genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
431913--431958	18	2.6	18	83	12	60	65	6	0	28	1.17
431986--432044	23	2.5	25	76	20	65	66	1	8	23	1.29
432126--432161	18	2.0	18	89	10	56	75	0	2	22	0.94
432126--432180	21	2.7	20	78	10	56	72	0	3	23	1.00
433438--433475	17	2.2	17	100	0	76	31	23	0	44	1.54
439815--439883	9	7.2	9	74	18	50	36	1	0	62	1.04
439817--439851	17	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
439843--439904	30	2.0	30	84	3	79	35	1	1	61	1.16
442678--442790	55	2.0	56	88	6	167	39	2	23	33	1.69
447416--447470	29	2.0	26	83	16	67	40	12	14	32	1.84
456413--456602	93	2.0	93	96	0	353	42	15	15	26	1.87
472298--472350	24	2.3	24	87	6	74	43	1	1	52	1.23
476423--476493	31	2.3	31	82	0	88	26	4	14	54	1.57
484523--484558	15	2.4	16	86	13	58	44	0	0	55	0.99
496162--496311	74	2.0	74	97	0	282	24	17	10	48	1.79
496690--497062	184	2.0	184	100	0	746	20	21	17	40	1.91
503561--503602	17	2.5	17	92	0	66	30	0	7	61	1.22
507523--507576	24	2.3	23	78	9	54	37	1	1	59	1.19
508560--508600	16	2.6	16	81	18	50	29	0	0	70	0.87
511566--511599	16	2.1	17	88	5	52	44	2	0	52	1.16
517205--517420	51	4.3	51	90	0	344	33	14	22	29	1.94
527707--527768	17	3.4	17	77	14	70	19	1	6	72	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
528635--528688	26	2.1	26	93	3	92	20	14	14	50	1.78
529121--529230	55	2.0	55	96	3	204	22	11	12	52	1.72
532290--532330	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
541555--541613	25	2.3	27	82	5	77	54	30	6	8	1.57
541558--541616	26	2.2	27	82	8	68	55	25	6	11	1.60
542905--542952	3	16.0	3	100	0	96	0	33	0	66	0.92
542951--543097	3	49.0	3	94	0	177	25	0	8	65	1.22
542966--543078	42	2.7	42	98	0	217	23	0	11	65	1.25
559101--559159	25	2.3	27	82	5	77	54	30	6	8	1.57
559104--559162	26	2.2	27	82	8	68	55	25	6	11	1.60
560451--560498	3	16.0	3	100	0	96	0	33	0	66	0.92
560497--560634	3	46.0	3	94	0	168	26	0	8	65	1.21
576072--576419	170	2.0	172	88	2	522	30	20	17	31	1.96
577951--577985	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
580380--580470	27	3.1	30	84	10	125	26	24	6	42	1.78
585042--585129	27	3.0	29	83	9	108	27	21	6	44	1.77
589090--589149	18	3.3	18	68	9	50	21	23	20	35	1.96
594625--594711	36	2.4	36	94	0	156	32	13	24	29	1.94
594625--594717	18	5.2	18	88	0	132	31	15	24	29	1.95
596499--596664	54	3.1	53	94	2	278	24	11	12	52	1.71
597483--597551	22	3.2	22	68	12	70	30	7	14	47	1.71
597503--597569	21	3.1	21	67	12	64	28	7	13	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
597483--597569	43	2.0	43	100	0	174	29	6	13	49	1.68
600403--600452	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
605042--605091	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
606104--606446	171	2.0	172	89	4	532	31	20	17	31	1.95
607981--608015	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
610470--610647	27	6.6	27	81	3	187	27	15	27	29	1.96
610471--610626	82	1.9	81	85	3	215	27	16	27	28	1.97
610467--610647	82	2.2	81	81	2	211	27	16	27	29	1.97
610552--610658	27	3.9	27	81	3	81	27	15	27	29	1.96
616719--616759	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
622200--622259	18	3.3	18	68	9	50	20	26	20	33	1.97
624364--624529	54	3.1	54	96	0	296	24	10	12	52	1.70
625348--625416	22	3.2	22	68	12	70	30	7	14	47	1.71
625368--625434	21	3.1	21	67	12	64	28	7	13	50	1.68
625348--625434	43	2.0	43	100	0	174	29	6	13	49	1.68
629181--629214	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
