genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  195  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57113424--57113535	40	2.8	40	85	4	147	18	22	22	36	1.95
57122627--57122661	3	11.7	3	93	0	61	28	71	0	0	0.86
57126552--57126577	13	2.0	13	100	0	52	61	15	7	15	1.55
57130750--57130786	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
57143836--57143869	2	17.5	2	87	6	52	50	2	0	47	1.16
57149044--57149083	21	1.9	21	89	0	62	32	22	30	15	1.94
57150988--57151021	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
57156723--57156759	19	1.9	19	94	0	65	64	0	0	35	0.94
57158218--57158272	21	2.6	22	77	13	62	16	20	38	25	1.92
57160139--57160201	19	3.3	19	68	23	51	39	7	1	50	1.41
57163371--57163403	15	2.2	15	89	10	50	9	21	0	69	1.15
57163880--57163920	16	2.5	16	92	4	64	17	2	7	73	1.17
57165378--57165730	44	7.7	45	69	14	188	32	18	20	28	1.96
57165416--57165668	94	2.7	94	88	1	364	30	20	20	29	1.97
57165313--57165758	232	1.9	232	80	3	513	32	19	19	28	1.96
57165507--57165775	138	1.9	138	82	3	335	31	20	20	27	1.97
57168533--57168567	16	2.1	17	89	5	54	0	14	5	80	0.89
57171214--57171283	30	2.3	30	82	0	86	38	11	12	37	1.80
57172112--57172210	41	2.4	40	75	11	101	34	3	14	48	1.59
57172166--57172252	28	3.2	28	65	14	74	33	5	11	49	1.63
57172152--57172253	53	1.9	53	88	4	152	32	4	13	49	1.64
57172205--57172284	40	2.0	41	85	9	112	32	5	11	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57175192--57175429	77	3.2	77	87	5	328	40	10	11	37	1.75
57177466--57178222	154	5.0	152	80	9	846	30	10	7	51	1.63
57177461--57178222	303	2.5	305	92	4	1268	30	10	7	51	1.63
57178857--57178889	11	2.9	11	95	4	57	21	33	0	45	1.52
57178964--57179014	26	1.9	26	84	4	66	60	1	11	25	1.41
57179518--57179544	14	1.9	14	100	0	54	7	11	14	66	1.43
57179865--57179963	14	7.1	14	70	19	64	0	30	0	69	0.88
57179872--57179949	34	2.4	34	91	4	124	0	26	0	73	0.84
57179865--57179914	24	2.2	24	86	10	70	0	28	0	72	0.86
57180257--57180309	24	2.4	22	78	15	56	22	13	5	58	1.56
57185683--57185722	14	2.9	14	84	0	53	45	10	2	42	1.51
57185689--57185728	21	1.9	21	84	0	53	47	10	2	40	1.50
57185716--57185756	20	2.0	21	85	4	57	41	14	0	43	1.45
57185777--57185846	7	10.4	7	79	13	51	54	7	0	38	1.28
57185774--57185839	21	3.2	20	76	21	66	51	9	0	39	1.34
57185782--57185840	14	4.4	13	77	14	66	50	8	0	40	1.33
57185777--57185881	33	3.1	33	79	5	104	54	9	0	36	1.33
57186825--57186873	16	3.1	16	82	2	55	42	4	2	51	1.32
57196801--57196868	33	2.1	33	85	0	91	25	13	22	39	1.90
57202222--57202421	43	4.7	43	84	1	258	29	30	18	22	1.97
57202228--57202420	85	2.3	85	83	0	242	29	30	17	23	1.97
57206120--57206437	41	7.8	41	83	4	401	30	32	19	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57206136--57206437	82	3.7	82	92	1	464	31	31	19	17	1.95
57207424--57207470	3	15.7	3	100	0	94	65	0	34	0	0.93
57210991--57211023	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
57213257--57213352	49	2.0	49	97	0	183	45	15	12	26	1.81
57215573--57216083	255	2.0	255	99	0	1004	40	20	13	25	1.89
57220968--57221007	3	13.7	3	84	5	55	60	0	5	35	1.19
57221057--57221106	20	2.5	21	83	9	68	48	2	0	50	1.12
57228125--57228167	22	1.9	23	85	4	61	4	4	27	62	1.35
57231487--57231534	24	2.0	24	95	0	87	47	4	2	45	1.33
57240141--57240165	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
57241635--57241673	20	2.0	20	85	10	53	41	12	17	28	1.87
57242521--57242561	8	5.4	8	80	19	52	24	51	12	12	1.73
57242515--57242561	22	2.1	22	84	7	60	23	53	10	12	1.70
57242521--57242559	14	2.6	14	92	8	60	25	51	12	10	1.71
57242723--57242757	17	2.1	17	94	0	61	22	5	17	54	1.64
