genome.fa.s26.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64892201

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7617329--7617383	23	2.3	23	82	17	69	74	0	1	23	0.91
7618222--7618337	58	2.0	58	96	0	214	38	7	16	37	1.77
7621587--7621706	33	3.6	33	77	6	127	24	39	5	31	1.77
7621659--7621834	66	2.7	65	81	10	198	26	39	3	30	1.72
7628285--7628345	24	2.6	24	79	5	81	47	0	0	52	1.00
7633765--7633791	9	3.0	9	100	0	54	44	0	0	55	0.99
7639015--7639061	17	2.8	17	83	6	51	78	4	4	12	1.04
7641412--7641459	25	1.9	25	86	0	69	68	0	0	31	0.90
7645377--7645416	20	2.0	20	95	0	71	32	2	0	65	1.06
7645381--7645424	20	2.2	20	83	0	52	29	2	6	61	1.34
7649709--7649753	22	2.0	22	86	0	63	53	0	0	46	1.00
7649772--7649812	13	2.9	15	79	20	52	58	0	0	41	0.98
7652709--7652835	67	1.9	67	81	12	154	30	7	2	59	1.39
7655060--7655101	11	3.8	11	87	0	66	59	9	9	21	1.57
7655052--7655100	22	2.2	22	81	0	62	63	10	8	18	1.50
7655061--7655107	22	2.2	22	84	3	60	63	6	10	19	1.47
7660491--7660544	18	3.0	19	79	15	62	81	1	16	0	0.78
7660491--7660546	5	12.2	5	78	17	52	80	1	17	0	0.80
7660491--7660552	23	2.7	22	79	16	72	79	3	16	1	0.95
7663785--7663927	47	3.1	47	91	3	218	34	6	21	37	1.79
7665675--7665705	3	10.3	3	92	0	53	64	0	0	35	0.94
7667033--7667100	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7667033--7667100	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
7667230--7667539	157	2.0	157	94	0	539	44	3	4	47	1.41
7667293--7667542	76	3.1	81	63	24	186	46	4	3	45	1.39
7667276--7667597	157	2.0	155	81	5	349	46	4	4	44	1.44
7671735--7671823	25	3.7	23	65	8	61	50	3	7	38	1.48
7671731--7671813	25	3.3	25	72	5	69	49	3	7	39	1.48
7673577--7673673	44	2.2	45	76	12	101	34	20	17	27	1.95
7673686--7674221	44	12.1	44	72	8	399	25	23	19	31	1.98
7673760--7674221	88	5.2	88	89	2	642	25	22	19	31	1.98
7673586--7674212	133	4.7	133	78	7	533	27	23	18	30	1.98
7686014--7686072	25	2.4	24	80	8	66	54	1	3	40	1.27
7686025--7686109	25	3.5	25	71	9	77	49	3	7	40	1.47
7687885--7687929	14	3.1	14	78	6	54	64	4	4	26	1.32
7691074--7691159	36	2.4	36	94	0	154	26	18	27	26	1.98
7692529--7692564	18	2.0	18	100	0	72	22	22	22	33	1.97
7692695--7692730	18	2.0	18	100	0	72	22	22	22	33	1.97
7692445--7692780	166	2.0	166	98	0	645	34	15	20	28	1.94
7695046--7695204	42	3.7	42	76	11	149	33	11	20	35	1.88
7695086--7695189	47	2.2	49	85	3	140	35	10	19	34	1.86
7702944--7702978	17	2.1	17	89	5	54	48	0	8	42	1.33
7702942--7702981	16	2.5	15	84	11	53	42	0	7	50	1.30
7702963--7703112	75	1.9	80	84	9	204	45	3	5	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7704748--7704781	17	2.0	17	94	0	59	44	11	0	44	1.40
7707080--7707143	26	2.4	27	94	5	112	40	10	0	48	1.38
7707147--7707173	14	1.9	14	100	0	54	62	14	7	14	1.51
7707836--7707865	15	2.0	15	100	0	60	40	0	13	46	1.43
7708149--7708212	28	2.4	28	94	5	114	48	0	10	40	1.38
7709908--7709933	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
7711217--7711248	10	3.2	10	95	0	55	43	9	0	46	1.35
7711407--7711451	22	2.0	22	91	0	72	17	22	4	55	1.60
7713802--7713866	25	2.6	26	74	16	73	30	21	26	21	1.98
7714231--7714273	18	2.5	17	82	14	52	34	11	16	37	1.85
7714469--7714505	5	7.2	5	90	3	56	37	21	2	37	1.68
7717043--7717266	104	2.2	104	91	1	360	32	31	18	17	1.95
7718764--7718793	9	3.2	9	95	4	51	30	0	10	60	1.30
7719603--7719709	37	2.9	37	78	12	105	42	12	21	23	1.86
7720014--7720051	15	2.4	16	91	4	60	50	5	0	44	1.24
7720433--7720493	9	6.2	9	78	17	52	70	1	3	24	1.11
