genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  53  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15191426--15191699	48	5.8	47	78	16	241	45	20	1	33	1.58
15191482--15191579	39	2.5	39	93	0	169	44	23	0	31	1.53
15191465--15191535	14	4.6	14	72	24	63	43	26	0	29	1.55
15191530--15191586	30	1.9	30	85	7	80	47	21	0	31	1.51
15191521--15191714	99	1.9	102	88	7	299	45	18	2	34	1.61
15191441--15191714	45	5.9	46	73	20	207	45	19	1	33	1.59
15194075--15194252	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
15194075--15194252	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
15202082--15202259	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
15202082--15202259	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
15206013--15206162	43	3.5	43	81	3	142	33	21	18	26	1.96
15207411--15207553	58	2.5	56	76	14	130	43	3	4	48	1.39
15207464--15207508	24	2.0	23	87	12	67	42	4	0	53	1.21
15209265--15209302	18	2.1	18	100	0	76	34	5	10	50	1.59
15209838--15209872	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
15210539--15210759	45	4.9	45	90	0	316	38	14	20	26	1.91
15210542--15210786	90	2.7	90	84	3	235	38	14	20	26	1.91
15212474--15212515	21	2.0	21	95	0	75	45	7	14	33	1.72
15227356--15227399	22	2.0	22	81	0	52	40	18	22	18	1.91
15230538--15230599	26	2.4	26	88	0	88	40	9	14	35	1.79
15238992--15239059	25	2.7	26	84	6	88	36	7	25	30	1.83
15239490--15239614	62	2.0	62	93	0	214	23	16	17	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15241718--15241895	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
15241718--15241895	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
15249723--15249900	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
15249723--15249900	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
15264276--15264328	14	3.7	13	81	16	52	66	1	1	30	1.13
15264276--15264326	16	3.4	14	77	17	50	66	1	1	29	1.13
15268084--15268110	13	2.1	13	100	0	54	33	7	22	37	1.82
15279644--15279703	31	1.9	31	100	0	120	60	6	3	30	1.39
15279702--15279730	13	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
15281751--15281782	6	5.3	6	100	0	64	34	0	0	65	0.93
15293739--15293820	26	3.2	26	85	3	112	17	20	17	45	1.86
15293745--15293949	24	8.3	24	65	16	73	19	21	19	39	1.93
15294718--15294746	8	3.6	8	100	0	58	48	10	13	27	1.75
15296274--15296342	27	2.6	27	83	4	77	20	30	15	33	1.94
15302763--15302940	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
15302784--15302939	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
15304181--15304244	24	2.7	24	69	11	60	18	21	3	56	1.56
15326806--15326846	15	2.8	15	78	14	50	63	0	29	7	1.21
15340384--15340477	30	3.1	30	93	1	152	41	6	24	27	1.79
15345050--15345127	15	5.2	15	70	11	70	42	7	23	26	1.81
15345044--15345137	30	3.1	30	95	1	161	41	6	25	26	1.79
15347832--15347865	18	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15349423--15349766	50	6.9	50	70	0	213	22	21	23	32	1.98
15349405--15350057	100	6.6	100	83	6	669	23	20	23	32	1.98
15349742--15349906	51	3.3	51	69	8	165	23	20	23	32	1.98
15349580--15349955	50	7.5	50	66	11	160	24	19	23	32	1.97
15351310--15351378	6	10.1	7	77	19	67	11	17	1	69	1.25
15351310--15351368	19	3.0	19	77	5	64	11	16	0	71	1.15
15351313--15351361	25	1.9	26	91	4	82	10	16	0	73	1.09
15351318--15351368	15	3.7	15	80	15	58	9	17	0	72	1.11
15352686--15352723	19	2.0	19	100	0	76	47	10	15	26	1.78
15353080--15353113	18	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
15356103--15356490	212	1.9	203	88	4	578	29	11	19	39	1.87
15359735--15359794	13	4.5	13	71	19	52	76	1	3	18	1.00
15371067--15371092	9	2.9	9	100	0	52	0	0	30	69	0.89
15380527--15380626	41	2.4	41	98	0	191	21	29	27	23	1.99
