genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51976621--51976686	20	3.4	19	72	19	57	40	1	4	53	1.31
51976621--51976694	21	3.8	21	77	18	72	37	2	4	55	1.33
51978860--51978957	49	2.0	49	97	0	187	35	20	11	32	1.88
51982602--51982639	16	2.2	18	86	9	53	28	2	0	68	1.03
51982995--51983087	44	2.1	44	90	6	143	32	4	26	36	1.76
51982995--51983099	44	2.5	41	77	18	110	32	3	26	37	1.75
51983246--51983279	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
51983227--51983331	55	1.9	54	81	11	124	50	4	0	43	1.29
51990698--51990767	3	23.3	3	74	11	63	30	5	4	60	1.39
51991103--51991183	29	2.8	29	82	1	99	33	3	2	60	1.27
51991151--51991222	12	6.2	12	70	23	57	37	1	0	61	1.05
51993047--51993093	19	2.3	21	82	13	55	4	21	2	72	1.12
51998511--51998546	12	3.0	12	87	0	54	38	13	16	30	1.88
51998755--51998805	5	10.0	5	75	12	50	62	1	0	35	1.06
51998755--51998805	16	3.3	16	76	15	54	62	1	0	35	1.06
52003137--52003161	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
52004691--52004866	41	4.3	41	94	0	298	28	18	28	24	1.98
52007336--52007399	28	2.3	27	89	5	101	29	15	9	45	1.78
52009751--52009794	18	2.4	18	92	0	70	36	15	18	29	1.92
52009751--52009802	18	2.9	18	82	5	61	42	13	17	26	1.86
52011956--52012079	58	2.1	60	93	6	216	40	15	11	33	1.83
52017191--52017300	41	2.7	42	76	8	118	20	18	28	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52021409--52021450	21	2.0	22	90	4	68	30	7	7	54	1.54
52021454--52021545	44	2.1	44	91	0	148	26	15	19	39	1.91
52032801--52032827	6	4.5	6	100	0	54	0	0	29	70	0.88
52039166--52039222	25	2.2	27	81	6	64	45	1	5	47	1.35
52041664--52041742	26	3.0	26	76	14	72	35	7	10	46	1.66
52043358--52043382	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
52043543--52043621	9	8.8	9	94	0	122	37	27	10	24	1.87
52051914--52051990	39	2.0	39	92	0	127	46	3	9	40	1.54
52052510--52052693	43	4.3	43	81	3	172	28	26	18	27	1.98
52052594--52052676	44	1.9	43	90	2	130	31	28	15	24	1.96
52052594--52052689	44	2.2	43	84	1	129	32	29	15	22	1.95
52052765--52052798	16	2.1	16	88	0	50	61	2	0	35	1.11
52054214--52054243	14	2.1	14	100	0	60	33	0	43	23	1.54
52066714--52066743	15	2.0	15	93	0	51	33	36	6	23	1.81
52067656--52067707	15	3.5	15	79	10	61	30	7	0	61	1.24
52069318--52069380	22	2.9	22	97	0	117	9	22	28	39	1.85
52069478--52069766	43	6.7	43	86	3	343	27	32	16	22	1.96
52069478--52069766	128	2.2	129	82	4	343	27	32	16	22	1.96
52071350--52071413	22	3.0	21	79	6	65	70	7	1	20	1.21
52071572--52071624	5	10.6	5	100	0	106	39	0	0	60	0.97
52074302--52074334	7	4.6	7	96	3	57	27	57	0	15	1.38
52074413--52074442	15	2.0	15	93	0	51	43	26	0	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52074447--52074540	21	4.5	21	80	0	98	37	48	0	13	1.43
52074447--52074522	7	10.9	7	86	0	98	34	53	0	11	1.37
52074965--52075037	33	2.2	32	78	7	83	47	1	5	45	1.34
52075039--52075168	41	3.2	41	91	2	217	30	26	21	20	1.98
52078678--52078703	10	2.6	10	100	0	52	19	0	23	57	1.40
52079577--52079658	37	2.3	35	93	4	137	37	6	4	51	1.48
52081599--52081667	35	1.9	36	97	2	131	26	2	18	52	1.60
52083021--52083061	20	2.0	20	100	0	82	43	12	9	34	1.75
52083023--52083068	20	2.3	20	92	0	74	47	10	13	28	1.76
52089434--52089480	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
52104451--52104496	19	2.4	18	82	10	56	26	23	10	39	1.88
52113061--52113571	44	11.3	44	70	18	302	31	18	22	27	1.97
52113174--52113242	36	1.9	36	85	5	95	28	21	18	30	1.97
52113088--52113336	124	2.0	124	96	0	453	30	19	21	28	1.97
52113210--52113622	142	2.9	142	95	0	738	32	18	20	27	1.97
52113380--52113570	98	1.9	97	81	6	224	31	19	21	27	1.97
52113494--52113649	44	3.6	42	80	9	156	30	19	20	29	1.97
