genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6463779--6463833	27	2.0	28	86	6	78	54	1	3	40	1.28
6464699--6464736	15	2.4	16	82	8	51	52	5	0	42	1.24
6469716--6469749	17	1.9	18	94	5	61	58	0	8	32	1.29
6471437--6471586	44	3.4	42	69	17	117	26	20	22	31	1.98
6471385--6471579	88	2.2	86	88	1	291	25	23	20	31	1.98
6471816--6472575	50	15.2	50	67	5	361	25	23	20	30	1.98
6471816--6472634	100	8.2	100	92	0	1262	25	23	20	31	1.98
6477147--6477186	18	2.2	18	90	4	62	70	7	2	20	1.24
6477127--6477179	9	5.7	9	76	14	54	73	1	5	18	1.12
6477147--6477186	19	2.2	19	86	13	57	70	7	2	20	1.24
6480052--6480104	16	3.2	16	72	2	52	49	5	5	39	1.50
6481550--6481602	26	2.0	26	85	7	72	35	13	13	37	1.83
6485898--6485942	14	3.3	14	84	3	56	40	33	6	20	1.78
6485949--6485978	14	2.1	14	93	0	51	33	3	20	43	1.68
6486416--6486469	27	2.0	28	85	3	74	51	24	3	20	1.63
6486471--6486507	19	1.9	19	89	10	58	45	35	5	13	1.66
6486495--6486563	28	2.5	28	75	15	72	52	24	1	21	1.55
6486971--6487015	21	2.1	21	83	0	54	53	28	0	17	1.44
6487214--6487239	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
6487265--6487328	27	2.3	27	81	7	76	57	21	0	20	1.40
6487285--6487322	20	1.9	20	88	0	58	57	21	0	21	1.40
6487401--6487494	7	13.6	7	74	12	52	52	28	0	19	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6487452--6487490	20	2.0	20	84	0	51	46	35	0	17	1.49
6487403--6487512	56	2.0	55	82	5	132	51	29	0	19	1.47
6487622--6487668	14	3.4	14	82	8	51	53	23	0	23	1.47
6487707--6487793	28	3.1	28	73	6	79	51	26	2	19	1.58
6487733--6487793	14	4.4	14	73	8	52	50	27	1	19	1.57
6487763--6487857	7	13.7	7	69	12	54	44	37	1	16	1.55
6492481--6492783	164	1.8	164	98	0	588	29	14	15	40	1.87
6501936--6502007	23	3.0	25	78	15	62	22	22	19	36	1.95
6506907--6506932	7	3.7	7	100	0	52	15	0	23	61	1.33
6508644--6508682	20	2.0	20	94	0	69	46	7	0	46	1.31
6509908--6510527	159	3.9	159	92	1	981	28	11	40	20	1.87
6511930--6511956	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
6512149--6512182	17	2.0	17	88	0	50	52	32	0	14	1.42
6513195--6513220	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
6516449--6516651	109	1.8	111	88	2	311	32	23	12	32	1.92
6517617--6517663	19	2.5	19	96	0	85	14	4	42	38	1.66
6517814--6517854	20	2.1	19	90	4	64	75	0	2	21	0.92
6517813--6517868	16	3.2	16	83	16	60	76	0	3	19	0.93
6517817--6517866	20	2.4	21	83	9	59	78	0	4	18	0.91
6523732--6523892	9	17.2	9	67	19	62	62	2	4	29	1.29
6523765--6523892	19	6.7	19	68	13	66	60	2	4	32	1.30
6523764--6523835	28	2.5	29	82	13	87	62	0	2	34	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6523803--6523863	20	3.1	21	81	11	67	65	4	4	24	1.32
6523766--6523844	29	2.8	28	78	3	86	60	2	3	32	1.28
6524184--6524252	31	2.3	31	89	2	104	34	0	0	65	0.93
6524195--6524265	21	3.7	21	74	18	66	30	0	0	69	0.89
6524233--6524267	17	2.0	18	94	5	63	20	0	0	80	0.72
6526501--6526544	5	8.8	5	100	0	88	61	0	0	38	0.96
6540213--6540254	20	2.1	20	90	0	66	33	7	7	52	1.56
6540219--6540262	20	2.2	20	87	0	61	34	6	9	50	1.61
6540714--6540755	22	1.9	22	85	0	57	30	2	2	64	1.19
6540879--6541442	87	6.5	87	87	3	681	31	14	10	44	1.78
6540879--6541551	261	2.6	257	82	7	757	31	13	10	45	1.77
6549505--6549557	22	2.3	24	78	18	67	47	0	1	50	1.12
6554278--6554337	27	2.3	26	91	5	95	65	1	0	33	1.03
6555790--6555835	24	2.0	23	82	4	56	67	10	10	10	1.43
6557035--6557076	18	2.3	19	83	8	59	26	7	11	54	1.62
6563163--6563200	20	1.9	20	88	0	58	60	2	5	31	1.33
6570868--6570896	10	2.7	11	94	5	51	41	0	20	37	1.53
