genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   

This is table  45  of  221  ( 26413 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12698006--12698050	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
12698124--12698201	34	2.2	34	82	10	95	29	24	24	21	1.99
12700412--12700453	17	2.6	16	92	7	68	35	0	0	64	0.94
12706877--12707024	72	2.1	72	86	0	206	21	27	22	28	1.99
12709175--12709233	29	2.0	29	100	0	118	13	13	27	45	1.81
12711916--12711949	14	2.4	14	95	0	59	58	0	2	38	1.13
12712062--12712111	10	5.4	9	80	20	50	24	4	2	70	1.15
12712238--12712300	29	2.2	28	88	8	92	33	1	1	63	1.13
12712239--12712355	9	12.7	9	72	18	62	34	2	1	61	1.20
12725955--12725989	18	1.9	18	88	0	52	28	17	11	42	1.83
12729982--12730022	22	1.9	21	85	5	55	48	9	7	34	1.64
12730873--12730994	54	2.3	54	79	2	138	20	28	24	26	1.99
12736712--12736779	34	2.0	34	97	0	127	42	23	5	27	1.77
12737778--12738041	40	6.6	40	80	4	264	31	17	29	20	1.96
12737941--12738005	20	3.3	19	70	12	51	29	18	35	16	1.93
12737781--12738041	80	3.3	79	82	2	308	31	17	30	20	1.96
12742302--12742470	91	1.9	91	96	0	311	34	14	18	31	1.91
12746339--12746412	7	10.6	7	97	0	139	55	0	1	43	1.08
12761321--12761438	44	2.7	44	81	6	141	48	5	22	24	1.70
12761321--12761425	43	2.4	44	85	4	133	53	3	20	21	1.62
12761894--12761921	12	2.3	12	100	0	56	7	42	28	21	1.79
12767936--12767960	9	2.8	9	100	0	50	32	24	0	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12781931--12782041	22	5.0	22	72	12	102	28	20	18	32	1.96
12781931--12782051	44	2.8	44	71	9	120	28	21	19	31	1.97
12782048--12782087	15	2.7	15	85	11	55	37	35	12	15	1.85
12782140--12782200	27	2.3	27	85	5	79	21	22	27	27	1.99
12787493--12787548	28	2.3	22	70	30	58	28	25	23	23	1.99
12787657--12787711	26	2.1	26	86	0	74	38	21	18	21	1.94
12790484--12790508	10	2.5	10	100	0	50	52	12	0	36	1.39
12792844--12792884	19	2.1	20	86	4	57	29	2	0	68	1.03
12793428--12793465	18	2.1	18	100	0	76	10	15	26	47	1.78
12802621--12802670	7	7.1	7	100	0	100	0	28	0	72	0.86
12803097--12803130	12	3.0	11	87	8	50	14	0	5	79	0.91
12806743--12806846	40	2.7	39	79	7	113	35	23	21	20	1.96
12806909--12807014	41	2.6	40	80	2	140	23	19	27	29	1.98
12807432--12807483	7	7.3	7	82	4	59	32	0	26	40	1.57
12807437--12807483	14	3.3	14	87	3	67	31	0	29	38	1.58
12808548--12808572	11	2.3	11	100	0	50	0	48	8	44	1.32
12812084--12812407	43	7.6	42	91	2	470	19	16	34	29	1.94
12813545--12813581	13	2.7	14	84	16	51	67	5	5	21	1.31
12814158--12814183	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
12817687--12817727	20	2.0	20	86	9	57	41	0	2	56	1.13
12818654--12818688	4	8.2	4	87	12	52	74	2	0	22	0.95
12818654--12818688	13	2.8	12	91	8	52	74	2	0	22	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12818654--12818688	17	2.1	17	94	0	61	74	2	0	22	0.95
12820696--12820818	44	2.8	44	75	0	102	32	16	17	33	1.93
12820805--12820948	44	3.1	44	70	16	121	27	21	17	33	1.96
12820790--12821046	94	2.7	93	82	5	302	28	21	17	32	1.96
12820782--12821090	94	3.3	93	78	7	243	28	22	17	31	1.97
12827559--12827629	28	2.5	28	86	6	99	32	12	29	25	1.93
12828575--12828753	25	7.6	24	72	18	144	26	11	15	45	1.81
12828562--12828773	47	4.5	47	87	2	257	28	12	15	43	1.83
12833917--12833981	21	3.0	21	86	4	94	33	3	6	56	1.39
12842482--12842526	20	2.2	20	84	7	56	31	0	2	66	1.04
12844411--12844464	7	7.7	7	100	0	108	59	12	0	27	1.34
12844644--12844680	15	2.6	14	87	8	56	24	0	2	72	0.97
12845369--12845410	11	3.7	11	81	6	57	19	11	21	47	1.81
12845340--12845422	23	3.6	23	91	1	121	25	14	19	40	1.89
12845364--12845424	12	5.2	12	76	7	72	22	13	22	40	1.89
12859778--12859822	23	2.0	23	81	0	54	51	6	6	35	1.55
