genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5740509--5740536	11	2.5	11	100	0	56	50	0	17	32	1.47
5741596--5741651	26	2.1	27	80	9	71	39	37	5	17	1.73
5745444--5745504	18	3.3	18	77	8	68	37	9	1	50	1.45
5745448--5745508	20	3.2	20	81	9	74	39	9	1	49	1.46
5745879--5745912	17	2.0	17	100	0	68	35	17	29	17	1.93
5751215--5751397	44	4.2	44	64	2	107	26	22	25	26	2.00
5751096--5751821	132	5.5	132	91	0	1076	27	18	25	28	1.98
5752479--5752513	18	1.9	18	88	11	54	8	8	0	82	0.83
5753235--5753295	18	3.3	18	77	8	68	37	9	1	50	1.45
5753239--5753299	20	3.2	20	81	9	74	39	9	1	49	1.46
5753666--5753699	17	2.0	17	100	0	68	35	17	29	17	1.93
5754664--5754724	18	3.3	18	72	2	59	49	3	0	47	1.18
5755374--5755414	16	2.5	17	84	11	59	29	0	12	58	1.34
5758036--5758077	18	2.3	19	87	4	59	35	0	4	59	1.19
5758036--5758077	10	4.6	9	80	16	50	35	0	4	59	1.19
5759236--5759307	27	2.7	27	81	16	87	12	11	36	40	1.79
5759370--5759445	21	3.8	20	78	13	75	13	10	36	39	1.79
5761200--5761245	16	2.8	17	78	18	53	39	2	0	58	1.10
5767743--5767783	19	2.2	19	100	0	82	41	14	21	21	1.89
5767855--5767883	6	4.8	6	100	0	58	17	0	65	17	1.27
5772435--5772474	21	2.0	20	85	5	53	0	22	2	75	0.93
5783002--5783656	88	7.5	88	94	0	1046	27	23	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5783002--5783818	44	18.6	44	63	18	179	27	23	23	25	2.00
5783662--5783826	88	1.9	88	89	0	249	29	23	21	26	1.99
5790910--5790991	42	2.0	42	95	0	146	26	24	10	37	1.89
5799323--5799369	23	2.1	23	96	4	87	40	8	2	48	1.45
5804013--5804063	20	2.5	20	77	3	57	13	15	3	66	1.39
5810932--5810986	27	2.0	27	82	3	65	60	5	0	34	1.20
5810935--5810999	19	3.3	19	76	24	55	58	3	0	38	1.14
5811159--5811189	16	1.9	16	93	0	53	35	16	6	41	1.74
5815482--5815533	16	3.3	15	78	5	50	55	0	23	21	1.43
5817122--5817153	3	10.7	3	93	0	55	34	0	37	28	1.57
5817973--5817997	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
5818642--5818832	10	19.3	10	67	19	50	56	3	4	36	1.35
5818820--5818896	28	2.7	27	82	11	84	63	1	7	27	1.29
5819372--5819436	34	1.9	34	81	12	80	35	3	0	61	1.12
5821047--5821097	23	2.2	24	79	10	61	49	1	3	45	1.32
5821530--5821572	17	2.4	19	81	14	56	55	13	0	30	1.39
5823006--5823061	29	1.9	29	92	0	94	39	12	8	39	1.75
5825985--5826034	25	1.9	25	84	8	64	32	26	20	22	1.98
5826172--5826243	26	2.8	26	76	12	78	34	23	25	16	1.95
5829821--5829878	30	1.9	31	82	3	73	5	3	27	63	1.31
5842399--5842452	26	2.1	26	85	0	72	50	3	3	42	1.38
5842622--5842677	20	2.9	18	77	12	58	64	1	0	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5842648--5842677	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
5843948--5844106	44	3.6	44	74	5	133	27	25	18	28	1.98
5849112--5849142	16	2.0	15	93	6	53	32	12	19	35	1.90
5850749--5850804	20	2.9	18	77	12	58	64	1	0	33	1.04
5850775--5850804	14	2.1	14	93	0	51	70	0	0	30	0.88
5856007--5856039	17	2.0	17	88	5	50	63	6	0	30	1.18
5862805--5862960	84	1.9	84	83	4	208	36	6	10	46	1.63
5862805--5862967	83	2.0	84	82	3	204	35	6	12	46	1.66
5868635--5868675	10	3.8	12	81	18	54	82	12	4	0	0.81
5868631--5868667	17	2.2	17	100	0	74	83	10	5	0	0.79
5868632--5868687	16	3.4	16	80	9	60	76	14	7	1	1.07
5870058--5870109	27	2.0	27	88	3	79	59	19	1	19	1.47
5870106--5870195	31	2.9	29	76	15	74	12	37	20	30	1.89
5874957--5875079	25	5.0	25	79	7	119	21	22	21	34	1.97
5875190--5875241	26	2.0	26	85	7	70	40	3	17	38	1.68
5878209--5878344	47	2.8	48	91	4	211	23	19	33	22	1.97
5878209--5878387	47	3.7	47	87	4	207	24	19	31	24	1.98
