genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27027012--27027049	18	2.1	18	95	0	67	42	23	10	23	1.85
27029545--27029602	18	3.1	18	73	23	57	43	5	31	20	1.74
27029527--27029602	39	2.0	38	84	7	100	40	7	30	21	1.81
27037114--27037392	50	5.5	50	86	4	355	26	22	29	21	1.99
27037333--27037438	50	2.1	49	81	5	115	33	19	24	22	1.97
27037676--27037714	20	2.0	20	89	0	60	53	2	25	17	1.56
27041305--27041456	27	5.6	27	92	3	232	31	28	13	26	1.93
27041305--27041456	55	2.8	55	93	0	250	31	28	13	26	1.93
27049354--27049505	27	5.6	27	92	3	232	30	29	13	26	1.94
27049354--27049505	55	2.8	55	92	0	250	30	29	13	26	1.94
27050617--27050653	19	1.9	19	94	0	65	24	21	0	54	1.45
27050621--27050663	19	2.2	20	80	12	54	30	18	0	51	1.47
27050792--27050966	51	3.5	51	76	7	160	30	28	16	24	1.97
27054984--27055043	24	2.4	25	81	8	70	56	0	3	40	1.16
27055600--27055641	16	2.7	15	85	7	57	50	0	2	47	1.14
27055708--27055767	30	2.0	30	83	6	77	46	11	10	31	1.73
27063820--27063853	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
27064760--27064800	22	1.9	22	85	5	57	31	9	9	48	1.69
27075609--27075967	41	8.6	40	79	9	387	35	25	16	22	1.95
27075597--27075926	84	3.9	84	95	0	570	35	25	17	21	1.95
27079292--27079319	14	2.0	14	100	0	56	64	0	7	28	1.20
27087390--27087453	21	3.0	21	80	13	69	17	4	6	71	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27087394--27087448	24	2.2	25	87	3	76	18	3	5	72	1.18
27087390--27087448	7	7.2	8	73	16	50	18	3	5	72	1.17
27088896--27088930	14	2.5	14	90	0	52	40	5	0	54	1.24
27088904--27088931	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
27089362--27089399	19	2.0	19	85	10	51	23	39	0	36	1.55
27095053--27095183	66	2.0	66	93	0	226	32	10	20	35	1.87
27095424--27095457	16	2.1	16	89	10	52	44	0	5	50	1.26
27095435--27095579	47	3.1	47	72	16	158	44	2	3	49	1.30
27095421--27095547	44	2.8	43	73	15	123	46	2	3	47	1.34
27095545--27095607	18	3.8	18	74	23	57	47	0	1	50	1.10
27095555--27095612	16	3.7	15	86	6	80	48	0	0	51	1.00
27095421--27095596	91	1.9	90	90	4	282	46	1	3	48	1.29
27095771--27095805	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27095786--27095826	15	2.7	15	79	20	50	46	0	0	53	1.00
27095733--27096782	120	8.8	120	98	0	2010	44	2	5	48	1.38
27096611--27096645	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27096731--27096765	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27096930--27097020	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
27097001--27097069	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
27097001--27097069	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
27101686--27101714	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
27104314--27104360	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27114503--27114540	19	2.0	19	90	10	60	21	39	0	39	1.53
27117436--27117639	40	5.1	40	86	0	248	33	16	27	21	1.95
27117519--27117583	20	3.2	20	65	8	51	35	12	35	16	1.87
27122155--27122210	24	2.3	25	93	3	96	30	21	21	26	1.98
27127690--27127810	29	4.1	29	79	2	116	23	21	14	40	1.90
27127690--27127810	59	2.1	58	83	7	147	23	21	14	40	1.90
27127796--27127919	29	4.3	29	83	0	158	25	25	12	37	1.90
27138304--27138348	22	2.0	23	83	12	58	31	0	26	42	1.56
27156586--27156652	27	2.5	27	82	2	82	29	22	26	20	1.99
27163323--27163415	26	3.6	26	82	1	107	40	21	19	18	1.91
27171207--27171284	26	3.0	26	88	0	120	38	24	19	17	1.93
27177859--27178051	51	3.8	50	83	2	208	27	15	28	29	1.96
27178330--27178402	37	1.9	38	83	8	96	42	4	23	30	1.73
27190348--27190393	12	3.8	12	81	16	51	15	45	0	39	1.46
27190346--27190393	15	3.1	16	83	16	66	16	45	0	37	1.48
27190358--27190399	19	2.2	19	91	0	66	14	45	0	40	1.45
