genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  73  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21179248--21179297	18	2.7	20	82	14	63	32	4	4	60	1.34
21181847--21181902	21	2.7	20	83	8	76	53	0	16	30	1.43
21181850--21181922	28	2.6	28	79	12	78	46	0	21	31	1.52
21181843--21181902	7	8.6	7	75	14	61	51	0	16	31	1.45
21182606--21182665	12	5.1	12	80	10	61	68	3	3	25	1.20
21182616--21182672	22	2.7	23	81	10	59	70	1	3	24	1.13
21183559--21183615	29	1.9	29	86	10	80	31	1	1	64	1.13
21184505--21184530	4	6.5	4	100	0	52	46	0	0	53	1.00
21184485--21184589	47	2.2	47	81	10	115	35	0	3	60	1.15
21184543--21184584	17	2.4	18	84	7	52	40	0	0	59	0.97
21185259--21185291	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
21185313--21185395	25	3.4	25	73	22	77	60	1	1	37	1.12
21185367--21185396	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
21185567--21185630	18	3.3	20	72	10	62	50	1	4	43	1.32
21194917--21194984	30	2.2	31	84	2	84	48	7	17	26	1.73
21202303--21202345	22	2.0	21	82	13	52	58	0	27	13	1.37
21203474--21203521	12	4.0	12	75	0	51	25	14	16	43	1.86
21203477--21203545	24	2.9	24	82	2	86	21	15	14	47	1.81
21203513--21203545	11	2.8	12	86	9	50	18	18	12	51	1.76
21203715--21203760	24	1.9	24	95	0	83	30	13	15	41	1.85
21207956--21208387	67	6.5	67	80	6	448	37	16	21	25	1.93
21207955--21208401	133	3.3	131	80	5	475	37	16	21	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21207952--21208388	200	2.2	200	83	4	560	37	16	21	25	1.93
21222463--21222500	18	2.1	19	85	14	53	31	7	23	36	1.84
21222745--21222801	21	2.8	21	86	5	73	45	17	22	14	1.84
21223316--21223357	17	2.4	18	84	11	52	47	14	0	38	1.44
21225785--21225815	16	1.9	16	93	0	53	25	9	16	48	1.76
21231181--21231236	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
21232941--21233072	51	2.6	51	85	2	176	25	18	27	29	1.98
21232994--21233074	26	3.2	26	61	22	62	24	14	28	32	1.95
21239267--21239564	125	2.4	127	88	2	442	29	18	22	30	1.97
21242692--21242829	60	2.3	60	97	0	258	47	13	4	34	1.62
21242842--21242889	25	1.9	25	91	0	78	41	8	0	50	1.33
21242804--21242934	70	1.9	70	91	0	217	49	12	0	38	1.40
21243061--21243108	21	2.3	21	78	7	53	2	27	35	35	1.69
21243363--21243402	18	2.2	18	90	0	62	40	10	30	20	1.85
21245222--21245319	51	1.9	51	83	8	128	47	2	24	25	1.62
21245281--21245335	11	4.9	11	75	20	60	43	1	29	25	1.65
21245281--21245335	22	2.5	22	85	8	76	43	1	29	25	1.65
21246120--21246169	10	5.0	10	82	0	64	72	4	0	24	1.02
21246249--21246290	10	4.3	10	81	6	59	64	0	0	35	0.94
21246217--21246300	29	2.8	29	80	10	80	63	2	2	32	1.20
21246811--21246878	18	3.6	19	76	9	68	35	1	1	61	1.14
21246812--21246869	17	3.3	17	76	9	62	37	1	0	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21246810--21246912	21	4.8	20	68	21	59	33	0	1	63	1.12
21254138--21254194	21	2.8	20	76	20	55	38	1	15	43	1.57
21256802--21257013	40	5.3	40	78	2	230	24	20	27	27	1.99
21256806--21257013	80	2.6	80	87	0	292	23	21	27	27	1.99
21263508--21263602	25	3.8	25	91	0	154	20	20	24	35	1.95
21263508--21263602	50	1.9	50	95	0	172	20	20	24	35	1.95
21273069--21273119	20	2.5	20	83	0	57	49	9	9	31	1.69
21287313--21287361	23	2.1	23	88	0	71	26	6	22	44	1.76
21306786--21306893	30	3.6	29	69	12	83	25	6	23	45	1.76
21306833--21306892	31	1.9	31	82	0	75	26	5	21	46	1.72
21306931--21307010	31	2.6	30	76	5	81	27	12	18	41	1.87
21308530--21308625	39	2.5	39	84	3	113	41	23	5	29	1.76
21310322--21310607	50	5.6	50	82	4	295	24	28	20	26	1.99
21321974--21322253	144	1.9	144	85	2	384	23	21	18	36	1.95
21339131--21339190	30	2.0	30	83	3	75	40	0	38	21	1.54
21339325--21339364	20	2.0	21	90	5	64	45	0	30	25	1.54
