genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57982203--57982300	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
57982205--57982293	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
58004274--58004679	219	1.9	219	92	0	686	17	28	19	35	1.94
58005401--58005429	12	2.5	12	94	5	51	37	0	0	62	0.96
58006047--58006225	55	3.2	54	79	6	171	24	6	21	48	1.73
58006047--58006191	58	2.6	57	83	6	172	23	6	22	46	1.76
58007845--58007905	9	6.8	9	92	0	95	40	26	9	22	1.85
58007845--58007905	27	2.3	27	94	0	113	40	26	9	22	1.85
58010044--58010080	19	2.0	19	89	5	58	54	2	0	43	1.14
58010043--58010099	25	2.2	27	84	6	73	56	1	0	42	1.10
58015103--58015162	27	2.2	27	96	0	111	36	11	16	35	1.85
58017812--58017885	34	2.1	35	85	9	98	36	20	10	32	1.87
58018057--58018289	41	5.7	40	88	4	315	23	27	20	28	1.99
58018057--58018291	82	2.9	82	91	1	364	23	27	20	28	1.99
58019027--58019173	72	2.1	69	94	2	240	44	10	4	40	1.58
58018992--58019346	80	4.6	78	90	5	537	43	13	3	39	1.60
58039428--58039464	17	2.3	17	86	9	51	56	5	0	37	1.22
58041416--58041461	18	2.5	19	80	13	53	28	0	2	69	1.00
58041414--58041464	24	2.1	25	85	10	70	29	0	1	68	1.00
58045542--58045701	33	4.8	32	70	20	96	28	26	23	21	1.99
58045578--58045778	102	2.0	102	92	0	339	31	27	20	20	1.98
58047407--58047514	57	1.9	57	98	0	207	32	15	16	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58056714--58056754	20	2.1	19	86	13	57	24	4	2	68	1.22
58057461--58057509	19	2.7	18	82	17	66	42	0	26	30	1.55
58057601--58057660	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
58057758--58057782	5	5.0	5	100	0	50	20	0	80	0	0.72
58059755--58059847	46	2.0	46	93	0	159	35	6	13	44	1.70
58060909--58060957	5	9.8	5	100	0	98	38	20	20	20	1.93
58067774--58067833	25	2.3	26	88	11	95	38	6	3	51	1.45
58067785--58067833	25	2.0	25	100	0	98	32	8	4	55	1.48
58067901--58067974	27	2.7	27	85	4	96	25	29	25	18	1.98
58068210--58068244	3	11.7	3	100	0	70	0	0	31	68	0.90
58071364--58071390	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
58074453--58074539	26	3.4	25	70	23	83	55	11	5	27	1.58
58074608--58074673	21	3.1	21	74	10	71	0	28	0	71	0.87
58074614--58074744	18	7.2	17	69	15	75	0	29	0	70	0.87
58074616--58074741	41	3.4	36	76	18	141	0	29	0	70	0.87
58074642--58074779	14	10.8	13	68	21	71	0	31	0	68	0.90
58074644--58074778	4	34.0	4	74	20	72	0	31	0	68	0.89
58074597--58074777	75	2.4	75	85	7	249	0	32	0	67	0.95
58074611--58074778	10	18.3	9	69	25	54	0	30	0	69	0.89
58074894--58074933	10	4.1	10	90	3	55	10	25	20	45	1.81
58074950--58075011	23	2.6	24	89	5	99	46	0	12	40	1.42
58081078--58081150	34	2.1	34	100	0	146	34	10	9	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58085430--58085507	28	2.8	28	96	0	138	43	8	24	23	1.82
58085493--58085770	138	2.0	138	98	0	538	29	18	11	39	1.87
58088662--58088700	19	2.0	20	85	10	53	20	0	5	74	1.01
58093809--58093853	21	2.0	21	83	8	54	44	15	2	37	1.59
58093902--58093997	48	2.0	48	97	0	183	28	20	13	37	1.91
58095293--58095369	19	3.8	19	67	21	50	55	1	3	38	1.26
58100382--58100430	24	2.0	24	88	0	71	36	6	26	30	1.81
58103360--58103403	22	2.0	22	100	0	88	31	13	9	45	1.75
58107798--58108381	299	1.9	301	87	2	852	32	14	19	34	1.92
58108751--58108799	25	2.0	25	91	0	80	20	16	0	63	1.31
58113081--58113206	50	2.5	51	85	1	173	19	30	24	26	1.98
58113175--58113241	35	1.9	35	90	0	107	23	28	19	28	1.98
58113639--58113695	30	1.9	30	85	7	80	33	21	5	40	1.75
58116374--58116417	3	14.3	3	95	4	79	63	0	0	36	0.95
58117208--58117238	16	1.9	16	93	0	53	67	3	0	29	1.06
58117216--58117240	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
58117316--58117396	36	2.2	36	95	0	144	11	20	41	25	1.86
