genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24838626--24838719	45	2.1	45	93	0	161	29	25	18	26	1.98
24838716--24838911	51	3.9	50	79	4	232	31	29	16	22	1.96
24838723--24838907	101	1.8	101	88	3	282	31	28	16	22	1.96
24843520--24843757	28	8.5	28	92	0	379	34	26	11	28	1.91
24846450--24846758	40	7.7	40	98	0	546	22	28	20	29	1.98
24855128--24855436	40	7.7	40	98	0	546	22	28	20	29	1.98
24858686--24858732	18	2.5	19	86	6	69	57	0	2	40	1.11
24858687--24858733	19	2.6	18	81	18	62	57	0	2	40	1.11
24859645--24860288	103	6.3	99	86	7	705	30	0	14	54	1.44
24859645--24860288	206	3.1	206	86	6	841	30	0	14	54	1.44
24859645--24860288	309	2.1	305	85	6	865	30	0	14	54	1.44
24861078--24861149	29	2.4	31	81	9	85	63	1	1	33	1.11
24861106--24861170	10	6.5	10	71	13	53	60	0	1	38	1.07
24861119--24861188	22	3.5	20	79	14	83	61	0	1	37	1.05
24861104--24861219	40	3.0	38	77	15	121	62	0	1	36	1.06
24861078--24861159	29	2.7	29	81	9	83	64	1	1	32	1.09
24861148--24861186	17	2.2	18	86	13	55	61	0	0	38	0.96
24861143--24861207	30	2.3	27	87	10	94	61	0	1	36	1.05
24861155--24861217	30	2.2	30	80	8	53	65	0	1	33	1.03
24867410--24867793	127	3.1	126	91	2	576	28	15	22	33	1.95
24870959--24871009	7	7.4	7	88	2	68	19	1	41	37	1.63
24871000--24871661	89	7.7	86	79	12	618	28	1	22	47	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24871333--24871672	79	4.3	79	79	11	381	26	2	21	49	1.62
24871332--24871672	28	12.8	27	76	11	260	26	2	21	49	1.63
24871630--24871690	19	3.0	19	83	9	59	31	3	18	47	1.64
24873949--24873980	9	3.4	9	95	4	55	62	0	0	37	0.95
24874054--24874095	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
24874097--24874173	22	3.5	22	87	1	111	38	1	27	32	1.65
24874437--24874495	29	2.1	28	80	3	64	50	11	8	28	1.68
24883192--24883410	121	1.8	121	97	0	420	26	23	11	37	1.90
24886644--24886801	43	3.7	43	79	7	151	30	25	18	24	1.98
24893386--24893437	24	2.2	24	100	0	104	21	46	17	15	1.84
24895244--24895300	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
24895546--24895580	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24895680--24895721	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
24895433--24895746	154	2.0	156	95	1	569	44	3	5	46	1.41
24895689--24895730	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
24895678--24895974	120	2.5	121	90	6	462	50	5	2	41	1.39
24895799--24895850	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
24895776--24895866	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
24895718--24895901	59	3.1	59	65	21	148	49	7	2	41	1.42
24895935--24895973	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
24895940--24895973	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
24896006--24896200	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24898610--24898637	12	2.3	12	100	0	56	35	25	25	14	1.93
24900086--24900136	24	2.1	24	100	0	102	33	7	23	35	1.84
24903240--24903323	44	1.9	44	82	0	105	36	4	9	48	1.57
24903310--24903338	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
24915654--24915722	25	2.7	25	81	4	75	24	27	23	24	2.00
24923783--24924030	50	4.9	50	80	9	245	28	19	26	25	1.99
24941379--24941404	12	2.2	12	100	0	52	92	7	0	0	0.39
24954524--24955624	128	8.6	128	90	0	1610	25	24	18	30	1.98
24956651--24956683	13	2.5	14	85	14	52	15	12	0	72	1.12
24956651--24956683	6	5.0	7	85	14	52	15	12	0	72	1.12
24957610--24957667	6	9.7	6	79	7	55	10	6	13	68	1.37
24960964--24961025	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
24971845--24971887	23	1.9	22	85	4	59	34	6	0	58	1.25
24971845--24971887	22	1.9	23	85	4	61	34	6	0	58	1.25
24972008--24972063	10	5.4	10	76	16	51	30	7	0	62	1.22
24974285--24974312	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
24975764--24975798	18	2.0	18	88	5	54	25	11	2	60	1.45
