genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17837107--17837155	20	2.5	20	100	0	98	44	0	26	28	1.54
17837045--17837223	96	1.9	97	82	8	231	43	0	28	27	1.60
17837761--17837820	17	3.4	17	76	17	52	56	3	1	38	1.26
17839625--17839684	25	2.4	24	81	13	68	46	18	8	26	1.77
17847064--17847207	27	5.3	27	88	3	191	41	14	21	22	1.89
17847443--17847545	26	4.0	26	79	2	109	15	20	25	38	1.92
17847438--17847537	52	1.9	53	87	6	150	19	20	23	38	1.94
17847653--17847768	30	3.9	30	80	2	126	25	26	18	29	1.98
17855452--17855483	15	2.1	15	100	0	64	46	18	6	28	1.73
17856643--17856669	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
17859439--17859468	13	2.3	13	94	0	51	76	0	3	20	0.92
17859952--17860005	19	2.8	19	94	0	99	37	16	9	37	1.81
17867452--17867518	33	2.0	33	100	0	134	38	11	14	34	1.84
17867643--17867749	53	2.0	54	88	1	162	38	8	10	42	1.69
17873503--17873550	16	3.0	16	96	0	87	39	12	18	29	1.88
17883779--17883873	45	2.1	45	88	7	140	29	22	20	28	1.98
17889170--17889213	21	2.2	19	84	12	52	15	36	40	6	1.74
17894784--17894825	21	1.9	23	85	9	61	73	0	21	4	1.01
17896033--17896173	44	3.2	44	66	7	115	26	27	22	22	1.99
17896025--17896684	88	7.5	88	85	1	795	28	26	23	21	1.99
17896078--17896216	44	3.2	44	68	8	120	26	23	23	25	2.00
17896250--17896570	44	7.3	44	63	6	157	25	28	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17896999--17897280	44	6.5	44	70	16	162	29	19	21	29	1.98
17896984--17897413	217	2.0	217	87	2	632	29	19	22	28	1.98
17901283--17901377	45	2.1	45	92	0	154	30	23	17	28	1.97
17901383--17901518	50	2.7	52	83	5	188	29	27	16	26	1.97
17906336--17906391	26	2.1	26	83	9	69	41	14	0	44	1.45
17908738--17908944	39	5.3	39	91	3	303	26	20	28	25	1.99
17908685--17908944	39	6.6	39	83	9	236	26	21	27	24	1.99
17908738--17908977	79	3.1	79	85	8	262	27	20	27	24	1.99
17925664--17925718	27	2.1	26	82	3	65	29	0	3	67	1.08
17932200--17932238	20	1.9	21	89	5	62	48	5	0	46	1.24
17933664--17933702	20	1.9	21	89	5	62	46	0	5	48	1.24
17944103--17944168	28	2.3	30	84	10	100	33	3	21	42	1.68
17947024--17947406	54	7.1	53	83	5	457	42	19	19	18	1.89
17947024--17947407	27	14.3	27	81	4	393	42	19	19	18	1.90
17947405--17947456	27	2.0	26	85	11	70	32	19	21	26	1.97
17947587--17947666	26	3.1	26	83	5	101	17	23	26	32	1.97
17948415--17948612	53	3.7	53	85	2	227	42	15	17	24	1.87
17948415--17948612	107	1.9	106	80	3	236	42	15	17	24	1.87
17952586--17952621	16	2.2	16	90	0	54	22	0	2	75	0.94
17974133--17974317	79	2.3	81	81	7	218	24	23	27	24	2.00
17974133--17974317	40	4.7	40	82	6	216	24	23	27	24	2.00
17974186--17974350	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17979126--17979214	46	2.0	44	89	8	135	43	19	23	13	1.86
17980475--17980577	44	2.3	45	79	1	109	28	20	22	29	1.98
17980693--17981094	89	4.5	89	89	0	599	31	17	24	27	1.97
17980693--17981091	44	9.0	44	73	2	341	31	17	24	27	1.97
17982927--17983009	3	27.7	3	85	4	105	33	1	4	60	1.26
17984993--17985035	22	2.0	22	90	0	68	48	2	0	48	1.14
17985001--17985211	103	2.1	101	96	1	386	39	3	7	49	1.48
17985044--17985256	103	2.1	101	81	7	241	43	4	8	44	1.54
17987824--17987943	64	1.9	64	92	0	204	48	21	5	25	1.70
17987921--17987957	10	3.9	9	89	10	56	56	21	0	21	1.42
17987921--17987957	19	1.9	19	94	0	65	56	21	0	21	1.42
17988060--17988152	19	5.1	19	70	17	79	46	11	9	32	1.73
17988050--17988175	54	2.3	54	91	0	216	42	14	9	33	1.78
17999882--17999936	28	2.0	28	85	7	76	50	0	1	47	1.11
18000641--18000666	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
18002408--18002448	8	5.5	8	86	13	61	26	0	0	73	0.84
18010724--18010762	18	2.2	18	86	9	53	25	17	2	53	1.56
18012269--18012326	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
