genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17075873--17076147	61	4.5	61	75	1	221	28	27	13	30	1.94
17082186--17082245	30	2.0	31	83	3	77	41	0	40	18	1.50
17082459--17082495	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
17085596--17085660	24	2.5	26	85	7	80	30	29	12	27	1.93
17088078--17088148	30	2.4	30	85	4	90	29	21	14	35	1.92
17093386--17093495	41	2.7	41	86	0	166	31	18	24	25	1.97
17097251--17097284	17	1.9	18	88	5	52	61	14	23	0	1.33
17099540--17099662	47	2.6	46	81	2	147	39	5	16	39	1.72
17099525--17099827	161	1.9	162	91	4	502	39	6	15	38	1.73
17099719--17100000	47	5.7	47	73	12	249	39	7	16	36	1.77
17099680--17100006	98	3.2	99	90	7	541	38	7	15	38	1.75
17099792--17100006	106	2.0	106	97	0	403	39	6	14	39	1.74
17099902--17100027	47	2.7	47	79	4	146	39	7	15	38	1.74
17100134--17100242	41	2.7	40	84	2	137	16	22	28	32	1.96
17105241--17105337	27	3.6	27	77	2	106	30	19	16	32	1.94
17106171--17106204	3	11.0	3	87	6	50	67	2	29	0	1.05
17114250--17114317	31	2.2	30	84	2	91	44	1	2	51	1.25
17114968--17115026	27	2.2	27	87	0	82	18	30	33	16	1.94
17115081--17115202	10	12.2	10	69	26	57	68	0	29	0	1.00
17115081--17115171	14	6.4	14	76	12	87	69	0	29	1	0.96
17115080--17115171	34	2.8	34	81	17	113	68	0	30	1	0.97
17115086--17115173	44	2.0	45	95	2	160	69	0	29	1	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17115082--17115150	24	2.9	24	79	12	70	71	0	27	1	0.95
17115084--17115202	44	2.6	46	81	9	154	68	0	29	0	1.01
17115318--17115371	28	2.0	28	88	3	83	42	5	9	42	1.60
17115611--17116857	286	4.3	285	92	3	2083	50	5	12	31	1.63
17116462--17116499	15	2.4	17	82	13	53	52	0	7	39	1.31
17116466--17116498	8	4.2	8	88	7	50	51	0	9	39	1.34
17116454--17116498	23	1.9	23	82	13	56	55	0	6	37	1.26
17119585--17119629	18	2.5	18	92	0	72	15	48	4	31	1.65
17127238--17127264	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
17132498--17132774	43	6.5	42	80	4	272	31	29	16	22	1.96
17132498--17132724	86	2.6	86	88	1	312	30	30	16	22	1.96
17136123--17136188	22	3.0	22	88	2	98	22	3	50	24	1.63
17137213--17137372	82	2.0	82	92	2	268	45	27	0	26	1.58
17137229--17137399	82	2.1	82	86	2	236	45	24	1	28	1.63
17137468--17137501	15	2.3	15	85	5	52	35	23	0	41	1.55
17137910--17138150	41	5.9	41	86	0	275	31	26	19	22	1.98
17141338--17141371	3	11.3	3	93	0	59	38	32	0	29	1.58
17143505--17143553	22	2.2	21	79	10	53	22	26	0	51	1.49
17145352--17145394	18	2.4	18	92	0	68	16	27	9	46	1.77
17145633--17145675	21	2.0	22	82	13	54	32	41	18	6	1.77
17145791--17146058	49	5.5	49	94	0	448	41	2	9	45	1.51
17145882--17145965	29	3.2	29	62	28	78	42	2	9	45	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17149263--17149644	125	3.1	124	88	1	568	31	18	16	33	1.93
17158170--17158203	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
17159220--17159349	61	2.1	63	86	9	187	36	7	6	50	1.56
17161473--17161517	22	2.0	23	91	8	74	48	0	2	48	1.13
17161469--17161517	25	2.0	24	84	11	64	46	0	4	48	1.20
17161473--17161550	21	3.5	22	77	14	81	51	0	1	47	1.09
17161556--17161599	21	2.0	23	86	8	65	36	0	2	61	1.09
17175653--17175690	20	1.9	20	94	0	67	34	5	15	44	1.69
17176866--17176941	39	2.0	38	89	2	116	53	6	0	39	1.27
17177299--17177388	42	2.2	41	78	9	94	22	28	28	20	1.98
17179050--17179107	31	1.9	29	82	6	71	31	5	12	51	1.61
17187943--17187997	21	2.6	21	85	0	74	27	34	10	27	1.90
17191637--17191670	15	2.3	15	100	0	68	50	14	11	23	1.76
17193738--17193767	12	2.4	12	94	5	51	73	3	16	6	1.18
17194902--17194950	22	2.3	22	78	3	55	40	26	10	22	1.86
17196108--17196154	20	2.3	20	88	0	67	34	21	34	10	1.88
17196078--17196154	40	1.9	40	84	5	102	35	20	32	11	1.89
