genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16774558--16774636	42	1.9	41	84	2	104	36	24	11	27	1.90
16779624--16779801	27	6.6	27	84	5	198	29	28	15	26	1.96
16779645--16779800	82	1.9	81	88	3	233	29	28	16	26	1.96
16787661--16787838	27	6.6	27	84	5	198	29	28	15	26	1.96
16787682--16787837	82	1.9	81	88	3	233	29	28	16	26	1.96
16791520--16791566	24	2.1	23	84	11	62	53	0	4	42	1.20
16797232--16797275	9	4.6	9	85	8	52	29	2	4	63	1.26
16797232--16797275	19	2.3	19	84	11	54	29	2	4	63	1.26
16797241--16797284	19	2.4	18	82	14	54	25	4	6	63	1.38
16797646--16797732	40	2.1	40	85	8	111	14	14	9	60	1.57
16799000--16799058	30	2.0	29	83	9	75	57	1	1	38	1.19
16799640--16799683	10	4.5	10	81	16	56	38	2	0	59	1.10
16799705--16799754	17	2.8	18	78	3	57	22	4	0	74	0.99
16799588--16799764	94	1.9	93	81	4	216	30	4	2	62	1.30
16799734--16799825	38	2.4	39	80	8	100	36	6	1	55	1.33
16799734--16799851	48	2.4	48	77	13	134	34	5	1	57	1.33
16799946--16799980	16	2.1	17	89	5	54	34	0	0	65	0.93
16801381--16801410	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
16802958--16802997	16	2.5	16	87	0	53	65	2	10	22	1.35
16805837--16805910	25	3.0	25	87	0	103	29	17	27	25	1.97
16805846--16805935	25	3.6	24	86	5	92	30	17	26	25	1.98
16807420--16807713	44	6.6	45	74	8	201	31	18	15	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16807420--16807713	89	3.3	89	81	5	301	31	18	15	34	1.92
16810199--16810422	53	4.2	53	89	4	312	27	14	21	36	1.92
16814033--16814087	23	2.4	23	81	6	58	47	1	0	50	1.11
16815702--16815734	13	2.6	13	90	4	50	36	6	27	30	1.81
16838390--16838491	25	4.1	25	81	0	132	37	20	22	19	1.95
16842877--16842940	26	2.4	27	84	5	76	34	0	3	62	1.11
16842848--16842934	39	2.2	41	82	10	110	29	1	2	66	1.11
16844236--16844308	27	2.7	27	91	0	110	36	12	26	24	1.91
16857841--16857883	17	2.4	18	88	7	61	65	11	2	20	1.36
16862294--16862354	30	2.0	30	100	0	122	27	22	13	36	1.92
16865515--16865561	14	3.4	14	75	19	53	36	2	0	61	1.08
16865515--16865566	25	2.0	27	85	11	72	40	1	0	57	1.10
16865522--16865641	38	3.3	37	86	11	176	40	2	0	57	1.12
16865513--16865628	27	4.4	28	67	25	76	37	2	0	59	1.11
16865588--16865648	12	5.3	12	73	15	58	40	1	0	57	1.08
16878172--16878224	25	2.2	24	87	12	74	49	20	16	13	1.79
16878573--16878624	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
16887573--16887621	22	2.2	22	77	0	53	18	8	10	63	1.50
16888909--16888959	20	2.5	21	81	12	61	58	1	0	39	1.09
16896902--16896958	29	2.0	29	89	3	89	54	0	3	42	1.17
16898115--16898157	19	2.3	19	80	19	54	41	0	0	58	0.98
16898595--16898645	25	2.1	25	88	3	77	33	11	5	49	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16898703--16898732	16	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
16903767--16903856	45	2.0	45	95	0	162	38	13	24	23	1.90
16904008--16904080	32	2.5	27	74	19	83	26	4	19	50	1.65
16904021--16904081	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
16905333--16905369	18	2.1	18	100	0	74	56	0	0	43	0.99
16911178--16911214	18	2.1	19	85	10	51	29	5	24	40	1.77
16914306--16914374	25	2.7	25	84	2	84	17	30	18	33	1.94
16914314--16914382	25	2.8	25	88	0	93	18	27	18	34	1.95
16933052--16933096	23	1.9	24	86	13	67	71	2	4	22	1.15
16944355--16944538	51	3.6	50	81	6	192	26	16	25	31	1.97
16944302--16944546	101	2.4	100	83	2	303	27	16	25	30	1.97
16945633--16945769	40	3.5	38	70	9	98	40	21	18	20	1.92
16945804--16946171	41	9.0	41	85	1	468	18	20	27	33	1.96
16946387--16946436	22	2.3	21	82	3	55	30	0	30	40	1.57
16946457--16946499	22	2.0	22	85	0	59	25	2	39	32	1.69
16946326--16946912	294	2.0	290	84	7	754	28	2	26	42	1.69
16947206--16947253	19	2.5	19	86	0	60	75	2	2	20	1.02
