genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63046829--63046872	23	2.0	23	86	4	63	56	0	0	43	0.99
63052691--63052725	18	1.9	18	88	0	52	45	2	0	51	1.16
63065738--63065856	60	2.0	60	100	0	238	35	21	17	25	1.95
63066184--63066219	10	3.6	10	100	0	72	27	0	19	52	1.46
63087782--63087819	19	2.0	19	89	0	58	57	5	2	34	1.35
63087946--63087981	12	3.1	12	88	8	56	52	0	0	47	1.00
63087926--63088006	23	3.4	24	77	13	78	54	1	1	43	1.16
63088181--63088205	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
63090584--63090614	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
63090733--63090764	13	2.5	13	100	0	64	9	6	12	71	1.29
63097757--63097809	26	2.0	26	100	0	106	26	41	3	28	1.73
63101497--63101524	3	9.3	3	100	0	56	32	32	0	35	1.58
63107924--63108168	110	2.2	110	84	5	307	38	21	16	23	1.93
63109980--63110014	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
63111397--63111435	19	2.1	19	86	13	55	20	0	7	71	1.10
63112541--63112623	31	2.7	31	86	3	114	42	14	14	28	1.85
63117606--63117651	22	2.1	22	100	0	92	26	17	21	34	1.95
63122827--63122859	12	2.8	12	95	0	57	6	39	3	51	1.42
63126599--63126654	28	2.0	28	92	0	94	39	8	12	39	1.75
63127260--63127319	30	2.0	30	96	0	111	35	15	16	33	1.90
63127267--63127316	15	3.3	15	69	20	50	38	12	16	34	1.85
63134851--63134884	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63141205--63141284	30	2.7	30	80	0	88	33	10	21	35	1.87
63145196--63145234	21	1.9	20	84	5	51	30	12	2	53	1.52
63150794--63150830	18	2.0	20	84	10	51	29	0	21	48	1.50
63156398--63156923	29	19.6	28	76	17	424	30	0	25	44	1.60
63156450--63156915	23	17.9	23	74	18	268	30	0	24	44	1.59
63156398--63156913	109	4.9	109	92	3	817	30	0	25	43	1.60
63157415--63157446	16	2.0	16	93	0	55	21	12	40	25	1.88
63159086--63159119	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
63159217--63159274	29	2.0	29	90	9	93	60	1	0	37	1.07
63159210--63159259	20	2.6	19	78	9	57	66	0	0	34	0.92
63159337--63159406	22	3.2	21	86	8	95	37	2	30	30	1.72
63160084--63160246	86	1.9	86	89	0	254	28	14	15	42	1.85
63161065--63161093	12	2.3	13	94	5	51	75	0	0	24	0.80
63162158--63162194	11	3.4	11	96	0	65	54	0	5	40	1.24
63162169--63162286	38	3.1	38	83	11	168	62	0	3	33	1.12
63162215--63162246	16	2.0	16	93	0	55	65	0	0	34	0.93
63162177--63162248	9	8.0	9	70	21	53	63	0	1	34	1.03
63162246--63162271	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
63163704--63163775	21	3.4	21	65	3	54	58	0	0	41	0.98
63166858--63166890	12	2.6	13	90	4	50	81	0	18	0	0.68
63168559--63168617	6	9.8	6	100	0	118	33	0	16	49	1.47
63171602--63171672	30	2.5	29	90	6	110	23	38	0	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63184941--63184975	18	2.0	17	88	5	52	20	25	0	54	1.45
63194933--63194975	4	10.8	4	100	0	86	25	0	23	51	1.49
63195281--63195350	20	3.5	20	80	7	79	31	14	17	37	1.89
63195456--63195510	24	2.3	24	87	6	76	34	14	16	34	1.89
63202331--63203090	46	16.6	46	94	0	1240	29	22	14	33	1.93
63206081--63206113	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
63207279--63207320	20	2.0	22	86	13	61	30	19	0	50	1.48
63207866--63207935	17	4.0	17	73	15	54	40	2	0	57	1.14
63210180--63210211	16	2.0	16	100	0	64	37	25	6	31	1.81
63213046--63213101	19	2.9	19	77	17	53	64	5	0	30	1.16
63222358--63222407	23	2.2	22	82	10	57	44	2	2	52	1.24
63226893--63226931	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
63233145--63233182	20	1.9	20	88	0	58	28	0	5	65	1.14
63235280--63235334	15	3.7	15	77	15	60	65	0	3	30	1.10
63243080--63243153	29	2.5	29	86	4	94	50	16	13	20	1.78
63256652--63256750	31	3.2	30	72	11	83	30	11	15	43	1.81
