genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3268770--3268804	17	2.1	18	89	10	56	77	0	11	11	1.00
3279839--3280620	156	5.0	156	86	4	1026	29	22	12	34	1.92
3280497--3280748	130	1.9	132	88	4	384	33	23	12	30	1.92
3281859--3281911	22	2.4	22	75	12	54	47	15	7	30	1.73
3282633--3282772	65	2.2	65	82	1	165	37	7	15	39	1.77
3285992--3286091	39	2.5	39	78	10	114	15	14	24	47	1.81
3287986--3288133	74	2.0	74	90	2	235	39	7	11	41	1.69
3290902--3290939	20	2.0	20	90	10	62	34	5	5	55	1.45
3301109--3301147	19	1.9	19	85	10	51	46	10	5	38	1.60
3303821--3303850	12	2.4	13	94	5	53	76	6	0	16	0.99
3303820--3303851	13	2.4	14	85	15	50	78	6	0	15	0.95
3304366--3304411	11	4.2	11	80	0	56	52	13	17	17	1.75
3304778--3304985	109	1.9	109	91	2	337	32	19	17	30	1.95
3306541--3306580	20	2.0	20	85	9	55	2	17	25	55	1.55
3307276--3307691	44	9.6	44	70	12	182	27	19	20	32	1.97
3307355--3307692	46	7.8	46	72	12	227	26	20	21	31	1.98
3307320--3307694	87	4.3	85	73	13	284	26	20	21	31	1.98
3307276--3307565	133	2.2	134	88	4	426	27	19	21	32	1.97
3307320--3307711	44	9.0	44	71	11	195	26	20	20	31	1.98
3307727--3308176	88	5.2	88	94	4	799	24	22	22	30	1.99
3307727--3308176	170	2.6	174	95	3	795	24	22	22	30	1.99
3312504--3312555	19	2.7	20	73	5	54	40	15	17	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3313920--3314127	109	1.9	109	92	2	346	33	19	16	30	1.94
3314631--3314677	10	4.5	10	77	17	51	63	0	4	31	1.13
3315683--3315722	20	2.0	20	85	9	55	2	17	25	55	1.55
3323844--3323935	18	5.2	18	88	2	141	31	16	23	28	1.96
3323844--3323935	35	2.6	36	91	3	159	31	16	23	28	1.96
3327473--3327507	11	3.2	11	83	0	52	68	8	0	22	1.16
3328132--3328171	21	1.9	21	89	0	62	22	12	12	52	1.72
3332084--3332141	27	2.1	28	84	6	75	65	5	0	29	1.14
3332190--3332252	30	2.1	31	90	3	101	49	15	0	34	1.45
3334021--3334078	19	3.0	20	72	12	57	24	1	3	70	1.12
3338022--3338079	3	19.3	3	100	0	116	67	0	32	0	0.91
3338515--3338554	17	2.4	17	84	15	57	67	0	0	32	0.91
3339122--3339223	10	10.8	9	71	17	57	28	3	1	65	1.21
3342771--3343388	302	2.0	306	93	2	1073	32	16	22	28	1.96
3346999--3347082	19	4.6	19	69	19	52	61	2	0	35	1.09
3349789--3349843	27	2.0	27	89	0	83	41	30	5	21	1.76
3361554--3361667	4	28.5	4	98	0	183	50	25	4	20	1.67
3373192--3373358	83	2.0	83	92	0	280	28	20	18	31	1.97
3373277--3374407	100	11.3	101	88	1	1514	23	25	21	29	1.99
3374153--3374408	50	5.1	50	66	7	151	23	26	23	26	2.00
3375709--3375741	7	4.7	7	85	14	50	12	15	0	72	1.12
3376261--3376332	5	14.8	5	74	21	64	38	0	4	56	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3376290--3376332	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
3376337--3376376	18	2.2	19	90	4	64	80	2	15	2	0.93
3377247--3377380	44	3.0	45	81	4	144	35	12	23	28	1.92
3381440--3381465	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
3387118--3387198	29	2.8	29	74	11	76	61	2	6	29	1.33
3387483--3387531	24	2.0	25	84	4	64	30	2	0	67	1.02
3387480--3387565	34	2.5	33	76	16	84	29	1	2	67	1.10
3391331--3391405	37	2.0	37	100	0	150	36	5	21	37	1.76
3392572--3392663	38	2.5	37	82	5	96	28	26	20	25	1.99
3392797--3392850	18	3.1	17	77	17	65	35	20	1	42	1.63
3394074--3394130	29	2.0	29	92	0	96	52	1	0	45	1.11
3410826--3410863	18	2.1	18	90	0	58	36	10	5	47	1.61
3414755--3414779	12	2.1	12	100	0	50	84	16	0	0	0.63
3418832--3418873	14	3.0	14	73	13	50	33	4	4	57	1.41
3418828--3418898	28	2.5	30	77	13	78	35	7	2	54	1.42
3420358--3420573	96	2.3	94	85	3	272	37	15	3	43	1.63