6571433--6571590	73	2.1	74	84	4	203	18	30	18	32	1.95
6571436--6571590	25	6.3	25	77	4	136	18	30	19	31	1.95
6574320--6574360	20	2.0	21	85	4	57	31	2	0	65	1.05
6581252--6581398	43	3.4	43	79	6	129	32	25	16	25	1.96
6581291--6581416	44	3.0	42	77	5	128	34	25	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6583326--6583352	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
6584226--6584319	9	10.4	9	92	0	152	23	8	23	44	1.80
6594853--6594893	21	1.9	22	85	5	57	9	14	2	73	1.19
6601597--6601637	21	1.9	22	85	14	59	60	9	4	24	1.47
6602436--6602480	16	2.6	17	82	6	56	37	8	20	33	1.83
6606348--6606384	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
6609042--6609109	29	2.3	29	75	9	75	36	29	11	22	1.89
6622734--6622775	3	14.3	3	80	5	50	61	0	2	35	1.09
6622721--6622780	20	2.8	20	82	12	68	61	0	5	33	1.17
6622734--6622780	23	2.0	23	100	0	94	61	0	4	34	1.15
6626551--6626616	24	2.8	24	72	4	62	48	3	9	39	1.50
6626552--6626627	24	3.2	24	67	14	59	51	1	7	39	1.39
6627151--6627182	3	10.7	3	93	0	55	65	0	0	34	0.93
6627779--6627814	19	1.9	19	88	5	56	77	5	11	5	1.10
6636223--6636490	147	1.8	147	90	0	428	28	9	42	19	1.82
6642628--6642674	21	2.3	21	88	3	78	42	0	19	38	1.51
6657610--6657670	32	2.0	30	84	12	79	47	24	4	22	1.71
6658844--6658922	40	2.0	40	94	0	140	36	24	20	18	1.95
6658844--6658942	40	2.5	40	86	3	128	39	23	20	17	1.92
6659038--6659180	41	3.5	41	94	0	241	16	21	32	28	1.95
6659593--6659621	14	2.0	15	93	6	51	31	0	34	34	1.58
6659836--6659887	22	2.4	22	83	6	70	25	1	42	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6667579--6667635	27	2.2	26	81	9	62	24	7	3	64	1.34
6667818--6668049	43	5.4	43	83	5	231	24	17	27	31	1.97
6668709--6668915	41	5.0	41	84	4	254	30	20	23	25	1.98
6668711--6668915	83	2.5	83	83	2	250	30	20	22	25	1.98
6674917--6674960	7	6.0	7	89	10	70	29	0	15	54	1.42
6674890--6675327	34	13.7	30	71	20	126	33	0	19	46	1.54
6674924--6675334	9	48.4	9	76	12	365	33	0	19	45	1.55
6675076--6675103	13	2.2	13	100	0	56	35	0	25	39	1.56
6675071--6675112	22	1.9	22	100	0	84	33	0	23	42	1.55
6676943--6677023	40	2.0	40	82	0	99	38	2	44	14	1.59
6677171--6677620	115	3.9	115	78	7	405	39	19	14	26	1.90
6677879--6678096	14	15.5	14	68	9	77	48	27	1	22	1.59
6678019--6678064	22	2.1	22	88	8	67	54	17	0	28	1.43
6678005--6678071	29	2.3	29	87	5	91	52	20	0	26	1.47
6678068--6678133	24	2.9	22	72	18	62	43	37	1	16	1.57
6678288--6678342	22	2.5	22	82	8	60	56	20	0	23	1.42
6685843--6685885	20	2.0	21	91	8	70	44	13	18	23	1.86
6690757--6691151	194	2.0	196	91	1	643	45	17	9	27	1.78
6692058--6692112	13	4.7	12	77	16	53	25	5	0	69	1.10
6692072--6692104	15	2.3	15	90	10	52	24	3	0	72	0.98
6692059--6692112	24	2.2	25	87	6	76	24	5	0	70	1.08
6692934--6692964	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6700540--6700577	12	3.2	12	85	3	51	78	5	0	15	0.91
6700540--6700577	18	2.2	17	90	4	58	78	5	0	15	0.91
6710205--6710245	21	2.0	21	90	0	64	17	31	21	29	1.96
6710889--6710921	17	2.0	17	94	5	59	48	24	6	21	1.72
6715287--6715556	147	1.8	147	88	3	409	31	10	38	19	1.85
6715975--6716026	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
6721965--6722106	23	6.0	22	70	16	72	55	4	5	34	1.43
6722184--6722232	20	2.5	20	83	3	55	63	6	2	28	1.30
6728812--6728881	17	4.2	16	75	15	63	20	4	0	75	0.96
6728814--6728874	5	11.0	5	75	18	50	19	3	0	77	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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