genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1199476--1199879	71	5.3	75	77	15	321	36	18	16	28	1.93
1199593--1199950	155	2.3	156	83	8	442	34	18	16	30	1.93
1199597--1200350	415	1.8	415	82	7	983	35	19	15	29	1.93
1200016--1200290	77	3.7	72	83	6	338	34	20	13	31	1.92
1200140--1200587	157	2.8	159	85	8	533	34	23	15	26	1.95
1200281--1200579	72	4.0	73	70	18	252	36	24	16	23	1.94
1200315--1200628	157	2.0	157	100	0	628	34	24	16	24	1.95
1200733--1201072	76	4.5	76	86	5	424	31	20	15	32	1.94
1200733--1201090	148	2.4	149	83	5	456	34	19	15	31	1.93
1201090--1201265	71	2.5	70	85	5	214	34	22	13	28	1.93
1209557--1209604	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
1209553--1209604	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
1209552--1209608	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
1209715--1209768	23	2.5	22	75	13	60	57	5	5	31	1.45
1209731--1209816	25	3.7	24	79	10	81	55	5	6	31	1.50
1209836--1209966	25	5.6	25	74	10	98	58	2	3	35	1.29
1209833--1209883	14	3.9	13	73	17	52	64	0	3	31	1.11
1209844--1209966	22	5.3	21	69	21	61	58	2	4	34	1.30
1210490--1210620	30	4.4	30	92	0	217	19	3	48	28	1.67
1217576--1217627	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1237454--1237786	74	4.5	74	85	2	418	30	19	17	32	1.95
1238083--1238759	73	8.9	73	75	12	328	32	20	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1238277--1238777	73	6.7	73	84	7	533	33	18	17	30	1.94
1238081--1238704	231	2.7	232	83	4	764	33	19	18	28	1.96
1238777--1238949	68	2.5	69	79	6	181	33	21	13	31	1.92
1247204--1247277	16	4.5	15	79	15	76	64	1	2	31	1.15
1247200--1247270	8	8.5	8	76	13	63	63	1	2	32	1.18
1247199--1247255	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
1247395--1247442	24	2.0	24	91	4	78	52	4	8	35	1.51
1247395--1247458	22	2.7	25	83	11	82	53	4	7	34	1.51
1247479--1247610	25	5.6	25	73	12	91	58	2	4	34	1.31
1247474--1247605	50	2.8	46	74	15	117	59	2	4	34	1.30
1248087--1248260	30	5.8	30	88	2	228	20	4	48	27	1.67
1248133--1248260	59	2.2	60	94	1	222	19	3	49	27	1.66
1255111--1255162	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1257081--1257132	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
1263814--1263855	18	2.3	18	91	0	66	54	2	0	42	1.13
1271042--1271084	22	2.0	21	86	8	61	34	0	2	62	1.08
1288063--1288767	142	5.0	141	88	2	1040	43	16	14	25	1.86
1288064--1288767	281	2.5	279	89	4	1099	43	16	14	25	1.86
1288822--1288848	10	2.7	10	100	0	54	37	33	18	11	1.86
1289750--1289799	22	2.2	21	83	16	57	62	2	2	34	1.18
1289755--1289816	28	2.2	28	80	13	74	64	3	1	30	1.19
1290187--1290241	24	2.2	25	83	3	67	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1304319--1304370	22	2.4	21	75	15	52	26	13	7	51	1.67
1320509--1320548	16	2.6	16	92	7	66	60	0	0	40	0.97
1320509--1320548	7	5.4	7	88	11	62	60	0	0	40	0.97
1320509--1320549	8	5.4	8	91	2	59	60	0	0	39	0.96
1321944--1322005	25	2.5	25	79	7	65	70	0	1	27	0.96
1322883--1322934	27	1.9	27	96	0	95	34	7	23	34	1.83
1323093--1323165	36	2.0	36	94	0	128	39	9	12	38	1.76
1329210--1329261	14	3.7	14	78	0	59	61	9	21	7	1.51
1332904--1332933	14	2.1	14	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1334180--1334221	17	2.3	19	88	12	61	38	2	2	57	1.25
1334268--1334315	24	2.0	24	87	0	69	68	0	2	29	1.01
1334772--1334810	16	2.4	17	91	4	62	43	0	2	53	1.14
1338004--1338089	35	2.5	35	81	9	106	45	0	4	50	1.22
1338031--1338091	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
1364489--1364513	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
1367983--1368054	30	2.4	29	84	4	99	52	4	18	25	1.62