21342182--21342215	4	8.5	4	100	0	68	50	26	0	23	1.50
21347753--21347830	39	2.0	39	100	0	156	15	23	28	33	1.95
21351698--21351816	43	2.8	43	81	8	111	36	27	13	22	1.92
21351720--21351816	42	2.3	43	83	1	115	37	26	12	23	1.91
21355453--21355486	17	1.9	17	88	5	50	44	5	11	38	1.65
21356247--21356279	11	2.8	12	86	4	50	33	3	12	51	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21357604--21357638	10	3.4	10	88	7	52	45	2	0	51	1.16
21357603--21357641	16	2.5	16	87	4	53	43	2	0	53	1.14
21357601--21357633	11	3.1	11	91	8	59	45	0	0	54	0.99
21357556--21357672	58	1.9	59	84	6	155	42	3	3	50	1.36
21357781--21357830	25	2.0	25	84	7	66	46	10	4	40	1.56
21365776--21365965	51	3.8	50	81	2	211	22	15	30	32	1.95
21365976--21366065	44	2.0	45	89	2	137	23	16	23	36	1.94
21370536--21370564	12	2.4	12	100	0	58	24	17	27	31	1.97
21371583--21371648	32	2.1	32	100	0	132	28	15	9	46	1.76
21378248--21378298	15	3.4	15	94	0	93	54	11	7	25	1.63
21385879--21385919	18	2.3	18	87	4	57	73	9	0	17	1.09
21396377--21396422	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
21397067--21397091	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
21398158--21398220	29	2.1	30	91	2	101	66	0	0	33	0.92
21398267--21398317	22	2.3	22	100	0	102	39	0	33	27	1.57
21400180--21400278	31	3.3	30	81	8	112	24	15	15	45	1.84
21401112--21401174	30	2.1	30	88	2	92	22	17	23	36	1.95
21402011--21402100	41	2.2	40	82	9	103	17	33	25	23	1.96
21404096--21404138	20	2.2	20	87	4	61	34	4	6	53	1.49
21404100--21404146	19	2.4	19	83	13	60	36	4	6	53	1.46
21407603--21407661	26	2.2	27	84	3	75	42	16	11	28	1.84
21407726--21407850	66	2.0	65	87	6	184	45	20	4	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21409515--21409629	41	2.8	41	78	12	128	18	24	26	31	1.97
21416503--21416585	28	3.0	28	84	7	98	24	22	21	31	1.98
21419186--21419225	20	2.0	20	90	9	64	42	10	15	32	1.79
21419749--21419796	12	4.0	11	79	15	51	64	6	0	29	1.18
21439952--21439985	6	5.7	6	100	0	68	14	0	0	85	0.60
21443531--21443624	17	5.5	18	73	20	78	42	3	2	52	1.29
21443665--21443700	18	2.1	17	89	5	54	52	0	0	47	1.00
21451768--21451945	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
21456394--21456464	35	2.0	35	81	10	83	61	8	11	18	1.53
21460448--21460551	37	2.7	40	73	19	105	44	1	1	51	1.23
21460489--21460547	20	3.0	20	78	11	68	42	3	1	52	1.28
21467432--21467464	11	3.2	11	87	12	52	45	9	6	39	1.61
21467710--21467759	21	2.4	21	82	0	64	4	42	14	40	1.64
21473693--21473752	3	20.0	3	72	6	50	31	3	5	60	1.35
21474095--21474156	28	2.2	27	80	11	72	35	3	0	61	1.12
21479336--21479410	9	8.2	9	71	21	50	26	1	1	70	1.03
21479336--21479401	27	2.4	27	85	7	80	27	0	1	71	0.95
21479339--21479391	11	5.3	10	76	15	56	24	0	1	73	0.93
21479348--21479435	35	2.4	37	79	12	101	26	1	2	70	1.06
21481458--21481527	32	2.2	32	94	0	131	28	21	15	34	1.94
21484140--21484184	19	2.5	18	89	7	65	51	4	4	40	1.42
21494147--21494236	21	4.5	20	68	19	53	51	3	3	42	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21494141--21494244	32	3.4	32	72	17	121	51	2	2	42	1.31
21494143--21494256	59	1.9	59	96	0	210	51	2	2	42	1.29
21495987--21496178	30	6.5	30	76	10	180	19	24	11	43	1.85
21495987--21496143	29	5.3	29	79	11	167	19	26	12	42	1.86
21495971--21496177	89	2.3	89	84	3	256	21	24	12	42	1.86
21496138--21496206	31	2.3	31	84	2	86	23	18	11	46	1.82
21505723--21505920	108	1.8	108	89	2	308	23	21	16	38	1.93
21507576--21507643	11	6.8	10	82	15	63	36	1	0	61	1.05
21507595--21507649	11	4.9	11	87	10	76	41	1	0	56	1.10
21513368--21513401	17	2.0	17	100	0	68	23	11	23	41	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221