genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8266447--8266623	95	1.9	95	98	0	345	46	3	1	48	1.28
8266526--8266576	26	2.0	26	100	0	102	47	1	0	50	1.12
8266683--8266717	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8266801--8266837	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
8266921--8266957	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
8266538--8266958	120	3.5	121	96	2	748	48	4	2	43	1.36
8266898--8267179	91	3.0	93	86	6	340	46	2	3	46	1.35
8267000--8267042	13	3.2	13	78	15	52	58	0	0	41	0.98
8266896--8267047	54	2.9	55	73	16	162	50	1	3	45	1.26
8267021--8267165	47	3.1	47	67	16	131	47	3	4	44	1.39
8266965--8267179	91	2.4	91	92	1	351	45	3	4	46	1.40
8266999--8267141	44	3.2	43	65	18	103	47	2	4	46	1.33
8270317--8270544	100	2.3	100	100	0	456	41	14	4	39	1.65
8270310--8270470	48	3.3	48	69	19	159	42	13	4	39	1.64
8272171--8272237	33	2.0	33	100	0	134	46	20	8	23	1.79
8282092--8282174	40	2.1	40	86	4	114	27	21	10	39	1.87
8289632--8289761	65	2.0	65	90	0	206	40	23	12	23	1.88
8296373--8296402	6	4.8	6	95	4	51	36	0	0	63	0.95
8301084--8301129	23	1.9	24	86	8	67	47	0	2	50	1.13
8301094--8301143	23	2.2	23	82	7	57	48	0	4	48	1.20
8301240--8301315	16	4.8	16	73	13	61	46	0	1	52	1.08
8302988--8303039	21	2.4	22	77	6	61	34	3	9	51	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8303001--8303043	21	2.0	21	95	0	77	30	4	6	58	1.45
8303668--8303820	45	3.4	45	74	0	137	38	19	17	24	1.93
8303884--8303993	34	3.2	33	80	2	121	40	11	12	35	1.80
8303875--8304025	68	2.2	69	76	8	157	39	13	13	33	1.84
8307488--8307532	24	2.0	22	86	8	63	26	22	6	44	1.77
8309244--8309316	29	2.5	30	81	2	94	17	19	12	50	1.77
8309383--8309461	41	1.9	42	92	2	133	13	20	29	36	1.91
8314475--8314687	111	1.9	111	85	1	293	33	3	13	49	1.60
8320753--8320846	31	3.0	32	66	12	95	46	15	5	31	1.69
8320730--8320846	62	1.9	62	100	0	234	46	15	6	31	1.72
8321358--8321382	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8337478--8337519	9	4.6	9	82	14	50	50	0	4	45	1.23
8340450--8340545	37	2.6	36	81	6	111	38	15	18	27	1.91
8346709--8346792	7	12.3	7	80	14	86	39	0	46	14	1.44
8346709--8346792	19	4.1	21	81	11	86	39	0	46	14	1.44
8350856--8350882	14	1.9	14	100	0	54	66	7	0	25	1.17
8358706--8358771	35	1.9	33	90	6	105	19	12	13	54	1.70
8360225--8360359	39	3.4	40	84	3	173	14	21	18	45	1.84
8366096--8366153	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
8366630--8366952	131	2.5	131	87	3	479	25	25	19	30	1.98
8367409--8367713	44	6.9	44	77	10	280	29	21	17	32	1.96
8367409--8367749	44	7.6	44	77	7	201	28	23	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8367261--8367547	152	1.9	152	86	2	416	28	22	16	32	1.96
8372340--8372383	19	2.3	19	84	7	54	40	11	22	25	1.87
8374978--8375035	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
8378760--8378816	22	2.6	22	91	0	87	35	28	19	17	1.94
8378782--8378878	38	2.6	38	85	3	133	38	28	17	15	1.90
8381278--8381370	49	1.9	49	93	2	161	30	25	5	38	1.78
8384812--8384866	21	2.4	22	82	11	58	63	3	3	29	1.28
8384832--8384896	19	3.2	21	78	20	68	63	3	3	30	1.25
8384842--8384896	20	2.7	20	77	11	58	60	3	3	32	1.32
8385935--8386032	29	3.3	31	69	13	87	27	3	16	53	1.58
8387063--8387166	34	3.1	33	75	21	117	30	4	7	56	1.48
8387165--8387189	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
8388252--8388290	11	3.4	12	82	10	55	20	2	0	76	0.90
8390060--8390248	51	3.8	50	78	9	197	23	17	27	31	1.97
8390066--8390250	101	1.8	102	89	3	293	23	18	27	31	1.97