1367987--1368033	15	3.1	16	72	9	53	55	4	19	21	1.60
1368596--1368660	31	2.1	31	82	5	78	32	15	15	36	1.89
1370112--1370223	51	2.2	51	80	0	134	42	5	16	35	1.70
1371090--1371139	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1375728--1375777	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
1384482--1384515	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1388751--1388806	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
1388975--1389077	29	3.7	26	84	12	109	41	12	0	44	1.49
1388975--1389157	30	6.2	30	86	8	243	37	10	1	50	1.44
1389338--1389375	6	6.2	6	93	6	67	15	47	0	36	1.46
1389338--1389375	19	2.0	19	100	0	76	15	47	0	36	1.46
1393514--1393597	31	2.7	31	81	1	98	28	13	14	44	1.82
1399547--1399604	26	2.3	26	81	3	73	36	13	1	48	1.53
1416293--1416352	25	2.4	24	75	8	57	63	0	0	36	0.95
1416316--1416365	26	1.9	26	84	8	66	64	0	4	32	1.12
1422572--1422631	25	2.5	24	83	8	68	21	5	8	65	1.40
1425906--1425995	43	2.1	44	95	2	164	30	13	27	28	1.94
1426722--1426758	19	1.9	19	88	0	56	48	2	0	48	1.15
1429674--1429716	22	2.0	22	90	0	68	11	11	18	58	1.63
1439492--1439530	18	2.2	18	86	9	53	23	0	17	58	1.38
1456051--1456120	29	2.3	29	82	4	86	34	4	14	47	1.64
1456072--1456130	29	2.0	30	90	3	93	32	3	11	52	1.54
1456568--1456651	44	1.9	44	90	2	134	47	7	3	41	1.48
1460260--1460304	21	2.0	22	84	16	58	35	4	2	57	1.31
1463259--1463419	88	1.8	88	100	0	322	45	18	12	23	1.83
1467989--1468040	11	4.6	11	78	4	59	30	1	34	32	1.69
1468219--1468272	18	3.1	18	70	17	51	57	0	0	42	0.98
1468576--1468620	19	2.4	18	85	10	56	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1469567--1469626	31	1.9	31	83	6	77	30	13	11	45	1.79
1471164--1471552	31	12.8	30	86	3	466	30	9	17	43	1.80
1471164--1471552	61	6.4	61	89	1	546	30	9	17	43	1.80
1471164--1471552	92	4.2	92	90	1	559	30	9	17	43	1.80
1472896--1472932	19	1.9	19	89	10	58	51	0	0	48	1.00
1472943--1472984	20	2.2	19	86	4	57	42	0	9	47	1.36
1479186--1479210	7	3.6	7	100	0	50	44	16	12	28	1.83
1485008--1485066	17	3.3	18	76	23	52	33	0	1	64	1.04
1485008--1485066	9	6.6	9	73	21	52	33	0	1	64	1.04
1485496--1485524	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1486208--1486272	31	2.1	31	100	0	130	41	9	9	40	1.69
1488269--1488335	31	2.2	31	83	5	82	31	17	25	25	1.97
1506365--1506408	19	2.3	19	84	4	52	29	13	13	43	1.83
1513074--1513160	29	2.9	31	70	13	81	20	10	17	51	1.74
1513258--1513406	58	2.6	57	80	7	153	44	16	16	22	1.85
1521194--1521242	25	2.0	25	84	8	64	51	2	24	22	1.59
1521194--1521243	26	2.0	25	84	4	64	52	2	24	22	1.58
1526696--1526725	13	2.4	13	94	5	53	60	0	0	40	0.97
1529615--1529642	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
1533226--1533259	6	5.7	6	100	0	68	14	0	0	85	0.60
1533626--1533699	31	2.4	31	84	6	89	43	8	18	29	1.79
1536918--1536961	22	2.0	22	95	0	79	68	2	9	20	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1536923--1536960	11	3.5	11	79	13	51	71	2	7	18	1.23
1536919--1536961	7	6.0	7	81	5	50	69	2	9	18	1.26
1539508--1539568	25	2.4	26	78	15	65	49	3	0	47	1.18
1548002--1548042	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1553786--1553812	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
1555176--1555216	21	1.9	22	85	5	57	36	0	4	58	1.20
1556005--1556065	30	2.0	30	90	6	97	45	3	11	39	1.57
1562932--1562980	14	3.4	14	86	8	55	32	8	0	59	1.27
1562944--1562986	15	2.9	15	89	3	61	32	13	0	53	1.41
1564899--1564960	30	2.1	29	87	3	88	61	4	3	30	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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