genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2671408--2671763	22	15.9	22	75	19	271	30	0	13	55	1.45
2671379--2671728	48	6.0	60	71	18	173	30	0	13	54	1.45
2671446--2671811	49	7.5	49	75	15	271	30	0	14	54	1.46
2671521--2671809	76	4.0	70	77	15	211	30	1	15	53	1.49
2671530--2671763	27	9.8	24	79	16	224	29	0	14	55	1.45
2671542--2671816	97	2.8	97	91	3	412	29	1	14	54	1.47
2671726--2671750	8	3.1	8	100	0	50	28	0	12	60	1.32
2671804--2671925	60	2.0	60	84	3	156	30	1	14	53	1.51
2671959--2672040	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
2672077--2672118	16	2.7	16	81	3	50	38	2	4	54	1.34
2673741--2673779	12	3.2	12	96	0	69	38	35	25	0	1.56
2673741--2673779	6	6.5	6	87	0	60	38	35	25	0	1.56
2677093--2677145	21	2.5	21	79	8	63	1	28	1	67	1.11
2684499--2684527	14	2.1	14	100	0	58	37	20	6	34	1.80
2684658--2684690	14	2.4	14	90	5	50	42	3	3	51	1.32
2686435--2686473	18	2.1	19	86	13	55	35	12	15	35	1.86
2693776--2693827	25	2.1	25	100	0	104	42	11	23	23	1.86
2696140--2696193	29	1.9	28	88	7	83	31	1	0	66	1.02
2696130--2696201	29	2.6	27	82	6	81	34	1	0	63	1.03
2697042--2697127	43	2.0	43	95	0	154	43	8	16	32	1.77
2698964--2699002	19	2.0	20	85	5	53	38	0	0	61	0.96
2701405--2701439	12	3.0	12	95	4	63	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2706261--2706307	23	2.1	22	88	4	67	63	2	4	29	1.25
2706284--2706315	14	2.3	15	89	10	50	71	0	3	25	1.00
2708126--2708163	18	2.1	18	95	0	67	50	0	0	50	1.00
2708279--2708315	16	2.3	17	86	13	60	62	0	0	37	0.96
2710042--2710091	23	2.3	23	89	6	77	50	0	4	46	1.20
2710123--2710163	14	3.1	14	75	13	50	46	0	0	53	1.00
2717846--2717889	22	2.1	21	87	8	63	45	13	15	25	1.83
2723797--2723837	20	2.0	20	100	0	82	36	4	14	43	1.67
2723835--2723877	22	2.0	22	86	9	61	34	0	23	41	1.55
2730678--2730716	20	2.0	20	90	5	62	15	7	7	69	1.35
2733072--2733097	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
2734634--2734669	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
2734758--2734801	21	2.0	22	86	4	63	45	0	0	54	0.99
2751821--2751863	20	2.2	20	100	0	86	74	0	9	16	1.06
2751906--2751933	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2755048--2755098	15	3.5	15	72	5	50	23	13	13	49	1.78
2781495--2781523	14	2.0	15	93	6	51	48	3	0	48	1.18
2782475--2782533	30	2.0	30	82	0	73	44	8	6	40	1.61
2783159--2783208	21	2.3	22	79	3	66	60	14	16	10	1.59
2784249--2784481	116	2.0	116	100	0	466	30	14	11	44	1.80
2789683--2789752	11	6.7	11	75	16	60	57	0	2	40	1.14
2789693--2789801	39	2.7	39	92	2	173	60	0	2	35	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2789994--2790072	28	2.8	26	72	14	68	36	10	5	48	1.59
2790821--2790850	14	2.1	15	93	6	53	40	3	0	56	1.16
2799831--2799875	23	2.0	24	86	8	67	35	15	0	48	1.45
2801409--2801440	5	6.6	5	92	7	57	59	0	0	40	0.97
2801409--2801440	14	2.2	15	94	5	57	59	0	0	40	0.97
2802886--2802914	13	2.2	13	100	0	58	24	20	27	27	1.99
2808257--2808324	29	2.3	30	80	12	79	41	11	8	38	1.73
2809965--2810025	20	3.0	20	78	2	68	55	3	3	37	1.32
2810598--2810634	20	1.9	20	88	5	58	35	2	0	62	1.10
2828150--2828304	77	2.0	77	100	0	310	25	12	27	33	1.93
2828300--2828345	19	2.4	19	92	3	74	23	15	17	43	1.87
2828777--2828847	19	3.6	19	68	11	54	45	5	4	45	1.46
2830524--2830713	43	4.5	42	85	2	263	26	31	17	24	1.97
2830524--2830713	85	2.2	86	88	0	283	26	31	17	24	1.97
2830846--2830879	16	2.1	16	88	0	50	55	8	0	35	1.31
2843376--2843412	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
2848366--2848403	18	2.2	17	90	4	58	31	5	2	60	1.33
