genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59976278--59976326	21	2.3	21	89	6	73	2	14	8	75	1.12
59976282--59976340	20	3.0	18	79	18	64	3	13	10	72	1.22
59976441--59976466	11	2.4	11	100	0	52	7	7	15	69	1.35
59976789--59976883	30	3.2	29	85	7	111	42	4	18	34	1.70
59976805--59976878	30	2.5	30	95	0	130	44	5	22	27	1.74
59979012--59979078	23	2.9	24	82	8	77	41	20	10	26	1.85
59979037--59979355	23	13.9	23	68	11	109	44	20	9	26	1.81
59979022--59979394	69	5.4	68	88	2	480	44	19	9	26	1.81
59979022--59979394	137	2.7	138	86	2	500	44	19	9	26	1.81
59980210--59980360	41	3.7	41	78	1	151	35	24	17	23	1.95
59980951--59980987	16	2.3	16	100	0	74	48	24	8	18	1.75
59993000--59993029	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
59993084--59993120	16	2.2	18	85	9	51	45	0	2	51	1.15
60004752--60004789	19	2.0	19	85	10	51	36	0	0	63	0.95
60016744--60016775	15	2.1	15	94	0	55	40	21	6	31	1.78
60019504--60019528	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
60022925--60022970	19	2.3	20	85	10	60	54	6	0	39	1.26
60026480--60026532	26	2.0	26	96	0	97	37	5	11	45	1.64
60045956--60046010	22	2.5	23	79	5	69	60	3	5	30	1.37
60047877--60048132	125	2.1	124	84	2	325	29	15	21	33	1.94
60051331--60051364	7	4.9	7	92	0	59	17	0	41	41	1.50
60051331--60051371	21	2.0	21	85	0	55	24	0	34	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60051350--60052194	30	29.2	29	86	5	1040	30	1	24	44	1.61
60051371--60051416	23	2.0	23	86	4	65	34	0	23	41	1.55
60051345--60052194	59	14.7	59	90	3	1125	30	1	24	44	1.61
60051987--60052210	28	8.5	24	72	20	148	29	3	22	45	1.68
60052164--60052224	19	3.0	19	83	9	59	31	3	18	47	1.64
60054360--60054393	15	2.3	15	90	5	52	67	5	2	23	1.26
60054389--60054418	13	2.2	13	94	5	51	56	0	0	43	0.99
60054389--60054418	7	4.4	7	91	8	53	56	0	0	43	0.99
60054596--60054637	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
60054639--60054715	22	3.5	22	85	1	102	37	1	27	33	1.65
60057851--60058078	112	2.0	111	88	2	332	30	19	14	35	1.92
60065244--60065307	24	2.9	22	78	13	69	46	0	0	53	1.00
60065646--60065753	29	4.0	28	67	24	88	40	2	0	56	1.14
60065643--60065753	40	2.8	40	95	0	195	40	2	0	56	1.13
60065653--60065753	11	9.9	11	72	23	87	41	2	0	55	1.15
60065638--60065772	40	3.4	39	86	8	157	38	2	0	59	1.10
60065742--60065797	23	2.4	23	85	5	69	44	0	1	53	1.11
60069711--60069757	21	2.3	20	85	3	58	21	2	17	59	1.47
60073980--60074004	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
60074310--60074362	13	4.1	13	73	9	54	39	24	3	32	1.73
60074621--60074671	19	2.8	19	77	16	56	62	9	7	19	1.50
60078717--60078774	26	2.1	28	84	6	75	53	0	3	43	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60081217--60081611	132	3.0	132	93	0	664	27	23	20	29	1.99
60085694--60085755	30	2.1	30	100	0	124	40	20	12	25	1.89
60090035--60090148	48	2.3	49	80	4	124	28	21	19	30	1.98
60091283--60091370	30	2.9	30	78	11	90	53	2	2	42	1.26
60092340--60092378	19	2.1	19	100	0	78	25	15	10	48	1.76
60092396--60092500	33	3.3	33	68	12	112	22	7	17	52	1.69
60092385--60092506	61	2.0	61	100	0	244	24	8	14	52	1.69
60110126--60110164	21	1.9	20	89	5	60	61	0	2	35	1.10
60114130--60114194	23	2.7	24	86	11	89	47	1	0	50	1.10
60114132--60114171	9	4.7	9	82	17	50	45	0	0	55	0.99
60114084--60114240	85	1.9	84	89	9	241	47	2	1	48	1.23
60117424--60117477	27	2.0	27	100	0	108	25	3	14	55	1.56
60121990--60122100	44	2.5	42	78	9	123	30	22	19	27	1.98
60122069--60122620	89	6.3	89	68	15	307	27	24	20	28	1.99
60121953--60122782	216	3.8	216	92	0	1349	27	23	19	28	1.99
60122498--60122955	173	2.6	174	82	5	509	27	22	19	29	1.98
60122597--60122967	173	2.2	172	87	1	510	29	21	19	29	1.98
