genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27853238--27853284	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
27856536--27856583	12	3.8	12	91	8	69	12	10	2	75	1.14
27861146--27861197	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
27862938--27862976	11	3.6	11	89	6	62	71	10	5	12	1.28
27863015--27863069	14	3.9	14	90	4	92	61	1	12	23	1.40
27864739--27864804	33	2.0	34	85	8	91	27	24	16	31	1.96
27864743--27864815	33	2.2	33	80	7	85	28	21	15	34	1.94
27867215--27867247	11	3.0	11	100	0	66	72	9	0	18	1.10
27867289--27867343	15	3.4	16	90	10	85	60	5	12	21	1.53
27867291--27867343	18	3.1	18	84	10	67	62	5	11	20	1.49
27867813--27867856	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
27868508--27868554	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
27869976--27870000	13	1.9	13	100	0	50	88	4	0	8	0.64
27870071--27870122	14	3.6	14	78	19	54	69	5	9	15	1.35
27870072--27870123	15	3.6	13	82	7	50	71	3	9	15	1.27
27873048--27873094	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
27881264--27881325	13	4.5	14	84	13	67	12	6	3	77	1.08
27881261--27881325	12	5.0	12	77	17	67	15	7	3	73	1.18
27885964--27886011	16	2.8	17	78	9	53	8	12	4	75	1.18
27888534--27888577	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
27895873--27895918	20	2.2	20	88	11	67	8	23	0	67	1.18
27900715--27900762	23	2.2	22	89	10	73	16	8	8	66	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27900715--27900766	11	4.8	11	75	11	54	17	7	7	67	1.39
27901881--27901946	33	2.0	34	85	8	91	27	24	16	31	1.96
27901885--27901957	33	2.2	33	80	7	85	28	21	15	34	1.94
27910072--27910109	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
27910073--27910110	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
27917698--27917741	22	2.0	22	90	0	70	31	4	38	25	1.76
27920935--27920986	23	2.3	21	78	18	52	9	19	3	67	1.35
27928921--27928973	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
27931565--27931605	14	3.0	14	85	7	57	4	24	2	68	1.22
27931568--27931605	13	2.8	14	84	8	51	5	23	2	68	1.23
27931594--27931655	19	3.3	19	82	11	74	6	14	1	77	1.04
27931599--27931677	19	4.2	19	76	15	67	6	13	3	75	1.13
27931566--27931671	36	2.9	36	76	9	106	5	16	3	73	1.17
27933863--27933915	10	5.2	11	86	9	60	16	7	3	71	1.24
27933876--27933901	9	2.9	9	100	0	52	11	0	7	80	0.89
27935437--27935483	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
27937973--27938020	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
27939660--27939691	12	2.7	12	95	0	55	18	21	0	59	1.38
27939695--27939796	18	5.6	18	75	10	91	7	16	3	71	1.25
27939695--27939800	6	17.7	6	69	9	56	7	16	3	71	1.24
27940871--27940906	10	3.2	12	85	14	51	13	5	8	72	1.27
27942418--27942465	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27943231--27943336	48	2.2	48	81	9	128	14	23	1	60	1.44
27945927--27945973	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
27947643--27947748	48	2.2	48	81	9	128	14	23	1	60	1.44
27955191--27955245	20	2.8	20	94	0	92	29	29	14	27	1.95
27956290--27956323	12	2.6	13	90	9	52	82	5	5	5	0.95
27956300--27956336	16	2.4	15	86	8	56	81	2	8	8	0.97
27960609--27960704	30	3.2	30	74	2	104	28	27	16	28	1.97
27971805--27971851	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
27974399--27974507	48	2.2	49	87	7	152	58	1	26	12	1.45
27976191--27976228	20	1.9	20	88	0	58	31	36	13	18	1.89
27986618--27986682	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
27988456--27988518	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
27988515--27988601	27	3.1	27	80	9	97	11	18	1	68	1.25
27988536--27988601	29	2.4	27	87	10	89	12	18	0	69	1.18
27988533--27988682	18	8.4	18	69	17	80	10	19	2	68	1.28
27988565--27988683	12	9.9	12	69	19	70	9	19	2	68	1.28
27992770--27992834	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