58119642--58119690	21	2.3	22	85	3	64	69	0	2	28	1.00
58119655--58119703	20	2.5	19	77	9	55	69	0	2	28	1.00
58119697--58119722	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
58128004--58128044	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
58135201--58135422	111	2.0	111	100	0	444	36	9	25	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58136353--58136401	24	2.0	24	100	0	98	34	16	8	40	1.78
58143628--58143657	12	2.6	11	90	10	51	70	0	3	26	1.03
58143958--58144053	31	3.1	31	90	3	156	44	12	10	32	1.76
58147200--58147278	11	7.7	11	69	18	55	1	15	12	70	1.22
58147211--58147294	20	4.0	21	70	15	59	1	13	11	73	1.15
58147211--58147294	21	4.2	21	80	15	72	1	13	11	73	1.15
58147249--58147300	9	5.6	9	78	17	61	0	11	13	75	1.06
58147219--58147294	11	7.3	11	73	16	63	1	13	11	73	1.16
58147521--58147550	12	2.6	11	90	10	51	70	0	3	26	1.03
58147851--58147946	31	3.1	31	93	3	165	44	13	10	31	1.77
58153663--58153740	39	2.0	39	100	0	156	28	7	12	51	1.67
58156528--58156571	11	4.4	11	75	21	51	38	0	0	61	0.96
58156540--58156579	18	2.2	18	90	0	62	30	0	5	65	1.14
58160289--58160324	17	2.2	17	90	5	56	27	0	0	72	0.85
58160291--58160347	24	2.5	23	82	5	71	31	1	1	64	1.13
58160552--58160668	29	4.0	28	77	9	103	36	23	2	37	1.69
58162001--58162058	30	1.9	30	92	0	98	48	12	6	32	1.67
58162039--58162099	23	2.5	24	81	5	79	40	8	9	40	1.68
58162033--58162099	24	2.8	24	81	6	82	40	8	8	41	1.68
58162091--58162145	27	2.1	26	82	3	65	27	12	7	52	1.65
58162081--58162123	18	2.5	17	88	7	68	25	11	11	51	1.72
58162160--58162206	15	2.9	16	75	15	51	34	8	10	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58162133--58162214	18	4.7	17	71	15	69	37	8	10	42	1.71
58166829--58166929	30	3.4	30	90	0	157	12	28	30	27	1.93
58167588--58167989	108	3.8	103	81	10	422	28	19	18	34	1.95
58167588--58168042	209	2.2	212	83	5	555	30	19	18	31	1.96
58169424--58169522	50	2.0	51	95	2	182	39	13	21	26	1.90
58171894--58171987	30	3.1	30	79	0	98	10	24	31	32	1.89
58171901--58172010	30	3.7	30	81	0	94	10	22	30	35	1.89
58173039--58173180	30	4.7	30	72	10	101	12	26	28	32	1.93
58173830--58173937	30	3.6	30	87	0	153	12	29	29	28	1.92
58175201--58175395	98	2.0	98	95	0	354	36	24	9	28	1.87
58176859--58176971	19	5.8	19	89	4	181	36	15	10	38	1.82
58176833--58176970	40	3.5	40	90	7	201	39	13	9	37	1.78
58176852--58176971	59	2.1	56	89	6	179	36	15	10	38	1.80
58177233--58177738	44	11.7	43	74	10	320	27	23	20	28	1.99
58177321--58177659	89	3.9	88	74	14	290	26	24	20	28	1.99
58177137--58177742	217	2.8	217	94	0	1032	27	23	20	28	1.99
58177280--58177738	173	2.6	175	79	9	458	27	24	20	27	1.99
58177730--58178118	132	2.9	132	94	0	670	24	25	20	29	1.99
58179384--58179430	14	3.3	14	85	11	60	4	2	8	85	0.81
58179390--58179428	20	2.0	20	89	0	60	2	2	10	84	0.81
58185462--58185553	19	4.8	19	89	5	150	36	15	9	38	1.80
58186916--58187059	30	4.8	30	79	5	141	11	25	31	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58186953--58187032	29	2.7	29	83	11	92	15	22	30	32	1.94
58187010--58187085	30	2.5	30	78	4	82	10	23	30	35	1.89
58187758--58188031	105	2.6	102	80	7	266	25	19	18	36	1.95
58189845--58189975	30	4.4	30	80	3	120	12	28	28	31	1.93
58190671--58191059	102	3.8	100	79	8	394	26	19	19	34	1.96
58191574--58191870	109	2.7	106	78	7	324	34	18	19	28	1.95
58193217--58193350	30	4.5	30	78	0	133	13	26	26	32	1.94
58193210--58193350	60	2.3	60	84	2	176	12	26	27	32	1.93
58202390--58202441	21	2.5	21	87	0	77	30	30	9	28	1.89
58202496--58202793	154	1.9	154	94	0	524	29	21	27	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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