57242732--57242826	37	2.6	37	94	0	172	18	6	14	60	1.56
57242749--57242814	20	3.5	20	66	19	59	15	6	15	63	1.49
57243168--57243201	16	2.1	16	88	0	50	47	5	2	44	1.42
57243835--57243883	24	2.0	24	84	7	64	30	0	8	61	1.25
57244166--57244214	26	2.0	24	84	8	62	32	10	0	57	1.32
57244826--57244881	23	2.4	24	85	8	80	33	44	0	21	1.52
57244826--57244883	11	5.1	11	79	8	62	36	43	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57244826--57244883	12	5.0	12	77	8	50	36	43	0	20	1.52
57246858--57247069	69	3.1	69	93	2	345	41	6	4	48	1.49
57249731--57249857	44	2.9	43	78	1	137	26	21	25	25	1.99
57251212--57251258	14	3.3	14	75	16	51	27	2	4	65	1.22
57252784--57252844	20	3.1	19	75	17	54	57	1	0	40	1.08
57254137--57254201	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
57256944--57257097	12	14.3	11	68	17	65	1	14	12	71	1.21
57256990--57257029	13	3.2	13	82	7	55	0	12	15	72	1.12
57256946--57257051	46	2.3	46	90	9	166	1	16	12	68	1.28
57257002--57257097	10	9.4	10	71	17	63	1	12	13	72	1.17
57256955--57257067	48	2.3	47	82	13	149	1	15	11	70	1.24
57257638--57257702	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
57259870--57259941	22	3.3	22	80	11	85	52	0	2	44	1.15
57260525--57260553	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
57261594--57261644	17	3.2	16	78	8	50	47	1	0	50	1.12
57261675--57261718	7	6.4	7	81	5	54	50	0	2	47	1.13
57261682--57261733	20	2.6	20	96	0	95	48	0	0	51	1.00
57261688--57261776	31	2.8	30	80	14	90	51	0	0	48	1.00
57277340--57277366	6	4.5	6	100	0	54	14	51	14	18	1.76
57279587--57279659	33	2.3	33	88	4	105	34	4	16	45	1.66
57284460--57284517	9	6.6	8	75	16	53	68	0	3	27	1.05
57284449--57284519	18	3.8	18	72	10	63	70	1	2	25	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57284439--57284528	10	9.3	10	71	11	62	68	1	4	25	1.15
57284782--57284849	9	7.3	10	71	14	56	23	1	1	73	1.00
57284782--57284850	28	2.5	28	85	2	86	24	1	1	72	1.01
57284781--57284867	37	2.3	38	79	11	92	29	1	1	67	1.05
57284808--57284862	27	2.0	28	85	3	76	32	0	0	67	0.91
57284919--57285107	90	2.2	86	79	5	200	34	10	17	37	1.84
57285161--57285209	21	2.3	22	82	13	66	59	0	2	38	1.09
57285164--57285203	20	1.9	22	90	10	66	60	0	2	37	1.11
57285151--57285204	20	2.7	20	81	16	58	57	0	1	40	1.09
57290258--57290325	32	2.1	33	81	8	77	63	1	0	35	1.04
57291161--57291201	20	2.0	21	85	4	57	43	17	7	31	1.76
57292036--57292087	24	2.1	25	82	10	63	26	3	9	59	1.46
57303024--57303073	13	3.8	13	78	2	55	48	0	2	50	1.12
57303719--57303768	13	3.8	13	78	2	55	48	0	2	50	1.12
57314257--57314596	44	7.7	44	69	9	174	29	16	26	27	1.97
57314265--57314605	89	3.8	86	68	13	210	30	15	27	26	1.96
57314634--57315089	44	10.3	43	67	16	164	30	19	22	26	1.98
57314924--57315089	43	3.8	43	77	10	160	30	19	22	28	1.98
57315531--57315585	19	2.8	19	86	2	65	18	3	3	74	1.11
57316106--57316202	14	7.1	13	76	19	74	26	9	1	62	1.32
57316151--57316189	15	2.7	15	92	7	64	25	10	0	64	1.25
57316105--57316224	40	2.9	39	75	20	104	28	9	0	61	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57316331--57316482	3	51.0	3	80	10	145	32	3	1	62	1.20
57316323--57316476	58	2.6	59	80	14	187	33	3	1	61	1.23
57317878--57317961	35	2.5	34	94	3	143	46	47	2	3	1.32
57317876--57317961	33	2.5	33	90	9	138	47	46	2	3	1.32
57318186--57318219	15	2.4	14	85	9	50	14	11	0	73	1.10
57330980--57331616	72	8.7	74	87	4	907	30	16	21	31	1.95
57332473--57332546	25	3.0	25	92	5	123	64	28	2	4	1.25
57332760--57332806	15	3.4	13	78	21	51	14	8	0	76	1.01
57332760--57332806	13	3.4	14	85	8	60	14	8	0	76	1.01
57332761--57332816	28	1.9	30	82	7	71	10	10	0	78	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221