91	0	230	28	11	19	39	1.88
22516634--22517258	35	17.4	37	74	10	394	24	21	15	37	1.93
22516634--22517236	73	8.4	72	73	11	350	25	21	15	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221