genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24153485--24153518	15	2.2	16	89	5	52	41	2	11	44	1.56
24162688--24162747	29	2.1	28	84	9	77	16	11	25	46	1.81
24168891--24168961	36	2.0	36	100	0	142	33	26	25	14	1.94
24173069--24173109	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
24178662--24178702	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
24199346--24199414	22	3.1	22	89	0	102	31	28	0	39	1.57
24199367--24199466	52	1.9	52	89	0	155	33	32	0	35	1.58
24199421--24199469	22	2.2	21	80	16	55	36	32	0	30	1.58
24199505--24199561	29	2.0	28	86	10	80	40	0	1	57	1.09
24199507--24199568	29	2.1	29	82	11	74	40	0	1	58	1.08
24199659--24199692	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
24201834--24202127	29	10.1	29	96	0	534	43	25	0	29	1.59
24205363--24205569	85	2.4	85	94	0	351	33	22	18	25	1.96
24207811--24207875	30	2.2	30	94	0	112	23	4	15	56	1.57
24223535--24223667	40	3.3	40	85	2	151	12	14	27	46	1.79
24232190--24232224	18	2.0	17	88	5	52	25	25	0	48	1.51
24232462--24232510	19	2.6	18	81	9	53	57	2	0	40	1.10
24233468--24233516	22	2.2	21	82	10	62	57	4	4	34	1.37
24233479--24233525	22	2.1	22	96	0	85	53	4	6	36	1.46
24241333--24241400	30	2.2	31	84	2	84	48	5	19	26	1.71
24258121--24258146	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
24262747--24262856	55	2.0	55	96	0	202	27	22	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24264763--24264802	20	1.9	20	85	10	53	37	5	7	50	1.53
24269254--24269317	13	4.9	13	83	7	76	29	6	26	37	1.81
24270171--24270212	16	2.7	16	88	3	59	57	4	2	35	1.33
24271310--24271365	23	2.5	21	76	18	60	28	3	1	66	1.19
24271861--24271939	33	2.4	33	93	0	131	24	49	11	15	1.77
24277338--24277368	12	2.6	12	94	0	53	29	41	22	6	1.78
24280922--24281003	40	2.1	40	88	2	121	70	0	14	14	1.16
24280922--24281031	39	2.8	39	83	2	96	66	0	19	14	1.25
24283750--24283774	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24286772--24286802	5	6.0	5	96	3	53	0	58	41	0	0.98
24286809--24286871	32	1.9	33	87	3	92	61	4	0	33	1.17
24286860--24286958	11	9.9	11	73	24	78	54	0	3	42	1.15
24286864--24286934	27	2.6	27	82	10	92	57	0	1	40	1.07
24286860--24286974	38	3.0	38	81	14	153	57	0	2	40	1.13
24286902--24286934	16	2.0	17	94	5	59	60	0	0	39	0.97
24286961--24286985	8	3.1	8	100	0	50	84	0	0	16	0.63
24286827--24286976	40	3.7	40	79	10	162	59	0	2	38	1.14
24292522--24292551	11	2.7	11	100	0	60	40	26	6	26	1.81
24295011--24295152	21	6.8	21	69	3	97	47	13	21	18	1.82
24295014--24295186	42	4.1	42	83	5	206	47	13	21	16	1.81
24294990--24295186	84	2.3	84	80	1	234	48	14	20	16	1.81
24295028--24295223	21	9.5	21	66	10	100	48	13	21	16	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24295158--24295234	38	2.0	38	94	0	136	54	16	19	9	1.68
24302106--24302377	146	1.9	137	85	6	373	40	4	9	45	1.58
24302348--24302395	20	2.5	19	80	12	62	35	0	12	52	1.40
24308224--24308266	21	2.0	21	82	8	52	18	18	27	34	1.95
24309868--24310309	223	2.0	223	99	0	875	44	15	11	29	1.81
24321489--24321522	16	2.2	16	89	5	52	50	14	8	26	1.72
24330827--24330881	27	2.0	27	100	0	110	27	25	7	40	1.82
24335690--24335891	101	2.0	101	100	0	404	27	7	31	32	1.86
24341779--24341845	31	2.1	32	97	2	127	53	5	10	29	1.59
24342457--24342517	32	1.9	32	86	6	88	21	18	18	42	1.89
24346566--24346662	40	2.5	41	81	11	114	56	3	2	38	1.27
24347421--24347583	88	1.9	88	83	7	215	33	26	24	15	1.95
24351946--24352826	440	2.0	440	91	0	1438	36	17	18	27	1.93
24355048--24355091	22	2.0	22	100	0	88	36	13	4	45	1.64
24355708--24355739	14	2.1	16	88	11	50	9	18	3	68	1.30
24355713--24355749	18	2.0	19	89	5	58	10	21	0	67	1.21
24359796--24359869	27	2.8	27	86	8	91	31	14	9	44	1.77
