genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  221  ( 26413 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25564375--25564408	17	1.9	18	88	5	52	35	44	0	20	1.52
25570980--25571205	40	5.7	40	90	4	280	26	26	21	25	2.00
25578981--25579206	40	5.7	40	90	4	280	26	26	21	25	2.00
25582271--25582424	74	2.1	74	97	1	292	33	15	7	44	1.74
25585140--25585327	51	3.7	50	77	4	189	23	15	27	32	1.95
25589064--25589132	35	2.0	35	100	0	138	43	8	14	33	1.76
25591197--25591259	33	1.9	33	96	0	117	19	34	15	30	1.93
25601781--25601810	9	3.3	9	90	0	51	53	3	0	43	1.17
25607835--25607912	40	2.0	40	90	5	124	29	17	3	48	1.65
25611493--25611520	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
25611703--25611848	48	3.0	48	93	0	238	34	6	21	36	1.81
25611817--25611929	59	1.9	60	88	1	174	24	6	32	36	1.81
25618044--25618073	8	3.8	8	100	0	60	73	0	0	26	0.84
25623838--25624229	194	2.0	193	83	3	493	20	28	25	26	1.99
25626227--25626251	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
25627401--25627438	13	2.8	14	85	14	53	52	0	15	31	1.43
25628134--25628167	10	3.4	10	91	0	59	2	0	35	61	1.11
25630261--25630460	43	4.7	42	77	7	181	34	25	16	24	1.95
25630231--25630422	43	4.5	41	75	14	151	34	25	15	23	1.95
25630225--25630422	85	2.3	85	91	0	308	34	24	16	24	1.95
25630225--25630460	85	2.8	86	84	4	257	34	24	16	24	1.95
25636280--25636503	42	5.3	42	73	13	167	36	22	15	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25636270--25636474	85	2.4	85	86	3	279	35	22	15	25	1.94
25636270--25636503	85	2.8	85	85	3	267	35	22	16	25	1.94
25636811--25637508	347	2.0	348	98	0	1335	34	17	8	39	1.81
25639337--25639401	26	2.5	26	94	0	112	23	24	24	27	2.00
25641627--25641796	40	4.3	40	83	1	189	22	21	30	25	1.99
25676109--25676150	21	2.0	21	85	0	57	35	7	19	38	1.79
25676277--25676334	19	2.9	19	75	10	55	37	10	8	43	1.70
25676283--25676334	19	2.7	19	77	11	61	34	11	9	44	1.73
25676359--25676408	22	2.1	25	85	10	70	40	8	2	50	1.43
25682828--25682910	25	3.4	25	70	6	80	43	15	15	25	1.86
25682800--25682910	48	2.3	48	88	0	159	45	15	14	24	1.83
25687736--25687860	40	3.1	40	79	4	153	24	32	14	29	1.94
25687736--25687877	40	3.5	40	78	3	151	21	32	15	30	1.94
25688512--25688568	17	3.5	16	72	18	55	19	26	33	21	1.97
25688500--25688568	32	2.2	32	94	0	120	20	24	31	23	1.98
25688500--25688550	15	3.3	15	75	20	59	19	25	31	23	1.98
25693746--25693858	37	3.1	38	75	13	94	40	1	4	53	1.31
25697837--25697880	22	2.0	21	82	4	52	61	9	0	29	1.27
25698830--25698874	10	4.6	10	94	5	74	57	0	0	42	0.98
25698830--25698871	9	4.6	9	91	5	66	59	0	0	40	0.97
25698830--25698871	19	2.2	19	95	0	75	59	0	0	40	0.97
25702191--25702218	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25707274--25707315	17	2.5	17	88	0	66	14	11	9	64	1.50
25711440--25711498	17	3.5	17	76	6	66	35	6	3	54	1.44
25711783--25711829	24	2.1	21	84	11	58	42	4	0	53	1.20
25712133--25712165	14	2.4	14	94	0	57	45	6	15	33	1.70
25715215--25715241	11	2.5	11	100	0	54	29	0	25	44	1.54
25715873--25716016	47	3.1	47	96	0	270	45	14	10	29	1.78
25721292--25721355	28	2.3	28	80	0	83	32	15	15	35	1.90
25735076--25735117	21	2.0	22	90	9	70	30	26	19	23	1.98
25736139--25736169	14	2.2	14	100	0	62	51	6	0	41	1.27
25736618--25736715	27	3.5	28	85	2	117	27	12	27	32	1.92
25736648--25736728	27	3.0	27	83	5	74	30	11	23	34	1.90
25739363--25739400	19	2.0	19	94	0	67	18	0	7	73	1.06
25739363--25739402	17	2.2	19	86	8	57	17	0	10	72	1.11
25744096--25744149	24	2.2	24	96	0	99	35	12	27	24	1.92
25748564--25748705	50	2.8	50	93	0	230	22	22	33	21	1.98
25749933--25750004	36	2.0	36	100	0	144	41	16	5	36	1.72
25763820--25763888	25	2.8	25	82	10	79	31	20	10	37	1.86
