genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7335115--7335148	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
7335115--7335162	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
7335295--7335402	46	2.5	43	85	11	143	36	30	3	29	1.75
7335312--7335403	46	2.0	44	91	4	148	39	29	4	27	1.76
7338118--7338170	26	2.0	26	96	0	97	54	5	0	39	1.24
7340553--7340672	43	2.8	43	77	9	118	30	31	19	18	1.95
7363554--7363585	16	2.0	16	93	0	55	15	3	0	81	0.82
7365917--7365954	18	2.2	18	85	4	51	68	2	7	21	1.28
7365944--7366061	9	13.2	9	71	11	64	61	1	11	25	1.38
7365952--7366049	3	33.7	3	73	6	67	62	2	8	27	1.35
7370341--7370371	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
7370673--7370740	29	2.3	29	80	10	75	30	5	1	61	1.28
7380528--7380552	8	3.1	8	100	0	50	24	0	12	64	1.27
7383675--7383706	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
7388066--7388101	17	2.1	17	89	0	54	38	2	5	52	1.39
7388094--7388147	25	2.1	26	83	10	67	40	0	7	51	1.30
7388053--7388159	20	5.8	18	67	20	51	41	0	5	52	1.31
7388138--7388253	61	1.9	59	85	3	160	40	4	5	50	1.44
7391870--7391917	20	2.4	20	82	0	60	22	33	16	27	1.96
7391909--7391951	20	2.2	20	87	8	61	11	32	23	32	1.90
7391921--7391958	20	1.9	20	94	0	67	13	28	21	36	1.91
7392676--7392733	20	2.9	20	87	7	82	41	5	20	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7399155--7399230	29	2.6	28	80	10	89	21	19	7	51	1.72
7399155--7399234	30	2.7	31	84	5	103	22	18	7	51	1.71
7399953--7399998	23	2.0	23	82	0	56	50	15	15	19	1.79
7403042--7403069	13	2.2	13	100	0	56	42	0	7	50	1.30
7404063--7404112	24	2.1	25	85	7	68	52	6	2	40	1.38
7408961--7409154	68	2.9	66	80	11	227	37	17	22	22	1.94
7409448--7409512	30	2.2	30	88	5	96	23	6	13	56	1.59
7410485--7410541	25	2.4	23	78	18	64	57	8	1	31	1.39
7410582--7410644	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
7411217--7411354	69	2.0	69	98	0	267	28	10	10	50	1.70
7413366--7413390	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
7415807--7415832	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
7419832--7420289	227	2.0	227	99	0	907	41	16	17	24	1.89
7424799--7424839	14	2.8	14	88	7	55	0	12	0	87	0.53
7424799--7424832	16	2.2	15	94	5	59	0	8	0	91	0.43
7424801--7424830	10	2.9	10	95	5	51	0	10	0	90	0.47
7424799--7424839	12	3.4	12	80	19	50	0	12	0	87	0.53
7424799--7424849	23	2.2	23	82	10	59	0	15	1	82	0.76
7425794--7425833	21	1.9	21	84	0	53	30	45	0	25	1.54
7434180--7434219	21	1.9	21	100	0	80	5	22	30	42	1.75
7438049--7438083	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
7440565--7440602	18	2.1	18	100	0	76	44	0	10	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7440888--7440980	25	3.7	26	71	9	84	21	20	22	35	1.96
7442649--7442717	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
7442649--7442717	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
7442698--7442788	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
7442936--7443403	120	3.9	120	98	0	902	47	6	1	43	1.41
7450878--7450929	20	2.5	20	82	14	70	46	7	1	44	1.43
7453674--7453751	21	3.7	21	72	6	68	19	10	30	39	1.85
7453665--7453758	42	2.2	42	90	0	152	20	11	32	35	1.89
7455850--7455879	15	2.0	15	93	0	51	40	23	6	30	1.80
7456034--7456235	44	4.8	44	69	16	176	39	19	7	32	1.81
7456041--7456199	76	2.1	76	92	2	266	40	21	8	30	1.82
7456117--7456234	46	2.6	44	81	4	146	40	20	7	31	1.80
7456624--7456659	11	3.1	11	85	14	54	33	8	11	47	1.69
7456624--7456661	13	3.1	13	92	7	62	31	7	13	47	1.71
7459443--7459487	18	2.5	18	85	0	63	55	4	0	40	1.20
7459447--7459487	12	3.4	12	86	0	55	53	4	0	41	1.22