24975756--24975810	17	3.2	16	78	16	58	25	7	3	63	1.37
24981688--24981930	50	4.8	50	82	5	274	22	30	20	26	1.98
24981688--24981930	101	2.4	100	85	1	315	22	30	20	26	1.98
24984737--24984817	42	1.9	42	85	5	110	17	33	24	24	1.96
24984747--24984834	42	2.1	42	80	4	97	22	31	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24985488--24985687	40	5.0	40	83	1	240	32	15	30	22	1.95
24985607--24985671	20	3.3	20	64	20	55	30	16	36	15	1.90
24985488--24985687	79	2.5	80	83	0	249	32	15	30	22	1.95
24989397--24989435	13	2.8	14	84	11	53	53	10	2	33	1.48
24990311--24990357	21	2.2	21	82	14	53	57	12	0	29	1.36
24991264--24991420	41	3.8	41	80	3	163	31	28	21	18	1.97
24994440--24994634	50	3.9	50	78	4	171	23	27	21	27	1.99
25001834--25001882	20	2.5	19	78	12	55	12	22	6	59	1.55
25015524--25015552	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
25034403--25034505	41	2.5	41	80	0	116	31	23	23	22	1.99
25036866--25036918	19	2.6	21	74	17	58	26	32	5	35	1.80
25050022--25050120	26	3.8	26	72	5	74	21	16	25	37	1.93
25050009--25050125	52	2.2	52	80	3	128	23	15	24	36	1.93
25063994--25064044	18	2.8	18	81	3	57	23	27	5	43	1.77
25063994--25064033	19	2.2	19	86	4	55	25	32	5	37	1.77
25070943--25071002	29	2.1	29	82	11	72	36	13	5	45	1.65
25076503--25076819	40	7.9	40	93	0	526	23	28	20	27	1.99
25079707--25079812	43	2.5	43	87	3	144	26	28	16	28	1.97
25083237--25083262	9	2.9	9	100	0	52	23	0	23	53	1.46
25083446--25083485	18	2.2	18	86	8	55	35	0	35	30	1.58
25088025--25088055	11	2.8	11	95	0	53	54	0	3	41	1.16
25093387--25093489	44	2.4	44	85	3	129	41	5	1	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25093515--25093539	7	3.6	7	100	0	50	28	16	12	44	1.83
25101942--25101999	30	1.9	30	86	6	82	48	12	8	31	1.70
25104499--25104556	30	1.9	30	86	6	82	48	12	8	31	1.70
25107054--25107110	29	1.9	30	82	10	73	47	12	8	31	1.72
25112786--25112837	16	3.2	16	75	5	52	15	17	3	63	1.45
25113127--25113233	50	2.1	50	80	0	124	20	29	22	27	1.98
25128828--25129136	40	7.7	40	98	0	546	29	20	28	22	1.98
25137083--25137391	40	7.7	40	98	0	546	29	20	28	22	1.98
25143492--25143539	25	1.9	25	83	8	62	25	25	18	31	1.98
25143501--25143565	25	2.7	25	81	9	73	26	21	20	32	1.97
25148796--25148973	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25148797--25148952	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25148793--25148973	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25153056--25153082	6	4.5	6	100	0	54	0	0	14	85	0.61
25197074--25197137	32	2.0	32	100	0	128	43	12	9	34	1.75
25208701--25209003	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
25216695--25216997	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
25224461--25224485	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
25238284--25238317	16	2.1	16	88	0	50	26	20	5	47	1.73
25238288--25238361	16	4.6	16	73	6	60	22	20	10	45	1.82
25239274--25239335	29	2.1	29	82	11	74	56	17	6	19	1.62
25245416--25245473	21	2.8	21	100	0	116	22	36	27	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25249944--25250019	25	3.0	25	76	0	80	34	22	19	23	1.97
25253724--25253985	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00
25260962--25261139	27	6.6	27	80	3	160	28	29	15	26	1.96
25260983--25261138	82	1.9	81	85	3	215	27	29	16	26	1.96
25280059--25280228	50	3.4	49	81	4	171	22	27	20	29	1.98
25280155--25280283	50	2.4	54	84	7	158	24	30	20	25	1.98
25286310--25286461	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
25286310--25286461	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
25301904--25302015	25	4.5	25	75	12	86	25	22	21	31	1.98
25301904--25302015	50	2.2	50	87	3	154	25	22	21	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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