52119341--52119374	17	2.1	17	88	5	52	29	11	11	47	1.76
52125358--52125396	4	9.8	4	82	0	51	20	25	5	48	1.70
52125358--52125396	12	3.2	12	92	0	60	20	25	5	48	1.70
52125645--52125887	50	4.7	50	87	3	297	23	28	22	25	1.99
52132836--52133021	50	3.7	50	86	2	221	23	29	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52132840--52133066	100	2.2	100	80	7	242	24	28	21	25	1.99
52133385--52133411	12	2.2	12	100	0	54	0	55	11	33	1.35
52137365--52137423	20	3.0	20	87	0	82	42	22	28	6	1.79
52141097--52141134	17	2.4	16	91	8	60	31	10	2	55	1.48
52142500--52142536	17	2.3	16	90	9	58	27	16	0	56	1.40
52142526--52142598	31	2.4	31	97	2	139	26	9	8	56	1.59
52142542--52142597	18	3.4	18	65	29	52	23	8	8	58	1.56
52145924--52145958	18	1.9	18	88	0	52	40	5	20	34	1.76
52150625--52150808	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
52150625--52150805	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
52154857--52155105	50	4.9	50	78	4	180	22	27	22	28	1.99
52158155--52158286	50	2.6	51	85	3	185	33	15	12	37	1.86
52160564--52160619	18	2.9	19	87	12	71	67	1	23	7	1.24
52160607--52160653	17	2.8	16	83	6	58	53	6	29	10	1.60
52160607--52160645	16	2.4	16	84	16	53	48	7	30	12	1.69
52165577--52165631	23	2.3	23	79	20	69	36	0	1	61	1.06
52166210--52166269	27	2.2	27	88	5	86	60	8	1	30	1.36
52166439--52166485	18	2.6	18	78	18	53	23	4	2	70	1.16
52167700--52167775	20	3.8	19	68	20	57	17	28	17	36	1.92
52167663--52167772	40	2.8	40	81	5	132	18	26	17	38	1.92
52169124--52169303	27	6.6	27	82	5	184	29	28	15	26	1.96
52169147--52169302	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52176418--52176595	27	6.6	27	82	5	180	29	28	15	26	1.96
52176439--52176594	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
52179498--52179611	41	2.8	40	78	6	120	32	28	18	21	1.96
52184230--52184268	19	2.1	19	95	0	69	25	10	12	51	1.71
52187750--52187792	9	4.8	9	97	0	77	53	2	11	32	1.50
52192030--52192108	27	3.0	26	83	5	95	46	21	15	16	1.83
52193601--52193631	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
52199241--52199271	16	2.0	16	93	6	55	3	32	0	64	1.09
52211105--52211183	31	2.5	31	78	15	83	16	25	0	58	1.38
52211105--52211168	31	2.0	33	84	6	87	17	25	0	57	1.39
52211111--52211184	16	4.7	16	69	21	57	14	25	0	59	1.36
52211149--52211183	16	2.2	16	95	5	63	11	25	0	62	1.28
52213213--52213246	14	2.4	14	95	0	59	32	20	23	23	1.98
52216543--52216583	18	2.3	18	91	0	64	73	0	21	4	1.02
52219111--52219148	20	1.9	20	94	0	67	23	21	10	44	1.83
52219345--52219437	19	5.1	19	72	12	86	46	12	10	30	1.76
52219342--52219458	54	2.2	54	93	1	200	44	12	11	31	1.78
52221575--52222011	27	16.2	27	84	3	463	45	18	18	17	1.85
52222193--52222310	52	2.3	52	90	0	182	16	19	23	39	1.92
52222195--52222310	26	4.5	26	83	0	151	17	19	23	39	1.92
52222416--52222475	30	2.0	30	86	0	84	21	25	26	26	2.00
52225948--52226119	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52225895--52226117	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
52225975--52226152	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
52245474--52245567	47	2.0	47	91	0	152	31	23	14	29	1.95
52250722--52250795	37	2.0	37	100	0	148	24	29	16	29	1.96
52253989--52254071	31	2.7	31	84	0	112	22	37	21	18	1.94
52254217--52254386	35	4.8	35	83	2	178	44	17	13	25	1.85
52257568--52257626	30	2.0	30	86	6	84	25	5	6	62	1.41
52257737--52257779	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
52257827--52257975	43	3.5	42	78	7	156	19	18	26	36	1.94
52257898--52258163	43	6.1	43	78	8	130	27	27	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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