genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  90  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27408083--27408289	55	3.8	55	96	0	360	30	28	14	26	1.95
27410497--27410531	13	2.8	12	87	8	52	54	0	40	5	1.24
27411313--27411373	28	2.2	28	85	5	79	39	26	21	13	1.90
27418963--27419147	40	4.6	41	80	10	197	24	21	27	27	1.99
27419016--27419180	79	2.1	79	80	6	183	25	20	27	26	1.99
27424290--27424472	40	4.6	39	81	6	192	24	21	27	26	1.99
27424290--27424472	79	2.3	81	82	9	216	24	21	27	26	1.99
27424290--27424505	79	2.7	79	79	9	183	25	20	27	25	1.99
27426145--27426187	18	2.4	18	84	7	61	27	46	11	13	1.78
27426664--27426702	20	2.0	20	94	0	69	43	0	5	51	1.24
27428259--27428300	22	1.9	22	90	9	68	38	23	2	35	1.68
27431353--27431430	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
27431383--27431709	173	1.9	174	94	0	584	30	14	24	30	1.95
27437058--27437320	40	6.6	40	87	3	316	24	20	27	26	1.99
27437097--27437355	80	3.3	80	84	3	247	25	20	27	25	1.99
27448659--27448880	39	5.7	40	82	9	239	25	21	27	25	2.00
27448659--27448913	79	3.3	79	79	10	197	26	21	27	25	1.99
27456632--27456816	40	4.7	40	78	9	166	24	21	26	27	1.99
27458497--27458539	18	2.4	18	84	7	61	27	46	11	13	1.78
27460604--27460645	22	1.9	22	85	9	59	35	26	2	35	1.70
27463699--27463771	29	2.5	28	84	10	94	27	13	30	28	1.94
27463729--27464055	173	1.9	174	94	0	584	29	14	24	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27471538--27471747	39	5.3	39	91	2	316	25	22	27	24	2.00
27490090--27490152	21	3.0	21	83	2	72	31	33	4	30	1.78
27492472--27492534	21	3.0	21	78	2	54	31	31	4	31	1.79
27496550--27496611	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
27496550--27496612	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
27500629--27500681	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
27505526--27505601	12	5.7	13	73	20	52	72	3	6	17	1.22
27505526--27505558	13	2.6	13	85	4	50	78	6	3	12	1.04
27505535--27505599	13	4.6	14	72	22	55	73	3	7	15	1.18
27505591--27505631	18	2.3	18	87	4	57	73	7	12	7	1.25
27505526--27505616	42	2.2	42	81	13	116	73	4	7	14	1.21
27506676--27506709	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
27514382--27514439	13	4.7	12	81	8	71	72	3	6	17	1.21
27514384--27514439	25	2.2	25	93	0	94	75	3	7	14	1.16
27514378--27514432	13	4.3	13	86	4	76	72	1	5	20	1.13
27514384--27514456	25	2.9	25	83	6	76	72	4	8	15	1.23
27515349--27515419	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
27515359--27515408	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
27515469--27515499	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
27517677--27517749	30	2.5	30	84	10	105	31	24	12	31	1.92
27532951--27533004	24	2.2	25	78	15	60	11	22	3	62	1.43
27535236--27535290	28	2.0	28	85	7	76	14	10	7	67	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27539045--27539080	6	6.0	6	93	0	54	38	27	0	33	1.57
27539088--27539131	20	2.2	20	84	8	54	9	27	0	63	1.24
27539069--27539134	27	2.5	27	82	2	80	15	25	0	59	1.37
27539936--27540003	28	2.3	29	90	5	102	10	7	2	79	1.03
27539983--27540007	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
27540048--27540093	12	3.7	12	83	11	65	17	2	4	76	1.06
27540043--27540093	26	2.0	26	96	0	93	21	5	3	68	1.27
27541714--27541738	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
27542782--27542868	13	6.8	12	71	22	54	73	5	8	12	1.23
27542781--27542868	12	6.7	13	75	18	67	73	5	7	12	1.22
27542780--27542870	40	2.3	40	79	12	107	73	6	7	12	1.24
27542833--27542902	34	2.2	31	84	7	86	72	7	11	8	1.27
27543930--27543963	18	1.9	18	88	5	52	52	2	35	8	1.47
27545791--27545815	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
27548129--27548194	33	2.0	34	84	3	89	77	3	12	7	1.09
27548201--27548225	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
