genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14647762--14647791	12	2.5	12	94	0	51	30	13	16	40	1.87
14649143--14649194	20	2.6	20	78	0	50	53	0	23	23	1.46
14649659--14649845	92	2.0	92	98	0	365	20	7	27	44	1.78
14656678--14656939	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
14664695--14664956	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
14668787--14668839	27	2.0	27	92	0	88	26	13	20	39	1.89
14668793--14668848	27	2.1	27	86	6	78	25	14	21	39	1.91
14676436--14676476	18	2.4	18	84	8	59	21	19	19	39	1.93
14683357--14683406	22	2.3	20	83	10	64	14	26	0	60	1.34
14691512--14691614	52	2.0	52	98	0	197	26	22	13	37	1.91
14699459--14699581	51	2.4	51	89	5	176	25	23	16	34	1.95
14703541--14703789	129	1.9	130	80	2	286	32	20	10	36	1.86
14703571--14704183	130	4.7	130	76	7	433	30	16	13	39	1.87
14703571--14704178	260	2.3	259	78	7	617	30	16	13	39	1.87
14724434--14724462	3	9.7	3	100	0	58	31	0	34	34	1.58
14731582--14731627	14	3.2	14	87	3	56	23	2	0	73	0.94
14740985--14741039	25	2.2	26	80	9	69	47	14	14	23	1.81
14740994--14741047	25	2.2	25	93	0	90	40	16	20	22	1.91
14749547--14749707	45	3.7	42	77	8	121	29	26	18	25	1.98
14750476--14750565	45	2.0	45	93	0	153	53	10	11	25	1.67
14757978--14758022	19	2.3	20	85	7	58	40	8	24	26	1.84
14767919--14767962	22	2.0	22	83	12	56	40	22	0	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14768303--14768349	18	2.5	19	86	13	62	27	31	0	40	1.57
14771975--14772082	42	2.5	43	86	1	146	30	26	18	24	1.98
14776903--14776937	15	2.2	16	90	10	54	54	0	2	42	1.15
14777982--14778037	21	2.8	19	89	10	94	37	10	16	35	1.83
14777982--14778060	19	3.7	22	80	14	78	36	8	16	37	1.80
14778760--14778803	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
14778977--14779047	6	11.8	6	98	0	115	33	0	11	54	1.36
14783202--14783238	6	6.3	6	87	6	58	89	0	10	0	0.49
14783193--14783235	8	5.5	8	89	10	63	90	0	9	0	0.45
14783195--14783235	12	3.4	12	90	10	66	90	0	9	0	0.46
14783193--14783246	20	2.6	20	88	11	74	87	1	11	0	0.63
14783193--14783235	1	43.0	1	80	0	50	90	0	9	0	0.45
14783200--14783246	11	4.2	11	91	2	67	87	2	10	0	0.63
14784917--14784987	32	2.2	32	87	0	97	32	11	11	45	1.75
14788368--14788403	17	2.1	17	100	0	72	41	0	16	41	1.48
14789399--14789654	91	2.8	91	97	1	473	47	2	2	46	1.31
14789659--14789847	54	3.3	54	69	18	155	43	2	3	51	1.29
14789671--14789849	59	3.0	58	67	20	152	43	2	3	50	1.31
14789746--14789915	38	4.7	35	68	20	109	44	1	5	48	1.35
14789804--14789849	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
14789739--14789937	107	1.8	109	93	2	348	43	2	5	49	1.36
14790151--14790188	16	2.4	16	100	0	76	28	34	0	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14790295--14790384	38	2.4	38	86	3	119	42	20	10	27	1.84
14796240--14796275	18	1.9	19	88	5	56	52	19	5	22	1.66
14796882--14797048	38	4.4	38	86	3	149	29	19	20	30	1.97
14796943--14797062	38	3.2	38	89	0	177	27	22	20	29	1.99
14810017--14810118	44	2.3	44	81	1	132	31	20	19	28	1.97
14812574--14812618	16	2.9	16	87	6	58	37	8	0	53	1.32
14813611--14813730	63	1.9	63	100	0	240	35	15	15	34	1.89
14814863--14814995	64	2.1	64	87	2	187	50	15	6	27	1.69
14825183--14825250	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
14825231--14825340	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
14825466--14825507	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14825475--14825516	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
14825501--14825688	61	3.1	61	70	14	208	48	7	1	42	1.40
14825469--14825698	120	1.9	120	100	0	460	49	6	1	41	1.40
14825585--14825636	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
14825504--14825687	59	3.1	59	67	22	175	48	7	1	41	1.41
