genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20676729--20676759	16	1.9	16	93	0	53	48	9	12	29	1.73
20679271--20679341	19	3.7	19	76	10	65	35	7	2	54	1.42
20682984--20683050	34	1.9	34	82	8	82	46	11	7	34	1.69
20683538--20683574	15	2.5	15	91	8	58	72	0	0	27	0.84
20683607--20683641	15	2.2	16	90	5	54	60	0	0	40	0.97
20685424--20685560	9	14.6	9	89	6	193	36	32	9	21	1.86
20685567--20685627	17	3.4	17	68	12	50	52	13	1	32	1.50
20685584--20685647	20	3.3	20	68	12	62	45	15	4	34	1.67
20685561--20685673	37	3.1	37	94	1	192	47	15	4	32	1.65
20685714--20685772	24	2.5	24	88	0	91	30	25	0	44	1.55
20689548--20689573	9	2.9	9	100	0	52	34	0	23	42	1.54
20690374--20690436	21	3.2	20	73	8	60	63	7	1	26	1.31
20691329--20691442	57	2.0	57	100	0	228	24	14	14	47	1.80
20692925--20693282	194	1.8	196	86	3	517	42	14	12	30	1.82
20696873--20696930	26	2.3	25	75	3	62	32	8	20	37	1.83
20696877--20696929	13	4.2	12	78	7	52	35	7	20	35	1.81
20697211--20697272	30	2.1	30	96	0	115	41	4	6	46	1.51
20699185--20699223	20	1.9	21	89	5	62	46	2	0	51	1.14
20700810--20700880	30	2.4	28	82	15	81	32	2	0	64	1.08
20700817--20700938	39	3.0	40	89	7	174	34	2	0	62	1.14
20713213--20713258	24	1.9	24	100	0	92	26	23	19	30	1.98
20713263--20713599	33	9.7	33	69	23	162	30	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20713299--20713437	42	3.5	42	73	23	147	31	26	20	21	1.98
20713264--20713475	76	2.8	75	90	0	316	30	26	20	22	1.98
20713375--20713604	102	2.3	101	93	0	379	30	27	20	20	1.98
20713552--20713601	26	1.9	26	100	0	100	28	32	24	16	1.96
20720810--20721127	33	9.4	33	71	21	200	31	28	19	20	1.97
20720796--20721004	69	2.9	71	91	5	323	29	27	20	22	1.98
20720979--20721028	26	1.9	26	100	0	100	28	32	24	16	1.96
20720904--20721132	101	2.3	101	96	0	413	31	29	19	20	1.97
20721080--20721129	26	1.9	26	95	0	91	30	32	22	16	1.95
20726427--20726530	43	2.4	43	85	1	129	26	21	26	25	1.99
20726427--20726545	42	2.8	42	78	3	114	26	21	26	26	1.99
20728765--20728926	68	2.4	68	85	4	236	35	18	23	22	1.95
20732105--20732148	14	3.1	14	80	0	52	25	20	18	36	1.95
20733159--20733242	41	2.0	41	100	0	168	38	14	17	29	1.90
20738949--20739400	217	2.1	216	84	4	579	27	22	19	30	1.98
20738952--20739246	44	6.8	44	68	14	137	28	23	19	29	1.98
20739521--20739853	44	7.6	44	70	6	255	25	22	22	29	1.99
20739514--20739896	43	8.8	43	69	6	234	25	22	23	29	1.99
20739514--20739900	87	4.4	87	94	0	675	25	22	22	29	1.99
20752066--20752139	25	2.8	26	82	11	89	59	2	2	35	1.26
20752069--20752141	26	2.9	24	75	18	67	58	2	4	34	1.31
20759109--20759257	68	2.2	68	83	0	190	35	17	22	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20759325--20759383	27	2.2	27	84	0	73	35	16	27	20	1.94
20759162--20760995	913	2.0	918	96	1	3363	33	13	25	27	1.93
20761073--20761324	67	3.8	67	78	8	223	32	17	25	23	1.97
20761227--20761367	66	2.1	66	82	0	165	34	15	23	26	1.95
20763024--20763184	71	2.3	70	82	4	207	42	14	9	32	1.79
20763167--20763246	35	2.3	35	80	0	88	41	16	7	35	1.76
20763633--20763820	41	4.6	41	91	2	306	31	24	20	23	1.98
20772913--20772958	20	2.3	20	92	0	74	67	0	23	8	1.18
20776222--20776544	76	4.2	76	84	2	407	31	22	22	23	1.98
20776318--20776431	36	3.0	39	64	10	99	28	21	24	25	1.99
20776328--20776531	36	5.4	36	65	13	97	28	22	24	24	1.99
20777499--20777732	41	5.7	40	82	5	279	17	14	30	36	1.90
20777499--20777732	82	2.9	82	87	2	319	17	14	30	36	1.90
20778660--20778691	17	1.9	16	93	6	55	18	0	50	31	1.48
20779537--20780196	355	1.9	350	84	5	900	34	14	19	31	1.92
20780544--20780591	14	3.7	14	71	21	50	20	39	0	39	1.53
20780548--20780606	24	2.5	24	91	2	102	27	40	0	32	1.56
