genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16125458--16125546	45	2.0	45	95	0	160	32	24	17	24	1.97
16125555--16125739	101	1.8	101	84	3	255	30	27	18	24	1.98
16127951--16128001	17	2.7	19	79	17	61	25	15	17	41	1.89
16128752--16128795	19	2.5	19	85	10	58	65	9	2	22	1.32
16132561--16132730	38	4.7	36	69	19	104	41	1	7	50	1.37
16132521--16132734	106	2.0	106	96	0	392	40	0	6	52	1.33
16132713--16132746	17	2.0	17	88	11	52	44	0	0	55	0.99
16132903--16132999	45	2.2	45	88	5	144	34	29	5	30	1.79
16132979--16133011	16	2.1	16	100	0	66	21	36	6	36	1.78
16142782--16142814	13	2.5	13	95	0	57	48	12	0	39	1.40
16150869--16150911	13	3.5	13	75	18	56	51	11	0	37	1.39
16150870--16150914	23	2.0	23	100	0	90	51	8	0	40	1.33
16161743--16161830	40	2.2	41	83	4	115	28	2	11	57	1.45
16161817--16161977	68	2.4	68	82	4	173	19	9	11	59	1.58
16161877--16161977	34	3.0	34	94	0	175	17	7	10	63	1.50
16165413--16165452	20	2.0	21	90	5	64	37	0	0	62	0.95
16176201--16176237	18	2.0	19	85	15	51	2	27	0	70	1.01
16177376--16177529	45	3.4	45	87	0	209	24	22	20	32	1.98
16177431--16177503	23	3.2	22	69	11	58	26	23	17	32	1.97
16181815--16181909	42	2.3	42	92	0	163	28	16	25	29	1.97
16183869--16183903	17	2.1	17	89	10	54	42	0	14	42	1.45
16184574--16184660	20	4.4	20	75	7	79	10	27	21	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16184577--16184673	20	4.9	20	73	7	72	9	27	21	41	1.84
16199154--16199198	19	2.4	19	96	0	81	15	20	13	51	1.76
16200518--16200555	17	2.3	16	83	16	51	78	2	0	18	0.86
16208133--16208173	6	6.5	6	89	10	64	14	19	0	65	1.26
16208985--16209026	21	2.0	21	100	0	84	42	33	14	9	1.78
16211241--16211345	21	5.1	21	66	13	74	20	32	16	30	1.95
16211241--16211372	41	3.2	41	88	1	185	21	30	16	31	1.96
16217619--16217675	24	2.4	25	80	16	68	31	24	5	38	1.78
16219217--16219295	39	2.0	39	100	0	158	30	25	7	36	1.84
16220938--16220963	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
16223597--16223631	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
16228295--16228419	62	2.0	63	87	4	182	25	30	20	23	1.99
16239858--16239957	11	9.4	11	67	17	59	23	31	3	43	1.69
16239858--16239922	22	2.9	23	80	11	73	23	32	3	41	1.70
16239882--16239981	51	2.0	51	86	4	139	25	27	3	45	1.68
16244069--16244116	25	1.9	25	91	0	78	43	0	18	37	1.51
16244119--16244155	9	4.2	9	96	3	67	29	0	10	59	1.31
16244186--16244642	23	20.6	23	88	5	633	47	26	0	25	1.52
16244182--16244642	44	10.4	44	89	4	621	47	27	0	25	1.52
16244186--16244642	199	2.3	199	93	3	778	47	26	0	25	1.52
16247068--16247444	124	3.0	124	91	4	596	32	22	15	29	1.95
16249712--16249747	18	2.1	18	89	5	56	0	16	2	80	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16256105--16256231	9	12.9	10	70	21	65	61	0	2	36	1.09
16256104--16256155	10	5.1	10	75	13	52	55	0	1	42	1.10
16256105--16256209	9	11.1	9	70	9	66	62	0	0	36	1.02
16257122--16257182	21	2.9	20	76	11	68	44	1	3	50	1.28
16257148--16257203	24	2.4	23	84	3	67	44	3	0	51	1.18
16258184--16258226	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
16258192--16258228	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
16258936--16258982	24	2.0	24	83	8	60	34	6	0	59	1.23
16261926--16262107	28	6.5	28	96	0	312	32	28	12	25	1.93
16274561--16274596	17	2.1	17	89	0	54	16	11	5	66	1.40
16275337--16275386	23	2.2	23	86	13	68	18	8	24	50	1.73
16276581--16276782	25	8.2	25	75	14	188	50	5	7	37	1.54
16276574--16276756	48	3.8	48	95	0	330	49	6	7	36	1.56
16276574--16276795	96	2.3	96	86	5	290	50	5	7	37	1.53
16280362--16280570	92	2.3	91	85	5	269	45	4	3	45	1.41
16280498--16280545	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
16280597--16280785	59	3.2	59	71	19	201	42	4	3	49	1.40
16280624--16280954	66	5.4	64	68	22	253	42	3	5	48	1.43
