genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15790625--15790781	24	6.7	24	71	5	108	33	12	15	38	1.85
15790651--15790753	23	4.4	23	69	8	75	33	13	15	36	1.87
15790619--15790781	47	3.5	47	89	3	240	33	12	15	39	1.84
15794454--15794511	22	2.6	22	75	0	62	62	10	6	20	1.50
15799633--15799664	15	2.1	15	94	0	55	68	3	6	21	1.26
15804894--15804932	3	13.0	3	89	10	62	66	0	2	30	1.05
15805940--15805979	19	2.2	18	86	4	53	5	25	52	17	1.64
15816362--15816400	18	2.2	18	85	0	51	58	10	5	25	1.51
15816435--15816512	37	2.1	37	83	4	95	29	29	0	41	1.57
15818198--15818257	20	3.0	20	78	4	66	13	30	33	23	1.93
15819473--15819542	34	2.1	34	97	0	131	27	5	27	40	1.79
15820929--15820975	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
15821643--15821944	27	11.3	26	83	6	291	41	23	17	17	1.89
15821643--15821944	54	5.6	53	82	6	322	41	23	17	17	1.89
15822107--15822213	26	4.1	26	85	4	144	18	16	25	39	1.92
15825461--15825649	64	3.0	64	87	0	252	34	22	19	23	1.96
15832796--15832820	11	2.3	11	100	0	50	28	20	8	44	1.79
15833938--15833985	22	2.2	20	75	13	51	54	2	2	41	1.24
15833943--15833984	22	1.9	21	85	9	57	50	2	2	45	1.27
15837675--15837704	9	3.3	9	90	0	51	46	13	10	30	1.75
15837781--15837826	20	2.2	20	84	3	56	60	8	0	30	1.26
15837789--15837854	19	3.4	19	83	8	80	56	6	0	37	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15838004--15838028	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
15838252--15838291	21	1.9	21	89	0	62	57	12	10	20	1.63
15845238--15845272	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
15847079--15847125	10	4.7	10	79	7	51	74	2	0	23	0.93
15847682--15847711	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
15853994--15854102	40	2.7	40	88	2	146	20	28	32	19	1.97
15854279--15854356	11	6.9	12	84	12	96	23	33	1	42	1.62
15854316--15854415	51	2.0	51	88	4	148	27	26	3	44	1.69
15858439--15859006	126	4.5	125	86	3	757	30	22	16	30	1.96
15860950--15860980	15	2.1	15	93	0	53	22	16	12	48	1.80
15869391--15869451	32	1.9	32	96	0	113	50	18	3	27	1.62
15869391--15869462	32	2.4	30	86	11	96	50	19	2	27	1.62
15897119--15897175	27	2.1	27	83	3	69	52	1	1	43	1.21
15898318--15898364	16	2.9	16	90	0	76	36	2	36	25	1.68
15898344--15898437	44	2.1	44	84	5	118	30	4	27	37	1.76
15898578--15898619	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
15898587--15898628	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
15898581--15898923	120	2.9	120	97	0	652	49	6	1	42	1.37
15898813--15898859	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
15904606--15904649	18	2.5	18	85	3	54	47	9	15	27	1.76
15904669--15904758	42	2.1	42	97	0	171	34	16	4	44	1.68
15910530--15910559	14	2.1	14	100	0	60	53	20	0	26	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15922421--15922445	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
15931255--15931475	30	7.4	30	75	8	141	35	11	27	25	1.90
15931255--15931417	90	1.8	89	86	4	238	34	11	28	26	1.90
15931255--15931447	60	3.2	59	75	9	194	35	11	28	24	1.91
15931246--15931447	90	2.3	89	78	7	223	36	12	27	23	1.92
15931364--15931505	60	2.4	60	80	4	162	36	13	26	23	1.92
15937845--15937875	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
15937936--15937985	23	2.2	23	82	7	57	50	2	0	48	1.12
15940998--15941045	18	2.7	18	78	15	55	58	2	4	35	1.29
15943219--15943245	14	1.9	14	100	0	54	59	7	7	25	1.51
15947312--15947462	23	6.6	23	75	0	122	40	22	15	21	1.91
15947324--15947452	69	1.9	69	81	0	159	40	22	14	22	1.90
15947312--15947484	46	3.8	46	79	0	148	41	20	14	23	1.89
15972742--15972809	30	2.3	30	79	5	75	39	11	11	36	1.79
15977126--15977150	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
15977776--15977832	30	1.9	30	89	7	89	24	5	10	59	1.51