14827416--14827454	20	2.0	20	100	0	78	30	25	17	25	1.97
14836718--14836788	34	2.0	38	84	15	98	32	5	4	57	1.41
14836776--14836861	34	2.5	34	77	12	86	31	2	5	60	1.33
14836804--14836855	23	2.2	24	89	3	79	32	1	7	57	1.38
14836788--14836860	33	2.2	34	82	2	85	30	2	5	61	1.32
14836879--14836913	12	2.9	12	91	0	52	34	5	5	54	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14840933--14840958	12	2.2	12	100	0	52	61	0	23	15	1.33
14843582--14843629	7	7.0	7	83	11	64	68	0	16	14	1.21
14843583--14843629	20	2.3	21	88	3	69	68	0	17	14	1.22
14844838--14845078	88	2.7	88	85	3	326	28	20	24	26	1.99
14844834--14844971	43	3.1	44	71	12	131	27	19	24	28	1.99
14844870--14845021	44	3.5	44	68	14	125	24	23	25	27	2.00
14845276--14845654	49	7.7	50	67	5	191	29	19	24	26	1.98
14845284--14845677	99	4.0	98	87	2	493	29	20	23	27	1.99
14845284--14845677	197	2.0	198	84	2	515	29	20	23	27	1.99
14845693--14845938	44	5.7	43	70	13	157	28	19	23	28	1.98
14845688--14846023	173	1.9	173	85	1	467	28	20	23	27	1.99
14845773--14846161	45	8.9	42	74	11	225	28	20	25	26	1.99
14845688--14846103	173	2.4	173	82	5	466	27	20	24	27	1.99
14845946--14846159	89	2.4	89	85	3	277	27	21	26	24	1.99
14845946--14846195	134	1.9	134	82	3	315	29	20	25	24	1.99
14846538--14846600	33	1.9	32	83	3	81	46	31	9	12	1.74
14847786--14847858	35	2.2	35	83	9	91	34	2	5	57	1.36
14847817--14847863	23	2.0	23	91	0	76	29	2	6	61	1.32
14847784--14847865	29	3.0	27	70	13	71	30	2	4	62	1.29
14849089--14849113	11	2.3	11	100	0	50	8	8	24	60	1.52
14850201--14850237	19	1.9	19	89	10	58	24	2	2	70	1.14
14858477--14858890	50	8.3	50	65	3	143	29	20	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14858483--14858848	100	3.7	100	89	0	527	29	20	23	26	1.99
14858899--14859230	44	7.6	44	69	9	144	30	19	22	27	1.98
14860073--14860097	11	2.3	11	100	0	50	8	8	24	60	1.52
14860708--14860767	31	1.9	31	83	6	77	38	5	0	56	1.21
14861160--14861196	19	1.9	19	89	10	58	24	2	2	70	1.14
14861460--14862520	531	2.0	524	86	6	1467	31	15	16	37	1.89
14862912--14862971	20	3.2	19	78	17	63	33	0	0	66	0.92
14863745--14863792	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
14867884--14867949	27	2.3	27	80	14	71	33	0	3	63	1.10
14870033--14870084	14	3.7	14	81	0	59	25	15	3	55	1.57
14870208--14870313	53	2.0	52	83	5	133	43	1	6	48	1.40
14871883--14872063	63	2.9	63	77	6	179	34	31	7	26	1.85
14877147--14877176	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
14881447--14881480	17	1.9	18	88	5	52	23	14	41	20	1.89
14883754--14883793	20	2.0	20	90	0	62	47	15	25	12	1.80
14888137--14888197	14	4.4	13	76	13	59	75	3	1	19	1.03
14889853--14889893	20	2.0	20	100	0	82	60	4	9	24	1.47
14894599--14894730	51	2.6	51	85	2	167	31	28	15	25	1.96
14900842--14900895	26	2.1	26	96	0	99	48	7	20	24	1.75
14901744--14901876	51	2.6	51	80	1	151	31	30	15	23	1.95
14906546--14906592	23	2.0	23	100	0	94	21	17	14	46	1.83
14912728--14912974	50	4.8	50	78	4	192	23	28	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14918927--14918991	25	2.6	25	87	2	85	30	15	27	26	1.96
14919003--14919125	50	2.5	49	77	9	124	36	21	21	19	1.95
14919143--14919222	25	3.2	25	67	3	63	35	18	25	21	1.96
14919009--14919189	99	1.8	99	80	9	217	39	20	21	18	1.93
14920058--14920095	14	2.7	14	80	15	51	2	18	2	76	1.02
14920064--14920111	21	2.5	20	83	10	55	2	16	8	72	1.18
14920058--14920128	35	2.1	33	82	10	81	5	14	5	74	1.18
14922045--14922082	19	2.0	20	89	5	60	39	26	2	31	1.70
14931159--14931215	21	2.7	21	68	10	53	70	7	3	19	1.26
14931334--14931368	17	2.1	17	94	0	61	37	11	14	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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