genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9157530--9157583	21	2.7	19	75	16	56	35	11	1	51	1.48
9158272--9158838	126	4.5	125	82	3	692	30	16	22	30	1.96
9158272--9158838	251	2.3	250	85	2	735	30	16	22	30	1.96
9162013--9163216	22	56.7	21	74	12	784	25	0	29	45	1.58
9162016--9163193	43	27.6	43	73	12	747	25	0	29	44	1.58
9162529--9162677	80	1.9	80	84	2	201	25	0	26	48	1.52
9162128--9162802	128	5.3	124	80	9	467	25	1	28	44	1.61
9162637--9163134	81	6.0	79	73	15	339	26	0	27	45	1.54
9162677--9162810	36	3.5	36	72	19	101	27	0	28	44	1.55
9162523--9162924	212	1.9	202	86	6	565	26	0	27	45	1.54
9163024--9163095	36	2.0	36	86	5	101	25	0	30	44	1.54
9163010--9163092	29	2.8	29	73	14	80	24	0	30	45	1.53
9163175--9163208	15	2.3	15	89	0	50	23	0	38	38	1.55
9163171--9163244	14	5.3	14	73	15	64	20	0	36	43	1.52
9163072--9163216	43	3.6	39	82	13	127	23	0	29	46	1.52
9163185--9163237	27	1.9	27	84	3	70	20	0	37	41	1.53
9165424--9165521	51	1.9	51	87	4	144	45	3	24	26	1.67
9165483--9165559	11	6.9	11	73	24	72	45	1	27	25	1.61
9165483--9165559	33	2.3	33	82	10	102	45	1	27	25	1.61
9166966--9167018	24	2.2	24	89	3	79	52	1	0	45	1.11
9168682--9168761	39	2.2	35	82	10	90	6	31	2	60	1.35
9170933--9171045	44	2.6	44	80	14	126	23	17	29	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9171677--9171766	19	4.7	19	94	0	162	36	8	15	38	1.79
9171677--9171766	38	2.4	38	100	0	180	36	8	15	38	1.79
9172240--9172295	6	9.3	6	94	0	58	33	12	0	53	1.39
9172268--9172295	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
9173935--9174258	23	13.8	23	79	4	342	26	14	19	39	1.90
9173935--9174257	47	6.9	46	82	3	358	26	14	19	39	1.90
9173937--9174202	70	3.8	71	86	2	340	26	15	18	39	1.90
9173935--9174257	119	2.7	119	88	1	481	26	14	19	39	1.90
9174981--9175290	42	7.2	42	82	8	284	30	22	20	25	1.98
9174981--9175226	88	2.8	87	83	6	279	31	22	21	24	1.98
9174981--9175267	130	2.2	129	81	4	312	31	22	20	25	1.98
9175600--9175670	21	3.4	21	86	0	97	2	47	18	30	1.63
9183209--9183711	18	27.6	18	66	28	164	33	0	19	45	1.56
9183222--9183273	19	2.8	18	94	2	86	32	3	19	44	1.69
9183230--9183730	51	9.9	51	89	6	695	33	0	20	46	1.54
9183272--9183730	76	6.1	76	90	6	695	33	0	20	46	1.51
9183783--9183895	34	3.2	34	68	22	106	42	6	1	49	1.38
9183766--9183910	72	2.0	72	100	0	290	41	6	1	50	1.38
9183798--9183913	38	3.2	38	65	22	111	37	7	1	53	1.40
9184061--9184105	13	3.5	13	81	0	63	46	0	8	44	1.34
9184056--9184105	26	2.0	25	92	4	82	46	0	8	46	1.32
9184077--9184878	40	20.5	40	81	16	788	42	2	10	44	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9184150--9184682	57	9.1	57	79	16	498	42	2	11	44	1.52
9184150--9184530	97	4.1	98	70	21	343	42	2	11	44	1.52
9184150--9184904	137	5.3	137	84	11	882	42	1	11	44	1.51
9184304--9184374	23	3.3	23	64	28	66	42	2	8	46	1.49
9184401--9184553	23	7.4	23	63	31	96	45	2	9	43	1.49
9184499--9184724	97	2.3	94	88	10	232	42	2	11	43	1.53
9184635--9184707	23	3.4	23	65	27	70	45	2	8	43	1.48
9184658--9184836	57	3.1	57	95	1	324	40	1	11	46	1.50
9184715--9184904	97	2.0	94	97	2	256	41	1	10	46	1.48
9187071--9187348	84	3.3	84	88	4	448	28	20	19	31	1.97
9189039--9190059	112	9.2	112	95	1	1813	26	27	17	28	1.98
9190006--9190139	40	3.3	40	87	1	169	23	30	15	29	1.96
9191449--9191505	20	2.8	20	81	0	78	43	10	10	35	1.74
9200810--9201060	27	9.3	26	79	8	236	46	17	17	17	1.84
9200810--9201061	54	4.7	53	84	7	287	46	17	17	18	1.85
9200810--9201062	81	3.1	81	83	1	321	46	17	17	18	1.85
9201222--9201296	26	2.8	26	77	2	78	21	21	16	41	1.90