8393782--8393848	26	2.6	26	86	6	93	20	22	22	34	1.97
8393896--8393951	25	2.3	25	84	3	69	17	28	23	30	1.97
8393978--8394060	25	3.4	25	77	3	78	22	21	20	34	1.96
8393942--8394060	24	4.9	25	73	8	93	21	21	20	36	1.96
8398024--8398161	54	2.6	54	97	0	267	26	19	24	28	1.99
8401687--8401733	24	1.9	25	91	4	78	23	10	19	46	1.80
8403023--8403100	26	2.9	26	86	3	111	55	10	10	24	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8403028--8403109	26	3.1	26	77	11	87	56	7	9	26	1.58
8403816--8403850	13	2.7	13	100	0	70	54	0	0	45	0.99
8405581--8405653	34	2.1	34	82	2	83	35	9	15	39	1.80
8405770--8405978	43	4.9	43	75	10	178	23	17	28	30	1.97
8412633--8412845	27	7.9	27	83	0	264	19	17	19	43	1.89
8412630--8412845	81	2.7	81	88	1	299	20	17	19	42	1.89
8420616--8420661	23	2.0	24	82	4	58	32	26	0	41	1.56
8420807--8420862	3	18.7	3	84	0	76	58	0	3	37	1.15
8421607--8421656	24	2.0	24	84	3	64	54	4	0	42	1.19
8423955--8423982	9	3.1	9	100	0	56	67	10	10	10	1.42
8432017--8432213	82	2.4	82	85	4	254	45	13	13	27	1.80
8432299--8432347	23	2.1	23	92	7	82	24	8	4	63	1.40
8432212--8432423	110	1.9	108	82	8	259	38	9	11	40	1.74
8432407--8432482	39	2.0	39	87	7	111	38	2	7	51	1.45
8432322--8432571	124	2.0	126	86	1	351	43	6	11	39	1.66
8432445--8432742	87	3.5	86	77	6	280	44	8	11	36	1.69
8432473--8432742	86	3.1	84	77	4	252	46	8	11	33	1.70
8432876--8432914	14	2.8	14	84	0	51	64	0	0	35	0.94
8435640--8435974	183	1.8	184	85	5	473	34	31	8	24	1.86
8437829--8437859	10	3.1	10	95	0	53	48	9	0	41	1.36
8438057--8438123	34	1.9	35	90	3	109	44	13	8	32	1.75
8439216--8439268	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8439250--8439431	60	3.1	59	72	10	199	51	3	3	41	1.36
8443065--8443114	19	2.5	19	78	15	57	40	10	4	46	1.56
8443052--8443118	20	3.4	19	77	8	71	41	8	4	44	1.56
8443514--8443648	65	2.1	65	91	2	218	36	6	20	36	1.79
8443535--8443670	65	2.1	65	80	2	148	38	8	17	34	1.81
8452796--8452847	26	1.9	28	92	7	90	53	3	7	34	1.48
8452865--8452933	31	2.2	33	84	5	88	39	7	15	37	1.76
8476604--8476691	30	3.0	30	70	6	81	35	20	21	22	1.96
8477676--8477714	17	2.3	17	90	0	60	33	5	0	61	1.18
8477696--8477744	16	3.1	16	73	23	50	46	4	0	48	1.20
8481718--8481782	30	2.2	30	97	0	121	60	16	1	21	1.45
8481811--8481858	11	4.4	11	78	0	51	60	8	10	20	1.55
8481812--8481854	22	2.0	22	90	0	68	58	9	11	20	1.61
8481819--8481859	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
8482430--8482535	51	2.1	51	96	0	194	39	10	12	37	1.77
8482514--8482644	63	2.1	63	86	2	183	28	15	16	40	1.88
8489640--8491285	132	12.5	132	86	4	2219	28	23	18	28	1.98
8489721--8490298	44	13.1	44	61	14	118	28	23	19	28	1.98
8489729--8491275	397	3.9	397	92	1	2369	28	23	19	28	1.98
8490621--8490826	44	4.7	44	66	12	118	27	24	18	30	1.98
8490667--8490858	43	4.4	44	64	16	112	27	25	18	28	1.98
8489640--8491285	265	6.2	264	85	4	2155	28	23	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8492649--8492686	14	2.7	15	84	12	53	13	10	0	76	1.02
8492648--8492687	21	2.0	19	90	9	62	15	10	0	75	1.05
8493631--8493670	19	2.1	19	90	0	62	67	7	12	12	1.41
8495540--8495586	19	2.5	19	82	6	60	44	8	19	27	1.79
8498543--8498833	148	2.0	146	81	8	338	31	8	6	53	1.56
8499558--8499617	30	2.0	30	83	0	75	56	11	20	11	1.65
8505848--8505905	21	2.9	21	89	5	84	13	24	18	43	1.87
8507703--8507754	24	2.1	26	85	7	72	40	3	1	53	1.30
8510906--8510933	10	2.8	10	100	0	56	28	21	17	32	1.96
8511251--8511313	31	2.0	31	96	0	117	20	11	15	52	1.73

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