25763922--25763957	18	2.0	18	100	0	72	38	27	11	22	1.88
25765041--25765071	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
25781906--25781971	25	2.6	25	72	15	64	34	25	19	19	1.96
25789020--25789073	24	2.2	25	80	9	67	29	24	18	27	1.98
25801729--25801971	50	4.9	50	86	1	276	28	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25805533--25805677	51	2.8	51	84	8	213	32	29	15	22	1.95
25807200--25807347	27	5.4	27	83	7	174	31	26	13	28	1.94
25807200--25807347	55	2.7	56	85	7	189	31	26	13	28	1.94
25825152--25825271	42	2.9	41	83	6	150	35	25	17	21	1.95
25825158--25825271	43	2.7	42	84	6	140	35	26	17	21	1.95
25825248--25825297	26	1.9	26	95	0	91	32	34	16	18	1.92
25825271--25825462	41	4.7	41	89	0	285	26	24	18	31	1.97
25827477--25827701	34	6.8	32	83	2	198	43	12	9	33	1.76
25827481--25827701	68	3.4	65	88	3	300	43	12	9	33	1.76
25827514--25827695	34	5.5	34	83	5	239	43	12	8	35	1.73
25842099--25842159	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
25855841--25855887	14	3.4	14	85	5	60	0	21	0	78	0.75
25858846--25858885	19	2.1	19	86	9	55	35	0	5	60	1.19
25862697--25862759	12	5.7	11	76	22	53	47	3	0	49	1.17
25868329--25868421	2	46.5	2	97	0	177	0	49	1	49	1.07
25870950--25871008	31	1.9	31	96	0	109	35	13	10	40	1.78
25873552--25873617	22	3.0	22	75	0	69	28	24	15	31	1.95
25873518--25873618	44	2.3	44	78	8	107	28	24	13	32	1.94
25873479--25873905	103	4.1	103	88	3	617	27	22	14	36	1.93
25874983--25875020	20	1.9	20	88	0	58	60	0	5	34	1.19
25875433--25875481	20	2.5	20	89	0	71	26	12	0	61	1.31
25876198--25876272	30	2.5	30	93	0	123	38	1	0	60	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25876209--25876268	11	5.6	11	75	13	63	43	1	0	55	1.10
25876208--25876276	11	6.7	10	74	12	50	40	1	0	57	1.07
25876601--25876635	16	2.1	17	94	5	63	51	28	11	8	1.67
25880177--25880215	16	2.4	16	91	4	60	38	2	0	58	1.12
25882385--25882447	30	2.1	30	87	0	90	58	12	3	25	1.49
25884516--25884652	25	5.5	25	78	3	114	26	16	18	37	1.92
25884516--25884652	50	2.7	50	80	2	141	26	16	18	37	1.92
25887691--25887762	34	2.1	34	97	0	135	33	9	20	36	1.86
25889802--25889962	43	3.8	42	80	3	151	32	26	16	24	1.96
25892931--25893084	56	2.7	56	88	1	227	30	9	14	46	1.75
25897063--25897304	44	5.7	43	73	9	181	27	21	22	28	1.99
25897049--25897348	129	2.3	129	89	0	456	27	20	22	30	1.98
25897145--25897343	85	2.3	88	80	4	208	29	21	20	29	1.98
25897151--25897343	44	4.5	44	74	10	164	30	20	20	28	1.98
25897427--25897956	50	10.7	50	68	4	309	25	21	22	30	1.98
25897364--25897954	199	3.0	200	85	2	762	25	21	22	30	1.99
25897364--25897956	99	6.0	99	82	3	672	25	21	22	30	1.99
25897997--25898247	90	2.8	90	90	1	387	31	22	17	28	1.96
25897997--25898239	135	1.8	135	84	8	334	32	22	17	27	1.96
25897997--25898247	45	5.6	45	82	8	296	31	22	17	28	1.96
25898701--25898802	46	2.2	44	77	6	105	52	7	11	27	1.65
25899556--25899624	8	8.6	8	81	9	52	7	2	4	85	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25899563--25899624	9	6.6	9	75	17	54	8	3	3	85	0.81
25905288--25905321	18	1.9	17	88	5	50	73	0	5	20	1.04
25908185--25908209	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
25913157--25913190	16	2.1	16	88	5	50	47	0	5	47	1.26
25914259--25914346	40	2.2	41	83	2	106	32	7	18	40	1.79
25914550--25914650	45	2.2	45	83	0	121	20	17	19	41	1.90
25920617--25920650	16	2.1	16	88	5	50	47	0	5	47	1.26
25925315--25925360	24	1.9	24	86	8	67	50	15	17	17	1.79
25926969--25927159	25	8.1	24	69	18	82	47	25	13	14	1.79
25926990--25927049	23	2.7	23	86	2	77	41	25	16	16	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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