genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24562193--24562385	88	2.2	88	87	5	275	35	0	16	47	1.47
24562441--24562467	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
24563727--24563756	12	2.5	12	94	0	51	20	43	0	36	1.52
24566078--24566137	17	3.3	18	79	6	68	61	5	1	31	1.27
24566154--24566183	13	2.2	14	94	5	53	66	0	0	33	0.92
24567719--24567831	44	2.6	44	87	2	147	30	17	20	31	1.96
24567633--24568093	217	2.1	219	86	2	642	27	21	20	31	1.98
24568159--24569025	44	20.0	44	72	9	602	30	24	15	29	1.96
24568132--24569025	89	10.3	88	73	7	429	30	24	15	29	1.96
24568132--24568955	133	6.3	132	78	8	385	30	24	15	30	1.95
24568331--24569025	126	5.4	126	86	6	971	30	25	15	29	1.96
24568198--24569025	259	3.2	259	87	2	1151	30	24	15	29	1.96
24568242--24568652	215	1.9	216	84	3	551	30	25	15	29	1.95
24568939--24569016	37	2.1	38	87	2	113	32	24	15	28	1.95
24572977--24573037	26	2.3	26	83	5	70	59	3	13	24	1.49
24577101--24577162	17	3.3	18	73	22	56	62	6	1	29	1.29
24579170--24579194	8	3.1	8	100	0	50	48	0	40	12	1.40
24580085--24580411	125	2.6	125	91	0	530	31	18	16	33	1.93
24582825--24582869	22	2.0	22	86	4	63	35	17	8	37	1.81
24583448--24583705	89	2.9	89	84	1	329	26	24	21	27	1.99
24583483--24583705	45	5.0	45	66	14	138	26	23	21	28	1.99
24583808--24584150	44	7.7	44	71	12	162	27	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24584026--24584190	42	3.9	41	82	7	163	29	22	18	30	1.97
24583803--24584288	225	2.2	225	81	3	559	27	20	19	32	1.97
24584299--24584752	44	10.2	44	77	6	337	27	21	18	32	1.97
24584406--24584707	45	6.8	45	76	8	224	26	24	19	30	1.98
24584322--24584719	177	2.2	178	88	3	597	27	22	18	31	1.97
24585029--24585084	24	2.3	24	87	0	85	32	25	10	32	1.90
24589798--24590006	40	5.3	40	91	2	271	25	20	27	26	1.99
24589745--24590006	119	2.2	120	81	5	300	25	20	27	26	1.99
24589746--24590041	79	3.7	80	81	7	221	26	20	27	25	1.99
24589746--24590041	119	2.5	119	79	6	280	26	20	27	25	1.99
24597337--24597441	40	2.6	39	80	5	122	26	20	28	24	1.99
24597456--24597575	40	3.0	40	90	1	179	25	20	26	28	1.99
24602521--24602675	80	2.0	75	87	6	220	40	13	20	25	1.89
24603281--24603405	41	3.1	41	85	7	170	38	2	0	59	1.11
24603306--24603373	11	5.1	14	74	20	58	38	4	0	57	1.19
24603317--24603379	29	2.1	29	86	13	85	36	3	0	60	1.13
24603292--24603421	41	3.3	38	80	15	149	36	2	0	60	1.09
24617547--24617585	6	6.5	6	93	0	69	0	30	0	69	0.89
24622920--24622964	18	2.6	18	82	10	58	40	2	15	42	1.59
24625706--24625883	45	4.0	45	83	5	211	24	12	24	38	1.91
24628185--24628331	69	2.1	69	86	2	197	38	24	16	21	1.93
24628208--24628718	69	7.4	69	72	11	312	36	22	19	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24628255--24628718	138	3.3	139	79	6	438	37	22	19	20	1.95
24628255--24628832	69	8.3	70	71	10	287	38	22	18	20	1.94
24628702--24628870	70	2.4	70	80	5	184	40	25	15	17	1.90
24642648--24642690	13	3.3	13	87	6	52	34	0	0	65	0.93
24642648--24642697	22	2.3	22	83	13	59	38	0	0	62	0.96
24646255--24646358	49	2.1	49	98	1	201	56	13	3	25	1.54
24646540--24646566	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
24647271--24647300	11	2.9	10	90	9	51	46	0	0	53	1.00
24647452--24647521	33	2.1	33	91	0	113	40	8	14	37	1.76
24647942--24647984	19	2.3	19	95	0	77	44	9	27	18	1.80
24649533--24649574	21	2.0	21	85	0	57	50	0	19	30	1.48
24649648--24649717	22	3.1	23	83	8	65	11	27	20	41	1.86
24649678--24649745	22	3.1	22	84	0	91	10	27	22	39	1.86
24649685--24649753	22	3.1	22	85	0	93	10	26	21	42	1.84
24650945--24651035	24	3.8	24	82	1	103	12	18	24	45	1.83
24665779--24665868	43	2.1	43	100	0	180	22	14	36	26	1.92
24665850--24665923	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