9201411--9201476	33	2.0	33	85	5	89	22	24	22	30	1.99
9201833--9201869	14	2.4	16	78	21	51	62	8	0	29	1.24
9201836--9201875	15	2.7	15	88	7	55	60	5	0	35	1.19
9204255--9204295	12	3.5	12	80	12	50	60	0	2	36	1.10
9210706--9210745	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9211454--9211579	43	3.0	43	83	6	134	28	28	15	26	1.96
9211486--9211711	43	5.3	43	83	5	162	28	26	15	28	1.96
9211511--9211711	85	2.4	84	79	7	219	27	26	15	29	1.96
9211968--9212058	43	2.1	43	85	2	121	45	9	10	34	1.73
9216075--9216180	7	14.9	7	72	11	54	37	39	0	21	1.60
9216126--9216174	14	3.4	14	81	13	64	34	46	2	16	1.58
9216202--9216244	22	2.0	22	90	0	68	46	32	0	20	1.51
9216949--9217312	41	8.9	39	76	7	296	31	29	17	21	1.97
9216949--9217307	124	2.9	121	80	5	382	31	28	17	22	1.97
9216949--9217307	82	4.4	80	78	6	344	31	28	17	22	1.97
9217355--9217471	40	2.9	41	82	6	123	24	20	18	35	1.95
9222710--9222775	21	3.3	20	69	26	59	34	1	3	60	1.21
9226434--9226725	126	2.3	126	89	1	451	26	20	19	33	1.96
9226923--9226990	14	4.7	15	74	16	56	48	32	0	19	1.49
9239704--9239761	29	2.1	26	81	15	64	34	3	3	58	1.32
9240858--9240883	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
9241458--9241756	97	3.1	96	80	8	322	42	17	2	37	1.64
9241854--9241992	69	2.0	69	95	0	251	28	24	26	20	1.99
9242986--9243061	23	3.2	23	62	17	55	46	9	1	43	1.44
9242977--9243074	49	2.0	49	97	0	187	41	12	2	43	1.53
9244435--9244481	21	2.2	21	84	0	58	19	31	23	25	1.98
9247748--9247779	15	2.1	15	100	0	64	15	6	43	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9248360--9248551	41	4.7	41	91	0	294	35	28	19	15	1.93
9248360--9248575	82	2.6	82	85	2	263	36	27	18	17	1.94
9253783--9253827	3	15.0	3	80	0	54	60	2	4	33	1.29
9255395--9255491	50	1.9	50	85	0	131	26	22	18	31	1.97
9255747--9256121	132	2.8	132	85	2	495	24	24	21	29	1.99
9260836--9260868	11	3.0	11	100	0	66	63	9	9	18	1.49
9262939--9263233	145	2.0	145	98	0	563	29	21	16	32	1.95
9268697--9268741	3	15.0	3	80	0	54	60	2	4	33	1.29
9268840--9268908	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
9268840--9268908	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
9268889--9268979	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
9269144--9269180	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
9269149--9269335	59	3.1	59	65	18	141	47	4	2	44	1.38
9269124--9269413	120	2.4	120	87	3	429	49	4	2	43	1.34
9281205--9281251	15	3.1	15	81	9	51	51	12	2	34	1.52
9281280--9281311	13	2.5	13	94	0	55	56	15	9	18	1.66
9283615--9283825	84	2.5	83	85	1	260	23	39	15	21	1.92
9284552--9284591	21	2.0	21	85	5	55	50	12	0	37	1.41
9290313--9290382	31	2.3	31	83	11	90	41	1	5	51	1.34
9290469--9290514	18	2.5	19	86	6	60	43	0	4	52	1.21
9290655--9290692	20	1.9	20	84	10	51	55	0	5	39	1.23
9290940--9290997	29	2.0	29	80	12	66	31	1	25	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9297529--9297611	42	1.9	43	82	4	105	49	13	2	34	1.55
9300048--9300087	18	2.2	19	90	4	64	50	0	5	45	1.23
9317558--9317605	19	2.5	20	86	6	64	50	4	8	37	1.52
9317568--9317606	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
9317627--9317662	8	4.5	8	100	0	72	38	0	0	61	0.96
9320770--9320898	67	1.9	67	93	0	222	28	30	17	23	1.97
9324914--9325030	57	2.1	57	98	0	225	36	7	21	34	1.82
9328185--9328226	18	2.3	18	95	0	75	38	4	4	52	1.44
9331601--9331931	171	1.9	170	93	0	563	38	12	21	27	1.89
9336368--9336396	13	2.3	13	94	5	51	82	3	6	6	0.93

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