17196997--17197040	21	2.2	20	83	4	52	61	6	0	31	1.22
17202343--17202514	84	2.0	84	95	0	308	33	14	19	32	1.92
17205720--17205765	23	2.0	23	86	0	65	23	8	21	45	1.80
17205914--17205947	15	2.3	15	100	0	68	11	26	26	35	1.91
17209118--17209151	17	2.0	17	88	0	50	35	23	11	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17215904--17216041	72	1.9	72	87	3	204	41	7	7	44	1.60
17217615--17217902	114	2.5	114	81	5	332	27	17	23	31	1.97
17218579--17218636	28	2.1	28	90	0	89	17	1	48	32	1.57
17218801--17218847	21	2.2	22	84	3	60	17	0	44	38	1.48
17218797--17218870	29	2.6	30	82	8	91	16	0	44	39	1.47
17218763--17218859	7	13.7	7	73	6	52	21	1	42	35	1.60
17218797--17218854	14	4.1	14	82	8	73	17	0	43	39	1.49
17218808--17218870	7	8.7	7	81	8	56	14	0	49	36	1.44
17222778--17222832	23	2.3	24	81	9	69	41	3	3	50	1.37
17226180--17226245	21	3.1	21	91	0	96	33	18	43	4	1.70
17226695--17227031	85	4.0	84	82	9	298	27	20	22	29	1.98
17226695--17227031	42	8.0	41	78	12	317	27	20	22	29	1.98
17226695--17227031	127	2.7	127	88	4	477	27	20	22	29	1.98
17228706--17228771	31	2.1	31	86	5	89	43	9	13	33	1.76
17232158--17232234	38	2.0	38	97	0	145	33	15	12	37	1.86
17233001--17233074	32	2.3	32	88	0	103	24	20	13	41	1.88
17238186--17238222	3	12.7	3	94	5	67	32	0	0	67	0.91
17240712--17240799	38	2.3	38	100	0	176	20	11	39	28	1.87
17243906--17244332	45	9.5	45	87	0	593	37	15	21	24	1.93
17243901--17244390	135	3.6	135	89	1	653	38	15	21	24	1.92
17243906--17244481	90	6.4	89	83	3	528	38	15	21	24	1.92
17244313--17244512	46	4.4	46	82	5	203	40	14	23	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17244313--17244515	91	2.2	91	83	6	243	40	14	22	22	1.90
17245940--17246013	8	8.6	8	84	12	94	22	5	9	62	1.46
17249262--17249328	20	3.3	20	75	8	73	22	23	16	37	1.94
17249253--17249355	40	2.6	40	89	3	145	24	25	18	32	1.97
17249275--17249336	20	3.1	20	68	13	56	27	25	17	29	1.98
17249282--17249369	20	4.4	20	71	8	63	22	23	18	35	1.96
17251363--17251502	25	5.6	25	75	3	129	37	23	12	26	1.91
17251370--17251501	50	2.6	50	90	0	183	38	21	12	26	1.90
17251415--17251521	25	4.5	22	71	23	67	37	25	13	24	1.91
17256108--17256142	16	2.2	16	89	0	52	45	20	20	14	1.85
17256519--17256575	27	2.1	27	90	3	89	47	15	17	19	1.83
17275388--17275423	18	2.0	18	100	0	72	33	16	5	44	1.71
17276138--17276335	43	4.7	43	78	8	176	35	26	15	22	1.93
17276130--17276326	41	4.7	43	77	9	199	34	26	16	22	1.95
17276138--17276326	84	2.2	84	94	0	324	34	27	15	22	1.94
17276344--17276393	26	1.9	26	91	0	82	26	30	22	22	1.99
17279629--17279710	42	2.0	42	82	4	103	30	24	14	30	1.95
17282225--17282357	43	3.2	42	80	7	162	33	26	18	22	1.97
17282703--17282757	28	2.0	28	100	0	110	40	27	7	25	1.82
17283500--17283531	13	2.6	13	90	9	50	34	9	12	43	1.75
17289796--17289822	13	2.1	13	100	0	54	7	25	29	37	1.83
17290898--17290924	12	2.2	12	100	0	54	14	22	33	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17294994--17295020	14	1.9	14	100	0	54	29	0	25	44	1.54
17304566--17305141	274	2.1	276	87	2	829	45	5	8	40	1.58
17304566--17305141	138	4.2	138	86	2	784	45	5	8	40	1.58
17307970--17308033	25	2.6	25	73	9	76	23	25	21	29	1.99
17311197--17311312	50	2.3	50	82	2	135	25	25	18	31	1.98
17320416--17320452	19	2.0	19	89	5	58	54	0	18	27	1.44
17320515--17320539	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
17321994--17322035	22	1.9	22	85	9	59	9	19	0	71	1.13
17324035--17324067	15	2.3	15	89	5	50	57	0	12	30	1.35
17324121--17324164	18	2.4	18	88	11	63	15	6	4	72	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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