genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  94  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28564644--28564739	36	2.8	34	79	14	92	56	4	26	13	1.55
28564665--28564739	16	4.6	16	72	26	52	56	2	29	12	1.49
28565972--28566010	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
28566399--28566424	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
28575431--28575492	30	2.1	30	87	0	88	33	8	9	48	1.65
28576142--28576202	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
28585806--28586109	145	2.1	145	98	0	583	34	21	6	37	1.80
28588827--28588905	38	2.1	38	100	0	158	34	20	7	37	1.81
28589079--28589181	43	2.4	43	88	1	143	32	23	17	27	1.97
28589301--28589384	31	2.7	31	79	1	98	41	15	10	32	1.81
28598437--28598553	62	1.9	59	82	5	144	47	5	4	43	1.45
28598529--28598575	17	2.6	18	81	18	53	51	6	2	40	1.39
28600026--28600064	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
28600267--28600411	50	2.9	49	81	5	159	22	27	21	28	1.99
28609093--28609145	15	3.6	14	82	12	63	77	0	16	5	0.96
28609097--28609139	21	2.0	21	95	0	77	79	0	16	4	0.90
28616353--28616392	21	1.9	21	89	0	62	30	12	0	57	1.36
28616822--28617011	41	4.6	40	78	7	209	37	26	14	22	1.92
28616776--28617010	125	1.9	128	83	4	316	35	26	15	22	1.94
28625418--28625496	18	4.4	18	78	0	86	30	26	35	7	1.84
28625421--28625489	36	1.9	36	91	5	113	30	24	36	8	1.86
28629455--28629517	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28634013--28634053	18	2.4	17	91	4	64	14	9	2	73	1.19
28634013--28634077	22	3.2	21	81	10	73	13	7	3	75	1.14
28634388--28634450	21	3.0	21	86	6	83	31	3	31	33	1.74
28634399--28634431	11	3.1	11	82	8	50	33	0	36	30	1.58
28638942--28638980	15	2.5	16	95	4	71	12	10	2	74	1.17
28638959--28639001	21	2.0	23	86	9	63	11	6	4	76	1.13
28638959--28639002	22	2.0	23	90	4	72	11	6	4	77	1.11
28639315--28639377	21	3.0	21	86	6	83	31	3	31	33	1.74
28639326--28639358	11	3.1	11	82	8	50	33	0	36	30	1.58
28641607--28641646	21	2.0	21	85	5	55	15	15	5	65	1.44
28643846--28643884	15	2.5	16	95	4	71	12	10	2	74	1.17
28643863--28643905	21	2.0	23	86	9	63	11	6	4	76	1.13
28643863--28643906	22	2.0	23	90	4	72	11	6	4	77	1.11
28644220--28644282	21	3.0	21	86	6	83	31	3	31	33	1.74
28644231--28644263	11	3.1	11	82	8	50	33	0	36	30	1.58
28648772--28648814	17	2.5	17	100	0	86	16	9	0	74	1.06
28648792--28648838	23	2.0	24	95	4	87	12	6	4	76	1.12
28648795--28648848	23	2.3	23	87	3	72	14	7	3	74	1.18
28648794--28648850	12	4.8	12	76	6	53	14	7	5	73	1.21
28649154--28649196	22	1.9	23	90	4	70	25	4	32	37	1.77
28659144--28659172	14	2.1	14	100	0	58	41	13	20	24	1.89
28662936--28662965	12	2.5	12	94	0	51	26	43	26	3	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28682795--28682872	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
28682825--28683326	174	2.9	174	98	0	968	29	14	24	30	1.95
28698440--28698496	29	2.0	29	85	0	78	24	12	31	31	1.92
28699914--28702599	613	4.4	613	88	2	3620	33	15	11	39	1.84
28703804--28703919	25	4.7	25	77	11	96	25	25	20	29	1.99
28705226--28705256	13	2.4	13	94	0	53	3	19	45	32	1.66
28705665--28707232	600	2.6	604	86	5	2191	32	14	13	40	1.84
28707538--28707602	30	2.2	30	94	0	112	60	15	1	23	1.44
28707639--28707678	11	3.6	11	79	0	53	52	10	15	22	1.71
28707640--28707687	22	2.2	22	81	7	53	56	6	18	18	1.62
28707672--28707713	21	2.0	22	85	4	59	69	16	9	4	1.33
28712792--28712829	12	3.1	13	88	11	62	15	7	5	71	1.28
28717351--28717388	12	3.1	13	88	11	62	15	7	5	71	1.28
28721923--28721960	12	3.1	13	88	11	62	15	7	5	71	1.28
28738650--28738682	17	2.1	16	88	11	50	24	12	27	36	1.91
28748325--28748515	32	5.7	35	82	9	247	18	25	16	39	1.91
28748325--28748515	67	2.9	67	95	0	346	18	25	16	39	1.91
