genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25929072--25929157	25	3.5	24	68	16	68	17	24	24	33	1.96
25935091--25935153	32	2.0	31	84	9	83	20	12	28	38	1.89
25938301--25938358	24	2.4	24	82	5	73	18	31	20	29	1.97
25938457--25938528	26	2.8	26	83	4	85	19	22	22	36	1.95
25941400--25941459	8	7.0	8	80	15	59	70	1	1	26	1.07
25944146--25944230	25	3.5	24	78	10	82	21	22	21	35	1.96
25951526--25951663	25	5.5	25	89	0	186	21	24	18	35	1.95
25951526--25951709	50	3.7	50	83	2	201	22	24	19	33	1.97
25951522--25951709	75	2.5	75	84	2	227	23	24	19	32	1.97
25951523--25951709	25	7.5	25	83	4	175	22	24	19	33	1.97
25954488--25954546	30	2.0	30	89	0	91	54	6	6	32	1.53
25956747--25956790	18	2.4	18	85	7	54	54	6	0	38	1.27
25956744--25956795	19	2.7	19	79	5	52	51	7	0	40	1.30
25962867--25962909	20	2.2	20	91	0	68	44	11	4	39	1.62
25963112--25963167	21	2.8	20	83	5	76	41	12	8	37	1.74
25964558--25964614	29	2.0	29	89	0	87	42	10	19	28	1.84
25964977--25965025	14	3.6	14	78	13	57	71	0	28	0	0.86
25964976--25965032	4	15.0	4	76	20	52	71	0	28	0	0.86
25964966--25965031	23	3.0	23	80	12	75	71	0	28	0	0.87
25964976--25965032	19	3.0	19	74	23	57	71	0	28	0	0.86
25967642--25967771	48	2.7	48	78	15	135	40	10	8	40	1.70
25971445--25971493	26	1.9	26	84	12	66	61	6	4	28	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25971477--25971529	11	4.7	11	80	13	54	75	3	0	20	0.96
25971910--25971966	29	2.0	29	96	0	105	29	21	8	40	1.83
25972944--25972978	3	11.3	3	93	6	61	34	0	0	65	0.93
25973723--25973886	58	2.7	61	83	6	192	40	1	3	53	1.29
25975017--25975053	18	2.0	20	89	10	60	45	0	0	54	1.00
25979943--25980003	17	3.5	17	72	16	61	27	11	14	45	1.80
25979932--25980002	36	2.0	36	91	0	115	26	11	14	47	1.77
25983996--25984066	36	2.0	36	91	0	115	25	12	15	46	1.81
25986429--25986468	14	2.9	14	88	0	62	32	5	17	45	1.70
25986437--25986503	34	1.9	35	93	3	118	31	7	13	47	1.70
25986452--25986491	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
25986431--25986507	14	5.0	15	72	20	61	32	7	15	44	1.75
25986575--25986632	18	3.0	20	71	19	59	39	3	0	56	1.16
25987990--25988032	21	2.0	21	95	0	77	41	27	16	13	1.86
25989397--25989436	15	2.7	15	84	3	55	50	7	5	37	1.53
25989404--25989469	35	1.9	34	84	6	89	48	9	7	34	1.63
25997748--25997850	43	2.4	43	93	0	170	36	8	14	39	1.77
25998559--25998600	18	2.3	18	100	0	84	38	16	23	21	1.93
26002392--26002498	48	2.3	46	87	7	148	35	5	14	43	1.69
26004449--26004481	16	2.0	17	88	5	50	30	0	9	60	1.27
26005070--26005094	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
26014546--26014723	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26014552--26014723	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
26014579--26014756	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
26035332--26035482	27	5.6	27	83	4	169	29	28	15	27	1.96
26035332--26035481	82	1.8	81	88	4	230	29	28	15	26	1.96
26041272--26041300	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
26047013--26047089	33	2.3	33	80	4	84	24	19	9	46	1.79
26047085--26047121	18	2.1	18	89	0	56	32	27	5	35	1.79
26053454--26053554	40	2.6	38	80	12	116	49	8	2	38	1.49
26055803--26055828	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
26058564--26058605	17	2.4	18	84	11	52	57	2	26	14	1.50
26059151--26059185	15	2.3	15	95	0	61	31	20	0	48	1.50
26065484--26065566	41	2.0	41	100	0	166	27	9	21	40	1.84
26073499--26073550	27	1.9	27	100	0	104	30	32	21	15	1.94
26073425--26073725	102	3.0	101	91	1	469	31	28	20	18	1.97
26078918--26079164	50	4.8	50	80	6	221	28	21	27	22	1.99
26078930--26079115	100	1.8	105	83	6	256	26	20	29	23	1.99
26085710--26085760	26	2.0	26	84	0	66	47	7	1	43	1.43
