genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  140  of  221  ( 26413 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42949099--42949175	31	2.5	31	81	8	88	36	15	16	31	1.91
42950236--42950360	30	4.2	30	85	0	151	36	9	25	28	1.87
42950232--42950424	90	2.2	90	79	8	207	37	10	26	25	1.88
42965081--42965122	19	2.2	19	95	0	75	35	9	23	30	1.87
42981564--42981648	9	9.4	9	78	0	98	42	21	8	28	1.81
42982985--42983054	29	2.4	29	75	0	77	24	35	18	21	1.95
42985599--42985643	16	2.9	16	80	3	56	28	0	2	68	1.01
42985601--42985637	17	2.2	17	90	9	58	24	0	0	75	0.80
43001586--43001726	72	2.0	72	88	2	212	34	13	12	39	1.83
43009256--43009289	15	2.2	16	94	5	61	44	0	11	44	1.40
43013930--43013963	15	2.2	16	94	5	61	44	0	11	44	1.40
43015117--43015159	18	2.4	18	77	14	61	6	20	48	23	1.73
43027568--43027612	16	2.8	17	75	18	51	0	37	0	62	0.96
43028542--43028734	98	2.0	98	94	0	341	37	25	10	26	1.88
43030049--43030161	19	5.8	19	85	4	163	34	15	10	38	1.83
43030049--43030160	40	2.8	40	93	2	183	34	15	10	39	1.82
43030375--43030879	44	11.6	43	73	13	308	27	23	20	29	1.99
43030369--43030847	217	2.2	217	92	0	789	27	23	20	29	1.99
43030827--43031420	132	4.5	132	92	0	963	25	24	18	30	1.98
43032629--43032673	6	7.2	6	82	9	54	2	22	0	75	0.91
43032630--43032684	20	2.8	19	83	8	67	1	20	0	78	0.85
43032637--43032684	12	3.8	12	84	13	53	0	20	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43035743--43035768	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
43036281--43036393	19	5.8	19	88	4	163	34	15	11	38	1.83
43036281--43036392	40	2.8	40	93	2	183	34	14	11	39	1.82
43041673--43041708	18	2.0	18	100	0	72	44	5	11	38	1.63
43041675--43041714	18	2.3	18	91	4	64	47	5	10	37	1.59
43048469--43048504	16	2.3	16	90	4	56	27	8	13	50	1.71
43049747--43050122	187	2.0	187	91	1	601	34	19	16	30	1.93
43056648--43056695	17	2.9	17	87	3	71	47	12	18	20	1.81
43059820--43060611	394	2.0	394	94	0	1395	31	21	15	31	1.94
43066242--43066309	16	4.2	16	96	0	118	27	0	36	35	1.58
43066290--43066384	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
43066522--43066576	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
43073187--43073274	37	2.4	38	90	3	144	9	12	36	42	1.75
43083323--43083388	26	2.6	26	78	2	80	33	21	25	19	1.97
43091715--43092266	31	18.0	31	72	11	253	43	17	7	31	1.78
43091734--43092275	92	5.9	92	86	3	691	43	17	7	31	1.77
43095004--43095185	15	12.3	15	65	24	93	43	1	1	53	1.17
43095008--43095152	25	5.2	25	76	22	146	43	0	1	54	1.13
43095072--43095179	32	3.6	32	79	16	149	46	1	1	50	1.23
43095008--43095200	57	3.4	57	91	4	284	43	1	1	53	1.19
43100490--43100523	3	11.0	3	93	6	59	64	2	0	32	1.08
43101402--43101432	15	2.1	15	100	0	62	25	19	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43108937--43109114	66	2.7	66	83	5	209	28	26	15	29	1.96
43113464--43113507	22	2.0	23	90	4	72	65	0	2	31	1.05
43113459--43113525	31	2.3	29	85	14	93	65	0	2	31	1.07
43113486--43113533	18	2.7	18	81	12	62	70	0	2	27	0.98
43114050--43114167	49	2.4	49	81	2	121	24	16	30	27	1.97
43128074--43128118	9	5.1	9	79	15	58	44	0	28	26	1.55
43131150--43131192	17	2.4	18	88	3	61	39	0	2	58	1.11
43131150--43131197	17	2.8	17	87	3	60	37	0	4	58	1.18
43132684--43132738	28	2.0	28	85	0	74	30	1	1	65	1.13
43137031--43137089	29	2.0	29	100	0	118	25	23	6	44	1.78
43148085--43148192	15	7.2	15	71	12	87	26	22	7	43	1.79
43148075--43148198	30	4.1	30	93	1	203	26	24	6	42	1.78
43152718--43152841	30	4.1	30	93	1	194	25	23	6	44	1.77
43152728--43152835	15	7.2	15	65	12	69	25	21	7	45	1.78
43169492--43169516	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
43178151--43178211	32	1.9	32	83	12	81	49	1	4	44	1.33