7460209--7460248	19	2.2	19	90	4	64	15	12	0	72	1.12
7460400--7460454	5	11.2	5	74	18	53	58	1	0	40	1.09
7460398--7460450	27	2.0	25	89	7	79	54	1	0	43	1.11
7461779--7461880	39	2.7	36	73	13	96	39	4	1	53	1.33
7475486--7475538	26	2.1	25	89	3	79	49	1	3	45	1.31
7475912--7475949	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7476120--7476166	22	2.1	22	96	0	85	14	12	36	36	1.85
7479866--7479917	27	2.0	27	85	11	72	11	11	3	73	1.23
7488276--7488360	9	9.4	9	83	5	109	40	22	10	27	1.87
7488400--7488428	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
7488384--7488441	18	3.0	20	82	12	66	22	3	12	62	1.45
7492605--7492639	18	1.9	18	88	0	52	42	0	17	40	1.49
7492668--7492710	23	1.9	22	85	4	59	53	4	2	39	1.34
7492837--7492918	3	27.0	3	73	7	67	64	4	3	26	1.30
7495255--7495302	25	2.0	24	91	4	78	41	22	20	14	1.89
7495251--7495316	24	2.7	26	81	9	84	40	21	22	15	1.90
7500250--7500280	16	1.9	16	93	0	53	0	0	16	83	0.64
7500388--7500417	3	10.3	3	92	7	53	33	36	0	30	1.58
7506571--7506642	31	2.3	30	83	11	83	54	0	2	43	1.15
7507205--7507239	18	1.9	18	88	0	52	48	5	5	40	1.51
7508223--7508252	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
7508260--7508355	46	2.1	47	84	5	124	12	61	8	17	1.55
7519705--7519746	18	2.4	19	88	11	63	35	2	0	61	1.09
7521098--7521207	56	2.0	55	96	1	202	38	8	12	40	1.73
7527098--7527142	3	15.0	3	80	0	54	28	2	4	64	1.25
7528630--7528737	56	1.9	55	90	1	171	37	9	12	39	1.76
7532216--7532518	124	2.5	124	84	3	409	44	7	17	29	1.77
7533389--7533428	16	2.3	17	83	16	55	52	0	35	12	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7538678--7538746	24	2.9	23	76	6	66	15	21	20	42	1.89
7542581--7542672	37	2.5	37	79	8	98	31	22	3	42	1.70
7543534--7543583	25	2.0	25	92	0	82	46	2	0	52	1.12
7548530--7548612	24	3.4	24	71	12	62	18	26	20	34	1.95
7548675--7548725	27	2.0	27	85	14	72	21	23	19	35	1.96
7548711--7548816	24	4.3	24	72	9	88	16	24	21	36	1.94
7548722--7548830	24	4.4	24	72	9	67	16	25	21	36	1.94
7548751--7548870	25	4.8	24	74	9	82	18	28	20	33	1.96
7552842--7552870	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
7562574--7562608	16	2.2	16	100	0	70	34	31	0	34	1.58
7564647--7564790	42	3.4	42	79	9	152	15	22	16	44	1.86
7564700--7564758	21	2.8	21	67	10	57	18	23	15	42	1.88
7572804--7572841	13	2.8	14	80	19	53	65	5	7	21	1.38
7574725--7574762	19	2.0	19	94	0	67	34	10	31	23	1.89
7577338--7577376	19	2.0	20	90	5	62	28	10	12	48	1.74
7577383--7577542	80	2.0	80	97	0	302	31	13	11	43	1.80
7582031--7582098	32	2.1	33	81	8	86	26	7	16	50	1.71
7585797--7585894	47	2.1	47	100	0	196	43	10	16	29	1.80
7592380--7592404	12	2.1	12	100	0	50	0	24	8	68	1.16
7593033--7593095	29	2.1	30	82	8	76	55	4	6	33	1.46
7593972--7594004	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
7596132--7596759	44	14.7	43	73	9	394	28	21	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7596211--7596716	84	5.9	84	75	10	411	28	22	20	29	1.98
7596132--7596416	128	2.2	128	90	0	444	29	21	20	28	1.98
7596389--7596850	89	5.3	86	73	11	245	27	22	20	29	1.98
7596335--7596846	126	3.9	127	82	8	511	27	22	19	29	1.98
7596127--7596859	343	2.1	345	93	0	1245	27	22	20	29	1.98
7596132--7596848	44	16.7	44	71	16	343	27	22	20	29	1.98
7613305--7613337	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
7613653--7613732	40	1.9	43	82	10	103	53	5	6	35	1.48
7617325--7617370	4	11.8	4	82	13	60	76	0	0	23	0.79
7617325--7617383	17	3.3	18	83	11	68	74	0	1	23	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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