genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28942683--28942785	24	4.2	24	73	17	86	58	4	5	31	1.43
28949356--28949997	47	13.6	47	91	3	1015	29	29	8	33	1.86
28951219--28951397	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
28952837--28952933	30	3.2	30	71	11	108	30	24	3	41	1.70
28952818--28952939	60	2.0	60	100	0	244	29	24	4	40	1.76
28952983--28953070	45	2.0	45	90	0	140	35	22	15	26	1.94
28953475--28953596	61	2.0	61	100	0	244	31	24	9	34	1.88
28956006--28956049	17	2.6	16	82	7	52	47	2	6	43	1.42
28964697--28964774	40	2.0	40	86	0	111	30	10	15	43	1.80
28970605--28970682	40	2.0	40	89	0	120	29	12	16	41	1.86
28977556--28977597	18	2.3	18	87	0	57	45	4	7	42	1.52
28986997--28987023	11	2.5	11	100	0	54	48	25	0	25	1.52
28987709--28987828	40	3.0	40	91	0	195	32	17	31	18	1.94
28987717--28987818	20	5.2	19	68	17	64	35	17	31	15	1.92
28990745--28991295	136	4.1	136	93	0	935	35	3	15	45	1.63
29007938--29008125	64	2.9	64	88	1	288	28	5	26	39	1.79
29010396--29010653	125	2.1	126	95	0	464	37	7	21	32	1.82
29013542--29013571	11	2.7	11	100	0	60	6	20	43	30	1.77
29015839--29015894	26	2.2	24	75	12	58	48	0	5	46	1.25
29019112--29019151	11	3.6	11	100	0	80	45	20	17	17	1.86
29023788--29023847	26	2.3	26	78	13	63	35	5	3	56	1.37
29035333--29035460	61	2.2	57	86	8	175	39	4	3	52	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29040908--29041402	49	10.6	47	83	9	570	32	9	29	28	1.89
29041161--29041229	34	2.0	34	97	0	129	26	10	30	33	1.89
29041112--29041278	81	2.0	82	91	2	273	30	10	29	29	1.90
29041063--29041325	130	2.0	130	93	0	445	31	10	28	29	1.90
29041195--29041402	47	4.4	47	87	3	283	32	8	30	28	1.87
29041195--29041402	96	2.2	94	88	1	299	32	8	30	28	1.87
29041521--29041599	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
29050241--29050588	47	7.4	47	98	0	669	32	8	29	29	1.87
29050707--29050777	37	1.9	37	88	0	106	23	19	29	26	1.98
29059654--29060118	126	3.7	124	82	4	549	31	17	21	30	1.96
29063095--29064184	22	50.0	22	83	6	1195	23	0	30	45	1.57
29063095--29064155	43	24.5	43	78	9	912	23	0	30	45	1.57
29064024--29064101	28	2.8	28	86	5	77	21	0	34	43	1.53
29064053--29064106	14	3.8	14	78	11	65	16	0	37	46	1.48
29064051--29064112	28	2.2	28	94	0	106	17	0	37	45	1.49
29064124--29064176	27	2.0	27	88	0	79	18	0	39	41	1.51
29063943--29064184	71	3.5	70	79	10	264	22	0	30	46	1.52
29064706--29064748	18	2.4	18	84	0	59	46	9	27	16	1.77
29065347--29065379	7	4.7	7	92	0	57	57	12	0	30	1.35
29066478--29066511	17	1.9	17	94	5	59	67	0	0	32	0.91
29066578--29066624	22	2.0	25	88	12	73	38	0	31	29	1.58
29067571--29067608	17	2.2	18	86	9	53	44	0	15	39	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29067831--29068018	41	4.6	41	79	2	180	23	31	13	30	1.93
29067871--29067938	21	3.3	21	68	4	57	20	32	16	30	1.94
29068937--29069025	42	2.1	42	85	0	115	22	17	31	28	1.97
29070418--29070486	35	2.0	35	94	0	120	34	18	18	27	1.95
29074157--29074267	53	2.1	53	85	6	145	27	15	24	32	1.95
29083357--29083386	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
29090268--29090343	37	2.1	36	83	11	93	53	3	2	39	1.33
29092491--29092537	20	2.3	20	85	7	60	23	25	0	51	1.49
29093451--29093571	48	2.6	46	83	6	154	17	20	10	51	1.75
29093536--29093733	45	4.4	45	78	8	154	26	20	15	37	1.92
29093536--29093790	90	2.8	90	82	3	255	26	19	16	38	1.92
29093575--29093790	45	4.8	45	81	2	238	27	19	16	36	1.94
29093536--29093834	135	2.2	135	76	8	295	25	19	17	38	1.93
29102444--29102706	40	6.6	40	88	3	334	26	27	20	24	1.99
29110394--29110656	40	6.6	40	88	3	334	26	27	20	24	1.99
29118789--29118821	17	1.9	18	88	11	52	48	0	6	45	1.27
29121079--29121222	67	2.2	66	88	3	209	36	16	20	26	1.94
