genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13739949--13740060	24	4.6	24	78	3	89	35	19	25	19	1.95
13741840--13741910	24	2.8	25	75	12	65	46	1	5	46	1.35
13746266--13746299	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
13748063--13748119	29	2.0	29	92	0	96	24	12	26	36	1.91
13758610--13758670	24	2.5	25	78	7	72	34	21	27	16	1.95
13768289--13768326	18	2.2	17	86	9	51	23	7	0	68	1.16
13770064--13770109	22	2.1	22	100	0	92	17	13	8	60	1.56
13774176--13774218	21	2.0	21	100	0	86	41	13	9	34	1.77
13786697--13786750	26	2.3	23	84	12	65	24	7	20	48	1.75
13794173--13794304	37	3.6	37	79	3	151	15	10	31	41	1.82
13796881--13796997	62	1.9	61	84	8	159	50	3	4	41	1.38
13798642--13798670	14	2.0	15	93	6	51	68	13	6	10	1.37
13803387--13803492	43	2.5	43	87	0	149	37	21	18	21	1.94
13803467--13803581	40	2.9	40	85	2	142	40	16	17	26	1.90
13803507--13803573	20	3.3	20	63	0	53	32	17	20	28	1.96
13803519--13803580	20	3.1	20	64	0	52	37	19	17	25	1.94
13808108--13808166	3	19.0	3	76	13	57	30	1	5	62	1.26
13808099--13808166	22	3.1	21	81	10	75	27	2	5	63	1.32
13808114--13808170	28	2.1	28	90	3	89	28	1	5	64	1.25
13808464--13808506	4	10.8	4	94	0	77	53	20	0	25	1.46
13808464--13808512	12	4.0	12	94	2	71	53	20	0	26	1.46
13820369--13820495	45	2.8	45	78	6	130	31	18	21	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13820517--13820625	44	2.5	43	80	3	119	34	20	18	26	1.95
13831722--13831758	14	2.7	15	84	16	53	16	10	0	72	1.10
13833348--13833385	16	2.3	17	86	4	51	57	21	0	21	1.40
13839337--13839412	23	3.3	23	86	0	98	39	15	17	27	1.90
13839313--13839422	46	2.4	46	81	3	123	38	15	17	29	1.90
13839313--13839429	23	5.1	23	74	10	87	38	15	17	29	1.90
13849488--13849517	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
13851614--13851713	42	2.4	42	82	0	110	39	17	25	19	1.92
13857179--13857278	42	2.4	42	86	0	128	37	19	28	16	1.92
13870347--13870437	28	3.2	28	74	11	80	54	2	10	31	1.47
13883770--13884161	196	2.0	196	98	0	757	31	12	20	35	1.90
13887660--13887731	16	5.0	13	75	24	65	29	0	1	69	0.97
13887651--13887732	23	3.8	20	76	19	76	28	1	1	69	1.03
13887687--13887752	25	2.7	24	76	6	60	25	1	4	68	1.18
13893242--13893280	3	13.3	3	94	5	71	30	0	0	69	0.89
13894539--13894851	148	2.1	149	89	6	476	42	11	4	42	1.59
13895804--13895901	48	2.0	48	98	0	187	35	8	19	36	1.82
13906402--13906459	18	3.2	17	76	13	53	32	1	22	43	1.64
13911636--13911667	16	1.9	17	93	6	57	40	0	31	28	1.57
13911615--13911673	20	3.2	18	79	18	68	49	0	25	25	1.51
13912324--13913482	489	2.3	488	80	6	1253	37	12	11	38	1.79
13919282--13919355	30	2.5	30	91	4	114	37	21	17	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13919473--13919720	61	4.1	61	84	0	307	40	25	14	18	1.90
13919510--13919676	32	5.4	31	66	11	101	41	25	13	19	1.88
13937033--13937092	21	2.7	23	71	5	61	43	23	16	16	1.87
13940274--13940497	39	5.7	40	85	7	255	24	22	28	24	2.00
13940275--13940497	40	5.6	40	85	7	235	24	22	28	24	2.00
13940327--13940530	79	2.6	79	81	5	200	25	22	27	24	1.99
13945347--13945404	27	2.2	26	90	3	89	22	29	29	18	1.98
13945904--13945964	19	3.3	19	74	4	61	40	9	1	47	1.46
13946455--13946512	27	2.2	26	93	3	98	17	25	31	25	1.97
13946561--13946630	27	2.5	28	79	2	88	48	1	10	40	1.45
13947232--13947277	15	2.9	16	77	9	58	32	0	0	67	0.91
13947248--13947296	25	2.0	25	88	8	73	36	0	0	63	0.95
13952176--13952567	43	9.2	43	84	1	394	25	23	20	30	1.98
13955297--13955359	21	2.9	21	76	4	63	28	1	15	53	1.51
13955271--13955371	41	2.3	44	86	8	136	29	1	17	50	1.57
13955376--13955444	32	2.2	32	84	10	88	28	1	20	49	1.58
13955406--13955540	25	5.9	25	67	19	87	28	2	17	51	1.60