16948839--16948892	19	2.9	18	83	10	65	38	1	0	59	1.08
16951148--16951204	27	2.2	26	81	9	62	29	5	3	61	1.35
16951391--16951533	43	3.4	43	83	3	157	21	17	30	30	1.96
16953815--16953887	36	2.0	36	100	0	146	39	10	13	35	1.80
16955978--16956006	11	2.6	11	100	0	58	75	0	17	6	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16955981--16956014	10	3.3	10	91	4	50	70	0	20	8	1.13
16955974--16956014	21	2.1	19	86	9	55	73	0	19	7	1.07
16956125--16956371	101	2.5	100	83	2	298	27	16	25	30	1.97
16956180--16956363	51	3.6	50	80	5	208	26	17	25	30	1.97
16958538--16958570	17	1.9	17	93	0	57	39	18	0	42	1.50
16978346--16978386	17	2.4	17	88	12	57	82	0	14	2	0.76
16978345--16978401	20	2.9	19	77	10	62	78	0	15	5	0.91
16981194--16981274	30	2.7	30	94	0	135	35	6	22	35	1.79
16981597--16981691	45	2.1	45	92	0	163	26	18	24	30	1.98
16986004--16986157	29	5.3	29	81	4	150	27	16	18	37	1.92
16987930--16988053	28	4.2	30	79	16	136	29	25	24	21	1.99
16987965--16988053	28	3.2	28	95	0	160	29	24	24	21	1.99
16987927--16988053	56	2.2	60	87	7	181	29	25	24	21	1.99
16988141--16988241	26	3.9	26	88	0	148	39	22	18	18	1.92
16988398--16988458	27	2.3	27	85	5	79	18	22	19	39	1.92
16988420--16988613	54	3.6	52	75	12	167	21	23	18	37	1.94
16988444--16988613	81	2.1	81	84	4	218	22	22	18	36	1.95
16988445--16988613	27	6.3	27	84	2	178	21	23	18	36	1.95
16990999--16991033	18	1.9	18	94	0	61	48	2	17	31	1.61
16992696--16992765	34	2.1	34	100	0	140	35	20	2	41	1.67
16992942--16993002	31	2.0	31	90	0	95	22	24	19	32	1.97
16998724--16998757	18	1.9	17	88	5	50	20	5	0	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16998891--16998954	17	3.9	17	75	4	60	18	6	3	71	1.20
16999046--16999091	21	2.1	22	84	11	60	39	0	2	58	1.10
17002564--17002595	16	2.0	16	93	0	55	25	21	6	46	1.74
17004810--17004862	27	2.0	27	84	0	70	15	15	37	32	1.88
17006885--17006972	27	3.3	27	85	0	122	37	14	23	23	1.92
17006896--17006996	27	3.7	27	84	2	114	33	14	25	25	1.95
17006885--17006996	54	2.1	53	85	6	145	35	15	25	24	1.94
17009678--17009716	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
17009916--17010159	50	4.8	49	73	8	152	25	28	19	27	1.99
17010265--17010309	22	2.1	21	83	4	54	51	11	4	33	1.58
17010868--17010892	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
17016021--17016137	55	2.1	55	96	0	225	31	19	13	35	1.91
17022218--17022357	27	5.1	27	81	4	165	39	15	22	23	1.91
17022335--17022414	27	3.0	27	90	1	126	35	10	26	28	1.89
17023869--17023935	27	2.5	27	85	4	82	28	13	23	34	1.93
17025465--17025514	26	1.9	26	87	0	73	38	10	22	30	1.86
17026674--17026738	21	3.1	21	73	2	51	41	16	24	16	1.89
17026695--17026809	42	2.7	43	76	18	109	42	19	20	17	1.89
17028234--17028387	27	5.8	27	81	3	163	39	12	22	25	1.89
17028245--17028373	53	2.4	53	84	7	156	41	13	20	24	1.88
17031225--17031767	267	2.0	269	93	2	928	35	18	10	36	1.85
17032459--17032534	23	3.3	23	86	0	116	30	26	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17039797--17039895	23	4.3	23	90	0	153	31	26	21	21	1.98
17042404--17042707	47	6.4	47	91	3	425	32	9	30	26	1.88
17042558--17042679	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
17047026--17047086	27	2.3	27	83	8	81	22	22	19	34	1.97
17049979--17050038	20	3.0	20	76	11	61	38	5	5	51	1.45
17054899--17054939	20	2.0	20	85	0	55	9	31	19	39	1.84
17058572--17058614	20	2.2	20	83	8	52	51	2	25	20	1.60
17066756--17066816	22	2.6	24	82	17	67	60	32	3	3	1.29
17068304--17068353	26	1.9	26	84	8	66	36	6	22	36	1.79
17075782--17075890	29	3.8	29	72	11	89	28	24	17	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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