2854062--2854128	31	2.2	31	86	0	89	32	8	13	44	1.75
2857186--2857229	20	2.2	20	100	0	88	22	13	4	59	1.53
2858428--2858504	29	2.6	29	79	4	82	49	15	12	22	1.78
2863584--2863632	25	2.0	25	87	0	71	40	0	0	59	0.98
2863593--2863622	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2864947--2865000	25	2.1	26	83	10	67	40	9	5	44	1.60
2872936--2872988	21	2.5	21	73	11	54	50	0	0	49	1.00
2875228--2875270	16	2.5	18	85	7	54	23	0	4	72	1.04
2876460--2876495	17	2.1	18	89	5	56	52	0	2	44	1.15
2882457--2882592	71	1.9	74	92	4	233	46	2	3	47	1.35
2882638--2883648	120	8.4	120	96	0	1776	44	2	5	47	1.38
2883598--2883631	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
2883867--2883935	16	4.2	16	94	3	120	37	36	0	26	1.57
2883867--2883935	33	2.1	32	94	2	120	37	36	0	26	1.57
2885118--2885157	14	2.9	14	85	3	55	45	0	2	52	1.14
2894180--2894214	18	1.9	18	88	11	54	40	0	2	57	1.14
2894248--2894283	18	2.0	18	88	0	54	55	5	0	38	1.23
2898874--2898907	16	2.1	16	94	0	59	20	8	0	70	1.13
2901589--2901628	18	2.2	18	86	0	53	65	0	5	30	1.14
2902097--2902306	68	3.1	68	95	1	370	45	9	4	40	1.57
2902195--2902222	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
2902295--2902336	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
2904655--2904679	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2907046--2907100	26	2.0	28	86	6	78	45	5	0	49	1.25
2929179--2929213	18	1.9	18	88	0	52	40	0	2	57	1.14
2929246--2929281	18	2.0	18	88	0	54	55	5	0	38	1.23
2933832--2933864	15	2.1	16	94	5	59	21	9	0	69	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2936517--2936556	18	2.2	18	86	0	53	65	0	5	30	1.14
2937029--2937238	68	3.1	68	95	1	370	45	9	4	40	1.57
2937127--2937154	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
2937227--2937268	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
2939588--2939612	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2941183--2941227	18	2.4	18	81	3	54	57	6	2	33	1.37
2941983--2942035	28	2.0	28	85	7	74	45	3	0	50	1.19
2949813--2949875	18	3.8	18	64	20	55	33	9	42	14	1.78
2963685--2963735	19	2.6	20	84	3	59	66	3	0	29	1.09
2964871--2964930	27	2.1	27	90	6	93	41	6	3	48	1.46
2964879--2964941	27	2.3	28	83	8	85	47	6	3	42	1.44
2967561--2967603	22	1.9	23	85	4	61	58	6	0	34	1.25
2972458--2972843	139	2.8	138	82	3	469	25	14	10	49	1.76
2976049--2976115	30	2.3	29	87	10	93	26	8	22	41	1.83
2995901--2995938	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
3009281--3009374	28	3.2	28	64	17	66	48	12	19	19	1.80
3009283--3009395	59	1.9	59	85	3	154	46	12	18	23	1.83
3019042--3019087	9	5.0	9	81	5	56	34	2	4	58	1.30
3019604--3019701	51	1.9	51	82	0	124	35	4	17	42	1.68
3020152--3020233	11	7.9	11	70	22	54	41	1	0	57	1.06
3020128--3020227	40	2.5	40	86	4	148	36	1	1	62	1.09
3020201--3020240	21	1.9	21	94	0	71	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3020199--3020247	21	2.3	21	82	3	62	38	0	4	57	1.18
3038518--3038557	14	2.8	14	85	14	55	35	5	0	60	1.19
3047091--3047181	13	7.2	13	70	16	57	52	6	0	40	1.27
3047123--3047154	8	4.0	8	100	0	64	50	0	0	50	1.00
3054403--3054441	13	3.0	12	85	14	51	41	0	0	58	0.98
3063293--3063330	20	1.9	20	84	10	51	55	10	28	5	1.56
3070018--3070093	27	2.8	27	82	7	100	26	6	21	46	1.75
3070018--3070084	9	7.4	9	86	6	91	25	7	22	44	1.78
3070012--3070094	18	4.6	18	71	7	60	25	7	20	46	1.76
3071503--3071528	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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