16280586--16280995	120	3.4	120	96	2	718	43	2	4	49	1.38
16280707--16280741	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
16280831--16280882	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
16280960--16281001	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16280951--16280992	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
16280935--16281251	157	2.0	157	97	0	598	47	4	3	44	1.40
16281104--16281138	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
16280936--16281174	75	3.1	75	64	18	191	46	3	3	46	1.35
16281286--16281390	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
16281284--16281393	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
16281372--16281409	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
16283293--16283469	81	2.1	82	81	6	205	38	11	12	37	1.80
16283314--16283489	81	2.1	85	84	8	229	42	11	12	32	1.79
16283843--16283894	23	2.2	25	80	10	65	25	0	5	69	1.10
16286548--16286774	67	3.4	67	96	1	404	26	11	5	55	1.57
16289107--16289147	19	2.2	19	100	0	82	48	14	0	36	1.44
16291884--16292021	27	5.1	27	86	5	181	34	16	21	27	1.95
16291895--16292040	27	5.5	28	84	9	173	32	15	25	26	1.96
16292288--16292536	32	7.8	32	80	5	218	20	21	22	35	1.96
16292288--16292558	64	4.2	63	83	3	260	19	21	22	36	1.95
16292287--16292536	96	2.6	96	81	4	281	20	22	22	35	1.96
16292288--16292585	32	9.3	32	79	2	190	20	21	21	36	1.96
16292387--16292586	96	2.1	95	85	0	265	19	21	22	37	1.95
16293683--16293756	36	2.1	36	89	0	112	39	18	20	21	1.93
16294405--16294454	25	2.0	25	100	0	100	36	12	20	32	1.89
16311087--16311135	24	2.0	25	88	4	73	42	16	0	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16332191--16333694	44	34.7	44	67	14	463	28	20	24	27	1.99
16332171--16333351	218	5.4	218	92	0	1936	26	19	25	28	1.99
16333345--16333656	127	2.4	128	87	4	443	33	22	21	23	1.97
16340440--16340484	24	1.9	24	90	4	74	37	13	0	48	1.42
16345029--16345055	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
16345622--16345646	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
16352514--16352767	127	2.0	127	96	0	472	48	14	20	16	1.81
16360548--16360869	75	4.4	74	74	9	282	31	22	22	23	1.98
16360554--16360697	40	3.7	39	71	10	127	31	23	22	22	1.99
16364183--16364381	40	5.0	40	88	0	265	33	17	28	20	1.95
16364284--16364349	20	3.3	20	64	8	53	28	18	33	19	1.95
16370781--16371018	39	6.0	40	81	4	277	33	17	28	21	1.96
16370781--16371018	79	3.0	79	82	4	257	33	17	28	21	1.96
16370791--16371016	118	1.9	118	89	1	355	33	17	28	20	1.95
16373154--16373253	43	2.3	45	78	13	120	38	24	17	21	1.93
16373306--16373428	42	2.9	42	78	6	124	40	18	17	23	1.91
16376599--16376834	120	2.0	122	83	6	306	39	7	9	42	1.66
16387848--16387890	17	2.5	17	80	0	59	34	23	16	25	1.95
16394021--16394083	22	2.6	24	78	21	69	44	1	4	49	1.33
16394035--16394083	22	2.1	25	88	11	77	42	2	4	51	1.32
16402794--16402871	40	2.0	40	86	0	111	20	26	30	21	1.98
16403052--16403116	11	5.9	11	76	16	64	24	32	1	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16403053--16403116	22	2.9	23	84	13	82	25	32	1	40	1.65
16403076--16403175	51	2.0	51	86	4	139	26	27	2	45	1.65
16404993--16405032	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
16405274--16405320	21	2.2	21	85	7	60	36	36	21	6	1.79
16405608--16406090	22	22.3	22	82	5	547	46	27	0	26	1.55
16405608--16406090	43	11.2	43	82	6	505	46	27	0	26	1.55
16405608--16406090	87	5.6	87	83	4	557	46	27	0	26	1.55
16407139--16407706	127	4.5	125	91	1	852	29	24	16	29	1.97
16413694--16413740	17	2.8	17	79	20	62	55	6	2	36	1.37
16414346--16414376	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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