7727967--7728011	17	2.7	16	82	6	54	40	4	0	55	1.20
7733596--7733621	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
7739391--7739507	21	5.6	21	83	0	135	43	15	22	18	1.87
7739396--7739508	42	2.7	42	90	2	165	45	15	21	18	1.86
7739377--7739507	63	2.1	61	85	2	172	44	15	22	18	1.86
7741157--7741197	18	2.2	19	91	4	66	17	19	17	46	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7745744--7745818	34	2.3	31	84	9	96	33	21	21	24	1.97
7748034--7748255	9	25.6	9	65	21	64	32	1	16	49	1.55
7748044--7748257	36	6.0	36	81	10	255	33	1	16	49	1.55
7748034--7748240	34	6.3	29	76	19	128	33	0	15	49	1.52
7748135--7748183	14	3.3	14	81	15	62	32	0	16	51	1.45
7748044--7748244	67	3.0	67	92	3	323	33	0	15	49	1.52
7748034--7748205	34	5.5	30	81	14	138	33	1	16	49	1.53
7748175--7748255	41	2.0	41	85	4	110	33	1	17	48	1.55
7748191--7748371	98	1.9	97	89	4	287	30	3	14	50	1.61
7748286--7748353	9	7.6	9	77	6	75	35	0	17	47	1.48
7749182--7749227	13	3.5	13	75	0	56	10	15	4	69	1.32
7749180--7749230	26	2.0	26	100	0	102	13	15	3	66	1.39
7749280--7749653	72	5.2	71	76	3	293	45	12	6	35	1.68
7751127--7751179	27	2.0	27	100	0	106	18	24	30	26	1.98
7751026--7751257	109	2.2	103	93	4	383	19	21	27	31	1.97
7751154--7751372	77	2.8	77	89	4	323	21	21	26	31	1.98
7753479--7753519	13	3.2	13	86	10	57	0	26	0	73	0.84
7755719--7755829	41	2.8	39	76	8	125	27	18	16	37	1.92
7756773--7756850	39	2.0	39	87	5	113	15	20	41	23	1.90
7764223--7764358	71	1.9	71	93	3	238	36	13	2	47	1.58
7764496--7764584	26	3.4	25	73	18	74	50	1	2	46	1.21
7765626--7765654	14	2.1	14	93	6	51	58	0	13	27	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7772502--7772536	16	2.2	16	89	0	52	82	0	8	8	0.83
7773326--7773859	40	12.8	41	80	10	579	22	20	23	32	1.98
7773300--7773856	84	6.7	84	90	4	780	22	20	24	33	1.97
7773300--7773856	170	3.3	168	88	5	787	22	20	24	33	1.97
7773326--7773869	124	4.4	124	83	9	687	22	20	23	33	1.97
7790438--7790517	33	2.4	34	74	19	87	53	5	3	37	1.41
7797235--7797309	28	2.6	28	82	12	91	34	4	1	60	1.24
7797255--7797353	29	3.4	30	77	16	82	33	3	1	62	1.17
7797235--7797382	9	15.6	9	68	16	68	31	3	0	64	1.14
7797227--7797342	19	6.1	19	68	18	64	31	3	0	63	1.17
7797297--7797376	29	2.7	29	78	18	85	31	2	0	66	1.05
7797297--7797375	30	2.7	30	79	11	83	31	1	0	67	0.99
7802151--7802328	71	2.5	71	73	5	171	25	23	22	29	1.99
7804737--7804915	58	3.1	57	87	4	234	27	18	6	47	1.72
7806834--7806880	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
7812416--7812448	14	2.4	14	100	0	66	24	15	12	48	1.78
7823150--7823187	18	2.1	19	85	5	51	34	2	5	57	1.35
7825065--7825109	16	2.7	17	86	6	65	42	0	0	57	0.98
7825093--7825159	11	6.4	11	75	18	54	35	2	0	61	1.12
7825076--7825162	40	2.2	40	93	0	156	36	2	0	60	1.09
7825102--7825173	29	2.4	31	84	11	96	37	2	0	59	1.12
7825142--7825180	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7831160--7831204	21	2.1	20	84	12	54	60	11	6	22	1.54
7837659--7837702	22	2.0	22	100	0	88	31	22	13	31	1.93
7839022--7839083	27	2.4	27	81	10	76	35	14	0	50	1.43
7839022--7839093	27	2.7	26	77	8	74	33	16	0	50	1.46
7842695--7842746	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7844665--7844716	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7845118--7845172	16	3.5	16	77	18	53	65	1	12	20	1.35
7845336--7845537	65	3.2	65	80	11	258	63	2	6	26	1.33
7845394--7845514	57	2.1	57	93	1	206	63	2	5	28	1.30
7847003--7847525	44	11.8	44	83	2	541	30	20	16	32	1.95

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