genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6038018--6038105	44	2.0	44	90	0	140	13	13	31	40	1.84
6038569--6038673	44	2.4	44	86	0	147	27	27	12	32	1.93
6038779--6038920	45	3.2	44	73	6	142	25	23	21	28	1.99
6038801--6038931	44	2.9	45	71	6	140	26	22	22	29	1.99
6038951--6039388	50	8.8	50	66	6	177	25	24	21	28	1.99
6038938--6039438	100	5.0	100	89	1	727	24	23	21	29	1.99
6039603--6039643	11	3.5	11	81	12	55	34	7	24	34	1.83
6039595--6039632	13	3.1	13	77	14	53	31	7	28	31	1.86
6039595--6039643	24	2.0	24	100	0	98	32	8	26	32	1.86
6047521--6047560	20	2.0	20	100	0	80	30	15	25	30	1.95
6052076--6052120	10	4.6	9	82	17	54	82	0	2	15	0.77
6052460--6052547	44	2.0	44	90	0	140	13	13	31	40	1.84
6053011--6053111	44	2.3	44	94	0	175	25	25	14	33	1.95
6053221--6053376	45	3.5	44	73	6	143	25	22	21	30	1.98
6053506--6053875	50	7.4	50	65	7	212	23	25	21	29	1.99
6053380--6053880	100	5.0	100	90	1	745	24	24	21	29	1.99
6053380--6053880	199	2.5	201	89	1	747	24	24	21	29	1.99
6054045--6054085	11	3.5	11	81	12	55	34	7	24	34	1.83
6054037--6054074	13	3.1	13	77	14	53	31	7	28	31	1.86
6054037--6054085	24	2.0	24	100	0	98	32	8	26	32	1.86
6054382--6054469	44	2.0	44	90	0	140	13	13	31	40	1.84
6057102--6057135	13	2.7	13	95	4	61	41	47	0	11	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6057329--6057402	37	2.0	37	94	0	130	32	5	16	45	1.70
6057401--6057449	9	5.4	9	85	0	62	30	10	16	42	1.81
6062868--6063018	27	5.6	27	83	7	191	43	16	19	21	1.88
6063165--6063234	26	2.7	26	80	4	79	20	22	25	31	1.98
6065490--6065622	58	2.3	57	83	5	160	45	0	3	51	1.22
6065779--6065833	16	3.4	16	87	0	74	30	25	3	40	1.73
6066479--6066530	16	3.2	16	91	0	77	32	0	32	34	1.58
6066731--6066772	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
6066740--6066781	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
6066771--6067003	54	4.1	54	74	16	236	47	7	1	42	1.42
6066850--6066901	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
6066734--6066949	120	1.8	120	100	0	432	49	6	1	42	1.38
6070247--6070301	9	5.5	10	77	14	51	30	7	1	60	1.35
6070390--6070444	21	2.7	20	83	5	65	27	3	1	67	1.17
6071436--6071517	40	2.1	39	84	4	103	48	3	15	31	1.63
6071826--6071876	22	2.4	21	80	3	66	47	1	9	41	1.48
6071912--6071961	25	2.0	24	85	11	66	62	0	8	30	1.24
6071923--6071961	12	3.2	12	82	17	53	61	0	7	30	1.24
6073386--6073824	133	3.3	132	89	4	670	34	23	12	30	1.91
6073320--6073824	44	11.4	44	84	2	606	35	23	12	29	1.91
6075109--6075157	21	2.3	21	89	6	73	14	16	0	69	1.19
6075109--6075157	7	7.0	7	82	17	66	14	16	0	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6077812--6077838	14	1.9	14	100	0	54	70	0	0	29	0.88
6078441--6078491	16	3.2	16	86	5	59	45	1	23	29	1.64
6082614--6083465	267	3.2	265	82	5	953	41	16	18	22	1.90
6082567--6083465	134	6.8	131	78	7	795	41	16	18	22	1.90
6086102--6086407	109	2.8	109	89	1	456	32	18	16	32	1.93
6086919--6086953	17	2.1	17	89	10	54	60	0	11	28	1.32
6088534--6088633	31	3.3	31	79	9	98	35	10	4	51	1.54
6088973--6089028	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
6089004--6089043	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
6089046--6089165	59	2.1	59	87	1	179	41	5	8	45	1.56
6089231--6089274	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
6089708--6089772	26	2.4	27	92	7	105	40	9	0	50	1.34
6096385--6096423	17	2.4	17	86	4	53	23	0	5	71	1.05
6102199--6102308	26	4.6	23	66	21	66	42	12	4	40	1.63
6102199--6102351	70	2.2	70	95	2	281	42	10	4	42	1.59
6103503--6103613	31	3.7	29	74	14	82	35	9	12	43	1.74