633821--633854	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
638628--638687	18	3.3	18	68	9	50	20	26	20	33	1.97
640792--640957	54	3.1	54	96	0	296	24	10	12	52	1.70
641775--641843	22	3.2	22	68	12	70	30	7	14	47	1.71
641775--641861	43	2.0	43	100	0	174	29	6	13	49	1.68
641795--641861	21	3.1	21	67	12	64	28	7	13	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
647892--647940	18	2.7	18	80	0	62	63	4	2	30	1.24
655167--655294	63	2.0	63	96	0	238	25	15	10	47	1.78
657235--657271	18	2.2	18	85	9	51	32	0	5	62	1.18
663936--663961	10	2.6	10	100	0	52	50	0	0	50	1.00
667729--667859	57	2.3	58	78	15	155	36	16	9	37	1.81
670874--670919	22	2.0	22	84	12	58	52	0	4	43	1.21
678772--678818	25	1.9	24	82	4	58	40	4	0	55	1.19
685801--685851	26	2.0	26	92	7	86	19	23	19	37	1.94
685919--686044	65	1.9	65	95	0	225	16	21	15	46	1.84
702170--702231	16	3.8	16	93	4	106	25	1	38	33	1.66
702212--702302	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
702467--702501	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
702706--702739	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
702450--703908	120	12.2	120	98	0	2809	48	6	1	43	1.39
702450--703908	479	3.0	480	98	0	2827	48	6	1	43	1.39
702450--703908	599	2.4	598	98	0	2821	48	6	1	43	1.39
706551--706634	23	3.7	23	88	0	132	44	28	7	20	1.78
706620--706665	22	2.1	21	84	4	56	58	19	4	17	1.55
708535--708560	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
709367--709417	3	17.0	3	100	0	102	33	0	33	33	1.58
712791--712832	12	3.3	13	83	12	52	69	0	9	21	1.17
722101--722141	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728107--728149	18	2.4	18	84	11	61	53	2	0	44	1.13
737160--737193	2	17.0	2	87	0	50	47	0	5	47	1.26
745132--745172	21	2.0	21	85	9	57	34	0	4	60	1.18
745349--745617	103	2.6	104	85	7	368	13	16	13	56	1.67
747392--747456	33	2.0	33	93	0	112	30	15	13	40	1.86
750539--750619	42	1.9	42	87	5	119	34	11	23	30	1.90
754229--754253	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
756807--756852	15	3.0	17	79	20	57	56	0	0	43	0.99
762241--762271	8	3.9	8	100	0	62	48	0	0	51	1.00
767121--767213	18	5.2	18	87	5	134	33	15	23	27	1.95
767121--767213	36	2.6	36	92	0	150	33	15	23	27	1.95
773628--773703	38	2.0	38	92	0	125	34	13	9	43	1.75
779449--779491	3	14.3	3	90	0	68	27	0	2	69	1.00
779451--779499	15	3.3	15	85	5	55	24	2	4	69	1.17
780164--780467	108	2.8	108	91	2	461	31	18	18	31	1.95
805715--805806	43	2.1	43	80	7	98	27	27	27	18	1.98
805983--806007	11	2.3	11	100	0	50	28	0	24	48	1.52
816214--816247	17	2.0	17	94	0	59	26	2	23	47	1.66
818946--818993	19	2.5	19	80	10	53	22	16	2	58	1.49
828234--828673	125	3.4	125	81	9	508	48	22	10	18	1.79
837171--837229	31	1.9	31	89	6	93	47	6	18	27	1.74
837462--837513	2	26.5	2	80	3	61	46	5	0	48	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841289--841316	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
866458--866496	20	2.0	20	85	10	53	25	2	7	64	1.33
868625--868655	4	7.8	4	100	0	62	22	0	51	25	1.48
879159--879232	31	2.4	30	84	2	94	41	8	1	48	1.41
879400--879474	5	15.0	5	97	0	141	40	18	0	41	1.51
880511--880549	9	4.2	9	87	6	51	74	2	23	0	0.94
885027--885077	26	1.9	27	92	4	86	68	0	11	19	1.20
905244--905302	31	1.9	31	89	0	91	44	22	10	23	1.83
906687--906752	21	3.1	22	78	6	64	40	34	1	22	1.63
908041--908111	31	2.3	31	83	7	92	45	4	19	30	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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