genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  6  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1960745--1960771	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
1969498--1969533	19	1.9	19	94	5	65	80	8	5	5	1.01
1969739--1969805	31	2.2	31	81	7	82	20	10	1	67	1.29
1971018--1971056	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
1971147--1971268	40	3.0	40	98	0	235	39	7	10	42	1.68
1977080--1977158	28	3.0	26	64	14	70	31	13	5	49	1.64
1977037--1977161	54	2.5	50	85	7	164	32	12	5	49	1.63
1979291--1979318	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2010803--2011186	36	10.5	35	74	11	249	38	14	21	25	1.92
2010915--2011226	73	4.3	73	80	9	314	40	14	20	24	1.90
2010803--2011180	145	2.6	145	79	10	396	38	15	20	25	1.92
2010914--2011225	36	8.5	35	77	10	232	40	14	20	24	1.89
2014132--2014345	47	4.6	47	95	0	383	33	14	16	35	1.90
2014787--2014844	15	3.8	15	79	2	53	50	22	3	24	1.65
2014958--2015001	22	2.0	22	90	0	70	50	36	0	13	1.42
2014963--2015012	22	2.3	22	86	6	66	52	30	0	18	1.46
2014996--2015038	22	2.0	22	81	9	52	53	32	2	11	1.50
2015346--2015715	132	2.8	132	94	0	650	33	25	16	24	1.96
2015610--2015806	92	2.2	92	89	0	297	33	25	15	25	1.95
2016227--2016269	10	4.4	10	76	5	52	72	0	2	25	0.97
2017777--2017823	20	2.3	20	85	10	60	42	4	8	44	1.54
2022367--2022397	16	1.9	16	93	0	53	54	3	6	35	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2022912--2022952	3	13.7	3	90	10	66	68	0	2	29	1.03
2024690--2025103	88	4.7	87	84	4	460	24	25	22	27	2.00
2025053--2025152	49	2.0	49	94	0	173	22	25	25	28	1.99
2025103--2025357	88	2.9	88	100	0	510	25	20	23	30	1.98
2024968--2025240	137	2.0	137	91	0	447	23	23	24	28	2.00
2024882--2025328	225	2.0	225	89	0	680	23	23	23	29	1.99
2025117--2025343	44	5.2	44	64	8	156	24	20	24	30	1.98
2027041--2027085	12	3.8	12	82	2	56	6	6	6	80	1.04
2027033--2027085	18	3.0	18	75	2	54	7	9	7	75	1.19
2027048--2027091	23	1.9	23	85	0	61	6	9	6	77	1.13
2029651--2029699	19	2.5	20	80	6	57	40	12	20	26	1.87
2030103--2030144	1	42.0	1	95	0	75	97	2	0	0	0.16
2030103--2030147	17	2.7	17	96	3	83	95	4	0	0	0.26
2032072--2032106	3	11.7	3	88	11	54	68	0	2	28	1.04
2036753--2036780	14	2.0	14	100	0	56	85	0	7	7	0.73
2038002--2038094	31	3.1	30	68	22	79	22	7	15	54	1.65
2046132--2046337	46	4.5	46	93	1	337	35	15	20	28	1.93
2048177--2048283	46	2.4	46	90	4	166	26	26	14	33	1.94
2048177--2048399	45	4.6	45	74	20	191	28	24	13	34	1.93
2048218--2048345	62	2.0	64	91	5	208	28	26	11	33	1.91
2048177--2048390	107	2.0	107	90	3	342	28	24	13	34	1.93
2052228--2052321	48	2.0	48	83	8	120	39	26	13	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2054743--2054836	48	2.0	48	83	8	120	39	26	13	20	1.90
2061714--2061771	23	2.5	24	75	13	66	50	1	0	48	1.11
2061892--2061937	19	2.4	19	82	17	60	39	0	8	52	1.33
2072594--2072647	24	2.2	25	80	9	67	37	1	1	59	1.19
2072616--2072645	9	3.2	9	95	4	51	40	0	0	60	0.97
2075555--2075588	16	2.2	15	89	5	50	29	0	14	55	1.40
2082273--2082334	30	2.1	31	84	6	83	58	12	6	22	1.58
2083897--2084050	77	2.0	77	100	0	308	35	12	15	36	1.86
2084343--2084376	17	2.0	17	88	0	50	35	8	8	47	1.66
2087602--2087626	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2087977--2088003	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2088091--2088148	28	2.1	28	87	6	82	32	0	1	65	1.03
2088629--2088718	44	2.0	44	89	8	139	32	2	5	60	1.32
2094190--2094233	13	3.2	13	79	17	52	22	2	15	59	1.48
2103264--2103312	24	2.0	24	96	0	89	48	6	8	36	1.58
2104487--2104603	60	2.0	59	81	8	139	37	12	6	42	1.70
