genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23383398--23383479	34	2.5	31	84	9	101	48	7	6	37	1.56
23384692--23384751	29	2.1	30	81	12	72	51	3	6	38	1.45
23386789--23386813	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
23388472--23388629	41	3.9	41	92	1	237	28	20	28	22	1.98
23388478--23388664	41	4.6	41	88	1	214	29	19	27	22	1.98
23391059--23391102	24	1.9	23	90	9	72	36	0	0	63	0.95
23391166--23391344	68	2.9	59	83	13	250	44	10	5	40	1.60
23391196--23391366	68	2.5	68	96	1	310	46	9	4	39	1.55
23391359--23391396	16	2.4	16	90	0	58	42	7	2	47	1.46
23391370--23391431	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
23394350--23394407	29	2.1	28	90	6	91	36	8	15	39	1.78
23402034--23402110	32	2.5	31	82	4	91	20	15	33	29	1.94
23402751--23403302	42	13.3	42	86	1	763	38	23	17	21	1.93
23404944--23405080	42	3.2	42	78	7	116	30	26	18	24	1.98
23404973--23405080	44	2.5	42	86	3	135	28	28	19	23	1.98
23406584--23406636	12	4.3	12	88	4	79	7	11	1	79	1.01
23406584--23406636	25	2.2	25	89	3	81	7	11	1	79	1.01
23420284--23420330	23	2.0	23	100	0	94	8	4	21	65	1.37
23424468--23424729	40	6.6	40	88	3	228	24	20	28	26	1.99
23424520--23424729	80	2.6	80	87	0	314	23	20	29	26	1.99
23432419--23432641	40	5.6	40	86	3	236	24	21	28	26	1.99
23432494--23432676	79	2.3	80	83	1	226	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23436193--23436232	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
23436192--23436239	21	2.3	21	85	0	69	25	14	29	31	1.95
23443146--23443182	16	2.3	16	90	0	56	37	32	10	18	1.86
23443338--23443421	41	2.0	41	93	0	141	25	28	11	34	1.91
23450102--23450141	21	1.9	21	89	0	62	0	12	0	87	0.54
23450102--23450138	5	7.6	5	93	6	51	0	13	0	86	0.57
23454796--23454829	17	2.0	17	100	0	68	41	23	17	17	1.90
23459538--23459577	20	2.0	20	100	0	80	40	15	15	30	1.87
23463227--23463274	24	2.0	24	87	0	69	14	14	31	39	1.86
23468424--23468475	27	1.9	27	100	0	104	42	3	15	38	1.65
23469953--23470008	16	3.5	16	87	0	85	39	7	25	28	1.82
23469990--23470081	45	2.1	44	87	6	132	35	3	22	38	1.71
23470190--23470218	15	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
23470173--23470307	55	2.3	58	77	12	145	52	2	0	43	1.21
23470326--23470369	21	2.0	21	82	8	52	63	2	0	34	1.07
23475549--23475864	46	7.6	45	87	8	321	29	21	13	35	1.92
23475684--23475823	36	3.9	36	97	0	253	32	20	10	37	1.85
23478751--23478859	42	2.6	42	79	13	134	26	27	20	25	1.99
23487625--23487736	20	5.8	18	68	13	62	58	0	3	36	1.21
23487930--23487993	21	3.1	21	72	17	55	25	12	1	60	1.40
23487959--23488001	21	2.0	21	82	8	52	30	13	0	55	1.39
23488009--23488067	10	6.4	9	81	11	52	25	1	1	71	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23488009--23488067	18	3.2	17	81	13	64	25	1	1	71	1.05
23488008--23488067	8	6.9	8	78	15	50	25	1	1	71	1.04
23488021--23488067	18	2.6	18	87	12	69	25	0	2	72	0.96
23504340--23504364	11	2.3	11	100	0	50	88	12	0	0	0.53
23506698--23506727	13	2.3	13	94	0	51	60	10	6	23	1.52
23510598--23510714	20	5.9	20	68	6	85	41	19	27	11	1.85
23512115--23512798	339	2.0	338	97	0	1305	34	17	17	30	1.93
23513863--23513902	21	1.9	21	84	0	53	50	7	20	22	1.73
23518189--23518450	47	5.5	47	98	1	488	31	8	30	29	1.87
23518568--23518647	37	2.2	37	88	0	115	23	17	31	27	1.97
23520509--23520697	43	4.4	43	97	0	360	23	14	35	26	1.94
23520679--23520752	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
23521142--23521418	40	6.9	40	88	0	347	25	22	26	25	2.00
23521063--23521413	120	2.9	119	83	4	404	25	22	26	25	2.00
23521063--23521418	80	4.4	80	83	2	378	25	22	26	25	2.00
23524846--23524969	44	2.8	46	90	9	211	33	7	27	31	1.84
23534971--23535084	48	2.4	48	96	1	210	30	7	30	30	1.86
23535207--23535286	37	2.2	37	88	0	115	23	17	31	27	1.97
