genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19467724--19467775	17	2.9	18	77	13	54	25	5	1	67	1.23
19474531--19474790	133	2.0	133	92	3	434	37	21	9	31	1.85
19483470--19483532	32	2.0	32	100	0	126	47	15	19	17	1.83
19498901--19498975	39	1.9	39	89	5	116	25	2	26	45	1.67
19501143--19501300	42	3.8	42	85	3	185	16	37	24	21	1.93
19503102--19503382	146	1.9	146	94	0	490	29	11	18	40	1.86
19505431--19505615	101	1.8	102	84	3	257	26	17	24	31	1.97
19505488--19505615	51	2.5	51	80	12	138	25	16	25	32	1.96
19505795--19505826	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
19508377--19508554	27	6.6	26	82	6	169	26	15	28	28	1.96
19508378--19508533	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
19508374--19508554	82	2.2	81	81	2	211	27	16	28	28	1.97
19508459--19508565	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
19526314--19526353	19	2.0	20	85	4	55	7	7	5	80	1.03
19526371--19526395	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
19526437--19526539	21	5.1	20	74	20	81	37	0	0	61	1.03
19526436--19526519	37	2.2	38	83	10	102	35	1	0	63	1.03
19526474--19526539	22	3.1	21	85	8	89	37	0	0	62	0.96
19526479--19526534	23	2.4	23	85	8	78	35	0	0	64	0.94
19532142--19532176	18	1.9	18	94	0	61	51	2	2	42	1.31
19532142--19532184	18	2.4	18	88	0	59	44	4	2	48	1.36
19532213--19532246	9	3.7	9	88	4	50	11	2	0	85	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19532512--19532585	22	3.1	22	72	16	60	56	4	2	36	1.32
19532709--19532761	21	2.7	21	85	8	67	58	0	1	39	1.09
19532716--19532797	21	3.8	21	79	10	76	58	0	2	39	1.11
19532738--19532792	22	2.5	21	77	13	58	58	0	1	40	1.09
19532781--19532827	19	2.4	19	83	16	69	63	6	0	29	1.19
19534827--19534876	23	2.2	23	85	7	66	42	22	10	26	1.84
19536988--19537021	16	2.2	15	89	5	50	79	2	0	17	0.86
19538070--19538110	19	2.2	19	86	0	55	26	2	7	63	1.33
19543038--19543097	27	2.2	27	90	0	93	75	13	5	6	1.18
19544615--19544724	55	2.0	55	98	0	211	37	10	26	25	1.89
19545321--19545458	42	3.2	43	66	17	113	24	21	26	27	1.99
19545304--19545748	87	5.1	87	86	1	568	28	23	24	23	1.99
19545888--19546005	44	2.7	44	81	2	130	28	16	22	32	1.96
19545933--19546092	85	1.9	85	81	2	196	28	18	23	28	1.98
19546273--19546304	12	2.7	12	95	0	55	78	0	0	21	0.76
19547367--19547407	19	2.2	19	86	0	55	26	2	7	63	1.33
19549594--19549626	16	2.0	17	88	5	50	48	0	6	45	1.27
19554642--19554684	22	2.0	23	86	9	63	62	6	13	16	1.51
19556815--19556859	23	1.9	23	82	13	56	15	4	40	40	1.67
19556901--19557140	125	1.9	124	88	4	356	27	14	24	33	1.94
19557066--19557270	84	2.4	85	95	1	367	23	19	23	33	1.97
19560417--19561560	28	43.5	28	76	15	908	29	0	22	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19560409--19561592	51	22.7	51	78	14	1018	29	0	23	47	1.53
19560455--19560497	23	2.0	21	86	13	61	25	0	25	48	1.51
19560538--19560647	23	4.8	21	76	15	78	27	0	21	50	1.55
19560631--19560696	34	1.9	34	96	0	123	27	0	30	42	1.56
19560708--19560756	23	2.4	18	72	27	53	26	0	22	51	1.49
19560618--19560832	62	3.7	61	79	11	215	28	0	25	46	1.53
19561139--19561223	23	4.1	20	78	17	84	27	1	22	49	1.57
19563961--19564002	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
19564004--19564095	22	4.2	23	80	13	104	41	0	28	30	1.56
19563952--19564054	52	2.0	51	81	12	122	33	0	33	33	1.58
19564004--19564095	44	2.1	44	84	8	116	41	0	28	30	1.56
19566177--19566230	27	2.0	27	86	10	76	40	0	22	37	1.54
19566177--19566248	30	2.5	30	82	6	78	38	0	23	37	1.55
19566206--19566282	38	2.1	38	85	7	104	41	0	22	36	1.54
19569889--19570018	59	2.2	60	79	6	149	50	8	6	34	1.60
19573114--19573165	21	2.4	21	83	3	59	17	1	30	50	1.57
19576010--19576110	41	2.5	41	87	4	150	30	15	11	41	1.84