24362831--24362956	45	2.8	45	91	1	191	20	23	23	33	1.97
24363204--24364180	484	2.0	485	93	0	1686	32	9	16	41	1.81
24364367--24364524	78	2.0	78	98	0	307	32	6	11	48	1.66
24368362--24368434	34	2.1	34	82	2	83	38	16	10	34	1.84
24370543--24370579	19	1.9	19	89	10	58	2	8	18	70	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24372137--24372172	17	2.1	17	89	5	54	19	2	11	66	1.35
24372234--24372329	47	2.0	47	95	0	174	42	5	5	46	1.48
24372878--24372911	17	2.0	17	88	11	52	2	8	5	82	0.93
24377874--24377977	41	2.5	41	90	0	154	28	21	23	26	1.99
24379488--24379530	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
24379513--24379677	58	2.9	57	82	7	183	41	1	3	53	1.26
24379841--24379876	16	2.2	16	90	0	54	30	25	2	41	1.69
24382482--24382531	26	1.9	26	100	0	100	24	18	16	42	1.89
24395942--24395997	13	4.5	13	80	13	73	35	0	14	50	1.43
24399413--24399497	43	2.0	43	88	0	125	38	15	10	35	1.82
24404216--24404274	17	3.5	17	77	11	59	67	3	6	22	1.29
24411623--24411667	22	2.0	23	91	4	74	66	2	2	28	1.15
24412138--24412195	8	7.2	8	94	0	98	74	1	1	22	1.01
24416253--24416277	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24425263--24425426	57	2.9	57	86	3	206	29	18	8	42	1.80
24426542--24426676	66	2.0	69	89	4	213	30	11	20	37	1.88
24432358--24432387	15	2.0	15	93	0	51	16	0	6	76	0.99
24450851--24450991	51	2.8	49	75	12	151	31	27	17	24	1.97
24464517--24464655	69	2.0	67	87	2	197	41	2	5	51	1.38
24466868--24466967	49	2.0	49	100	0	200	38	19	12	31	1.88
24474481--24474526	23	2.0	22	83	4	56	41	13	2	43	1.55
24476084--24476168	42	2.0	42	95	0	152	38	8	10	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24477248--24477293	23	1.9	23	82	8	56	67	4	8	19	1.35
24481286--24481452	91	1.8	90	81	6	203	46	14	7	31	1.73
24493119--24493168	20	2.3	20	80	10	55	56	14	4	26	1.56
24493821--24493850	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
24494592--24494625	10	3.5	10	84	8	52	79	0	2	17	0.86
24494579--24494618	16	2.6	16	88	4	55	72	2	7	17	1.19
24495220--24495632	149	2.8	149	84	7	509	43	9	4	41	1.59
24506376--24506433	4	14.5	4	78	7	55	25	22	1	50	1.59
24517792--24517837	22	2.1	22	100	0	92	47	19	4	28	1.68
24519831--24520742	469	1.9	469	89	2	1393	33	25	16	24	1.96
24525175--24525443	35	8.0	33	83	6	301	18	21	17	41	1.91
24525170--24525433	102	2.6	102	90	1	399	18	22	17	40	1.91
24525170--24525443	67	4.0	67	88	4	320	18	21	17	41	1.90
24527652--24527925	137	2.0	137	82	2	336	23	19	26	30	1.98
24543442--24543493	24	2.5	20	76	17	52	40	1	1	55	1.22
24544660--24545076	212	2.0	212	93	0	708	25	11	15	47	1.80
24545801--24545850	21	2.5	20	79	20	59	54	0	2	44	1.11
24545803--24545847	22	2.2	20	84	15	56	55	0	2	42	1.12
24546308--24546387	29	2.6	31	78	11	85	52	15	2	30	1.55
24548881--24548920	18	2.2	19	90	4	64	12	35	0	52	1.39
24548890--24548920	15	2.1	15	93	0	53	12	35	0	51	1.40
24549460--24549503	2	22.0	2	95	0	79	50	2	47	0	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24551720--24551776	27	2.1	27	96	0	105	54	19	15	10	1.70
24551833--24551865	15	2.2	15	100	0	66	45	18	0	36	1.49
24552060--24552095	15	2.3	16	90	4	56	63	0	2	33	1.08
24555148--24555176	12	2.4	12	100	0	58	34	6	34	24	1.82
24556008--24556147	43	3.3	43	80	2	158	30	26	18	25	1.98
24556074--24556205	43	3.1	43	80	2	113	24	24	18	32	1.97
24556505--24556642	66	2.1	65	85	5	179	13	26	18	40	1.88
24562193--24562386	9	22.0	9	72	10	125	35	0	17	47	1.48
24562233--24562368	36	3.6	36	87	8	177	34	0	16	48	1.47
24562193--24562377	43	4.4	43	87	10	285	35	0	16	47	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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