23546429--23546519	30	3.0	30	87	4	112	29	15	18	36	1.92
23559434--23559532	40	2.4	41	93	1	164	17	32	19	31	1.94
23559434--23559533	20	4.9	20	65	11	60	18	32	19	31	1.95
23560674--23560701	12	2.3	12	100	0	56	25	53	14	7	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23562028--23562066	14	2.8	14	84	0	51	46	7	5	41	1.55
23563216--23563275	29	2.1	29	90	0	93	25	8	26	40	1.84
23568345--23568571	114	2.0	113	94	3	404	55	8	21	14	1.66
23570899--23570964	3	22.0	3	100	0	132	0	33	0	66	0.92
23581078--23581379	40	7.6	40	88	3	369	24	19	28	27	1.99
23581078--23581379	119	2.5	118	85	4	374	24	19	28	27	1.99
23581153--23581414	119	2.2	119	84	2	348	24	19	28	26	1.99
23581078--23581379	79	3.8	80	87	3	378	24	19	28	27	1.99
23589066--23589367	40	7.6	40	89	3	378	24	20	28	27	1.99
23591052--23591206	85	1.8	84	90	1	247	21	18	27	32	1.97
23591043--23591198	42	3.7	42	80	9	158	23	15	27	33	1.95
23593849--23594052	102	2.0	103	88	3	306	38	12	9	39	1.76
23594424--23594461	18	2.1	19	90	5	60	60	0	23	15	1.35
23613111--23613273	30	5.4	29	80	10	134	38	12	26	22	1.90
23613083--23613302	90	2.5	90	82	8	252	38	13	25	23	1.91
23616275--23616353	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23616472--23616993	47	11.1	47	93	0	767	27	30	9	31	1.89
23624532--23624721	30	6.4	30	78	6	129	36	13	26	23	1.92
23624589--23624781	30	6.4	30	77	5	158	39	13	25	21	1.90
23624586--23624781	60	3.3	59	75	8	189	39	13	25	21	1.90
23624565--23624753	90	2.1	89	88	2	272	37	13	26	22	1.91
23624583--23624811	90	2.6	89	82	6	266	38	13	25	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23626755--23626810	27	2.1	27	100	0	112	19	17	33	28	1.95
23637081--23637132	27	1.9	27	92	0	86	32	15	15	36	1.89
23647773--23647821	19	2.6	19	100	0	98	28	26	26	18	1.98
23648620--23648713	38	2.5	38	92	3	154	32	29	20	17	1.95
23648641--23648723	22	4.0	22	70	17	79	36	27	19	16	1.93
23652482--23653246	382	2.0	379	85	1	1028	31	20	15	32	1.94
23660810--23660839	15	2.0	15	100	0	60	40	6	33	20	1.78
23662077--23662137	10	6.0	10	75	17	63	19	4	1	73	1.10
23666789--23667404	47	12.9	47	95	1	1025	31	8	30	29	1.87
23667523--23667601	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
23672776--23672854	37	2.1	37	88	0	113	25	31	17	25	1.97
23672973--23673457	47	10.3	47	95	0	853	29	30	8	31	1.87
23673189--23673311	22	5.3	22	62	11	66	29	31	9	29	1.89
23675558--23675732	85	2.1	85	98	0	341	26	27	8	37	1.84
23677374--23677716	40	8.6	40	91	0	488	26	27	20	24	1.99
23678941--23679019	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
23679138--23679575	47	9.3	47	94	0	759	28	31	8	31	1.87
23679354--23679429	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
23679448--23679523	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
23681671--23681845	85	2.1	85	98	0	341	26	27	8	37	1.84
23683486--23683828	40	8.6	40	91	0	488	26	27	20	24	1.99
23685053--23685131	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23685250--23685687	47	9.3	47	94	0	759	28	31	8	31	1.87
23685466--23685541	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
23685560--23685635	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
23687783--23687961	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
23703858--23703925	35	1.9	35	100	0	136	47	17	20	14	1.83
23705605--23705641	18	2.0	19	89	5	58	5	43	0	51	1.24
23707413--23707499	38	2.3	38	81	0	93	20	22	21	34	1.97
23707506--23707603	38	2.6	38	88	0	151	19	20	26	33	1.96
23707410--23707597	98	1.9	98	88	0	286	19	20	25	35	1.96
23715318--23715990	335	2.0	335	92	0	1130	30	14	24	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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