15380611--15380704	25	3.8	25	80	5	109	28	26	20	24	1.99
15383236--15383380	69	2.1	69	79	7	152	51	7	3	37	1.48
15383772--15383811	19	2.1	19	85	0	53	37	2	5	55	1.35
15385115--15385234	61	2.0	61	86	3	170	39	3	6	50	1.45
15385186--15385231	15	2.9	17	75	18	53	41	2	0	56	1.11
15387167--15387221	26	2.1	26	93	0	92	34	21	21	21	1.97
15387380--15387471	27	3.4	27	89	0	112	20	14	22	42	1.88
15387384--15387554	54	3.2	54	77	0	153	19	16	21	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15387413--15387554	27	5.3	27	84	0	140	18	16	21	44	1.87
15390073--15390227	69	2.2	69	94	0	265	23	22	17	36	1.95
15392186--15392566	90	4.3	90	79	4	285	29	19	14	36	1.91
15392304--15392540	90	2.6	89	84	2	312	27	18	14	38	1.91
15398432--15398825	39	10.1	39	79	0	358	17	19	29	33	1.95
15405662--15405712	17	3.1	17	74	20	54	37	0	15	47	1.46
15406022--15406449	39	11.0	39	85	3	531	16	18	30	34	1.93
15410089--15410128	18	2.4	16	91	8	62	22	5	2	70	1.19
15412229--15412284	22	2.5	22	85	0	67	35	7	23	33	1.82
15413497--15413534	19	2.0	19	100	0	76	42	10	10	36	1.74
15417638--15417662	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
15417965--15418107	61	2.4	60	84	11	186	41	0	1	55	1.13
15418760--15418785	12	2.2	12	100	0	52	15	15	23	46	1.83
15418791--15418886	39	2.4	40	89	5	142	42	23	16	16	1.88
15418920--15419085	41	4.0	41	80	3	190	23	18	28	29	1.98
15418926--15419110	41	4.5	41	77	6	167	24	18	25	31	1.97
15418924--15419110	82	2.3	82	78	2	187	24	18	25	31	1.98
15420225--15420284	7	8.7	7	81	3	59	16	1	40	41	1.58
15420697--15420744	24	2.0	25	83	4	62	35	4	2	58	1.29
15420966--15421052	41	2.1	41	91	0	138	31	16	16	36	1.90
15424732--15424887	43	3.6	43	88	1	215	23	17	28	30	1.97
15433575--15433716	27	5.3	27	81	8	184	19	19	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15433575--15433716	54	2.7	53	90	2	232	19	19	20	40	1.91
15434638--15434719	34	2.3	37	81	10	100	56	8	28	7	1.56
15434629--15434719	37	2.5	36	75	15	98	54	8	27	8	1.60
15440937--15441015	28	3.0	28	81	7	94	29	20	24	26	1.99
15441368--15441565	27	7.3	27	80	5	204	21	17	19	41	1.90
15441370--15441565	54	3.6	55	81	8	233	21	17	19	41	1.90
15441368--15441565	81	2.4	81	84	1	254	21	17	19	41	1.90
15442530--15442592	27	2.3	27	88	0	90	50	9	30	9	1.66
15443249--15443397	35	4.2	35	89	0	208	39	30	16	14	1.87
15444971--15445017	18	2.5	19	79	3	51	65	2	8	23	1.31
15449163--15449236	36	2.1	36	89	0	112	24	18	14	41	1.89
15451437--15451501	20	3.3	20	64	20	55	49	9	26	15	1.74
15451425--15451503	39	2.0	39	92	0	131	50	8	22	17	1.74
15453008--15453120	54	2.1	54	95	3	201	37	11	14	37	1.82
15465461--15465508	20	2.3	22	85	7	64	54	12	0	33	1.38
15467399--15467548	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
15467371--15467548	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
15467372--15467527	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
15486588--15486758	50	3.4	50	83	4	220	21	29	21	28	1.98
15494017--15494242	50	4.6	50	81	4	210	22	28	19	28	1.98
15494063--15494242	100	1.8	100	85	0	252	22	29	20	27	1.98
15497953--15498162	9	23.2	9	69	17	98	36	2	18	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15498017--15498278	56	4.8	56	76	11	292	35	2	18	43	1.64
15498017--15498179	51	3.1	52	83	8	195	34	1	20	42	1.63
15497992--15498278	107	2.7	105	85	8	359	35	2	18	43	1.65
15498236--15498272	9	4.2	9	89	3	58	32	0	21	45	1.52
15500113--15500188	39	1.9	38	87	10	109	35	6	5	52	1.50
15500672--15500716	14	3.4	13	82	11	56	44	44	0	11	1.39
15501078--15501156	21	3.7	21	73	11	72	39	36	0	24	1.55
15501536--15501749	41	5.2	40	80	3	232	25	30	21	22	1.98
15501539--15501749	81	2.6	82	82	3	255	26	30	20	22	1.98
15510708--15510773	31	2.1	31	100	0	132	51	0	6	42	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221