20780983--20781007	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
20781579--20781636	25	2.3	26	90	3	91	39	15	1	43	1.57
20782401--20782440	21	1.9	21	84	0	53	45	10	0	45	1.37
20782363--20782572	69	3.1	69	94	0	359	44	6	2	46	1.44
20782845--20783226	25	13.2	28	68	22	106	47	17	1	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20782860--20783254	9	45.4	9	69	20	186	47	17	1	33	1.58
20782871--20782960	21	4.3	21	69	21	64	47	14	3	34	1.61
20782970--20783048	34	2.4	34	80	2	88	50	17	1	30	1.54
20783004--20783252	25	10.0	24	77	13	165	47	16	0	34	1.53
20782948--20783211	16	15.9	16	69	18	150	48	18	1	32	1.56
20782970--20783223	75	3.4	72	76	15	232	48	18	1	32	1.56
20783370--20783498	66	2.0	66	87	3	188	40	17	27	14	1.89
20783480--20783529	21	2.4	21	93	0	82	36	18	46	0	1.49
20783851--20784103	43	5.9	43	89	0	362	24	18	31	24	1.98
20786398--20786590	65	2.9	67	81	10	234	44	8	6	39	1.62
20791978--20792049	27	2.7	27	82	2	74	38	19	5	36	1.75
20791998--20792051	27	2.0	27	88	0	81	33	16	7	42	1.76
20797988--20798023	18	2.0	18	89	10	56	19	11	13	55	1.68
20804853--20804888	18	2.0	18	89	10	56	19	11	13	55	1.68
20812987--20813048	21	3.1	20	80	11	65	32	6	35	25	1.82
20813502--20813535	17	2.0	17	88	0	50	20	8	11	58	1.59
20818335--20818394	30	2.0	30	93	0	102	56	11	1	30	1.45
20829294--20829370	34	2.3	34	79	2	102	20	2	15	61	1.46
20831403--20831527	43	2.9	42	78	14	130	21	17	29	31	1.96
20832348--20832494	23	6.3	23	77	6	152	25	18	14	41	1.88
20832348--20832494	70	2.1	70	94	0	258	25	18	14	41	1.88
20832411--20832504	47	2.0	47	85	2	127	25	17	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20832360--20832564	23	8.8	23	73	6	72	26	16	16	40	1.89
20834775--20834810	4	8.8	4	87	6	54	50	0	2	47	1.15
20837476--20837569	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
20837571--20837711	51	2.8	51	82	4	185	32	27	16	23	1.96
20840317--20840375	24	2.5	24	77	0	64	20	15	20	44	1.87
20842051--20842103	25	2.1	25	96	0	97	32	13	22	32	1.92
20845389--20845664	143	2.0	132	82	8	329	42	13	19	25	1.87
20849869--20849903	18	1.9	18	88	11	54	22	2	25	48	1.64
20855998--20856126	69	1.9	68	86	1	186	31	18	24	25	1.98
20861540--20861583	22	1.9	22	86	9	61	38	13	2	45	1.56
20861808--20861889	25	3.3	24	75	13	76	29	17	23	30	1.97
20867923--20868326	47	8.6	47	91	1	621	32	8	29	29	1.87
20870376--20870480	52	2.0	52	98	0	201	43	18	17	20	1.88
20871556--20871614	30	1.9	31	86	3	84	45	6	18	28	1.75
20872087--20872423	51	6.6	51	79	7	319	29	14	25	29	1.95
20872086--20872427	103	3.4	101	84	3	402	30	14	25	29	1.95
20880066--20880111	24	2.0	24	86	4	67	65	2	13	19	1.37
20881784--20881837	20	2.7	20	85	0	72	48	3	22	25	1.67
20892677--20892819	44	3.2	42	65	10	106	25	27	16	30	1.97
20892638--20892899	89	2.9	89	87	2	375	27	24	17	30	1.97
20903778--20903922	48	3.0	48	85	0	182	25	28	17	28	1.98
20909330--20909511	28	6.5	28	96	0	303	26	12	28	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20926703--20926884	28	6.5	28	96	0	303	26	12	28	32	1.93
20929768--20929800	16	2.1	16	88	5	50	54	15	9	21	1.68
20930272--20930337	13	5.1	13	83	0	87	34	27	7	30	1.85
20930624--20930751	41	3.1	41	98	1	247	36	2	18	42	1.64
20931808--20932032	75	3.0	75	92	0	369	45	9	14	30	1.77
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20934723--20934749	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
20936852--20936905	25	2.2	25	83	12	67	57	0	1	40	1.09
20937520--20937547	8	3.5	8	100	0	56	0	10	0	89	0.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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