43178170--43178211	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
43184115--43184350	114	2.1	113	92	1	393	35	9	27	27	1.87
43189378--43189413	15	2.4	15	90	0	54	25	47	2	25	1.65
43190463--43190572	38	3.0	36	84	8	143	50	22	5	21	1.69
43190763--43190797	16	2.2	16	90	10	54	57	5	31	5	1.46
43190856--43190953	48	2.0	48	86	9	135	53	5	28	13	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43190886--43190953	23	2.8	24	64	16	59	50	5	29	14	1.67
43203783--43203807	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
43206131--43206228	49	2.0	49	93	0	169	41	16	15	26	1.88
43207291--43207321	15	2.1	15	93	0	53	35	25	6	32	1.82
43208598--43208645	25	1.9	25	100	0	96	39	18	12	29	1.88
43209357--43209409	25	2.1	25	86	6	72	37	11	18	32	1.87
43212723--43213592	433	2.0	433	100	0	1740	35	12	17	34	1.87
43215695--43215744	19	2.6	19	78	15	57	28	10	0	62	1.27
43215787--43215815	15	1.9	15	100	0	58	24	0	6	68	1.13
43215811--43215849	18	2.3	17	86	8	53	30	0	5	64	1.15
43227757--43227829	36	2.0	36	97	0	137	34	17	8	39	1.80
43235552--43235586	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
43240425--43240455	16	1.9	16	93	0	53	19	22	6	51	1.69
43240711--43240902	50	3.7	49	77	10	145	22	26	20	30	1.99
43243718--43243890	50	3.5	50	80	4	154	23	26	20	30	1.98
43243757--43243898	50	2.8	51	82	4	173	22	28	21	28	1.99
43259299--43259396	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
43259327--43259409	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
43259299--43259411	28	4.0	27	83	6	100	29	12	25	32	1.92
43272880--43273098	40	5.5	40	82	0	240	38	17	27	16	1.91
43272886--43273098	80	2.7	79	83	7	268	37	17	28	17	1.92
43272880--43273098	120	1.8	120	84	3	298	38	17	27	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43294331--43294361	15	2.1	15	100	0	62	35	12	25	25	1.92
43295702--43295739	18	2.1	18	85	9	51	39	0	2	57	1.12
43304552--43304598	14	3.3	14	82	5	58	46	2	2	48	1.25
43305897--43305938	19	2.2	20	86	4	59	30	2	9	57	1.44
43306102--43306158	29	2.1	26	84	15	71	36	3	3	56	1.34
43306102--43306158	26	2.1	29	81	15	68	36	3	3	56	1.34
43310822--43310847	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
43311343--43311408	22	3.2	22	77	10	68	21	4	3	71	1.18
43314918--43314974	23	2.5	24	77	13	66	66	7	0	26	1.17
43315003--43315060	22	2.6	21	82	15	64	67	3	5	24	1.27
43315024--43315066	3	14.0	3	80	4	50	65	4	2	27	1.25
43317153--43317312	42	3.8	42	80	3	151	21	17	19	41	1.91
43317677--43317706	13	2.4	13	94	5	53	40	0	26	33	1.57
43319204--43319244	13	3.2	13	85	0	55	56	0	0	43	0.99
43319209--43319279	21	3.3	21	86	7	90	56	0	2	40	1.14
43319241--43319286	21	2.2	21	92	0	74	56	0	4	39	1.19
43319204--43319300	24	4.3	22	71	18	74	56	0	2	41	1.11
43319420--43319482	31	2.0	32	84	3	83	38	17	15	28	1.91
43327762--43327817	28	2.0	28	100	0	112	46	7	10	35	1.66
43328390--43328446	21	2.6	22	77	8	71	38	5	3	52	1.41
43336656--43337135	132	3.7	131	88	4	702	27	25	18	28	1.98
43336684--43336862	44	4.1	44	70	13	127	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43336724--43336953	44	5.2	44	69	9	146	27	25	19	27	1.99
43336656--43337135	258	1.8	261	88	3	743	27	25	18	28	1.98
43337929--43337953	13	1.9	13	100	0	50	56	8	24	12	1.62
43339299--43339340	21	2.0	21	90	9	68	66	4	14	14	1.40
43341228--43341253	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
43345693--43345738	23	2.0	23	95	0	83	36	17	19	26	1.94
43346286--43346373	35	2.5	34	85	7	106	25	20	21	32	1.97
43346979--43347010	15	2.1	15	100	0	64	46	6	18	28	1.73
43356952--43356990	20	2.0	20	85	10	53	51	10	0	38	1.36
43363414--43363595	40	4.6	40	83	2	206	26	27	19	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221