13955425--13956065	44	14.7	44	75	14	481	31	2	17	48	1.60
13955620--13955711	16	5.7	15	66	19	51	29	3	18	48	1.63
13955716--13955832	21	5.4	21	70	15	85	31	2	15	50	1.57
13955386--13956065	266	2.6	258	95	1	1207	31	2	17	48	1.61
13955831--13955977	9	17.6	9	65	18	50	29	2	19	48	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13955559--13956065	25	21.9	23	64	22	122	31	2	17	48	1.61
13955838--13955969	16	8.1	16	70	9	88	29	2	18	49	1.60
13956221--13956330	39	2.9	38	83	12	104	44	0	10	44	1.43
13956242--13956330	18	4.8	18	80	14	101	42	1	12	43	1.49
13956270--13956330	17	3.5	17	86	4	86	42	0	13	44	1.43
13956240--13956471	40	6.1	35	76	13	140	40	1	14	43	1.55
13956362--13956425	13	4.8	13	76	17	60	39	1	14	45	1.54
13957963--13958016	21	2.5	22	85	8	76	27	9	35	27	1.87
13958130--13958176	19	2.6	18	82	3	58	59	4	2	34	1.29
13958185--13958241	30	1.9	30	92	0	96	31	14	10	43	1.79
13961246--13961271	6	4.3	6	100	0	52	38	0	61	0	0.96
13961535--13962530	338	2.9	336	78	6	972	34	17	16	31	1.92
13962898--13962935	14	2.7	14	91	0	58	39	36	0	23	1.55
13963872--13963987	41	2.8	41	81	5	135	37	30	18	13	1.90
13964011--13964242	89	2.6	88	90	3	349	21	21	23	33	1.97
13966030--13966074	23	2.0	23	81	0	54	48	0	2	48	1.13
13966989--13967032	20	2.2	20	83	0	52	6	6	11	75	1.20
13969744--13969783	16	2.4	17	83	12	55	55	0	35	10	1.34
13971082--13971118	11	3.6	11	79	20	53	81	0	0	18	0.70
13971081--13971118	19	2.1	18	95	5	67	81	0	0	18	0.69
13971662--13971762	41	2.5	41	85	0	139	30	12	23	32	1.92
13972293--13972342	26	1.9	26	83	0	64	18	46	20	16	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13973551--13973586	3	12.3	3	94	5	65	30	0	0	69	0.89
13973738--13973798	24	2.7	24	83	16	69	16	6	6	70	1.30
13973901--13973935	15	2.3	15	95	0	61	22	0	11	65	1.24
13985886--13986869	44	22.7	43	71	14	395	29	20	22	27	1.98
13985800--13986876	217	5.0	217	87	2	1461	30	20	22	27	1.98
13986451--13986687	84	2.7	86	78	11	252	28	19	21	29	1.98
13985796--13986855	432	2.4	434	86	3	1278	30	20	21	27	1.98
13988501--13988542	3	14.3	3	95	5	77	30	0	0	69	0.89
13988696--13988756	24	2.7	24	83	16	69	16	6	6	70	1.30
13988856--13988890	15	2.3	15	95	0	61	22	0	11	65	1.24
13993397--13993427	4	8.0	4	92	7	55	25	0	0	74	0.82
13993644--13993693	20	2.7	18	79	14	57	78	10	10	2	1.06
13993652--13993705	9	5.9	9	76	4	54	74	11	12	1	1.16
13993652--13993757	27	3.8	28	82	5	126	69	11	16	1	1.26
13993727--13993767	17	2.3	18	87	4	57	68	14	17	0	1.22
13996786--13996881	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
13997997--13998100	39	2.7	39	80	0	118	29	4	20	45	1.71
14004871--14004905	3	11.7	3	87	0	52	60	0	5	34	1.21
14009449--14009504	29	1.9	29	100	0	112	41	14	16	28	1.87
14013107--14013147	12	3.4	12	82	0	55	26	9	17	46	1.79
14013811--14013871	20	3.3	18	80	13	61	42	3	4	49	1.40
14016722--14016756	17	2.1	17	89	10	54	20	2	5	71	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14016768--14016797	15	2.0	15	93	0	51	16	0	16	66	1.25
14020626--14020713	26	3.3	26	73	9	86	46	2	1	50	1.21
14020585--14020715	55	2.3	58	88	5	187	46	2	0	50	1.19
14022898--14022960	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
14023043--14023080	18	2.1	18	85	9	51	23	0	10	65	1.23
14024836--14024886	18	2.8	18	88	5	68	5	37	0	56	1.23
14032999--14033169	51	3.4	51	94	0	297	28	22	14	33	1.94
14038308--14038351	17	2.6	17	100	0	88	22	43	25	9	1.82
14042175--14042230	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
14045853--14045971	62	1.9	62	86	1	168	16	15	19	48	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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