24666234--24666443	40	5.2	40	86	2	271	23	21	27	26	1.99
24666234--24666469	120	2.0	120	84	5	316	24	21	27	26	1.99
24669645--24669701	21	2.6	21	86	5	69	26	15	17	40	1.90
24675944--24675998	24	2.3	24	96	0	101	34	21	32	10	1.89
24677776--24677821	20	2.3	20	78	14	51	45	19	8	26	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24681435--24681493	30	2.0	30	86	6	84	47	11	8	32	1.70
24684390--24684603	28	7.7	28	96	0	394	28	11	25	34	1.90
24692335--24692564	55	4.2	56	87	8	343	26	11	26	35	1.90
24692335--24692564	27	8.5	28	88	8	343	26	11	26	35	1.90
24692368--24692564	106	1.9	106	94	4	353	26	10	25	36	1.89
24692360--24692577	28	8.1	27	86	9	182	28	11	24	36	1.89
24700353--24700590	28	8.5	28	92	0	379	28	10	26	34	1.90
24703452--24703629	27	6.6	27	80	3	160	28	29	15	26	1.96
24703473--24703628	82	1.9	81	85	3	215	27	29	16	26	1.96
24711438--24711615	27	6.6	27	80	3	160	28	29	15	26	1.96
24711459--24711614	82	1.9	81	85	3	215	27	29	16	26	1.96
24717197--24717229	15	2.2	15	100	0	66	30	21	18	30	1.97
24718474--24718515	21	2.0	20	82	13	50	45	11	9	33	1.73
24720564--24720601	4	9.2	4	88	5	58	47	5	0	47	1.24
24722468--24722506	18	2.1	19	85	4	53	12	15	0	71	1.14
24727692--24727728	18	2.1	18	100	0	74	16	16	27	40	1.89
24729716--24729790	20	3.8	20	85	0	105	44	24	21	10	1.84
24731538--24731616	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
24731735--24732178	47	9.4	47	92	1	728	28	29	9	32	1.88
24735712--24735828	40	2.9	40	89	0	171	24	26	22	26	2.00
24735725--24735907	40	4.6	41	82	5	189	24	26	22	26	2.00
24736215--24736290	29	2.6	29	85	6	100	27	31	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24738108--24738409	39	7.7	40	87	5	390	24	22	27	25	2.00
24739760--24739851	43	2.1	43	95	0	166	27	31	16	25	1.96
24753930--24754031	50	2.0	51	88	1	152	33	15	24	26	1.95
24754111--24754171	27	2.3	27	86	8	88	32	14	26	26	1.95
24754245--24754372	27	4.7	27	73	3	114	39	7	22	30	1.81
24755796--24755876	26	3.2	25	76	15	76	34	9	12	43	1.76
24755840--24755892	26	2.0	27	85	3	72	30	11	15	43	1.81
24758730--24758780	20	2.6	19	84	6	66	19	25	15	39	1.91
24758730--24758795	20	3.3	19	74	16	53	22	24	15	37	1.92
24762757--24763065	40	7.7	40	98	0	546	22	28	20	29	1.98
24777907--24777957	25	2.0	25	96	0	93	33	19	17	29	1.95
24778613--24778653	18	2.3	18	83	8	57	68	0	7	24	1.15
24778610--24778660	13	4.2	12	78	9	50	66	0	7	25	1.18
24778612--24778661	19	2.6	19	78	6	57	66	0	8	26	1.19
24785240--24785283	22	2.0	22	82	4	54	59	6	4	29	1.44
24785658--24785702	23	1.9	24	81	4	56	60	6	2	31	1.35
24787328--24787412	27	3.1	27	86	6	127	42	20	17	20	1.90
24788969--24789195	27	8.4	27	85	6	264	18	16	21	43	1.88
24788970--24789195	54	4.2	54	88	3	312	18	16	21	43	1.88
24788970--24789196	107	2.1	108	88	2	332	18	16	21	43	1.88
24788969--24789195	80	2.8	81	87	1	330	18	16	21	43	1.88
24795727--24795764	19	2.0	19	94	0	67	36	28	5	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24796310--24796371	30	2.0	31	84	3	81	32	0	46	20	1.51
24797588--24797637	25	2.0	25	88	0	73	58	4	4	34	1.36
24800754--24800783	13	2.3	13	100	0	60	60	6	6	26	1.47
24802963--24803142	90	2.0	90	100	0	360	27	21	8	42	1.82
24804056--24804115	21	2.7	22	89	10	95	18	16	10	55	1.69
24807013--24807080	23	3.0	23	97	0	127	32	26	22	19	1.97
24807307--24807345	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
24826903--24826931	14	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
24826902--24826945	21	2.2	21	88	8	65	52	0	0	47	1.00
24833330--24833451	41	3.0	41	80	2	129	22	31	13	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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