genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14050120--14050262	54	2.7	52	79	7	153	34	9	24	30	1.88
14050190--14050369	53	3.4	53	80	6	170	33	12	25	28	1.92
14050552--14050730	28	6.4	28	70	6	105	31	17	22	27	1.97
14055461--14055826	63	5.9	63	83	9	450	43	16	5	34	1.72
14055461--14055826	123	3.0	123	88	2	529	43	16	5	34	1.72
14060396--14060431	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
14062299--14062363	22	2.9	23	73	17	64	73	0	3	23	0.97
14062295--14062394	26	3.8	25	81	13	96	74	2	2	22	1.03
14062299--14062394	18	5.1	18	71	21	72	75	2	2	20	1.02
14068156--14068458	40	7.6	40	89	2	405	27	27	20	24	1.99
14073762--14073792	16	1.9	16	93	0	53	19	12	0	67	1.22
14074062--14074102	21	1.9	22	85	5	57	41	29	0	29	1.56
14075799--14075977	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
14077146--14077328	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
14077147--14077330	40	4.6	39	83	9	212	23	22	28	25	2.00
14077198--14077363	79	2.1	79	81	6	194	24	20	27	27	1.99
14086352--14086595	50	4.7	51	84	4	285	22	28	22	25	1.99
14088544--14088625	29	2.8	29	92	0	128	32	19	10	36	1.87
14090197--14090492	89	3.2	95	82	8	340	37	2	19	40	1.65
14090529--14090820	126	2.3	126	89	2	435	31	20	20	28	1.97
14093316--14093463	43	3.5	43	75	6	124	33	24	18	23	1.96
14093402--14093533	67	2.0	68	86	1	185	30	25	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14096926--14096988	20	3.0	22	75	17	62	4	20	42	31	1.73
14097893--14097918	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
14099082--14099107	11	2.4	11	100	0	52	38	0	38	23	1.55
14099929--14100172	112	2.2	111	90	3	384	34	12	17	35	1.88
14099929--14100242	112	2.8	109	82	9	300	32	13	17	36	1.89
14100174--14100377	110	1.9	107	88	3	309	24	23	18	34	1.96
14100279--14100405	60	2.1	61	83	4	159	22	24	15	37	1.93
14100912--14100965	25	2.1	26	89	3	83	46	0	3	50	1.19
14103197--14103257	31	2.0	31	83	6	79	42	6	19	31	1.77
14103210--14103277	31	2.3	30	84	5	93	42	7	19	30	1.78
14125768--14125972	27	7.6	27	86	3	216	29	27	14	28	1.95
14134041--14134086	23	2.0	23	100	0	92	39	21	13	26	1.90
14134436--14135092	226	2.9	226	88	2	933	25	22	26	25	2.00
14134435--14135080	114	5.7	114	87	3	908	25	22	26	25	2.00
14135334--14135372	15	2.7	15	88	4	53	25	0	41	33	1.56
14135635--14135687	21	2.5	22	81	9	65	20	0	39	39	1.53
14135685--14135736	14	3.6	14	80	14	54	26	0	36	36	1.57
14135648--14135736	15	6.1	15	71	20	64	23	0	39	37	1.55
14136366--14136754	137	2.8	138	86	7	516	46	11	14	27	1.80
14139267--14139304	15	2.4	17	86	8	53	28	0	2	68	1.03
14142134--14142360	43	5.3	43	84	3	280	23	17	30	28	1.97
14142134--14142360	86	2.6	86	86	4	309	23	17	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14149139--14149215	33	2.3	33	84	2	91	14	9	35	41	1.77
14154332--14154371	20	2.0	20	90	0	62	25	12	12	50	1.75
14155355--14155411	28	2.0	28	93	0	96	47	17	12	22	1.81
14159024--14159067	21	2.1	21	83	8	54	65	6	2	25	1.28
14163080--14163119	20	2.0	20	95	0	71	27	12	15	45	1.82
14163776--14163844	26	2.7	26	83	0	75	37	23	21	17	1.94
14164022--14164299	27	10.3	27	82	6	298	22	16	18	43	1.88
14164022--14164299	54	5.1	54	83	5	348	22	16	18	43	1.88
14164022--14164301	81	3.5	80	85	1	337	22	16	18	43	1.88
14165212--14165251	18	2.2	19	86	8	57	70	2	25	2	1.13
14170953--14170991	20	2.0	20	89	0	60	25	17	10	46	1.80
14171807--14171976	27	6.3	27	82	5	191	24	15	14	45	1.84
14171807--14171976	81	2.1	81	86	4	236	24	15	14	45	1.84
14172751--14172800	26	1.9	26	87	0	73	56	8	16	20	1.65
14173656--14173721	31	2.2	29	89	5	96	46	30	3	19	1.65
14180272--14180330	24	2.5	24	88	0	91	18	32	16	32	1.94
14180251--14180339	24	3.7	25	75	13	87	16	30	19	33	1.94