60121953--60122922	432	2.2	431	86	4	1292	28	22	19	28	1.98
60127420--60127477	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
60127689--60127720	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
60127815--60128012	50	3.8	50	88	4	261	25	23	30	21	1.99
60127815--60128005	106	1.9	103	89	6	298	25	23	30	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60134956--60135013	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
60135225--60135256	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
60135351--60135548	50	3.8	50	88	4	261	25	23	30	21	1.99
60135351--60135541	106	1.9	103	89	6	298	25	23	30	20	1.99
60142438--60142464	11	2.5	11	100	0	54	40	7	0	51	1.30
60142449--60142525	30	2.6	30	91	4	120	29	1	0	68	0.97
60145912--60145943	17	1.9	16	93	6	55	65	6	0	28	1.16
60148964--60148990	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
60150119--60150270	33	4.5	33	71	22	127	20	19	27	32	1.97
60150117--60150420	102	3.0	102	85	4	425	21	18	27	31	1.97
60150323--60150453	33	3.7	33	71	18	100	22	19	26	32	1.97
60153279--60153391	57	2.0	57	85	3	156	30	18	24	25	1.98
60154694--60154759	3	21.7	3	79	14	73	33	1	1	63	1.13
60154696--60154767	9	8.6	8	77	13	58	30	1	2	65	1.15
60155316--60155347	12	2.7	12	95	0	55	18	9	0	71	1.12
60157819--60157916	28	3.5	28	83	6	135	51	18	13	17	1.77
60157810--60157916	30	3.9	28	81	10	125	51	17	14	16	1.77
60159374--60159420	2	23.5	2	100	0	94	0	0	48	51	1.00
60162589--60162629	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
60180102--60180134	6	5.8	6	86	13	52	12	0	0	87	0.53
60180101--60180137	12	3.2	12	77	14	51	10	0	0	89	0.49
60184740--60184772	13	2.4	14	90	5	50	42	12	6	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60193560--60193616	27	2.2	26	81	6	69	66	5	1	26	1.22
60193621--60193645	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
60193928--60193982	20	2.8	20	75	8	58	70	0	1	27	0.97
60193997--60194052	19	2.8	21	75	10	62	67	1	7	23	1.24
60195410--60195522	17	6.5	17	69	15	61	46	10	7	35	1.68
60195407--60195473	36	1.9	34	87	6	98	41	8	5	43	1.60
60195667--60195895	18	12.6	18	71	15	118	41	10	13	35	1.78
60195444--60195824	35	10.7	35	70	11	190	42	11	14	32	1.80
60195910--60195936	10	2.7	10	100	0	54	14	0	7	77	0.97
60196041--60196087	5	9.2	5	86	4	67	61	0	0	38	0.96
60196247--60196296	22	2.3	21	83	16	66	0	20	0	80	0.72
60196247--60196298	12	4.6	11	81	11	61	0	21	0	78	0.74
60196245--60196298	21	2.5	22	82	11	76	0	24	0	75	0.80
60196386--60196433	18	2.7	18	87	6	62	2	22	20	54	1.55
60196584--60196616	11	2.9	11	95	4	57	0	27	0	72	0.85
60197004--60197141	29	4.7	29	83	0	168	43	3	19	33	1.68
60197004--60197150	58	2.5	58	88	2	206	45	3	18	32	1.66
60197350--60197895	78	7.1	78	74	11	417	36	19	15	28	1.92
60197289--60198877	228	6.9	236	78	10	959	35	20	16	27	1.94
60197960--60198878	78	12.0	78	82	8	1068	35	20	17	26	1.94
60199758--60199855	1	98.0	1	67	0	52	1	5	10	83	0.84
60199782--60199853	16	4.5	15	87	8	90	1	2	12	83	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60199764--60199854	9	10.6	9	79	12	77	1	4	10	83	0.84
60199758--60199855	50	2.0	50	82	8	119	1	5	10	83	0.84
60207388--60207786	18	22.5	18	70	11	252	43	10	14	31	1.79
60207388--60207800	35	11.6	34	72	12	244	43	10	14	31	1.80
60207740--60207799	18	3.4	17	76	19	61	38	10	16	35	1.82
60207635--60207811	55	3.2	56	77	10	127	42	10	12	34	1.77
60208003--60208054	5	10.2	5	83	4	68	61	0	1	36	1.07
60208213--60208269	12	4.8	12	87	6	80	0	19	0	80	0.71
60208503--60208554	6	8.2	6	80	16	52	1	21	0	76	0.87
60208580--60208626	24	2.0	24	95	0	85	10	31	29	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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