18012295--18012340	21	2.1	22	84	8	58	36	4	15	43	1.66
18012282--18012340	22	2.7	23	79	7	61	37	5	16	40	1.71
18019272--18019352	24	3.4	24	88	6	119	34	12	23	29	1.91
18019636--18020385	45	16.6	44	73	9	494	30	19	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18019631--18020235	178	3.4	176	84	4	693	30	19	23	26	1.98
18019648--18020070	223	1.9	223	89	1	661	30	18	24	26	1.98
18019648--18020240	223	2.7	221	83	3	656	30	19	23	26	1.98
18019628--18020405	134	5.7	132	77	8	649	30	19	23	26	1.98
18020167--18020438	143	1.9	143	87	1	402	29	19	22	28	1.98
18020386--18020489	51	2.0	51	88	0	154	31	17	22	28	1.96
18020243--18020604	194	1.9	195	87	2	541	29	20	21	27	1.98
18020538--18021047	89	5.7	89	87	0	633	29	22	22	25	1.99
18020537--18020942	44	9.1	43	65	11	138	29	23	22	24	1.99
18020538--18021070	267	2.0	267	84	0	699	29	22	22	25	1.99
18020537--18021109	178	3.2	176	84	2	689	29	22	22	26	1.99
18020543--18021109	89	6.4	89	85	1	580	29	22	22	26	1.99
18021105--18021382	131	2.1	133	88	5	413	29	19	25	25	1.98
18021806--18021850	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
18024630--18024677	17	2.7	17	80	6	51	56	4	0	39	1.19
18024636--18024705	27	2.5	27	81	9	70	61	1	2	34	1.20
18024951--18025048	44	2.2	44	88	1	142	38	9	19	32	1.83
18034070--18034246	50	3.4	50	82	4	183	20	26	23	29	1.99
18037956--18038019	25	2.6	25	74	0	65	73	3	3	20	1.11
18039887--18040126	49	4.8	50	82	3	245	23	28	21	26	1.99
18039936--18040126	50	3.8	50	85	1	249	22	29	21	25	1.99
18044090--18044117	9	3.1	9	100	0	56	21	25	0	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18046628--18046907	150	1.9	149	81	3	339	23	29	20	26	1.99
18046698--18046918	50	4.4	50	87	3	302	22	30	21	25	1.98
18055931--18055987	30	1.9	29	82	10	71	33	10	12	43	1.76
18056658--18056961	126	2.4	125	85	3	405	37	18	17	26	1.93
18057029--18057094	25	2.6	25	90	4	98	51	1	22	24	1.57
18069966--18070029	29	2.2	29	81	13	78	29	4	0	65	1.13
18075010--18075086	15	4.9	15	75	12	66	83	3	11	1	0.85
18075034--18075082	20	2.4	20	83	10	64	81	0	16	2	0.78
18075031--18075085	26	2.1	26	86	6	76	83	0	14	1	0.73
18075013--18075084	11	6.9	10	77	16	58	83	4	11	1	0.85
18075031--18075086	6	9.0	6	79	12	51	82	0	16	1	0.76
18075369--18075555	97	2.0	93	91	4	302	26	16	9	47	1.77
18076433--18077138	131	5.4	131	88	2	1013	29	19	24	25	1.98
18076480--18076837	87	4.1	87	68	10	244	29	21	23	25	1.99
18076436--18077054	44	14.2	43	67	10	274	29	19	24	26	1.98
18077070--18077258	88	2.2	88	88	0	272	28	17	25	28	1.97
18078989--18079068	18	4.7	18	66	10	51	27	7	2	62	1.35
18079046--18079085	17	2.3	18	86	4	55	32	2	0	65	1.06
18079045--18079114	21	3.3	21	76	6	61	30	4	4	61	1.34
18093280--18093391	11	9.8	11	67	7	62	66	6	1	25	1.24
18093357--18093403	22	2.1	22	92	0	76	68	12	2	17	1.31
18093753--18093787	18	1.9	18	88	0	52	40	2	2	54	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18096494--18096519	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
18096999--18097176	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
18097000--18097155	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
18096996--18097176	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
18105744--18105898	74	2.1	74	100	0	310	31	5	28	34	1.81
18106088--18106113	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
18106593--18106770	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
18106594--18106749	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18106590--18106770	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
18108804--18108836	17	1.9	17	93	0	57	30	24	12	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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