15986143--15986185	22	2.0	22	81	9	52	27	11	4	55	1.55
15990270--15990403	68	2.0	68	83	2	171	46	4	2	46	1.38
15990346--15990422	37	2.1	37	85	4	102	51	0	1	46	1.09
15990633--15990670	19	2.0	19	89	0	58	26	26	10	36	1.89
15992388--15992438	26	2.0	26	100	0	102	33	35	11	19	1.88
15992927--15993090	62	2.6	63	80	4	190	27	31	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16003964--16003998	17	2.1	17	89	5	54	45	5	0	48	1.26
16006713--16006752	15	2.9	13	82	13	53	20	0	2	77	0.88
16007482--16007518	19	1.9	19	88	0	56	40	2	10	45	1.53
16013186--16013529	102	3.4	101	89	2	476	29	15	25	29	1.96
16013186--16013523	51	6.7	50	82	5	374	28	15	26	29	1.96
16013721--16013793	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
16021624--16021760	63	2.2	63	80	2	150	26	8	30	34	1.87
16021757--16021937	63	2.9	63	78	1	175	28	6	32	32	1.83
16023359--16023401	9	4.8	9	97	0	68	44	16	11	27	1.82
16024930--16025023	14	6.7	14	70	0	71	54	6	19	20	1.65
16024923--16025007	28	3.0	28	79	6	91	52	5	20	21	1.66
16024959--16025023	28	2.3	28	94	0	112	55	7	20	16	1.65
16028415--16028478	3	21.3	3	90	6	103	64	0	1	34	1.03
16028910--16028984	19	3.8	19	87	6	114	36	16	10	37	1.83
16029415--16029583	44	3.8	44	88	0	248	28	23	18	28	1.98
16029666--16029892	44	5.2	43	61	10	100	20	23	28	26	1.99
16029594--16030260	88	7.5	88	88	1	915	20	23	27	29	1.99
16029594--16030260	177	3.8	176	89	1	933	20	23	27	29	1.99
16029583--16030260	265	2.6	264	88	1	964	20	23	27	28	1.99
16031655--16031713	29	2.0	29	96	0	109	28	15	13	42	1.85
16037804--16037878	19	3.8	19	86	6	114	36	16	10	37	1.83
16040917--16040976	29	2.1	29	81	6	68	30	6	15	48	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16046444--16047123	113	6.0	113	85	2	871	25	22	24	26	2.00
16046444--16047121	228	3.0	226	85	3	914	25	22	24	26	2.00
16047352--16047400	15	3.3	15	80	5	55	22	0	32	44	1.53
16047348--16047487	7	19.6	7	70	15	54	21	0	32	46	1.52
16047348--16047488	21	6.6	21	71	11	74	21	0	32	46	1.52
16047755--16047818	14	4.5	14	78	3	65	25	0	39	35	1.56
16048447--16048490	21	2.2	20	88	12	63	79	0	4	15	0.89
16052307--16052376	21	3.2	21	77	15	79	32	21	42	2	1.67
16054102--16054147	20	2.3	20	92	0	74	28	4	15	52	1.61
16058600--16058645	20	2.3	20	92	0	74	28	4	15	52	1.61
16059814--16059841	9	3.1	9	100	0	56	32	0	0	67	0.91
16065186--16065212	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
16072112--16072160	4	12.2	4	100	0	98	24	0	24	51	1.49
16077141--16077165	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
16080084--16080142	21	2.8	21	76	0	73	30	13	23	32	1.93
16083018--16083210	42	4.6	42	82	3	201	47	16	19	17	1.83
16083018--16083209	84	2.3	83	84	3	251	47	16	18	17	1.83
16082999--16083209	21	10.1	21	67	5	115	46	16	19	17	1.84
16084644--16085099	232	2.0	232	93	0	788	35	18	18	27	1.95
16090958--16091022	22	3.1	21	81	12	71	36	9	13	40	1.77
16091215--16091259	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
16091542--16091617	36	2.1	37	82	7	93	39	9	0	51	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16102585--16102652	30	2.3	30	80	14	79	61	8	2	26	1.40
16103332--16103371	20	2.0	19	85	9	53	72	0	10	17	1.11
16114584--16114620	19	1.9	19	88	0	56	24	8	2	64	1.34
16121282--16121316	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
16121262--16121779	120	4.3	120	94	0	840	50	4	1	43	1.32
16121400--16121436	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
16121520--16121556	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
16121642--16121688	18	2.6	18	90	6	69	57	0	0	42	0.98
16121660--16121856	102	1.9	103	97	1	378	51	5	1	41	1.32
16125302--16125388	37	2.3	37	81	13	99	33	21	1	43	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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