19584799--19584834	17	2.2	16	90	5	54	75	11	11	2	1.16
19587914--19587955	22	1.9	22	95	0	75	28	26	16	28	1.97
19589034--19589082	16	3.1	16	90	0	80	38	4	30	26	1.75
19589037--19589089	16	3.3	16	82	10	63	39	3	30	26	1.74
19589319--19589354	18	2.0	18	100	0	72	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19589301--19589774	120	4.0	120	94	2	834	52	4	0	41	1.28
19589528--19589568	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
19589530--19589608	26	2.8	28	84	9	90	59	1	0	39	1.06
19589651--19589723	10	7.9	10	66	17	50	56	1	0	42	1.08
19589301--19589774	237	2.0	237	94	2	828	52	4	0	41	1.28
19591166--19591269	49	2.1	49	92	0	172	50	10	7	30	1.65
19593607--19593640	16	2.1	16	100	0	68	76	0	0	23	0.79
19595896--19596178	50	5.7	50	82	2	302	27	19	29	22	1.98
19595904--19596178	99	2.8	99	80	5	252	27	20	28	23	1.99
19597647--19597793	78	1.9	78	85	2	206	26	14	23	35	1.94
19598685--19598732	20	2.5	19	83	9	62	70	4	18	6	1.25
19599484--19599535	16	3.2	16	76	13	52	15	19	19	46	1.85
19610764--19610859	30	3.2	30	83	5	131	29	9	17	43	1.80
19610763--19610853	31	3.0	30	85	4	112	29	10	16	42	1.82
19622206--19622230	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
19624649--19624692	7	6.3	7	94	0	79	40	27	0	31	1.56
19629096--19629138	16	2.8	16	92	3	70	41	0	16	41	1.48
19629137--19629171	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19629130--19629311	59	3.0	61	68	15	178	44	0	4	50	1.28
19629448--19629544	44	2.2	45	87	5	135	34	28	5	31	1.79
19629524--19629556	16	2.1	16	94	0	57	21	33	6	39	1.78
19629700--19629778	26	3.1	25	80	7	95	44	3	1	50	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19629700--19629800	52	2.0	52	84	7	136	46	4	2	45	1.40
19631582--19631619	18	2.1	18	85	9	51	34	15	5	44	1.69
19632135--19632179	23	1.9	24	86	4	65	26	53	2	17	1.56
19636070--19636110	20	2.0	20	85	4	55	65	4	0	29	1.13
19641078--19641315	41	5.8	40	83	2	287	20	21	29	28	1.98
19641077--19641315	123	2.0	121	85	1	325	20	20	29	29	1.98
19641630--19641673	20	2.1	21	91	4	72	27	0	25	47	1.52
19641722--19641754	14	2.3	15	89	5	50	30	3	30	36	1.73
19641756--19641782	14	1.9	14	100	0	54	22	0	33	44	1.53
19641778--19641828	7	7.3	7	79	0	57	21	0	49	29	1.50
19641786--19641818	14	2.4	14	100	0	66	21	0	48	30	1.50
19641779--19641828	21	2.4	21	86	6	66	22	0	48	30	1.51
19641779--19641838	21	2.8	20	80	14	59	21	0	45	33	1.52
19641831--19641878	26	1.9	24	87	8	69	22	0	31	45	1.53
19641843--19642017	96	1.8	96	88	0	269	27	1	26	44	1.64
19642084--19642116	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
19642134--19642166	14	2.4	14	100	0	66	21	0	48	30	1.50
19642133--19642176	21	2.1	21	87	8	63	22	0	50	27	1.50
19641737--19642371	348	1.8	347	95	1	1157	26	1	31	40	1.66
19642121--19642222	7	14.7	7	71	19	54	21	0	39	39	1.54
19642203--19642392	96	2.0	96	87	0	272	26	1	30	42	1.65
19643247--19643511	147	1.8	147	91	1	444	42	13	12	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19643593--19643657	21	3.0	22	78	13	82	24	47	3	24	1.66
19645970--19645999	13	2.3	13	100	0	60	50	30	6	13	1.67
19650758--19650981	43	5.2	43	82	4	263	21	18	29	30	1.97
19656297--19656327	13	2.4	13	94	0	53	51	0	9	38	1.35
19661777--19661986	42	5.0	42	84	2	269	27	24	20	27	1.99
19666393--19666439	23	2.0	23	95	0	85	27	21	19	31	1.97
19668220--19668251	12	2.7	12	100	0	64	37	18	6	37	1.76
19668346--19668381	15	2.4	15	90	0	54	36	13	27	22	1.92
19673797--19673859	30	2.1	30	88	5	92	33	17	17	31	1.93
19674235--19674268	16	2.2	16	94	5	61	26	5	14	52	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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