27199144--27199191	23	2.1	23	85	11	64	25	2	16	56	1.51
27201351--27201389	19	2.1	19	85	0	51	15	48	0	35	1.45
27204774--27204819	23	2.0	23	87	8	67	63	0	2	34	1.07
27204783--27204819	19	1.9	19	88	0	56	64	0	0	35	0.94
27231708--27231751	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
27236685--27236892	29	7.1	29	75	7	170	23	25	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27236685--27236827	59	2.4	58	85	5	173	23	26	13	37	1.91
27236699--27236892	87	2.2	88	89	0	291	23	26	12	37	1.90
27237649--27237686	20	1.9	20	94	0	67	23	7	0	68	1.16
27240348--27240375	12	2.3	12	100	0	56	7	21	42	28	1.79
27244915--27245135	40	5.5	41	76	9	136	27	27	20	24	1.99
27244952--27245082	40	3.3	39	83	4	172	29	27	19	24	1.98
27244950--27245133	80	2.3	79	82	10	214	28	27	19	24	1.99
27253881--27253919	19	2.1	19	90	0	60	41	20	0	38	1.53
27257924--27257987	30	2.1	30	88	5	94	65	1	0	32	1.02
27262961--27263022	26	2.4	26	88	0	79	40	12	11	35	1.80
27267758--27267841	22	4.0	21	67	30	56	47	21	2	28	1.63
27267748--27267838	39	2.3	39	88	3	130	46	21	3	28	1.67
27269829--27269868	20	2.1	18	86	9	53	60	2	0	37	1.11
27270040--27270104	16	4.1	16	95	0	103	32	0	36	30	1.58
27270083--27270192	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
27270338--27270372	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27273378--27273425	15	3.1	14	78	18	51	68	2	0	29	1.01
27276272--27276305	18	1.9	18	88	5	52	47	5	8	38	1.59
27296307--27296372	26	2.5	26	92	0	105	21	30	24	24	1.99
27298208--27298249	20	2.1	21	87	12	63	16	16	4	61	1.50
27321167--27321202	12	2.9	12	88	8	54	77	0	5	16	0.94
27321174--27321202	13	2.3	13	94	5	51	79	0	6	13	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27323872--27324017	29	5.1	28	81	5	123	36	23	14	26	1.93
27323914--27324080	29	5.8	29	76	12	137	36	23	14	25	1.93
27323871--27324051	58	3.2	59	83	6	187	36	24	14	24	1.93
27323928--27324070	58	2.5	58	84	0	187	35	25	13	25	1.92
27327489--27327604	50	2.3	50	80	5	144	23	23	24	29	1.99
27327489--27327604	25	4.6	25	70	16	96	23	23	24	29	1.99
27332696--27332761	32	2.1	32	100	0	132	28	9	24	37	1.86
27334068--27334357	161	1.8	161	98	0	562	37	14	17	30	1.89
27340271--27340311	16	2.7	15	85	10	57	41	7	0	51	1.30
27341813--27341868	22	2.5	23	77	5	62	19	1	32	46	1.61
27341826--27341867	15	2.8	15	92	0	66	19	0	28	52	1.46
27341816--27341868	15	3.6	15	84	2	63	18	1	32	47	1.60
27350294--27350338	20	2.1	22	88	8	67	68	6	4	20	1.29
27350288--27350339	22	2.3	21	78	18	52	71	5	3	19	1.22
27352720--27352765	20	2.3	20	100	0	92	30	19	4	45	1.70
27354121--27354197	31	2.5	31	89	2	111	41	12	23	22	1.88
27354184--27354256	29	2.5	30	86	2	112	46	13	26	13	1.80
27354121--27354357	30	7.9	30	73	8	153	40	15	23	20	1.90
27354121--27354346	60	3.8	60	76	7	199	41	14	24	19	1.89
27354121--27354372	90	2.8	87	72	11	224	40	15	24	19	1.90
27354303--27354369	30	2.2	31	84	7	93	35	14	28	20	1.93
27357949--27358241	137	2.1	138	84	1	392	22	21	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27364467--27364866	138	2.9	138	84	4	477	22	19	24	34	1.96
27372886--27372936	21	2.4	20	78	12	57	56	1	3	37	1.29
27373476--27373503	5	5.6	5	100	0	56	60	21	0	17	1.36
27375771--27375802	11	2.8	11	95	4	55	71	0	9	18	1.12
27385772--27385809	12	3.1	12	85	14	51	52	0	39	7	1.31
27388885--27388909	11	2.3	11	100	0	50	32	12	24	32	1.91
27391656--27391681	7	3.7	7	100	0	52	30	26	0	42	1.56
27400003--27400209	27	7.6	27	93	3	207	30	28	14	26	1.95
27400003--27400209	55	3.8	55	96	0	360	30	28	14	26	1.95
27408083--27408289	27	7.6	27	93	3	207	30	28	14	26	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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