3421052--3421078	9	3.0	9	100	0	54	66	22	11	0	1.22
3438879--3438910	16	2.0	16	100	0	64	37	31	12	18	1.88
3441474--3441521	20	2.3	20	89	3	69	50	6	2	41	1.39
3442252--3442285	17	1.9	17	94	5	59	70	0	0	29	0.87
3442252--3442285	9	3.9	9	92	7	61	70	0	0	29	0.87
3442253--3442297	19	2.5	18	82	7	56	64	0	2	33	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3442309--3442373	29	2.1	31	83	8	80	64	3	3	29	1.23
3442355--3442416	20	3.4	18	75	14	56	64	4	1	29	1.23
3442333--3442419	21	4.3	20	70	12	61	63	3	1	32	1.19
3442912--3442975	20	3.4	19	81	12	62	28	6	4	60	1.41
3446207--3446276	29	2.4	29	79	11	81	54	4	1	40	1.29
3446694--3446725	12	2.4	14	90	10	50	75	0	0	25	0.81
3452405--3452444	22	1.9	22	90	10	66	27	20	7	45	1.78
3468929--3469051	65	1.9	64	85	5	167	44	8	14	31	1.76
3470517--3470572	15	3.6	15	76	13	60	75	0	10	14	1.06
3470515--3470560	14	3.2	14	78	6	56	78	0	8	13	0.97
3470515--3470556	20	2.1	20	82	8	50	78	0	9	11	0.96
3471524--3471561	18	2.1	19	85	9	53	44	36	7	10	1.68
3472774--3472834	26	2.2	29	82	8	83	24	9	3	62	1.41
3474469--3474534	34	1.9	34	87	6	98	34	9	10	45	1.70
3480859--3480917	3	19.7	3	81	6	66	35	1	32	30	1.68
3480914--3480947	15	2.3	15	89	0	50	44	0	41	14	1.45
3501624--3501681	26	2.3	26	84	3	73	44	6	17	31	1.75
3504396--3504443	24	2.0	24	100	0	96	41	4	29	25	1.74
3507243--3507281	21	1.9	21	89	5	62	33	17	5	43	1.72
3507777--3507824	18	2.7	18	78	9	53	37	14	4	43	1.65
3509371--3509407	19	1.9	19	89	10	58	27	8	5	59	1.48
3516477--3516589	55	2.0	59	84	6	153	48	7	16	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3519254--3519446	50	3.8	50	90	0	296	20	30	23	26	1.98
3519784--3519841	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
3526196--3526388	50	3.8	50	90	0	296	20	30	23	26	1.98
3526483--3526513	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
3526726--3526783	30	1.9	30	85	0	80	31	24	1	43	1.64
3529118--3529154	18	2.1	18	94	0	65	51	0	13	35	1.41
3544672--3544743	39	1.9	36	83	13	92	55	0	2	41	1.14
3544976--3545074	47	2.1	48	84	5	130	28	7	3	61	1.37
3544991--3545101	47	2.3	46	79	10	116	29	5	2	62	1.31
3545196--3545416	86	2.5	84	85	7	282	32	9	19	38	1.84
3550850--3550905	28	2.0	29	82	10	71	64	3	1	30	1.21
3552803--3552866	3	21.3	3	84	6	85	62	1	4	31	1.25
3554638--3554964	44	7.8	41	71	13	136	27	20	20	31	1.97
3554650--3554917	80	3.2	80	70	13	270	28	20	19	31	1.97
3554723--3554992	44	6.3	44	69	13	161	27	21	19	31	1.97
3554652--3554968	170	1.9	170	98	0	616	28	20	19	31	1.97
3554690--3554966	83	3.3	82	71	14	267	28	20	19	31	1.97
3571783--3571864	42	2.0	41	81	13	96	25	4	12	57	1.55
3576684--3576781	46	2.1	48	83	7	121	27	7	3	62	1.36
3576896--3577117	85	2.6	86	83	8	272	32	9	20	37	1.85
3576896--3577117	86	2.6	85	85	7	277	32	9	20	37	1.85
3582511--3582573	9	6.8	9	76	7	54	66	1	4	26	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3584460--3584520	3	20.3	3	83	6	79	62	1	4	31	1.26
3586313--3586639	44	7.8	41	71	13	136	27	20	20	31	1.97
3586325--3586592	80	3.2	80	70	13	270	28	20	19	31	1.97
3586398--3586667	44	6.3	44	69	13	161	27	21	19	31	1.97
3586327--3586643	170	1.9	170	98	0	616	28	20	19	31	1.97
3586365--3586641	83	3.3	82	71	14	267	28	20	19	31	1.97
3587786--3587832	21	2.2	21	84	0	58	27	38	8	25	1.85
3588831--3588859	9	3.3	9	90	9	51	10	0	10	79	0.94
3588831--3588861	8	3.8	8	95	4	53	12	0	12	74	1.08
3591440--3591488	19	2.5	20	80	6	57	40	12	20	26	1.87

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