27550330--27550387	12	4.6	12	78	17	64	74	5	5	15	1.18
27550339--27550399	28	2.2	28	82	5	70	73	3	8	14	1.19
27550380--27550450	26	2.6	26	80	10	88	69	7	14	9	1.37
27551322--27551356	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
27555158--27555191	18	1.9	18	88	5	52	55	0	20	23	1.43
27555155--27555218	29	2.2	30	83	8	78	60	0	20	18	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27560913--27561000	12	6.5	13	72	24	51	71	5	7	14	1.28
27560913--27560945	13	2.6	13	85	4	50	78	6	3	12	1.04
27560966--27561030	28	2.3	27	82	7	76	75	4	15	4	1.13
27562033--27562172	6	22.3	6	64	8	55	68	2	20	7	1.28
27562065--27562184	12	9.6	12	72	14	66	70	4	19	5	1.24
27562043--27562127	18	4.9	18	72	8	77	69	4	17	8	1.31
27562133--27562170	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
27562134--27562184	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
27562086--27562190	27	3.8	27	71	9	77	68	2	20	8	1.29
27566049--27566094	20	2.3	20	84	0	56	23	19	17	39	1.92
27566041--27566114	30	2.5	30	84	8	80	22	20	18	37	1.94
27577342--27577397	12	4.6	12	82	4	67	75	3	1	19	1.05
27577342--27577397	13	4.5	13	80	8	62	75	3	1	19	1.05
27577368--27577397	11	2.7	11	100	0	60	80	6	0	13	0.91
27577443--27577506	27	2.3	27	86	10	85	75	3	9	12	1.16
27577442--27577507	28	2.3	29	82	15	84	75	3	9	12	1.14
27579298--27579331	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
27579281--27579340	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
27581671--27581709	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
27583102--27583137	17	2.0	18	89	10	56	22	0	2	75	0.94
27584318--27584364	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
27586035--27586140	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27586116--27586198	18	4.5	17	71	16	58	15	27	3	53	1.59
27587185--27587242	13	4.5	13	72	16	50	5	15	5	74	1.18
27587164--27587243	27	2.9	28	80	12	85	8	15	5	71	1.28
27587224--27587260	11	3.4	11	88	0	56	16	5	5	72	1.21
27588747--27588793	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
27589012--27589050	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
27607829--27607876	13	3.7	13	85	0	69	37	31	8	22	1.84
27612775--27612822	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
27613480--27613576	12	7.8	12	75	6	77	63	1	21	13	1.35
27613457--27613594	18	7.5	18	73	4	105	65	1	20	13	1.34
27615633--27615679	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
27617161--27617207	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
27619522--27619606	30	2.8	30	81	0	116	27	16	27	29	1.97
27619522--27619618	30	3.2	30	80	2	106	29	15	25	28	1.96
27620679--27620784	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
27623414--27623460	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
27626043--27626089	20	2.3	20	92	0	85	19	17	36	27	1.93
27627759--27627864	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
27630455--27630501	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
27632815--27632851	16	2.4	16	95	4	67	89	0	10	0	0.49
27632815--27632849	10	3.5	10	92	7	54	91	0	8	0	0.42
27633488--27633519	15	2.1	16	94	5	57	43	31	18	6	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27635907--27635945	18	2.2	18	85	0	51	15	23	2	58	1.49
27639668--27639715	14	3.5	13	78	18	53	77	0	20	2	0.88
27642325--27642371	20	2.3	20	92	0	76	25	34	17	23	1.96
27642336--27642373	10	3.8	10	83	13	51	28	28	15	26	1.96
27644896--27644920	12	2.1	12	100	0	50	48	0	28	24	1.52
27646435--27646481	20	2.3	20	92	0	76	25	34	17	23	1.96
27646446--27646483	10	3.8	10	83	13	51	28	28	15	26	1.96
27653244--27653296	14	3.7	14	97	2	97	20	13	5	60	1.53
27653333--27653389	12	4.8	12	91	4	98	17	1	7	73	1.14
27653336--27653392	11	5.0	11	93	6	96	17	1	8	71	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221