5885178--5885207	14	2.1	14	93	0	51	30	6	20	43	1.77
5885347--5885408	20	3.0	20	86	9	72	59	9	1	29	1.38
5885361--5885413	19	2.8	19	85	5	63	56	9	0	33	1.32
5897387--5897439	26	2.0	26	96	0	97	16	20	26	35	1.94
5897990--5898030	22	1.9	21	85	5	55	29	4	26	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5900495--5900593	50	2.0	50	85	0	135	20	37	20	22	1.95
5903367--5904421	268	3.9	268	97	0	2013	37	15	10	36	1.82
5905878--5905935	26	2.3	26	85	8	75	39	18	24	17	1.92
5911436--5911637	84	2.4	84	99	0	395	30	20	19	29	1.97
5931055--5931093	18	2.1	18	85	9	51	30	0	5	64	1.15
5931175--5931245	21	3.4	20	75	11	54	63	0	0	36	0.95
5935809--5935856	24	2.0	24	84	15	64	37	12	6	43	1.68
5936493--5936517	11	2.3	11	100	0	50	40	0	8	52	1.31
5936530--5936570	11	3.9	11	81	12	59	43	0	0	56	0.99
5936472--5936569	38	2.6	38	81	1	133	37	0	2	60	1.09
5936539--5936576	20	1.9	20	88	0	58	39	0	2	57	1.12
5938304--5938341	17	2.2	18	85	4	51	31	7	0	60	1.25
5938395--5938429	18	2.1	17	89	10	54	34	14	11	40	1.82
5942801--5943095	145	2.0	145	97	0	554	23	17	22	36	1.94
5948852--5948884	13	2.5	14	90	9	52	42	0	0	57	0.98
5951949--5951989	18	2.3	18	91	8	66	53	0	0	46	1.00
5951944--5951986	18	2.7	15	78	21	52	51	0	0	48	1.00
5966110--5966173	21	3.0	21	90	4	92	31	20	26	21	1.98
5972049--5972123	19	3.9	19	72	10	64	17	22	26	33	1.96
5972043--5972122	38	2.1	38	88	0	115	17	20	27	35	1.95
5976532--5976649	57	2.1	58	86	1	166	28	20	6	44	1.77
5981203--5981371	27	6.3	27	80	2	187	45	20	15	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5981199--5981371	54	3.2	53	83	6	215	45	20	15	18	1.85
5981199--5981371	81	2.1	81	85	0	238	45	20	15	18	1.85
5981390--5981454	25	2.5	26	80	9	71	27	9	21	41	1.83
5982793--5982827	17	2.0	18	94	5	63	48	11	22	17	1.79
5989411--5989468	26	2.2	26	84	0	71	25	15	17	41	1.89
5992242--5992266	13	1.9	13	100	0	50	56	16	16	12	1.68
5996522--5996565	20	2.1	21	84	12	56	43	18	4	34	1.70
6000452--6000504	23	2.3	23	81	18	74	24	18	26	30	1.98
6003305--6003334	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
6011128--6011393	115	2.4	105	78	11	318	56	15	1	26	1.49
6011504--6011556	22	2.4	22	84	9	63	0	37	0	62	0.96
6011504--6011556	11	4.7	11	77	9	54	0	37	0	62	0.96
6011633--6011691	27	2.2	27	96	0	109	23	25	27	23	2.00
6011883--6011939	29	2.0	29	92	0	96	29	19	7	43	1.77
6016699--6016775	29	2.6	29	83	4	91	49	15	11	23	1.77
6017699--6017740	15	3.3	12	79	20	50	71	0	0	28	0.86
6017717--6017895	10	18.3	10	67	18	65	60	3	1	34	1.22
6017697--6017825	28	4.6	29	75	18	87	62	3	1	33	1.20
6017810--6017895	20	4.3	20	72	20	72	62	3	0	33	1.12
6017810--6017919	21	5.4	20	75	15	93	61	2	1	33	1.20
6017697--6017924	19	11.9	19	69	21	106	61	3	1	33	1.22
6018304--6018359	29	2.0	28	85	3	76	33	0	3	62	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6018268--6018378	49	2.3	47	80	10	120	29	1	5	63	1.27
6018335--6018395	20	3.0	21	88	9	92	27	0	4	67	1.11
6018269--6018451	10	19.4	9	64	17	52	30	2	4	63	1.26
6018461--6018528	10	7.3	9	71	14	50	27	4	2	64	1.27
6018881--6018929	25	2.0	25	84	4	64	59	2	4	34	1.28
6019057--6019094	17	2.3	16	86	8	58	34	0	2	63	1.09
6027498--6027528	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
6031387--6031421	17	2.1	17	89	10	54	31	0	17	51	1.45
6031543--6031585	12	3.7	12	87	3	61	65	0	0	34	0.93
6031574--6031608	16	2.1	17	94	5	63	57	0	2	40	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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