63275678--63275702	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
63286386--63286422	14	2.6	14	86	4	56	40	24	2	32	1.69
63288319--63288357	19	2.1	19	95	0	69	71	0	2	25	0.98
63288318--63288362	10	4.5	11	81	18	53	68	0	2	28	1.01
63288496--63288548	16	3.4	16	68	31	51	52	11	11	24	1.70
63288488--63288550	31	2.0	31	100	0	126	50	9	12	26	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63296113--63296142	11	2.7	11	94	0	51	40	6	0	53	1.27
63299659--63299684	7	3.7	7	100	0	52	11	26	0	61	1.30
63302897--63303056	77	2.1	77	97	0	302	34	24	7	33	1.84
63303822--63303856	6	5.8	6	100	0	70	48	34	17	0	1.47
63303814--63303854	18	2.3	18	91	0	64	51	34	12	2	1.52
63307255--63307280	11	2.4	11	100	0	52	26	0	26	46	1.53
63307978--63308011	16	2.1	16	88	0	50	20	17	17	44	1.87
63320162--63320211	26	1.9	26	84	15	68	64	8	6	22	1.43
63331453--63331478	7	3.7	7	100	0	52	42	30	0	26	1.56
63336195--63336237	21	2.0	21	82	8	52	51	2	0	46	1.13
63336831--63336873	20	2.1	20	82	4	50	34	2	0	62	1.08
63342605--63342728	33	3.8	33	77	8	121	29	20	30	20	1.97
63342624--63342741	33	3.7	32	74	13	116	27	22	29	20	1.98
63345488--63345524	11	3.6	11	79	20	53	59	0	0	40	0.97
63345480--63345529	19	2.7	18	72	9	55	68	0	0	32	0.90
63346414--63346443	8	3.6	8	95	4	51	23	3	0	73	0.98
63349371--63349500	40	3.3	40	82	7	124	28	25	21	24	1.99
63349410--63349500	40	2.3	40	92	3	148	28	26	20	24	1.99
63350604--63350723	56	2.1	57	95	0	190	25	23	7	43	1.80
63352953--63353006	24	2.2	24	87	6	74	35	14	16	33	1.90
63353095--63353155	20	3.0	20	83	9	88	36	14	16	32	1.89
63353839--63354262	214	2.0	213	82	4	523	32	14	18	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63353845--63354262	107	3.9	108	82	5	463	32	15	18	34	1.91
63355686--63356128	102	4.4	101	86	2	525	29	15	26	29	1.96
63355686--63356128	51	8.8	50	74	7	349	29	15	26	29	1.96
63357029--63357091	5	12.6	5	76	6	65	39	1	33	25	1.65
63357038--63357091	15	3.6	15	87	7	83	37	1	35	25	1.67
63361581--63361680	30	3.3	30	91	0	155	11	41	33	15	1.82
63361988--63362021	3	11.3	3	93	0	59	35	0	0	64	0.94
63362345--63362395	24	2.1	25	81	3	59	33	3	7	54	1.47
63363821--63363852	17	1.9	17	93	6	57	56	12	25	6	1.59
63365563--63365712	73	2.1	71	92	2	246	44	10	18	27	1.81
63366379--63366412	16	2.1	17	88	5	52	61	11	17	8	1.54
63368924--63368955	16	1.9	17	93	6	57	56	15	18	9	1.66
63370839--63370909	33	2.1	34	84	2	90	28	12	4	54	1.56
63363731--63373817	855	11.9	849	81	6	10448	32	19	17	30	1.95
63374208--63374351	29	4.9	29	81	10	143	33	20	5	40	1.75
63374662--63374714	21	2.6	21	85	5	65	69	15	13	1	1.27
63374847--63374900	25	2.3	23	87	9	81	72	0	25	1	0.95
63374856--63374903	16	2.8	16	81	12	51	72	0	25	2	0.95
63374849--63374904	27	2.2	25	87	6	76	71	0	26	1	0.96
63375382--63375421	20	2.0	21	85	14	57	42	15	5	37	1.68
63375696--63375801	19	5.8	18	73	17	78	33	16	8	41	1.79
63375708--63375780	34	2.1	34	87	2	101	32	17	8	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63375697--63375799	53	1.9	53	84	9	138	32	17	8	41	1.80
63375759--63375813	19	2.9	19	82	15	69	36	10	7	45	1.67
63376024--63376053	15	2.0	15	93	0	51	43	10	13	33	1.77
63375979--63376054	17	4.4	18	69	20	63	38	14	10	36	1.81
63376008--63376092	18	4.7	18	69	20	61	42	10	10	36	1.74
63376066--63376108	20	2.2	20	83	8	52	48	13	11	25	1.77
63376106--63376148	18	2.4	18	81	11	52	30	13	6	48	1.69
63376259--63376459	17	11.8	17	74	10	153	29	13	12	44	1.80
63376253--63376420	34	4.9	33	80	9	178	29	11	13	45	1.78
63376240--63376420	67	2.6	68	88	6	267	29	12	13	45	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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