genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13082396--13082449	23	2.4	23	81	9	67	51	1	3	42	1.30
13082612--13082711	52	1.9	52	95	0	182	26	25	13	36	1.92
13082892--13082925	16	2.1	16	100	0	68	44	11	0	44	1.40
13083122--13083159	9	4.2	9	93	0	58	7	34	21	36	1.82
13085378--13085473	45	2.1	45	92	3	158	36	12	13	37	1.83
13086912--13086943	10	3.2	10	90	0	55	53	0	6	40	1.26
13091857--13091921	12	5.2	12	68	14	51	18	4	3	73	1.13
13095781--13095848	34	2.0	35	82	5	86	27	23	26	22	1.99
13096552--13096613	26	2.4	26	94	0	106	33	11	16	38	1.84
13105011--13105140	42	3.1	42	93	0	215	22	30	26	20	1.98
13123226--13123296	30	2.5	31	80	13	89	30	12	4	52	1.58
13123781--13123811	10	3.1	10	95	0	53	61	29	6	3	1.37
13135534--13135934	23	17.3	23	77	7	373	41	16	13	28	1.86
13135499--13135930	93	4.6	93	85	3	503	40	17	13	28	1.87
13135498--13135917	139	3.0	139	88	3	594	41	17	13	28	1.87
13136829--13136940	43	2.6	43	82	13	149	28	29	20	21	1.98
13143369--13143815	23	19.3	23	78	5	418	41	16	13	28	1.86
13143334--13143811	46	10.2	46	84	3	557	41	17	13	28	1.87
13143333--13143811	139	3.4	139	91	2	721	41	17	13	28	1.87
13144711--13144822	43	2.6	43	81	13	149	28	28	20	22	1.98
13146380--13146572	50	3.7	50	77	6	190	26	21	28	23	1.99
13146386--13146572	100	1.8	102	81	6	234	27	20	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13148658--13148690	17	1.9	17	88	11	50	60	6	6	27	1.44
13152080--13152110	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
13152230--13152292	30	2.1	30	93	0	108	58	15	1	23	1.46
13153206--13153346	66	2.2	65	84	6	178	41	18	26	14	1.88
13153688--13153829	43	3.3	43	80	2	142	23	17	26	31	1.97
13160162--13160199	20	1.9	20	88	0	58	44	0	15	39	1.47
13160238--13160515	75	3.7	75	80	4	269	21	21	22	34	1.97
13160238--13160515	150	1.9	150	81	3	344	21	21	22	34	1.97
13163256--13163294	20	2.0	20	85	10	53	20	46	15	17	1.84
13164284--13164327	17	2.7	16	86	6	61	18	2	2	77	0.98
13165839--13165952	53	2.1	54	91	3	194	29	13	19	37	1.89
13166380--13166436	29	2.0	29	89	0	87	24	8	29	36	1.86
13167655--13167712	16	3.5	16	72	9	62	32	0	5	62	1.18
13168047--13168093	24	2.0	23	83	4	58	48	2	0	48	1.13
13177247--13177278	14	2.3	14	94	0	55	50	9	18	21	1.75
13190114--13190240	28	4.5	28	85	0	164	33	12	22	30	1.92
13190936--13191608	23	29.0	23	76	10	557	28	13	17	40	1.88
13190930--13191608	93	7.3	93	94	1	1166	29	13	17	40	1.88
13196745--13196778	16	2.2	15	89	5	50	38	2	0	58	1.13
13201448--13201484	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
13202954--13203000	24	2.0	24	82	0	58	63	6	6	23	1.41
13204721--13205234	44	11.8	42	68	11	189	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13205020--13205147	45	2.9	44	79	11	145	24	30	21	24	1.99
13204708--13205233	218	2.4	217	87	0	766	26	24	20	28	1.99
13205219--13206099	129	6.8	129	91	2	1404	25	23	19	31	1.98
13207349--13207412	7	9.3	7	83	16	89	15	15	0	68	1.21
13207349--13207409	27	2.2	27	85	11	88	14	14	0	70	1.17
13208216--13208268	20	2.6	20	81	3	52	9	11	7	71	1.30
13208263--13208291	7	4.3	7	95	4	51	0	10	0	89	0.48
13208252--13208320	36	1.9	35	88	5	102	5	8	5	79	1.04
13208222--13208320	43	2.3	44	81	8	105	7	11	5	76	1.13
13212601--13213094	114	4.3	114	92	1	785	25	23	25	25	2.00
13212601--13213094	227	2.2	228	92	0	810	25	23	25	25	2.00
13213322--13213380	21	2.7	22	82	10	68	20	0	40	38	1.53
13213340--13213405	22	3.1	22	76	8	57	22	1	43	31	1.62
13213822--13213913	44	2.1	44	93	0	157	38	10	14	36	1.81
13213968--13214189	101	2.2	101	95	1	410	44	13	13	29	1.81
13214055--13214458	132	3.0	141	87	8	620	41	13	14	29	1.84
13216603--13216633	16	2.0	16	93	6	55	32	0	6	61	1.21