6103500--6103581	29	2.7	30	74	9	71	36	8	12	42	1.73
6109153--6109193	14	3.0	14	80	16	50	34	0	4	60	1.18
6110509--6110543	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
6115996--6116043	10	4.9	10	76	2	53	25	6	2	66	1.26
6123384--6123431	17	2.9	17	90	3	71	54	18	0	27	1.44
6124378--6124624	50	4.8	50	82	6	239	29	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6127420--6127464	24	1.9	23	86	13	65	62	4	2	31	1.27
6134103--6134189	18	4.8	18	94	0	147	27	25	16	31	1.96
6134101--6134189	36	2.5	36	98	0	169	26	24	16	31	1.97
6140789--6141330	47	11.3	47	92	2	760	31	9	29	28	1.88
6141453--6141531	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
6145375--6145484	54	2.0	54	92	0	184	10	8	35	45	1.69
6150248--6150477	127	1.8	128	83	6	306	34	16	16	31	1.92
6150892--6150941	26	1.9	26	84	8	66	50	8	14	28	1.70
6152731--6152899	44	3.8	44	80	4	153	28	20	19	30	1.97
6152919--6153031	44	2.6	44	84	5	122	28	20	19	31	1.97
6153245--6153708	88	5.3	88	84	3	578	26	22	20	31	1.98
6153506--6153641	44	3.1	44	67	8	132	26	20	23	29	1.99
6153245--6153758	264	1.9	264	86	1	717	27	22	19	31	1.98
6153239--6153829	88	6.7	88	82	2	542	26	22	20	30	1.98
6153690--6153907	89	2.4	89	86	0	310	25	21	23	30	1.99
6153982--6154048	21	3.2	21	95	0	116	19	25	26	28	1.99
6154522--6154608	45	1.9	45	83	4	113	47	8	14	29	1.73
6154888--6154933	6	7.8	6	81	13	60	2	15	0	82	0.76
6154892--6154934	15	2.8	15	86	10	52	2	16	0	81	0.79
6155379--6155424	19	2.4	19	88	0	65	6	4	10	78	1.08
6157636--6157682	23	2.0	23	95	0	85	29	4	14	51	1.62
6158022--6158251	127	1.8	128	83	6	315	34	15	17	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6159504--6159529	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
6160370--6160394	10	2.5	10	100	0	50	52	0	28	20	1.47
6168410--6168456	18	2.7	18	80	9	53	23	0	4	72	1.02
6171064--6171199	45	3.1	45	88	2	177	24	19	25	30	1.98
6173907--6173949	19	2.2	20	80	12	54	34	18	0	46	1.50
6174107--6174279	83	2.1	83	93	0	292	37	21	17	23	1.94
6174131--6174275	21	7.0	21	63	13	75	37	22	17	22	1.93
6176577--6176625	25	2.0	25	91	0	80	22	12	8	57	1.61
6180853--6181043	36	5.0	36	84	12	247	28	20	13	37	1.91
6180889--6181079	82	2.3	82	96	0	346	28	21	12	37	1.90
6180807--6181043	118	2.0	118	94	0	420	29	20	13	36	1.92
6184586--6184780	49	4.0	49	91	0	291	31	28	15	24	1.95
6186131--6186321	36	5.0	36	84	12	247	28	20	13	37	1.91
6186167--6186357	82	2.3	82	96	0	346	28	21	12	37	1.90
6186085--6186321	118	2.0	118	94	0	420	29	20	13	36	1.92
6190370--6190422	27	2.0	27	96	0	97	33	11	0	54	1.36
6190474--6190576	27	3.8	26	73	10	82	26	22	33	18	1.97
6193927--6193953	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
6197316--6197384	31	2.3	30	82	12	79	0	28	0	71	0.87
6197343--6197490	40	3.8	40	75	12	148	0	29	0	70	0.87
6197367--6197489	4	31.0	4	78	19	93	0	28	0	71	0.86
6197305--6197471	72	2.3	75	82	12	213	0	29	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6197307--6197475	77	2.2	74	87	9	236	0	28	0	71	0.87
6197306--6197485	36	4.9	36	74	17	140	0	29	0	70	0.87
6197634--6197689	26	2.2	26	96	0	103	48	0	8	42	1.34
6197841--6197888	24	2.0	24	100	0	96	45	8	4	41	1.53
6199922--6199991	28	2.5	28	92	0	113	35	12	0	51	1.40
6200043--6200102	27	2.2	27	90	0	93	30	26	28	15	1.96
6200052--6200103	27	1.9	27	100	0	104	28	23	32	15	1.95
6200665--6200760	19	5.2	19	79	5	124	38	12	0	48	1.41
6200665--6200760	37	2.6	37	100	0	192	38	12	0	48	1.41
6201242--6201328	28	3.2	28	90	9	130	56	0	5	37	1.23

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