14200335--14200442	9	11.9	9	68	13	60	48	0	4	47	1.22
14200334--14200428	35	2.6	36	90	3	147	48	0	5	46	1.24
14203197--14203247	27	1.9	26	84	4	66	39	0	5	54	1.24
14203213--14203260	18	2.5	19	83	12	55	35	0	8	56	1.30
14216530--14216578	24	2.0	24	84	0	62	24	24	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14217045--14217073	14	2.1	14	100	0	58	27	6	13	51	1.66
14228556--14228688	25	5.6	25	67	13	91	45	25	15	12	1.82
14228548--14228688	47	3.0	47	89	0	210	46	24	15	13	1.82
14228581--14228663	22	3.6	22	71	15	78	40	27	18	13	1.87
14231018--14231045	14	2.0	14	100	0	56	21	0	0	78	0.75
14234482--14234564	28	3.0	28	81	11	82	38	0	2	59	1.11
14234482--14234564	30	2.9	29	78	10	89	38	0	2	59	1.11
14234483--14234545	32	1.9	33	84	9	85	34	0	1	63	1.04
14234484--14234564	26	3.0	26	81	3	90	38	0	2	59	1.11
14234660--14234726	26	2.6	25	76	9	73	19	8	1	70	1.22
14234669--14234715	24	1.9	25	86	4	69	17	6	2	74	1.12
14239873--14239939	23	2.9	24	82	4	84	37	22	19	20	1.95
14245285--14245343	28	2.1	28	100	0	118	35	10	3	50	1.53
14261311--14261392	41	2.0	41	90	0	128	28	10	14	46	1.78
14261447--14261492	17	2.4	20	75	24	62	56	8	2	32	1.42
14261451--14261490	17	2.3	18	95	4	73	52	10	2	35	1.48
14274049--14274085	18	2.1	18	89	0	56	43	2	0	54	1.14
14281232--14281409	39	4.5	39	91	4	277	37	2	0	59	1.12
14281358--14281409	9	5.1	10	78	17	54	46	1	0	51	1.12
14281281--14281409	11	12.9	11	72	21	65	38	2	0	58	1.11
14289961--14290016	22	2.5	22	82	5	69	62	3	17	16	1.46
14289962--14290028	22	3.0	22	72	12	57	62	4	16	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14295857--14296023	21	7.7	20	70	16	64	56	13	9	20	1.65
14295857--14296000	21	6.5	23	75	15	83	54	14	9	21	1.67
14295841--14296029	45	4.3	44	80	4	179	58	12	8	20	1.60
14295816--14296030	90	2.5	85	77	11	193	58	12	8	20	1.60
14299678--14299715	19	2.1	19	95	5	69	2	5	5	86	0.76
14299661--14299715	18	3.1	17	84	10	65	1	10	5	81	0.92
14299774--14299800	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
14304046--14304090	23	2.0	23	100	0	90	17	28	26	26	1.98
14316079--14316231	61	2.5	61	98	0	297	32	9	13	44	1.76
14316816--14316846	16	1.9	16	93	0	53	54	12	6	25	1.62
14320003--14320235	47	5.1	47	70	17	193	44	2	3	48	1.34
14320063--14320282	44	4.9	43	67	20	128	47	3	3	46	1.34
14319984--14320282	91	3.3	91	95	0	517	46	3	3	46	1.37
14320299--14320333	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14320298--14320715	120	3.5	120	97	0	782	43	1	5	49	1.37
14320419--14320453	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14320672--14320713	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14320663--14320704	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14320927--14320959	16	2.1	16	100	0	66	21	36	6	36	1.78
14329345--14329568	113	2.0	112	95	1	405	39	15	15	29	1.88
14330226--14330387	81	2.0	81	98	0	315	29	19	10	40	1.85
14345540--14345594	24	2.3	23	82	11	67	74	3	3	18	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14347100--14347226	67	1.9	67	95	0	227	28	31	18	22	1.97
14347386--14347501	57	2.0	59	88	10	175	22	23	23	31	1.99
14348449--14348701	46	5.6	46	94	3	435	28	22	16	33	1.95
14348449--14348701	91	2.8	91	95	3	449	28	22	16	33	1.95
14357334--14357386	3	17.7	3	82	7	63	66	1	3	28	1.20
14357282--14357385	39	2.5	42	76	14	110	62	3	5	27	1.36
14358970--14359159	44	4.3	45	84	9	232	26	23	19	30	1.98
14359191--14359288	44	2.2	44	80	7	101	30	19	18	31	1.96
14372224--14372292	3	22.7	3	77	14	70	68	1	2	27	1.13
14372209--14372292	22	3.9	21	76	14	73	66	2	2	28	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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