12861539--12861589	22	2.3	22	93	3	84	45	0	17	37	1.49
12866179--12866228	10	4.7	11	73	9	50	62	2	4	32	1.25
12870840--12870865	13	2.0	13	100	0	52	53	15	7	23	1.67
12875649--12875681	5	6.6	5	100	0	66	81	0	18	0	0.68
12876431--12876503	35	2.1	35	100	0	146	19	24	16	39	1.91
12885144--12885178	3	11.7	3	100	0	70	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12885750--12885817	28	2.4	27	77	20	77	26	2	5	64	1.30
12886303--12886370	23	2.9	24	82	4	77	35	25	16	23	1.95
12890173--12890292	54	2.2	54	83	2	161	20	27	28	23	1.99
12890194--12890304	54	2.1	54	82	3	134	25	29	24	20	1.99
12893885--12893941	27	2.1	27	100	0	114	33	15	3	47	1.63
12900094--12900136	22	2.0	22	90	0	68	18	6	20	53	1.67
12920416--12920451	14	2.6	15	87	12	51	44	11	2	41	1.54
12920593--12920645	15	3.5	15	77	10	54	16	1	1	79	0.92
12932878--12932949	37	2.0	35	84	10	92	55	2	2	38	1.29
12937451--12937515	24	2.7	24	87	0	85	38	23	16	21	1.93
12937636--12937736	53	1.9	52	86	6	141	24	32	22	19	1.97
12939769--12939829	18	3.3	18	72	22	54	52	1	1	44	1.20
12969547--12969610	25	2.5	26	92	2	112	59	0	1	39	1.07
12975562--12975591	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
12978758--12978991	46	5.6	45	85	10	229	35	13	21	28	1.92
12978840--12978948	36	3.0	36	95	0	191	37	11	20	30	1.88
12981218--12981264	21	2.3	21	82	10	53	36	0	10	53	1.36
12981243--12981314	35	2.1	35	86	5	101	43	0	2	54	1.15
12983385--12983876	164	3.0	164	85	1	635	36	18	23	21	1.95
12987965--12988180	50	4.3	50	83	2	159	23	28	20	28	1.99
12988001--12988243	50	4.7	51	85	5	285	23	27	21	27	1.99
12993900--12993980	21	3.9	21	88	0	126	43	17	25	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12993897--12993980	42	2.0	42	97	0	159	44	16	25	14	1.85
13000065--13000089	12	2.1	12	100	0	50	32	32	8	28	1.86
13013250--13013300	7	7.3	7	82	8	59	41	25	0	33	1.56
13013242--13013300	21	2.9	21	80	9	59	42	25	1	30	1.65
13013674--13013774	40	2.5	40	80	0	130	29	28	20	20	1.98
13014642--13014692	24	2.1	24	82	7	59	58	3	5	31	1.40
13017436--13017471	16	2.2	16	90	0	54	75	8	2	13	1.15
13017871--13017916	7	7.0	7	88	11	71	73	0	26	0	0.83
13026133--13026163	15	2.0	16	93	6	55	38	29	19	12	1.89
13028982--13029006	10	2.5	10	100	0	50	36	0	12	52	1.39
13031755--13031809	26	2.1	26	86	0	74	21	18	21	38	1.94
13037292--13037356	27	2.4	27	84	7	78	27	26	23	23	2.00
13037406--13037444	15	2.6	15	88	8	53	15	12	35	35	1.86
13037445--13037487	22	2.0	22	90	0	68	34	23	16	25	1.95
13037519--13037560	22	1.9	22	90	0	66	35	23	16	23	1.95
13037453--13037562	44	2.5	43	73	7	114	32	18	20	28	1.96
13056989--13057105	44	2.7	44	76	6	121	24	23	23	27	2.00
13057240--13057758	88	6.0	86	87	3	401	25	23	21	28	1.99
13057439--13057753	44	7.2	44	66	15	193	26	24	21	27	1.99
13057410--13057757	88	4.0	88	92	2	565	27	25	20	27	1.99
13057369--13057758	176	2.2	174	89	3	604	26	24	21	27	1.99
13059903--13059931	8	3.6	8	100	0	58	13	0	13	72	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13064439--13064467	5	6.0	5	92	8	51	79	0	0	20	0.74
13064878--13064942	26	2.6	25	73	22	64	49	3	10	36	1.53
13069778--13070618	44	19.5	43	72	11	521	31	21	21	25	1.98
13069992--13070459	87	5.4	86	76	10	364	31	22	20	25	1.98
13070125--13070669	257	2.1	254	84	5	668	31	22	21	25	1.98
13069778--13070583	390	2.1	390	99	0	1587	31	21	20	25	1.98
13070425--13070630	87	2.4	85	90	4	310	30	22	22	24	1.99
13072742--13072805	27	2.4	25	78	14	67	35	9	3	51	1.50
13072966--13072994	5	6.0	5	96	4	51	20	0	0	79	0.74
13081120--13081187	34	2.0	35	85	2	93	22	26	22	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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