26085724--26085764	21	2.0	21	85	4	57	46	7	0	46	1.30
26089755--26089780	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
26089807--26089832	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
26090457--26090711	127	2.0	127	98	0	492	35	10	22	31	1.88
26092584--26092633	26	1.9	26	87	4	66	54	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26092757--26092787	16	1.9	16	93	0	53	58	9	9	22	1.59
26095970--26096177	91	2.3	91	88	2	292	45	3	3	47	1.39
26096193--26096608	120	3.4	120	91	3	667	42	3	5	48	1.42
26096325--26096372	15	3.3	15	83	11	57	43	0	2	54	1.12
26096441--26096492	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
26096557--26096591	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26096545--26096862	157	2.0	157	96	0	591	47	4	3	44	1.39
26096714--26096748	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26096546--26096784	75	3.1	75	63	18	182	46	3	3	46	1.35
26096987--26097019	16	2.1	16	94	0	57	39	33	0	27	1.57
26107755--26107919	86	1.9	85	84	8	219	34	27	15	21	1.94
26114904--26114932	15	1.9	15	100	0	58	20	0	6	72	1.07
26119410--26119484	11	6.7	11	82	1	78	22	26	2	48	1.64
26123145--26123582	125	3.5	125	90	0	662	31	20	16	31	1.95
26123700--26123745	22	2.1	22	84	4	58	47	36	2	13	1.54
26123946--26124011	29	2.3	29	73	2	71	43	18	18	19	1.88
26125532--26125806	74	3.7	76	78	10	273	40	10	5	43	1.63
26125833--26125866	4	8.5	4	93	0	59	2	0	23	73	0.97
26129413--26129474	26	2.4	25	78	2	70	35	19	4	40	1.73
26131942--26132003	26	2.4	25	78	2	70	35	19	4	40	1.73
26134029--26134154	28	4.5	28	87	2	164	34	26	11	27	1.90
26137604--26137665	26	2.4	25	78	2	70	35	19	4	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26141674--26141733	27	2.2	28	81	3	77	28	25	16	30	1.97
26143447--26143486	21	1.9	21	100	0	80	40	22	5	32	1.76
26153161--26153200	21	1.9	21	100	0	80	20	5	30	45	1.72
26159014--26159164	57	2.6	57	78	0	140	23	21	17	37	1.94
26159275--26159377	54	1.9	53	86	2	143	27	21	10	40	1.86
26161675--26161699	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
26170601--26170770	40	4.3	40	89	0	207	23	21	28	26	1.99
26170548--26170772	80	2.8	79	82	3	245	24	20	28	26	1.99
26170626--26170805	79	2.3	80	82	3	213	25	20	28	25	1.99
26178281--26178333	21	2.5	21	84	0	70	22	35	20	20	1.96
26180443--26180673	102	2.3	102	87	1	329	29	14	26	30	1.95
26180438--26180661	51	4.4	51	81	2	254	29	13	27	29	1.94
26180434--26180703	102	2.6	100	80	6	303	29	14	26	29	1.95
26182424--26182452	13	2.2	13	100	0	58	44	0	6	48	1.29
26184141--26184234	25	3.8	25	78	4	82	32	21	21	24	1.97
26184191--26184242	25	2.1	25	89	3	79	34	19	25	21	1.96
26188379--26188420	17	2.4	18	84	7	52	47	16	0	35	1.47
26189583--26189689	38	2.9	37	78	10	110	30	17	13	38	1.88
26189775--26189854	40	2.0	40	85	0	106	32	16	22	28	1.95
26193897--26194053	29	5.4	29	84	3	199	37	12	25	24	1.91
26193897--26194082	58	3.2	58	86	3	214	38	12	25	23	1.91
26193919--26194095	87	2.0	87	85	2	239	36	13	25	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26193916--26194172	29	8.9	29	77	6	166	37	13	26	22	1.91
26193983--26194182	58	3.4	58	75	8	183	38	14	26	21	1.91
26196746--26196994	50	4.9	50	75	7	191	24	28	20	26	1.99
26204025--26204157	50	2.7	50	83	4	162	21	29	21	27	1.99
26209791--26210180	29	13.4	29	73	11	187	37	14	25	22	1.92
26209910--26210151	87	2.8	85	87	4	306	38	14	26	21	1.91
26209813--26210180	116	3.2	115	83	5	391	37	14	25	22	1.92
26209871--26210193	29	11.1	29	76	9	248	37	15	25	21	1.93
26213524--26213616	46	2.0	46	95	0	168	30	25	13	30	1.94
26217570--26217648	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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