2105989--2106031	18	2.3	18	80	8	50	37	4	0	58	1.19
2107905--2107930	3	8.7	3	100	0	52	30	0	34	34	1.58
2109863--2109932	22	3.2	21	88	9	97	34	27	1	37	1.66
2109872--2109933	22	2.8	23	92	4	101	35	25	1	37	1.66
2109904--2109962	30	2.0	30	93	0	100	32	33	0	33	1.58
2109934--2109975	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110021--2110081	29	2.1	29	87	6	88	39	0	1	59	1.08
2110172--2110205	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
2112329--2112811	28	18.4	28	80	14	532	46	20	0	31	1.57
2112329--2112789	51	8.9	51	80	12	457	46	21	0	31	1.56
2112346--2112787	23	17.2	23	74	19	249	47	21	0	31	1.54
2116029--2116294	124	2.1	124	90	1	417	30	23	16	29	1.96
2119018--2119047	6	5.2	6	92	8	53	0	13	0	86	0.57
2119018--2119047	11	2.6	12	94	5	53	0	13	0	86	0.57
2121810--2121858	25	1.9	26	91	4	82	40	20	6	32	1.77
2121999--2122025	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
2129812--2129918	53	2.0	53	96	0	196	28	19	14	37	1.91
2131482--2131507	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2138261--2139262	154	6.5	154	95	0	1734	25	23	21	29	1.99
2140357--2140399	18	2.4	17	85	14	52	44	4	0	51	1.22
2141390--2141428	20	1.9	21	85	15	55	41	2	0	56	1.13
2144980--2145013	15	2.3	15	90	10	52	0	11	0	88	0.52
2144980--2145013	8	4.4	8	88	7	52	0	11	0	88	0.52
2145662--2145695	18	1.9	17	88	5	50	2	20	0	76	0.92
2148776--2148819	22	2.0	22	86	4	61	27	6	4	61	1.41
2149066--2149103	13	2.7	15	84	15	55	28	0	0	71	0.87
2151091--2151129	18	2.2	17	86	4	51	58	2	7	30	1.39
2154546--2154609	24	2.5	25	80	7	76	59	3	0	37	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155530--2155554	4	6.2	4	100	0	50	24	24	24	28	2.00
2157587--2157656	19	3.6	19	69	17	63	34	2	1	61	1.20
2157588--2157771	40	4.5	40	85	7	219	35	3	0	60	1.17
2157589--2157771	41	4.5	41	87	6	246	34	3	0	61	1.17
2158308--2158337	14	2.1	15	93	6	53	26	0	3	70	1.03
2158349--2158408	19	3.2	18	79	11	68	40	0	6	53	1.27
2158354--2158422	19	3.5	20	79	11	65	33	0	7	59	1.25
2160298--2160322	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2161373--2161416	19	2.3	19	84	7	54	34	4	2	59	1.30
2161380--2161422	19	2.3	19	84	15	63	32	4	2	60	1.30
2161751--2161779	14	2.0	15	93	6	51	58	6	6	27	1.50
2169030--2169058	14	2.1	14	100	0	58	51	6	34	6	1.55
2180353--2180399	22	2.1	23	88	11	71	51	2	0	46	1.13
2185956--2186006	22	2.3	22	79	0	57	41	3	3	50	1.39
2189571--2189619	11	4.2	12	76	7	57	46	2	0	51	1.12
2189577--2189632	23	2.3	23	78	6	67	44	5	0	50	1.25
2192538--2192582	22	2.0	22	95	0	81	26	28	8	35	1.87
2201008--2201048	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2205919--2205955	19	1.9	19	100	0	74	32	5	27	35	1.79
2216483--2216706	114	2.0	114	96	0	412	31	15	27	25	1.96
2226678--2226753	29	2.5	29	77	10	73	42	11	3	42	1.60
2228244--2228312	29	2.3	29	80	14	86	23	10	13	53	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2229726--2229751	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
2232338--2232389	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
2232903--2232928	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
2244968--2245002	6	5.8	6	96	0	52	14	22	34	28	1.93
2247848--2248476	305	2.1	304	93	2	1064	25	11	20	42	1.85
2263525--2263701	88	2.0	88	98	0	345	36	10	22	31	1.87
2265085--2265176	43	2.2	41	82	9	105	67	2	1	29	1.09
2272082--2272703	304	2.0	306	94	2	1079	43	20	12	24	1.85
2278048--2278072	8	3.1	8	100	0	50	12	40	0	48	1.40
2278544--2278585	20	2.3	18	77	18	50	28	14	4	52	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221