28751315--28751354	20	1.9	22	90	10	66	12	10	10	67	1.42
28757327--28757404	25	3.2	25	64	10	72	32	28	5	34	1.79
28757276--28757899	49	12.9	49	95	2	1097	29	29	8	32	1.87
28757276--28757899	96	6.5	98	96	1	1097	29	29	8	32	1.87
28762590--28762634	21	2.1	23	88	12	69	68	8	8	13	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28763288--28763332	21	2.1	21	84	8	56	37	15	8	37	1.79
28765434--28765672	35	7.1	34	84	7	310	40	17	23	18	1.91
28765434--28765671	67	3.6	67	97	0	440	40	17	23	18	1.91
28767609--28767649	21	2.0	21	85	9	57	36	2	2	58	1.24
28770074--28770261	42	4.4	42	85	5	216	25	16	24	33	1.96
28770126--28770280	85	1.8	84	83	4	204	23	16	26	32	1.96
28772457--28772570	35	3.3	35	85	2	140	35	34	3	27	1.74
28787071--28787429	41	8.6	40	80	9	396	35	25	16	21	1.94
28787069--28787388	84	3.8	84	94	0	552	37	25	16	20	1.93
28787070--28787429	168	2.2	167	90	2	564	35	25	16	21	1.94
28788594--28788881	51	5.7	50	83	4	294	28	14	26	30	1.95
28788586--28788881	102	2.9	101	85	3	382	30	14	25	30	1.95
28788653--28788881	50	4.5	50	85	3	280	29	15	25	29	1.96
28796005--28796046	21	2.0	22	85	4	59	19	16	28	35	1.93
28801632--28801673	21	2.0	21	86	9	59	11	16	35	35	1.86
28816429--28816478	16	3.1	16	78	16	59	34	14	12	40	1.82
28818102--28818269	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
28818137--28818322	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
28818139--28818322	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
28826047--28826214	40	4.2	40	80	9	121	27	27	20	24	1.99
28826084--28826267	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
28826082--28826267	80	2.3	79	83	9	218	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28843164--28843197	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
28856220--28856544	159	2.0	159	94	0	569	32	19	14	33	1.92
28879795--28880018	40	5.7	40	83	6	269	24	20	28	26	1.99
28879795--28880018	79	2.8	79	84	5	274	24	20	28	26	1.99
28879876--28880037	40	4.1	40	88	5	136	24	21	29	24	1.99
28879795--28880051	79	3.3	79	82	7	220	25	20	28	25	1.99
28898733--28898839	28	3.8	28	77	6	99	34	20	18	26	1.96
28898771--28898839	29	2.4	29	85	2	95	31	18	21	27	1.97
28898715--28898889	28	6.2	28	71	11	88	32	19	17	30	1.95
28898750--28899050	57	5.2	57	76	5	239	36	19	16	27	1.93
28898790--28899080	29	10.1	29	75	5	112	36	18	15	29	1.92
28903591--28903630	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
28903563--28903615	22	2.4	22	87	0	70	52	1	1	43	1.23
28903641--28903780	59	2.4	59	98	0	271	39	4	9	47	1.55
28903762--28903789	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
28905500--28905621	62	2.0	62	82	6	149	31	18	10	39	1.85
28905578--28905640	31	2.0	31	87	0	90	38	22	9	30	1.86
28905700--28905768	25	2.8	24	77	12	68	60	2	2	33	1.26
28912955--28912981	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
28916390--28916448	19	3.1	19	90	4	91	50	8	1	38	1.43
28916436--28916464	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
28922649--28922892	50	4.9	50	84	1	285	27	22	29	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28925404--28925441	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
28929998--28930049	17	2.9	17	80	11	50	57	15	9	17	1.64
28930749--28930804	23	2.4	23	75	21	55	62	1	8	26	1.35
28930768--28930855	24	3.6	24	76	13	81	59	6	5	28	1.46
28931050--28931076	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
28931878--28931921	23	2.0	23	95	4	81	18	9	31	40	1.81
28932329--28932452	44	2.8	44	80	0	140	31	23	19	25	1.98
28932382--28933032	143	4.6	143	86	2	864	27	21	20	30	1.98
28941905--28941956	17	2.9	17	80	11	50	57	15	9	17	1.64
28942668--28942711	22	2.0	23	86	4	63	61	0	9	29	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221