genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27653336--27653392	23	2.5	23	97	0	105	17	1	8	71	1.19
27654383--27654429	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
27655592--27655638	20	2.3	20	85	0	58	25	29	17	27	1.97
27658682--27658726	23	1.9	23	86	13	65	64	0	22	13	1.28
27666362--27666424	21	3.0	21	83	2	72	33	30	4	31	1.78
27667988--27668012	13	1.9	13	100	0	50	68	16	8	8	1.38
27668051--27668108	16	3.6	16	88	4	89	62	5	10	22	1.47
27668053--27668108	17	3.4	17	92	5	96	64	5	8	21	1.42
27668451--27668547	30	3.2	30	72	2	97	29	25	15	28	1.96
27671896--27671933	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
27671897--27671934	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
27673577--27673611	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
27674505--27674547	18	2.5	17	88	11	61	4	13	6	74	1.19
27674523--27674612	13	6.5	14	77	20	84	12	7	5	74	1.21
27674524--27674603	30	2.8	30	83	12	98	12	8	5	73	1.22
27676265--27676302	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
27676266--27676303	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
27676944--27676990	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
27680115--27680379	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
27680082--27680379	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
27680311--27680388	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27687981--27688192	40	5.3	40	85	4	232	27	28	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27687983--27688238	120	2.1	119	80	5	275	27	27	19	25	1.99
27688177--27688254	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27696155--27696206	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
27697995--27698059	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
27699787--27699834	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
27703705--27703751	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
27707096--27707141	13	3.7	12	88	8	58	80	4	2	13	0.95
27707107--27707141	13	2.6	14	95	4	63	80	5	2	11	1.00
27708141--27708185	20	2.2	21	84	11	67	66	0	24	8	1.20
27708156--27708194	20	2.0	20	89	0	60	76	0	17	5	0.96
27715364--27715421	18	3.1	18	77	7	62	74	3	15	6	1.17
27717599--27717664	33	2.0	33	82	8	80	33	16	22	27	1.96
27718321--27718367	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
27722601--27722647	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
27727270--27727305	13	2.8	13	95	0	63	13	0	8	77	0.98
27735727--27735761	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
27736636--27736723	30	3.2	28	80	13	78	10	12	5	71	1.29
27736661--27736723	14	4.9	12	76	16	56	7	12	6	73	1.25
27736688--27736733	23	2.0	23	82	0	56	15	8	4	71	1.26
27736656--27736723	23	2.7	23	79	20	73	8	11	7	72	1.29
27743416--27743450	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
27746650--27746687	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27746651--27746688	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
27749575--27749609	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
27750538--27750614	13	5.7	13	79	10	75	12	7	5	74	1.21
27752268--27752305	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
27752269--27752306	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
27753830--27753892	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
27754985--27755042	18	3.1	19	79	18	59	5	24	3	67	1.27
27758897--27758961	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
27760226--27760259	18	1.9	18	88	5	52	8	35	2	52	1.47
27761333--27761413	13	5.6	14	76	17	78	12	8	4	74	1.21
27761334--27761423	17	6.6	13	76	16	60	12	7	5	74	1.21
27761348--27761423	13	5.5	13	71	17	55	13	6	3	76	1.12
27763031--27763095	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
27763625--27763663	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
27764052--27764077	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
27770052--27770107	11	5.0	11	91	4	76	71	5	3	19	1.21
27770150--27770203	15	3.5	15	92	2	90	59	5	12	22	1.54
27770151--27770203	16	3.4	16	92	5	90	60	5	11	22	1.52
27772224--27772255	12	2.6	12	95	5	55	65	3	6	25	1.31
27773615--27773667	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
27776020--27776051	12	2.6	12	95	5	55	65	3	6	25	1.31
27777456--27777549	46	2.0	46	93	4	163	24	18	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27777867--27777909	12	3.6	12	87	9	61	72	9	4	13	1.26
27777946--27777984	13	2.9	13	81	7	51	64	0	10	25	1.25
27783346--27783439	46	2.0	46	93	4	163	24	18	22	35	1.96
27784987--27785044	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
27784987--27785047	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
27787086--27787110	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
27788009--27788055	13	3.5	13	82	8	51	76	4	4	14	1.09
27788018--27788066	16	3.4	14	77	22	57	75	4	4	16	1.11
27788999--27789033	18	1.9	18	88	11	54	57	0	20	22	1.41
27791105--27791162	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
27791105--27791165	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
27796783--27796821	15	2.5	16	95	4	71	20	12	5	61	1.50
27796862--27796891	12	2.5	12	100	0	60	13	0	6	80	0.91
27797568--27797612	23	2.0	23	82	4	56	55	11	2	31	1.47
27802958--27803005	11	3.8	12	83	16	53	12	10	2	75	1.14
27802951--27802985	17	2.0	17	88	5	52	17	8	0	74	1.06
27807236--27807274	13	2.9	14	85	14	55	15	7	0	76	0.99
27807241--27807289	12	3.8	12	83	10	53	12	10	2	75	1.13
27807240--27807274	12	2.7	13	91	8	54	11	5	0	82	0.82
27815004--27815038	12	2.9	12	91	0	61	20	8	0	71	1.11
27815005--27815036	13	2.5	13	95	5	57	15	6	0	78	0.95
27817044--27817097	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27817044--27817117	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
27817044--27817108	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
27821957--27822019	21	3.0	21	90	2	90	33	33	4	28	1.78
27823778--27823835	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
27823778--27823838	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
27826883--27826940	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
27826883--27826943	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
27828200--27828229	11	2.7	11	94	0	51	83	6	3	6	0.90
27828314--27828351	10	3.8	10	86	10	51	84	5	5	5	0.88
27828312--27828397	38	2.4	38	86	7	117	75	4	11	8	1.17
27830222--27830267	21	2.2	21	96	0	83	50	8	26	15	1.73
27830845--27830945	18	5.4	18	72	10	69	72	3	15	7	1.23
27830841--27830945	6	17.2	6	69	10	61	72	3	16	7	1.23
27830855--27830949	24	4.1	23	70	24	74	68	3	17	10	1.32
27830909--27830975	29	2.4	28	82	9	84	67	0	19	13	1.23
27830933--27830966	18	1.9	18	88	5	52	55	0	20	23	1.43
27833035--27833092	10	5.7	10	76	11	64	29	27	13	29	1.94
27833035--27833095	20	3.0	20	83	9	79	27	26	13	32	1.93
27838052--27838077	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
27838467--27838505	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
27839760--27839813	18	3.2	17	73	21	51	12	25	1	59	1.44
27839782--27839833	18	2.9	18	80	8	61	15	19	5	59	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27839838--27839936	6	16.0	6	72	8	65	5	20	3	71	1.18
27842039--27842064	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
27842454--27842492	20	1.9	21	89	5	62	35	12	28	23	1.91
27844466--27844528	21	3.0	21	81	11	74	28	3	33	34	1.73
27844466--27844528	10	5.9	11	73	10	51	28	3	33	34	1.73
27846987--27847020	11	2.9	12	86	8	52	76	2	8	11	1.12
27846985--27847024	12	3.4	12	86	6	64	70	2	10	17	1.27
27848070--27848132	33	1.9	33	83	6	83	61	1	26	9	1.36
27850129--27850191	28	2.2	28	100	0	126	28	26	22	22	1.99
27850370--27850405	10	3.8	9	89	10	54	86	2	8	2	0.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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