29121081--29121193	33	3.4	33	71	7	102	36	16	20	26	1.94
29121114--29121222	33	3.3	32	74	8	94	38	16	19	25	1.92
29121108--29121256	66	2.2	67	82	8	171	36	16	22	24	1.94
29125602--29125654	13	4.1	13	80	9	72	30	7	26	35	1.84
29129380--29129404	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29129775--29129833	24	2.4	25	85	2	75	16	28	16	37	1.92
29129906--29129996	27	3.4	27	78	3	96	21	24	17	36	1.95
29133131--29133192	31	2.0	30	82	14	74	59	0	16	24	1.36
29134253--29134300	25	2.0	25	84	12	64	22	29	14	33	1.94
29135117--29135160	20	2.1	21	84	12	56	43	0	15	40	1.47
29138724--29139094	47	7.9	47	96	1	643	32	8	29	29	1.88
29138724--29139302	94	6.2	94	90	4	879	32	9	29	29	1.88
29139051--29139132	38	2.2	38	97	0	155	31	10	28	29	1.91
29139002--29139251	85	2.8	87	90	6	369	32	8	28	30	1.87
29138814--29139226	132	3.0	132	90	3	646	32	9	28	29	1.88
29139068--29139133	22	3.3	22	63	30	56	30	13	27	28	1.94
29139089--29139302	47	4.6	47	91	0	311	32	9	29	28	1.88
29146510--29146545	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
29150616--29150758	72	2.0	71	95	1	259	32	18	20	27	1.96
29151284--29151333	3	16.3	3	91	4	73	62	2	4	32	1.25
29151287--29151350	24	2.7	24	85	4	85	62	3	6	28	1.34
29157209--29157259	25	2.0	26	96	3	95	7	13	15	62	1.52
29157833--29157865	16	2.1	16	94	0	57	12	9	0	78	0.95
29157851--29158003	70	2.2	68	85	11	199	27	9	0	63	1.24
29157908--29157950	20	2.2	19	87	8	59	34	6	0	58	1.25
29159553--29159879	47	6.9	47	91	2	492	28	31	8	31	1.88
29159860--29159899	20	2.0	20	100	0	80	25	40	10	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29159813--29159946	67	2.0	67	100	0	268	28	32	8	29	1.88
29162293--29162423	20	7.2	19	71	17	75	34	4	0	60	1.23
29162375--29162414	21	1.9	21	90	10	64	37	5	0	57	1.21
29162255--29162453	70	2.9	70	87	8	275	33	7	1	57	1.36
29162445--29162552	53	2.0	55	85	10	152	26	23	16	33	1.96
29165017--29165391	186	2.0	187	87	1	547	17	35	9	37	1.83
29166375--29166488	48	2.4	48	86	0	156	24	11	20	43	1.84
29176492--29176615	50	2.5	50	82	0	149	27	24	28	20	1.99
29187030--29187079	13	3.6	14	74	12	50	8	32	0	60	1.26
29187087--29187141	24	2.3	25	82	17	64	7	18	3	70	1.25
29192498--29192689	50	3.7	50	80	4	186	26	19	28	26	1.99
29192905--29192953	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
29203483--29203824	51	6.7	51	73	7	293	30	27	13	28	1.94
29203483--29203824	102	3.4	102	91	0	549	30	27	13	28	1.94
29207859--29207912	23	2.3	24	81	12	60	27	18	1	51	1.56
29209436--29209775	51	6.8	50	75	7	294	30	26	15	27	1.96
29209435--29209775	99	3.4	100	85	5	413	29	26	15	28	1.96
29211528--29211709	68	2.7	69	93	3	323	45	18	10	25	1.81
29220548--29220580	17	1.9	17	93	0	57	42	6	12	39	1.67
29220589--29220667	39	2.0	39	97	0	149	37	2	18	40	1.65
29222149--29222186	18	2.1	18	100	0	76	47	10	10	31	1.72
29233579--29233755	27	6.5	27	80	3	167	26	15	29	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29233579--29233734	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	27	1.96
29236703--29236747	20	2.2	20	84	7	56	28	2	4	64	1.25
29241080--29241264	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
29241061--29241264	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
29247364--29247400	18	2.1	18	94	0	65	48	0	2	48	1.15
29249878--29250049	40	4.3	40	87	2	213	25	27	22	25	2.00
29249878--29250102	80	2.8	79	79	7	231	25	27	21	25	1.99
29250034--29250111	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
29258668--29258696	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
29260592--29260635	22	2.0	22	100	0	88	22	36	18	22	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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