27994099--27994132	18	1.9	18	88	5	52	8	35	2	52	1.47
27994215--27994246	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
27995206--27995274	12	5.5	12	79	14	68	14	7	4	73	1.20
27996873--27996937	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
28000516--28000609	46	2.0	46	95	0	170	35	22	17	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28001232--28001278	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
28003410--28003470	10	6.1	10	74	12	54	32	13	24	29	1.93
28003411--28003471	20	3.0	20	83	9	79	32	13	26	27	1.93
28005640--28005677	10	3.8	10	83	13	51	21	18	31	28	1.97
28005617--28005677	20	3.0	20	83	9	63	27	14	27	29	1.95
28005641--28005678	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
28007337--28007385	21	2.2	22	85	7	64	6	20	2	71	1.18
28026068--28026313	39	6.3	38	89	4	332	25	19	27	27	1.99
28026068--28026319	77	3.2	78	88	3	357	25	19	27	26	1.99
28026056--28026313	116	2.2	116	88	4	385	25	19	27	27	1.99
28034059--28034201	39	3.6	39	84	7	168	26	22	27	23	2.00
28035797--28035874	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
28035827--28036153	173	1.9	174	94	0	584	29	14	24	31	1.94
28039228--28039536	154	2.0	156	94	1	550	40	13	10	35	1.79
28044109--28044257	72	2.1	72	100	0	298	31	12	27	28	1.93
28046726--28046781	20	2.8	20	72	0	58	37	7	1	53	1.39
28049616--28049678	29	2.2	29	100	0	126	25	11	26	36	1.90
28054161--28054209	21	2.3	20	76	10	53	24	6	18	51	1.69
28054168--28054208	21	1.9	21	85	5	55	29	2	19	48	1.61
28057653--28057862	40	5.3	39	85	5	215	24	20	28	26	1.99
28057715--28057897	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
28065223--28065432	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28065170--28065432	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
28065223--28065467	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
28083010--28083054	21	2.1	22	83	4	56	37	8	0	53	1.32
28083677--28083723	23	2.0	23	100	0	94	40	8	17	34	1.79
28085107--28085288	51	3.6	51	84	3	181	24	16	28	31	1.96
28087522--28087655	50	2.7	50	89	1	207	29	23	17	29	1.97
28087520--28087858	51	6.7	51	76	8	239	29	26	15	28	1.96
28087517--28087858	102	3.4	102	80	8	371	29	26	15	28	1.96
28108583--28108779	50	3.8	50	79	11	195	32	20	23	23	1.98
28108644--28108779	49	2.8	48	82	7	159	31	21	24	22	1.98
28116249--28116281	12	2.8	12	95	0	57	9	33	27	30	1.88
28120990--28121052	21	3.0	21	83	2	72	31	31	6	30	1.83
28124791--28124861	12	5.9	12	71	12	56	11	15	2	70	1.27
28127090--28127134	20	2.2	20	84	7	56	51	11	4	33	1.58
28144999--28145059	13	4.5	13	74	21	54	73	4	4	16	1.18
28146138--28146255	12	9.8	12	68	18	50	70	3	18	7	1.26
28146155--28146258	18	5.6	18	75	5	82	71	3	18	6	1.24
28146151--28146258	6	17.7	6	70	6	74	71	3	18	6	1.23
28146219--28146256	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
28146220--28146270	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
28146273--28146335	33	1.9	33	84	12	85	55	6	25	12	1.60
28153353--28153554	42	4.8	42	83	3	255	38	21	17	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28154098--28154263	41	4.0	41	81	1	181	21	27	16	34	1.94
28157021--28157068	20	2.5	20	76	10	55	75	2	2	20	1.02
28164623--28164674	20	2.5	20	81	6	59	36	23	13	26	1.92
28179717--28179741	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
28179782--28179854	37	2.0	37	91	5	121	36	8	15	39	1.77
28184655--28184872	79	2.7	80	80	12	250	27	20	26	26	1.99
28184648--28184872	40	5.7	40	84	5	244	26	20	26	26	1.99
28184650--28184872	119	1.9	120	80	10	269	26	20	26	26	1.99
28184655--28184905	79	3.2	78	78	12	235	27	19	26	25	1.99
28191363--28191587	79	2.8	80	81	10	271	26	21	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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