13218616--13218717	43	2.4	43	86	0	132	27	17	25	29	1.98
13218683--13218779	43	2.3	43	83	0	122	26	20	26	25	1.99
13219100--13219193	24	4.0	24	74	13	70	55	8	7	28	1.57
13223174--13223398	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
13223174--13223431	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13224812--13224992	63	2.9	64	79	3	197	25	6	33	35	1.81
13226834--13226989	40	4.0	40	73	5	140	40	3	21	35	1.69
13226915--13226980	27	2.5	27	87	4	91	39	0	19	40	1.52
13228307--13228386	7	11.4	7	100	0	160	56	0	13	30	1.38
13229224--13229430	103	2.0	105	90	1	328	28	8	7	55	1.56
13229783--13229817	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
13236363--13236443	30	2.6	31	82	3	101	40	9	13	35	1.78
13238077--13238107	15	2.1	15	93	0	53	48	16	12	22	1.80
13240285--13240335	24	2.1	24	92	0	84	23	27	17	31	1.97
13240319--13240657	44	7.8	43	74	11	246	28	22	19	30	1.98
13240656--13240704	24	2.0	24	92	0	80	22	24	20	32	1.98
13240873--13240981	44	2.5	43	82	5	121	33	18	19	29	1.95
13240259--13241373	369	3.1	368	74	13	948	28	22	19	29	1.98
13240874--13241245	177	2.1	177	88	0	555	29	22	18	29	1.97
13241041--13241154	44	2.6	44	74	2	113	29	21	20	28	1.98
13241078--13241460	44	8.8	42	70	15	170	28	22	18	30	1.97
13241060--13241549	217	2.3	217	90	1	759	29	21	18	30	1.97
13240701--13241463	394	1.9	394	88	0	1141	28	22	19	30	1.98
13246553--13246595	14	3.2	13	81	12	52	9	37	0	53	1.33
13249512--13249561	24	2.1	24	84	0	64	18	24	18	40	1.91
13252851--13252907	20	2.6	21	72	13	53	33	12	8	45	1.72
13252946--13252996	21	2.4	21	87	6	68	64	0	3	31	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13252933--13252996	21	3.0	22	84	6	62	62	0	4	32	1.16
13254242--13254274	13	2.4	14	85	5	50	42	0	0	57	0.98
13254416--13254456	22	2.0	21	85	9	57	65	2	7	24	1.30
13256604--13256680	29	2.5	31	87	4	104	25	14	12	46	1.80
13256804--13256846	20	2.2	20	82	0	50	11	6	2	79	1.02
13256829--13256885	27	2.2	25	81	12	62	7	28	1	63	1.30
13257024--13257064	21	2.0	21	100	0	82	31	9	14	43	1.78
13257865--13257923	5	11.8	5	75	7	57	76	1	15	6	1.07
13257865--13257920	10	5.6	10	81	8	69	76	1	14	7	1.07
13259183--13259273	40	2.3	40	80	1	112	38	2	16	42	1.60
13259667--13259711	21	2.1	21	95	0	81	66	2	4	26	1.22
13259715--13259765	22	2.4	21	81	9	59	58	1	1	37	1.20
13259771--13259816	23	2.0	23	91	8	76	39	6	4	50	1.48
13260783--13260981	99	2.0	99	91	0	317	23	18	20	37	1.94
13261178--13261227	26	2.0	25	84	4	64	24	0	16	60	1.36
13263406--13263450	14	2.9	16	77	16	58	44	2	6	46	1.42
13263491--13263618	65	2.0	65	90	4	204	52	3	8	35	1.48
13267176--13267211	16	2.1	18	90	10	58	66	0	33	0	0.92
13271331--13271359	11	2.7	11	94	5	51	41	13	0	44	1.44
13279586--13279630	10	4.5	10	83	10	65	8	11	2	77	1.07
13279586--13279630	21	2.2	20	88	7	65	8	11	2	77	1.07
13279598--13279641	20	2.2	20	84	8	54	9	15	0	75	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13280440--13280483	21	2.1	21	100	0	88	45	13	9	31	1.75
13280818--13280894	29	2.5	31	87	4	104	46	12	14	25	1.80
13282218--13282276	30	2.0	29	83	12	75	57	0	5	37	1.21
13287255--13287406	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
13287255--13287406	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
13289387--13289595	40	5.2	40	82	1	240	21	28	16	33	1.95
13304079--13304115	17	2.2	17	95	0	65	21	18	8	51	1.72
13309831--13309936	55	1.9	55	92	0	176	35	4	17	41	1.71
13316962--13317024	32	2.0	32	96	0	117	20	11	26	41	1.86
13319101--13319270	40	4.3	39	87	5	207	25	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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